# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.026 0.032 0.032 0.206 0.008 0.155 0.032 0.004 0.001 0.008 0.006 0.014 0.011 0.038 0.051 0.082 0.140 0.091 0.041 0.004 2 F 0.017 0.017 0.281 0.097 0.048 0.007 0.032 0.030 0.004 0.001 0.007 0.007 0.014 0.012 0.121 0.024 0.044 0.023 0.063 0.149 0.004 3 S 0.019 0.022 0.025 0.035 0.401 0.003 0.027 0.021 0.003 0.001 0.003 0.004 0.007 0.008 0.018 0.067 0.028 0.036 0.101 0.166 0.005 4 L 0.022 0.025 0.066 0.082 0.098 0.004 0.024 0.037 0.005 0.001 0.006 0.006 0.016 0.013 0.145 0.026 0.288 0.020 0.050 0.063 0.004 5 R 0.027 0.022 0.127 0.087 0.087 0.019 0.220 0.080 0.002 0.003 0.005 0.005 0.009 0.008 0.059 0.014 0.108 0.024 0.034 0.059 0.002 6 D 0.030 0.036 0.054 0.034 0.212 0.020 0.310 0.027 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.005 0.019 0.013 0.058 0.072 0.056 0.033 0.001 7 A 0.018 0.016 0.122 0.106 0.107 0.002 0.048 0.012 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.030 0.015 0.059 0.094 0.181 0.173 0.004 8 K 0.008 0.007 0.076 0.061 0.120 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.009 0.171 0.018 0.092 0.379 0.001 9 C 0.005 0.008 0.055 0.102 0.093 0.001 0.273 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.014 0.228 0.020 0.038 0.140 0.002 10 G 0.015 0.032 0.046 0.034 0.149 0.001 0.446 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.003 0.027 0.018 0.061 0.070 0.029 0.045 0.005 11 Q 0.044 0.037 0.402 0.217 0.074 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.004 0.036 0.027 0.015 0.013 0.024 0.047 0.013 12 T 0.071 0.186 0.023 0.035 0.503 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.030 0.019 0.011 0.041 0.002 0.006 0.002 0.002 0.028 13 V 0.280 0.409 0.048 0.040 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.057 0.026 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 14 K 0.314 0.379 0.013 0.029 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.019 0.061 0.027 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 15 V 0.330 0.408 0.011 0.034 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.033 0.045 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 16 V 0.215 0.323 0.028 0.062 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.043 0.042 0.167 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 17 K 0.264 0.264 0.033 0.095 0.115 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 0.028 0.037 0.050 0.046 0.003 0.009 0.006 0.006 0.009 18 L 0.141 0.120 0.076 0.079 0.206 0.003 0.017 0.005 0.001 0.002 0.008 0.007 0.018 0.022 0.149 0.038 0.031 0.033 0.023 0.019 0.003 19 H 0.030 0.041 0.102 0.111 0.098 0.004 0.070 0.012 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.008 0.108 0.026 0.094 0.043 0.065 0.165 0.002 20 G 0.014 0.011 0.041 0.037 0.182 0.003 0.080 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.039 0.022 0.176 0.134 0.080 0.158 0.001 21 T 0.003 0.004 0.026 0.031 0.048 0.003 0.105 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.009 0.267 0.058 0.081 0.289 0.001 22 G 0.002 0.002 0.013 0.012 0.035 0.005 0.089 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.416 0.080 0.046 0.098 0.001 23 A 0.002 0.002 0.009 0.009 0.020 0.006 0.061 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.140 0.023 0.022 0.030 0.001 24 L 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.004 0.020 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.090 0.007 0.008 