# TARGET T0492 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 342 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 2 F 0.069 0.155 0.003 0.010 0.047 0.021 0.695 3 S 0.102 0.094 0.002 0.013 0.174 0.011 0.604 4 L 0.014 0.005 0.478 0.321 0.016 0.061 0.106 5 R 0.027 0.001 0.588 0.167 0.023 0.144 0.051 6 D 0.016 0.006 0.728 0.114 0.012 0.077 0.046 7 A 0.066 0.031 0.052 0.052 0.183 0.023 0.593 8 K 0.035 0.004 0.021 0.003 0.049 0.033 0.854 9 C 0.012 0.012 0.064 0.003 0.074 0.806 0.029 10 G 0.013 0.001 0.040 0.001 0.083 0.835 0.027 11 Q 0.229 0.009 0.006 0.001 0.246 0.012 0.498 12 T 0.770 0.014 0.001 0.001 0.026 0.005 0.185 13 V 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 14 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 15 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 16 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 17 K 0.938 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.050 18 L 0.724 0.010 0.002 0.001 0.043 0.008 0.212 19 H 0.316 0.012 0.004 0.003 0.150 0.048 0.467 20 G 0.049 0.011 0.010 0.011 0.307 0.117 0.494 21 T 0.013 0.006 0.014 0.038 0.385 0.178 0.367 22 G 0.005 0.002 0.050 0.410 0.222 0.248 0.062 23 A 0.006 0.006 0.039 0.787 0.033 0.074 0.056 24 L 0.003 0.004 0.016 0.931 0.006 0.024 0.016 25 K 0.003 0.001 0.003 0.976 0.004 0.007 0.006 26 R 0.004 0.001 0.003 0.980 0.002 0.007 0.004 27 R 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.008 0.003 28 I 0.002 0.001 0.005 0.981 0.002 0.008 0.003 29 M 0.001 0.001 0.035 0.930 0.003 0.026 0.004 30 D 0.002 0.001 0.042 0.868 0.006 0.078 0.003 31 M 0.002 0.001 0.051 0.501 0.017 0.419 0.010 32 G 0.005 0.005 0.013 0.045 0.043 0.861 0.029 33 I 0.050 0.048 0.007 0.007 0.137 0.054 0.697 34 T 0.049 0.018 0.011 0.001 0.057 0.017 0.847 35 R 0.023 0.014 0.037 0.001 0.115 0.732 0.077 36 G 0.029 0.002 0.014 0.001 0.133 0.743 0.079 37 C 0.335 0.005 0.001 0.001 0.282 0.006 0.371 38 E 0.872 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.110 39 I 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 40 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 41 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 43 K 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 44 V 0.730 0.008 0.001 0.001 0.042 0.002 0.216 45 A 0.243 0.017 0.003 0.001 0.107 0.012 0.618 46 P 0.051 0.022 0.012 0.001 0.252 0.162 0.500 47 L 0.015 0.024 0.019 0.001 0.379 0.441 0.121 48 G 0.016 0.009 0.009 0.001 0.613 0.240 0.114 49 D 0.036 0.010 0.004 0.001 0.313 0.036 0.600 50 P 0.285 0.022 0.004 0.001 0.238 0.051 0.400 51 I 0.886 0.009 0.001 0.001 0.033 0.006 0.066 52 Q 0.980 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 53 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 54 N 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 55 V 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.051 56 R 0.237 0.002 0.008 0.001 0.098 0.623 0.031 57 G 0.041 0.001 0.008 0.002 0.108 0.826 0.015 58 Y 0.670 0.013 0.005 0.006 0.052 0.034 0.221 59 E 0.914 0.026 0.001 0.002 0.006 0.004 0.047 60 L 0.959 0.006 0.002 0.004 0.005 0.004 0.021 61 S 0.915 0.004 0.005 0.008 0.011 0.018 0.038 62 L 0.774 0.011 0.009 0.014 0.060 0.045 0.085 63 R 0.389 0.007 0.011 0.038 0.107 0.040 0.408 64 K 0.021 0.002 0.165 0.613 0.073 0.061 0.064 65 S 0.017 0.002 0.146 0.653 0.048 0.109 0.026 66 A 0.015 0.002 0.229 0.584 0.016 0.125 0.029 67 A 0.036 0.009 0.213 0.487 0.031 0.101 0.124 68 E 0.052 0.002 0.091 0.417 0.088 0.292 0.058 69 M 0.152 0.002 0.077 0.361 0.088 0.266 0.054 70 I 0.418 0.017 0.019 0.241 0.062 0.041 0.202 71 E 0.616 0.012 0.008 0.163 0.023 0.026 0.151 72 V 0.453 0.024 0.009 0.112 0.004 0.052 0.346 73 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995