# TARGET T0492 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0306 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.101 0.069 0.139 0.094 0.082 0.089 0.069 0.059 0.042 0.035 2 F 0.053 0.060 0.042 0.085 0.107 0.138 0.175 0.124 0.105 0.074 0.036 3 S 0.125 0.256 0.127 0.256 0.139 0.053 0.026 0.010 0.005 0.002 0.001 4 L 0.026 0.009 0.006 0.015 0.021 0.029 0.077 0.125 0.220 0.232 0.241 5 R 0.080 0.142 0.154 0.267 0.185 0.090 0.054 0.015 0.008 0.003 0.002 6 D 0.176 0.246 0.108 0.217 0.101 0.058 0.050 0.020 0.013 0.006 0.004 7 A 0.014 0.008 0.005 0.017 0.030 0.054 0.116 0.134 0.177 0.195 0.250 8 K 0.328 0.352 0.122 0.123 0.044 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 9 C 0.134 0.077 0.034 0.140 0.124 0.121 0.164 0.084 0.062 0.037 0.024 10 G 0.457 0.170 0.075 0.148 0.072 0.034 0.020 0.010 0.006 0.004 0.004 11 Q 0.021 0.074 0.049 0.221 0.198 0.193 0.142 0.054 0.028 0.013 0.006 12 T 0.078 0.180 0.098 0.334 0.188 0.079 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 13 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.057 0.129 0.284 0.281 0.232 14 K 0.010 0.104 0.100 0.438 0.256 0.067 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.053 0.173 0.286 0.467 16 V 0.008 0.024 0.030 0.215 0.300 0.239 0.135 0.033 0.012 0.003 0.002 17 K 0.117 0.285 0.095 0.249 0.115 0.059 0.049 0.017 0.009 0.003 0.001 18 L 0.003 0.005 0.005 0.024 0.033 0.053 0.127 0.152 0.215 0.212 0.171 19 H 0.187 0.302 0.099 0.204 0.114 0.049 0.028 0.009 0.005 0.002 0.001 20 G 0.090 0.089 0.027 0.080 0.082 0.087 0.140 0.119 0.116 0.099 0.071 21 T 0.170 0.413 0.082 0.165 0.083 0.044 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 22 G 0.667 0.142 0.035 0.080 0.040 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 23 A 0.437 0.149 0.058 0.116 0.074 0.057 0.056 0.023 0.016 0.009 0.006 24 L 0.011 0.012 0.016 0.040 0.046 0.103 0.253 0.182 0.168 0.112 0.057 25 K 0.009 0.017 0.057 0.163 0.179 0.218 0.191 0.087 0.047 0.022 0.009 26 R 0.026 0.061 0.449 0.203 0.114 0.069 0.042 0.019 0.010 0.004 0.002 27 R 0.005 0.013 0.056 0.135 0.175 0.189 0.211 0.106 0.063 0.032 0.014 28 I 0.004 0.004 0.027 0.013 0.011 0.014 0.055 0.104 0.218 0.290 0.261 29 M 0.003 0.007 0.093 0.115 0.197 0.210 0.220 0.091 0.044 0.015 0.006 30 D 0.010 0.038 0.374 0.181 0.117 0.111 0.092 0.038 0.022 0.012 0.006 31 M 0.002 0.006 0.011 0.020 0.028 0.050 0.158 0.181 0.215 0.205 0.124 32 G 0.093 0.068 0.046 0.054 0.046 0.055 0.114 0.118 0.155 0.130 0.120 33 I 0.014 0.015 0.015 0.032 0.041 0.050 0.099 0.113 0.166 0.181 0.273 34 T 0.053 0.124 0.114 0.197 0.169 0.127 0.108 0.051 0.033 0.016 0.009 35 R 0.346 0.175 0.065 0.180 0.106 0.057 0.042 0.015 0.008 0.004 0.002 36 G 0.392 0.127 0.068 0.140 0.090 0.061 0.047 0.026 0.021 0.015 