# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.024 0.383 0.008 0.049 0.058 0.008 0.003 0.059 0.093 0.087 0.046 0.158 2 F 0.014 0.059 0.395 0.009 0.013 0.023 0.006 0.002 0.021 0.140 0.019 0.239 0.061 3 S 0.006 0.022 0.639 0.004 0.024 0.023 0.002 0.001 0.017 0.056 0.021 0.025 0.160 4 L 0.004 0.012 0.241 0.014 0.388 0.110 0.001 0.001 0.005 0.048 0.068 0.039 0.068 5 R 0.002 0.003 0.073 0.022 0.417 0.115 0.001 0.001 0.006 0.051 0.278 0.018 0.014 6 D 0.007 0.015 0.116 0.003 0.254 0.086 0.001 0.001 0.011 0.111 0.307 0.025 0.061 7 A 0.010 0.070 0.454 0.005 0.071 0.063 0.001 0.002 0.016 0.127 0.053 0.066 0.061 8 K 0.012 0.045 0.566 0.005 0.034 0.034 0.003 0.001 0.011 0.079 0.074 0.047 0.089 9 C 0.002 0.005 0.060 0.029 0.049 0.022 0.001 0.001 0.005 0.084 0.710 0.014 0.018 10 G 0.002 0.002 0.100 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.125 0.708 0.006 0.010 11 Q 0.017 0.007 0.400 0.023 0.011 0.002 0.005 0.001 0.031 0.204 0.048 0.195 0.058 12 T 0.077 0.020 0.073 0.007 0.003 0.001 0.018 0.006 0.121 0.034 0.006 0.037 0.596 13 V 0.231 0.007 0.077 0.058 0.001 0.001 0.060 0.021 0.073 0.017 0.001 0.387 0.068 14 K 0.361 0.001 0.018 0.036 0.001 0.001 0.141 0.039 0.045 0.002 0.001 0.206 0.148 15 V 0.386 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.190 0.121 0.049 0.001 0.001 0.017 0.226 16 V 0.603 0.001 0.002 0.088 0.001 0.001 0.077 0.051 0.015 0.001 0.001 0.148 0.014 17 K 0.526 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.072 0.036 0.056 0.002 0.001 0.062 0.223 18 L 0.276 0.014 0.092 0.012 0.004 0.005 0.091 0.040 0.099 0.020 0.023 0.081 0.241 19 H 0.097 0.028 0.273 0.053 0.009 0.010 0.011 0.005 0.051 0.130 0.105 0.149 0.079 20 G 0.009 0.007 0.277 0.004 0.020 0.033 0.002 0.001 0.006 0.289 0.277 0.019 0.054 21 T 0.001 0.005 0.190 0.004 0.023 0.093 0.001 0.001 0.002 0.257 0.408 0.008 0.007 22 G 0.002 0.007 0.141 0.003 0.037 0.423 0.001 0.001 0.001 0.172 0.193 0.009 0.011 23 A 0.001 0.005 0.056 0.001 0.025 0.811 0.001 0.001 0.001 0.038 0.045 0.005 0.012 24 L 0.001 0.003 0.027 0.001 0.036 0.898 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.004 0.008 25 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 28 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 29 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.001 0.001 30 D 0.008 0.002 0.027 0.003 0.088 0.705 0.001 0.001 0.001 0.015 0.133 0.008 0.008 31 M 0.008 0.002 0.063 0.008 0.036 0.347 0.001 0.001 0.003 0.069 0.449 0.009 0.008 32 G 0.014 0.009 0.148 0.004 0.013 0.040 0.002 0.001 0.005 0.146 0.556 0.040 0.023 33 I 0.014 0.073 0.536 0.003 0.031 0.031 0.002 0.003 0.017 0.097 0.102 0.012 0.080 34 T 0.005 0.026 0.613 0.006 0.012 0.007 0.002 0.001 0.019 0.144 0.029 0.091 0.046 35 R 0.001 0.003 0.033 0.130 0.020 0.006 0.001 0.002 0.010 0.101 0.659 0.011 0.024 36 G 0.001 0.001 0.026 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.861 0.003 0.003 37 C 0.021 0.006 0.501 0.019 0.008 0.001 0.018 0.007 0.115 0.129 0.010 0.119 0.046 38 E 0.114 0.017 0.049 0.006 0.001 0.001 0.045 0.022 0.298 