# TARGET T0492 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0306 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.472 0.281 0.131 0.072 0.031 0.012 0.002 2 F 0.204 0.180 0.216 0.225 0.135 0.038 0.003 3 S 0.362 0.344 0.175 0.081 0.028 0.009 0.001 4 L 0.084 0.076 0.136 0.287 0.296 0.113 0.008 5 R 0.249 0.352 0.236 0.112 0.040 0.010 0.001 6 D 0.271 0.327 0.205 0.126 0.051 0.018 0.002 7 A 0.091 0.136 0.209 0.278 0.209 0.073 0.004 8 K 0.272 0.306 0.209 0.131 0.060 0.019 0.002 9 C 0.232 0.269 0.226 0.172 0.080 0.019 0.002 10 G 0.346 0.316 0.192 0.101 0.037 0.007 0.001 11 Q 0.168 0.346 0.266 0.154 0.053 0.012 0.001 12 T 0.084 0.326 0.338 0.191 0.051 0.009 0.001 13 V 0.009 0.031 0.100 0.281 0.401 0.169 0.009 14 K 0.019 0.175 0.370 0.318 0.101 0.016 0.001 15 V 0.005 0.011 0.034 0.156 0.412 0.360 0.021 16 V 0.030 0.168 0.302 0.313 0.152 0.033 0.002 17 K 0.080 0.356 0.327 0.170 0.053 0.013 0.001 18 L 0.034 0.081 0.181 0.345 0.280 0.076 0.003 19 H 0.234 0.373 0.237 0.112 0.036 0.008 0.001 20 G 0.223 0.259 0.239 0.193 0.070 0.015 0.001 21 T 0.511 0.294 0.128 0.049 0.015 0.003 0.001 22 G 0.563 0.262 0.116 0.045 0.013 0.002 0.001 23 A 0.320 0.332 0.202 0.099 0.036 0.010 0.001 24 L 0.041 0.073 0.141 0.277 0.324 0.136 0.009 25 K 0.084 0.188 0.255 0.268 0.150 0.049 0.005 26 R 0.106 0.287 0.260 0.208 0.100 0.036 0.003 27 R 0.031 0.097 0.232 0.316 0.229 0.084 0.011 28 I 0.018 0.022 0.041 0.132 0.258 0.421 0.107 29 M 0.089 0.155 0.211 0.252 0.176 0.098 0.020 30 D 0.151 0.293 0.200 0.145 0.095 0.091 0.026 31 M 0.094 0.107 0.141 0.200 0.211 0.184 0.063 32 G 0.138 0.192 0.201 0.193 0.146 0.104 0.025 33 I 0.205 0.155 0.131 0.174 0.187 0.127 0.022 34 T 0.191 0.229 0.237 0.189 0.113 0.036 0.004 35 R 0.311 0.326 0.208 0.107 0.038 0.009 0.001 36 G 0.383 0.360 0.158 0.071 0.022 0.004 0.001 37 C 0.093 0.233 0.272 0.229 0.128 0.040 0.005 38 E 0.040 0.228 0.333 0.281 0.096 0.019 0.002 39 I 0.006 0.015 0.035 0.134 0.340 0.404 0.065 40 Y 0.009 0.104 0.299 0.365 0.176 0.043 0.005 41 I 0.003 0.007 0.019 0.099 0.316 0.480 0.077 42 R 0.013 0.092 0.260 0.358 0.203 0.066 0.008 43 K 0.100 0.316 0.255 0.180 0.096 0.046 0.007 44 V 0.073 0.175 0.258 0.247 0.157 0.076 0.014 45 A 0.118 0.147 0.189 0.236 0.202 0.095 0.013 46 P 0.312 0.257 0.175 0.122 0.074 0.049 0.012 47 L 0.256 0.192 0.173 0.181 0.125 0.061 0.011 48 G 0.323 0.336 0.184 0.089 0.045 0.018 0.005 49 D 0.095 0.194 0.210 0.227 0.167 0.084 0.023 50 P 0.047 0.116 0.169 0.244 0.236 0.141 0.047 51 I 0.017 0.064 0.112 0.189 0.258 0.286 0.073 52 Q 0.006 0.068 0.244 0.360 0.219 0.083 0.019 53 I 0.001 0.003 0.008 0.050 0.233 0.549 0.157 54 N 0.005 0.069 0.215 0.363 0.254 0.083 0.010 55 V 0.006 0.025 0.061 0.167 0.347 0.350 0.044 56 R 0.047 0.232 0.346 0.260 0.087 0.024 0.004 57 G 0.140 0.292 0.275 0.193 0.072 0.023 0.005 58 Y 0.030 0.092 0.184 0.282 0.257 0.142 0.014 59 E 0.024 0.077 0.179 0.265 0.276 0.157 0.022 60 L 0.016 0.023 0.029 0.057 0.166 0.496 0.213 61 S 0.011 0.040 0.068 0.154 0.281 0.348 0.098 62 L 0.003 0.010 0.031 0.117 0.287 0.428 0.124 63 R 0.027 0.075 0.135 0.258 0.290 0.191 0.024 64 K 0.152 0.340 0.292 0.158 0.048 0.009 0.001 65 S 0.452 0.351 0.138 0.045 0.011 0.002 0.001 66 A 0.199 0.200 0.225 0.215 0.121 0.038 0.002 67 A 0.137 0.095 0.147 0.260 0.264 0.093 0.003 68 E 0.358 0.359 0.182 0.079 0.019 0.003 0.001 69 M 0.278 0.266 0.240 0.148 0.053 0.015 0.001 70 I 0.181 0.107 0.116 0.196 0.257 0.136 0.008 71 E 0.266 0.314 0.223 0.130 0.051 0.014 0.001 72 V 0.424 0.249 0.172 0.102 0.043 0.009 0.001 73 E 0.685 0.200 0.076 0.029 0.008 0.002 0.001