0.014 37 C 0.010 0.027 0.012 0.069 0.081 0.131 0.236 0.163 0.133 0.089 0.050 38 E 0.029 0.161 0.095 0.363 0.203 0.104 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.061 0.212 0.314 0.390 40 Y 0.014 0.082 0.051 0.447 0.280 0.091 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 41 I 0.001 0.003 0.001 0.005 0.006 0.009 0.042 0.100 0.256 0.296 0.281 42 R 0.008 0.018 0.021 0.216 0.290 0.236 0.136 0.044 0.022 0.006 0.003 43 K 0.044 0.090 0.052 0.176 0.147 0.142 0.173 0.089 0.056 0.024 0.008 44 V 0.042 0.083 0.050 0.250 0.194 0.138 0.111 0.066 0.040 0.019 0.006 45 A 0.103 0.134 0.034 0.103 0.096 0.098 0.129 0.116 0.095 0.059 0.032 46 P 0.422 0.224 0.060 0.115 0.064 0.037 0.032 0.019 0.014 0.009 0.005 47 L 0.209 0.117 0.030 0.117 0.103 0.099 0.119 0.082 0.063 0.038 0.023 48 G 0.402 0.207 0.051 0.135 0.085 0.047 0.031 0.018 0.012 0.007 0.004 49 D 0.091 0.138 0.042 0.182 0.156 0.137 0.118 0.062 0.042 0.022 0.009 50 P 0.025 0.034 0.021 0.083 0.113 0.150 0.170 0.134 0.122 0.091 0.056 51 I 0.010 0.008 0.005 0.029 0.045 0.072 0.193 0.203 0.189 0.152 0.092 52 Q 0.008 0.036 0.037 0.229 0.228 0.183 0.142 0.069 0.036 0.020 0.013 53 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.009 0.037 0.096 0.231 0.307 0.304 54 N 0.015 0.048 0.036 0.307 0.290 0.162 0.090 0.031 0.013 0.005 0.003 55 V 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.035 0.078 0.226 0.287 0.352 56 R 0.037 0.075 0.051 0.343 0.264 0.133 0.072 0.017 0.006 0.002 0.001 57 G 0.334 0.222 0.059 0.147 0.079 0.053 0.054 0.025 0.016 0.007 0.003 58 Y 0.024 0.046 0.043 0.115 0.122 0.129 0.173 0.136 0.101 0.068 0.043 59 E 0.052 0.191 0.101 0.280 0.178 0.121 0.054 0.014 0.006 0.002 0.001 60 L 0.012 0.011 0.010 0.018 0.020 0.029 0.108 0.158 0.252 0.220 0.163 61 S 0.093 0.084 0.075 0.160 0.124 0.108 0.153 0.083 0.061 0.036 0.023 62 L 0.014 0.022 0.024 0.038 0.040 0.048 0.102 0.125 0.201 0.198 0.189 63 R 0.018 0.094 0.100 0.187 0.147 0.153 0.151 0.067 0.044 0.025 0.013 64 K 0.191 0.097 0.270 0.198 0.111 0.063 0.048 0.014 0.006 0.002 0.001 65 S 0.384 0.138 0.268 0.127 0.049 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 66 A 0.072 0.058 0.206 0.120 0.075 0.122 0.197 0.075 0.047 0.021 0.009 67 A 0.015 0.014 0.174 0.093 0.108 0.164 0.236 0.097 0.058 0.030 0.010 68 E 0.049 0.041 0.767 0.081 0.029 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 69 M 0.004 0.022 0.229 0.292 0.240 0.132 0.052 0.017 0.008 0.004 0.001 70 I 0.016 0.021 0.110 0.023 0.028 0.045 0.149 0.146 0.197 0.170 0.095 71 E 0.019 0.066 0.356 0.289 0.167 0.066 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 72 V 0.008 0.032 0.289 0.052 0.063 0.069 0.144 0.107 0.105 0.089 0.042 73 E 0.066 0.158 0.225 0.291 0.162 0.048 0.028 0.012 0.006 0.003 0.001