# TARGET T0492 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 347 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.519 0.256 0.141 0.066 0.016 0.003 0.001 2 F 0.528 0.249 0.116 0.071 0.029 0.006 0.001 3 S 0.396 0.286 0.156 0.098 0.048 0.014 0.001 4 L 0.217 0.146 0.178 0.218 0.164 0.069 0.007 5 R 0.353 0.305 0.179 0.105 0.044 0.012 0.001 6 D 0.355 0.336 0.169 0.087 0.041 0.011 0.001 7 A 0.116 0.165 0.281 0.311 0.112 0.014 0.001 8 K 0.432 0.369 0.133 0.055 0.010 0.001 0.001 9 C 0.648 0.268 0.064 0.018 0.002 0.001 0.001 10 G 0.678 0.260 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.350 0.441 0.155 0.048 0.006 0.001 0.001 12 T 0.159 0.486 0.269 0.077 0.009 0.001 0.001 13 V 0.007 0.037 0.108 0.321 0.413 0.113 0.002 14 K 0.008 0.134 0.406 0.358 0.087 0.007 0.001 15 V 0.001 0.003 0.021 0.155 0.514 0.298 0.009 16 V 0.052 0.379 0.322 0.185 0.055 0.006 0.001 17 K 0.113 0.403 0.314 0.133 0.031 0.005 0.001 18 L 0.011 0.055 0.164 0.421 0.296 0.052 0.001 19 H 0.290 0.502 0.159 0.040 0.008 0.001 0.001 20 G 0.245 0.256 0.246 0.194 0.053 0.005 0.001 21 T 0.620 0.274 0.074 0.025 0.005 0.001 0.001 22 G 0.669 0.238 0.067 0.020 0.005 0.001 0.001 23 A 0.433 0.355 0.139 0.056 0.014 0.002 0.001 24 L 0.068 0.120 0.203 0.315 0.231 0.060 0.003 25 K 0.054 0.183 0.267 0.267 0.174 0.049 0.005 26 R 0.128 0.290 0.230 0.198 0.111 0.039 0.003 27 R 0.023 0.079 0.176 0.300 0.276 0.131 0.014 28 I 0.017 0.021 0.036 0.102 0.270 0.428 0.126 29 M 0.046 0.118 0.175 0.252 0.230 0.144 0.036 30 D 0.101 0.182 0.186 0.194 0.173 0.140 0.024 31 M 0.029 0.046 0.076 0.179 0.258 0.317 0.095 32 G 0.044 0.081 0.103 0.167 0.229 0.295 0.082 33 I 0.075 0.096 0.134 0.193 0.245 0.217 0.041 34 T 0.104 0.194 0.173 0.215 0.196 0.105 0.012 35 R 0.212 0.318 0.274 0.155 0.035 0.005 0.001 36 G 0.243 0.375 0.214 0.119 0.040 0.008 0.001 37 C 0.139 0.371 0.269 0.165 0.048 0.007 0.001 38 E 0.078 0.376 0.323 0.178 0.039 0.005 0.001 39 I 0.001 0.004 0.019 0.114 0.422 0.416 0.023 40 Y 0.004 0.066 0.295 0.423 0.181 0.030 0.001 41 I 0.001 0.004 0.013 0.062 0.279 0.539 0.102 42 R 0.005 0.068 0.227 0.374 0.241 0.078 0.007 43 K 0.018 0.118 0.171 0.271 0.246 0.157 0.018 44 V 0.038 0.168 0.220 0.254 0.205 0.106 0.009 45 A 0.035 0.092 0.120 0.217 0.273 0.237 0.027 46 P 0.157 0.209 0.198 0.202 0.142 0.083 0.008 47 L 0.190 0.219 0.193 0.205 0.137 0.050 0.006 48 G 0.260 0.337 0.202 0.128 0.052 0.018 0.002 49 D 0.137 0.296 0.258 0.182 0.092 0.030 0.006 50 P 0.034 0.100 0.179 0.268 0.226 0.159 0.034 51 I 0.006 0.020 0.052 0.149 0.316 0.371 0.085 52 Q 0.008 0.038 0.110 0.226 0.290 0.267 0.061 53 I 0.002 0.005 0.011 0.041 0.181 0.595 0.165 54 N 0.003 0.039 0.208 0.421 0.246 0.074 0.009 55 V 0.010 0.035 0.064 0.155 0.369 0.328 0.039 56 R 0.033 0.202 0.342 0.296 0.101 0.024 0.002 57 G 0.115 0.290 0.235 0.206 0.113 0.038 0.003 58 Y 0.030 0.129 0.206 0.269 0.240 0.117 0.008 59 E 0.038 0.135 0.204 0.297 0.214 0.103 0.010 60 L 0.026 0.034 0.060 0.128 0.246 0.430 0.076 61 S 0.039 0.110 0.164 0.262 0.257 0.152 0.017 62 L 0.058 0.077 0.097 0.170 0.271 0.278 0.050 63 R 0.057 0.125 0.163 0.262 0.245 0.131 0.017 64 K 0.198 0.308 0.255 0.162 0.061 0.015 0.002 65 S 0.402 0.339 0.157 0.071 0.023 0.006 0.001 66 A 0.135 0.165 0.224 0.271 0.153 0.048 0.003 67 A 0.142 0.128 0.197 0.257 0.211 0.061 0.004 68 E 0.340 0.371 0.171 0.082 0.028 0.007 0.001 69 M 0.299 0.288 0.220 0.123 0.055 0.015 0.001 70 I 0.067 0.090 0.171 0.294 0.260 0.114 0.005 71 E 0.263 0.282 0.217 0.153 0.071 0.013 0.001 72 V 0.376 0.209 0.176 0.149 0.074 0.014 0.001 73 E 0.797 0.160 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001