0.006 0.001 25 K 0.007 0.005 0.004 0.008 0.008 0.003 0.014 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.003 0.004 0.002 0.001 26 R 0.007 0.005 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.003 0.001 0.001 27 R 0.005 0.004 0.001 0.002 0.003 0.010 0.014 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.003 0.002 0.001 28 I 0.003 0.006 0.001 0.002 0.007 0.015 0.023 0.877 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.029 0.006 0.008 0.002 0.001 29 M 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.014 0.045 0.757 0.060 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.060 0.004 0.010 0.004 0.001 30 D 0.003 0.004 0.020 0.035 0.015 0.011 0.152 0.031 0.462 0.164 0.002 0.001 0.003 0.006 0.008 0.004 0.054 0.009 0.007 0.008 0.001 31 M 0.002 0.003 0.003 0.004 0.021 0.009 0.708 0.008 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.025 0.036 0.032 0.112 0.002 32 G 0.001 0.001 0.015 0.029 0.009 0.004 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.032 0.478 0.181 0.193 0.002 33 I 0.002 0.005 0.020 0.013 0.199 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.135 0.086 0.082 0.226 0.192 0.002 34 T 0.004 0.003 0.122 0.045 0.019 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.103 0.015 0.026 0.010 0.246 0.380 0.002 35 R 0.002 0.002 0.024 0.099 0.169 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.024 0.060 0.358 0.017 0.032 0.145 0.004 36 G 0.009 0.029 0.035 0.026 0.066 0.003 0.549 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.016 0.068 0.036 0.016 0.080 0.018 0.018 0.008 37 C 0.069 0.055 0.173 0.088 0.125 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.013 0.014 0.018 0.036 0.100 0.141 0.011 0.019 0.052 0.054 0.014 38 E 0.074 0.156 0.081 0.092 0.203 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.046 0.080 0.089 0.072 0.004 0.004 0.005 0.006 0.047 39 I 0.185 0.268 0.028 0.034 0.103 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.029 0.069 0.083 0.041 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 40 Y 0.176 0.296 0.047 0.073 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.027 0.076 0.068 0.118 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 41 I 0.223 0.283 0.008 0.026 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.032 0.061 0.128 0.011 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 42 R 0.225 0.165 0.044 0.043 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.031 0.081 0.307 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 43 K 0.180 0.214 0.044 0.124 0.124 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.019 0.016 0.037 0.056 0.065 0.043 0.011 0.008 0.010 0.017 0.011 44 V 0.087 0.097 0.041 0.037 0.240 0.005 0.056 0.004 0.001 0.001 0.014 0.014 0.033 0.032 0.107 0.073 0.080 0.036 0.022 0.014 0.005 45 A 0.039 0.032 0.173 0.130 0.049 0.003 0.035 0.006 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.010 0.127 0.022 0.036 0.047 0.104 0.164 0.004 46 P 0.017 0.008 0.019 0.020 0.368 0.003 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.015 0.030 0.150 0.050 0.099 0.190 0.001 47 L 0.007 0.009 0.047 0.085 0.047 0.005 0.144 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.055 0.010 0.261 0.071 0.104 0.137 0.001 48 G 0.007 0.008 0.030 0.021 0.104 0.004 0.262 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.003 0.023 0.015 0.213 0.073 0.082 0.136 0.001 49 D 0.014 0.011 0.115 0.082 