# TARGET T0492 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0306 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.213 0.074 0.036 0.007 0.164 0.009 0.024 0.030 0.063 0.236 0.145 2 F 0.032 0.444 0.261 0.015 0.179 0.008 0.014 0.023 0.010 0.007 0.007 3 S 0.029 0.636 0.162 0.001 0.150 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.007 4 L 0.027 0.008 0.002 0.002 0.021 0.002 0.003 0.215 0.655 0.037 0.026 5 R 0.001 0.010 0.005 0.004 0.004 0.020 0.068 0.705 0.178 0.004 0.001 6 D 0.012 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.061 0.123 0.771 0.013 7 A 0.189 0.293 0.125 0.002 0.254 0.001 0.005 0.059 0.028 0.020 0.024 8 K 0.011 0.118 0.646 0.096 0.026 0.040 0.007 0.013 0.011 0.021 0.011 9 C 0.002 0.045 0.022 0.095 0.009 0.084 0.531 0.169 0.034 0.006 0.004 10 G 0.007 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.005 0.049 0.800 0.125 11 Q 0.009 0.668 0.092 0.002 0.172 0.002 0.004 0.016 0.022 0.012 0.001 12 T 0.640 0.014 0.001 0.001 0.198 0.001 0.003 0.002 0.003 0.017 0.121 13 V 0.073 0.338 0.034 0.002 0.543 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 14 K 0.093 0.229 0.003 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 15 V 0.754 0.002 0.001 0.001 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 16 V 0.005 0.017 0.007 0.094 0.030 0.500 0.322 0.015 0.004 0.002 0.002 17 K 0.251 0.124 0.012 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 18 L 0.378 0.061 0.011 0.006 0.361 0.008 0.003 0.008 0.006 0.027 0.130 19 H 0.177 0.086 0.075 0.109 0.160 0.073 0.051 0.028 0.016 0.097 0.129 20 G 0.064 0.175 0.129 0.217 0.115 0.087 0.024 0.046 0.022 0.069 0.051 21 T 0.026 0.236 0.123 0.114 0.070 0.037 0.036 0.139 0.040 0.159 0.019 22 G 0.003 0.017 0.055 0.093 0.007 0.039 0.015 0.556 0.101 0.097 0.016 23 A 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.005 0.927 0.042 0.006 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.040 0.012 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.002 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.966 0.019 0.003 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.018 0.005 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.037 0.005 0.001 29 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.844 0.128 0.004 0.001 30 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 0.861 0.074 0.009 0.001 31 M 0.009 0.558 0.256 0.007 0.093 0.005 0.011 0.038 0.011 0.011 0.002 32 G 0.117 0.021 0.012 0.016 0.031 0.011 0.010 0.068 0.029 0.393 0.291 33 I 0.254 0.174 0.030 0.010 0.204 0.012 0.024 0.073 0.041 0.075 0.103 34 T 0.019 0.111 0.388 0.218 0.057 0.083 0.015 0.045 0.031 0.021 0.012 35 R 0.006 0.040 0.035 0.086 0.013 0.102 0.452 0.210 0.045 0.007 0.004 36 G 0.025 0.009 0.020 0.019 0.009 0.007 0.003 0.009 0.051 0.685 0.162 37 C 0.011 0.680 0.112 0.003 0.163 0.002 0.003 0.010 0.008 0.007 0.002 38 E 0.452 0.054 0.004 0.001 0.425 0.001 0.002 0.003 0.002 0.009 0.048 39 I 0.212 0.135 0.011 0.002 0.621 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 40 Y 0.143 0.147 0.008 0.001 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 41 I 0.606 0.018 0.003 0.001 0.298 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 42 R 0.130 0.179 0.037 0.041 0.392 0.089 0.073 0.015 0.005 0.013 0.027 43 K 0.184 0.179 0.015 0.001 0.579 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.030 44 V 0.161 0.162 0.037 0.016 0.451 0.017 0.011 0.018 0.016 0.044 0.067 45 A 0.111 0.278 0.297 0.033 0.203 0.007 0.014 0.018 0.009 0.007 0.024 46 P 0.064 0.184 0.102 0.054 0.109 0.047 0.063 0.144 0.116 0.080 0.038 47 L 0.007 0.485 0.183 0.065 0.066 0.034 0.074 0.036 0.027 0.019 0.004 48 G 0.028 0.007 0.024 0.081 0.008 0.053 0.029 0.014 0.030 0.491 0.235 49 D 0.108 0.327 0.148 0.012 0.352 0.003 0.012 0.005 0.004 0.011 0.016 50 P 0.333 0.106 0.019 0.003 0.418 0.004 0.007 0.007 0.015 0.025 0.063 51 I 0.188 0.139 0.013 0.004 0.605 0.009 0.013 0.005 0.004 0.005 0.015 52 Q 0.310 0.046 0.003 0.001 0.613 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.017 53 I 0.177 0.105 0.004 0.001 0.698 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 54 N 0.403 0.052 0.005 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.066 55 V 0.352 0.044 0.027 0.092 0.212 0.065 0.009 0.009 0.006 0.024 0.160 56 R 0.001 0.004 0.010 0.333 0.002 0.227 0.337 0.062 0.017 0.006 0.001 57 G 0.049 0.051 0.092 0.145 0.044 0.032 0.008 0.023 0.038 0.401 0.115 58 Y 0.087 0.255 0.037 0.019 0.378 0.012 0.010 0.048 0.057 0.067 0.030 59 E 0.301 0.049 0.007 0.004 0.502 0.009 0.020 0.031 0.013 0.013 0.050 60 L 0.229 0.122 0.010 0.006 0.534 0.008 0.007 0.016 0.009 0.015 0.044 61 S 0.259 0.120 0.016 0.004 0.397 0.004 0.010 0.039 0.013 0.050 0.088 62 L 0.206 0.224 0.082 0.013 0.274 0.006 0.007 0.035 0.017 0.048 0.088 63 R 0.030 0.542 0.216 0.012 0.111 0.003 0.005 0.021 0.015 0.029 0.015 64 K 0.006 0.010 0.003 0.002 0.007 0.005 0.012 0.391 0.541 0.016 0.007 65 S 0.004 0.010 0.006 0.002 0.006 0.003 0.015 0.514 0.377 0.058 0.005 66 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.156 0.247 0.571 0.003 67 A 0.290 0.046 0.016 0.002 0.237 0.001 0.002 0.073 0.089 0.070 0.173 68 E 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.112 0.399 0.405 0.067 0.004 0.001 69 M 0.091 0.102 0.027 0.002 0.248 0.001 0.008 0.075 0.085 0.333 0.029 70 I 0.229 0.107 0.004 0.001 0.630 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.020 71 E 0.249 0.044 0.006 0.001 0.508 0.001 0.003 0.007 0.005 0.033 0.142 72 V 0.199 0.244 0.062 0.003 0.402 0.001 0.004 0.007 0.004 0.015 0.059 73 E 0.063 0.286 0.123 0.045 0.208 0.050 0.105 0.051 0.021 0.032 0.016