0.022 0.002 0.040 0.382 39 I 0.350 0.005 0.016 0.032 0.001 0.001 0.175 0.104 0.083 0.004 0.001 0.179 0.052 40 Y 0.345 0.001 0.008 0.040 0.001 0.001 0.261 0.061 0.041 0.001 0.001 0.136 0.105 41 I 0.396 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.131 0.092 0.053 0.001 0.001 0.043 0.264 42 R 0.448 0.001 0.008 0.265 0.001 0.001 0.033 0.008 0.017 0.003 0.003 0.159 0.052 43 K 0.220 0.002 0.037 0.005 0.008 0.002 0.015 0.002 0.045 0.016 0.010 0.377 0.261 44 V 0.104 0.030 0.110 0.009 0.007 0.002 0.013 0.002 0.038 0.045 0.031 0.023 0.587 45 A 0.004 0.009 0.140 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.001 0.748 0.009 46 P 0.006 0.008 0.247 0.001 0.041 0.003 0.001 0.001 0.002 0.057 0.087 0.004 0.542 47 L 0.004 0.010 0.148 0.018 0.076 0.007 0.001 0.001 0.001 0.225 0.413 0.088 0.010 48 G 0.007 0.013 0.263 0.006 0.065 0.002 0.001 0.001 0.003 0.299 0.238 0.012 0.091 49 D 0.003 0.004 0.639 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.220 0.066 0.028 0.024 50 P 0.011 0.012 0.472 0.054 0.007 0.001 0.004 0.001 0.022 0.132 0.170 0.028 0.087 51 I 0.192 0.007 0.242 0.043 0.008 0.001 0.041 0.002 0.039 0.063 0.076 0.152 0.135 52 Q 0.520 0.005 0.013 0.013 0.001 0.001 0.057 0.016 0.024 0.006 0.001 0.170 0.175 53 I 0.670 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.078 0.019 0.009 0.001 0.001 0.108 0.109 54 N 0.697 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.064 0.027 0.014 0.001 0.001 0.082 0.099 55 V 0.365 0.002 0.055 0.026 0.001 0.001 0.040 0.013 0.032 0.005 0.006 0.146 0.308 56 R 0.079 0.001 0.044 0.337 0.002 0.003 0.012 0.003 0.025 0.067 0.242 0.117 0.068 57 G 0.068 0.004 0.050 0.070 0.008 0.003 0.006 0.001 0.015 0.200 0.446 0.042 0.088 58 Y 0.209 0.012 0.136 0.034 0.008 0.005 0.016 0.002 0.017 0.129 0.043 0.287 0.101 59 E 0.425 0.019 0.028 0.010 0.005 0.003 0.025 0.006 0.014 0.011 0.004 0.087 0.363 60 L 0.592 0.005 0.013 0.023 0.002 0.007 0.054 0.008 0.010 0.004 0.003 0.147 0.133 61 S 0.502 0.004 0.018 0.047 0.003 0.010 0.027 0.004 0.006 0.003 0.004 0.184 0.188 62 L 0.379 0.006 0.032 0.007 0.009 0.041 0.011 0.002 0.006 0.007 0.014 0.102 0.384 63 R 0.115 0.007 0.195 0.040 0.027 0.128 0.003 0.001 0.013 0.060 0.050 0.143 0.220 64 K 0.043 0.005 0.092 0.010 0.171 0.364 0.001 0.001 0.003 0.079 0.078 0.049 0.106 65 S 0.015 0.004 0.056 0.015 0.159 0.366 0.001 0.001 0.003 0.077 0.240 0.028 0.036 66 A 0.030 0.009 0.106 0.017 0.101 0.305 0.003 0.001 0.007 0.066 0.238 0.047 0.071 67 A 0.079 0.008 0.247 0.025 0.085 0.193 0.005 0.002 0.020 0.063 0.072 0.043 0.158 68 E 0.084 0.008 0.141 0.058 0.039 0.094 0.012 0.005 0.043 0.094 0.116 0.226 0.080 69 M 0.119 0.004 0.138 0.015 0.019 0.057 0.031 0.024 0.122 0.045 0.070 0.031 0.325 70 I 0.248 0.007 0.066 0.058 0.003 0.014 0.071 0.036 0.075 0.026 0.008 0.332 0.057 71 E 0.186 0.006 0.070 0.007 0.003 0.010 0.102 0.052 0.149 0.015 0.008 0.143 0.250 72 V 0.137 0.024 0.141 0.017 0.004 0.012 0.081 0.062 0.135 0.024 0.017 0.057 0.289 73 E 0.013 0.008 0.511 0.032 0.004 0.008 0.010 0.008 0.114 0.064 0.012 0.185 0.031