0.043 0.001 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.028 0.018 0.071 0.027 0.119 0.391 0.003 50 P 0.023 0.038 0.022 0.026 0.384 0.002 0.061 0.008 0.001 0.001 0.006 0.008 0.013 0.012 0.029 0.069 0.168 0.042 0.031 0.048 0.010 51 I 0.116 0.203 0.176 0.099 0.042 0.002 0.033 0.016 0.001 0.001 0.018 0.016 0.041 0.028 0.110 0.024 0.016 0.007 0.015 0.008 0.028 52 Q 0.167 0.235 0.041 0.045 0.174 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.035 0.034 0.070 0.058 0.026 0.034 0.002 0.003 0.006 0.002 0.052 53 I 0.269 0.272 0.032 0.039 0.063 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.037 0.072 0.089 0.028 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 54 N 0.204 0.260 0.022 0.063 0.110 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.032 0.089 0.089 0.028 0.025 0.001 0.003 0.002 0.001 0.045 55 V 0.287 0.291 0.030 0.062 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.025 0.036 0.067 0.031 0.003 0.003 0.007 0.005 0.013 56 R 0.142 0.168 0.105 0.140 0.069 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.024 0.038 0.170 0.034 0.018 0.007 0.010 0.029 0.008 57 G 0.112 0.185 0.026 0.033 0.211 0.001 0.102 0.003 0.001 0.001 0.013 0.017 0.031 0.032 0.053 0.068 0.040 0.032 0.012 0.015 0.011 58 Y 0.111 0.165 0.167 0.067 0.068 0.002 0.029 0.014 0.001 0.001 0.013 0.013 0.032 0.035 0.158 0.036 0.020 0.026 0.015 0.016 0.013 59 E 0.173 0.179 0.042 0.036 0.303 0.002 0.012 0.020 0.001 0.001 0.014 0.020 0.041 0.040 0.047 0.027 0.011 0.006 0.008 0.006 0.011 60 L 0.224 0.208 0.047 0.065 0.087 0.004 0.011 0.033 0.005 0.001 0.023 0.021 0.062 0.075 0.090 0.013 0.006 0.006 0.007 0.004 0.008 61 S 0.166 0.154 0.035 0.093 0.154 0.007 0.024 0.056 0.006 0.002 0.021 0.024 0.062 0.043 0.076 0.019 0.017 0.012 0.014 0.008 0.008 62 L 0.117 0.163 0.064 0.084 0.090 0.008 0.040 0.077 0.016 0.001 0.025 0.020 0.055 0.040 0.073 0.024 0.027 0.019 0.019 0.032 0.006 63 R 0.084 0.072 0.037 0.045 0.188 0.007 0.048 0.150 0.013 0.002 0.006 0.007 0.014 0.013 0.044 0.028 0.062 0.035 0.055 0.085 0.003 64 K 0.019 0.025 0.029 0.068 0.062 0.007 0.030 0.223 0.007 0.002 0.003 0.003 0.007 0.006 0.041 0.012 0.351 0.019 0.031 0.053 0.001 65 S 0.016 0.015 0.011 0.015 0.035 0.026 0.116 0.580 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.004 0.082 0.023 0.027 0.029 0.001 66 A 0.017 0.019 0.017 0.032 0.033 0.020 0.111 0.540 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.003 0.093 0.033 0.035 0.021 0.001 67 A 0.023 0.026 0.017 0.026 0.063 0.013 0.095 0.523 0.010 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.007 0.088 0.024 0.033 0.024 0.002 68 E 0.041 0.049 0.042 0.072 0.044 0.017 0.128 0.389 0.009 0.009 0.002 0.002 0.004 0.004 0.022 0.005 0.094 0.014 0.026 0.023 0.004 69 M 0.055 0.115 0.032 0.088 0.129 0.013 0.167 0.155 0.025 0.011 0.010 0.007 0.021 0.014 0.014 0.027 0.046 0.023 0.015 0.014 0.018 70 I 0.115 0.159 0.062 0.074 0.099 0.007 0.060 0.096 0.016 0.006 0.013 0.010 0.024 0.040 0.054 0.034 0.020 0.025 0.034 0.024 0.028 71 E 0.082 0.154 0.085 0.131 0.139 0.003 0.013 0.043 0.008 0.002 0.013 0.013 0.037 0.046 0.045 0.062 0.012 0.022 0.026 0.017 0.046 72 V 0.115 0.175 0.037 0.051 0.208 0.003 0.010 0.021 0.012 0.002 0.020 0.019 0.052 0.074 0.043 0.076 0.010 0.014 0.018 0.011 0.030 73 E 0.095 0.120 0.124 0.139 0.088 0.002 0.011 0.013 0.011 0.002 0.015 0.016 0.052 0.068 0.156 0.018 0.014 0.008 0.016 0.020 0.012