# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.029 0.131 0.680 2 F 0.022 0.048 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.048 0.132 0.588 3 S 0.111 0.132 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.080 0.069 0.118 0.472 4 L 0.519 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.047 0.070 0.270 5 R 0.091 0.035 0.003 0.002 0.003 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.044 0.108 0.597 6 D 0.020 0.009 0.015 0.001 0.033 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.032 0.069 0.733 7 A 0.091 0.003 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.051 0.098 0.609 8 K 0.636 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.071 0.034 0.226 9 C 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.042 0.114 0.784 10 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.024 0.093 0.724 11 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.069 0.034 0.099 12 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.014 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.373 0.091 0.062 0.402 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.025 0.009 0.002 0.826 0.034 0.007 0.049 14 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.058 0.064 0.012 0.665 0.096 0.006 0.059 15 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.826 0.059 0.013 0.076 16 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.031 0.013 0.098 17 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.016 0.059 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.576 0.046 0.040 0.216 18 L 0.010 0.003 0.007 0.001 0.065 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.065 0.073 0.347 19 H 0.128 0.020 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.036 0.080 0.576 20 G 0.365 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.037 0.038 0.447 21 T 0.060 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.053 0.045 0.430 22 G 0.037 0.720 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.019 0.153 23 A 0.026 0.746 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.063 0.014 0.071 24 L 0.025 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.008 0.038 25 K 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.004 0.013 26 R 0.013 0.890 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.008 0.028 27 R 0.039 0.688 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.142 0.016 0.049 28 I 0.085 0.181 0.259 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.329 0.029 0.075 29 M 0.627 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.034 0.247 30 D 0.041 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.025 0.065 0.822 31 M 0.006 0.005 0.004 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.031 0.133 0.744 32 G 0.016 0.008 0.016 0.001 0.020 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.050 0.124 0.673 33 I 0.015 0.003 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.026 0.116 0.778 34 T 0.727 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.046 0.024 0.165 35 R 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.047 0.059 0.138 0.708 36 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.021 0.095 0.708 37 C 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.028 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.077 0.054 0.218 38 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.434 0.093 0.060 0.328 39 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.016 0.006 0.002 0.761 0.047 0.020 0.107 40 Y 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.038 0.035 0.008 0.665 0.099 0.012 0.095 41 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.809 0.036 0.024 0.110 42 R 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.511 0.045 0.041 0.345 43 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.683 0.027 0.050 0.166 44 V 0.013 0.001 0.003 0.001 0.017 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.023 0.109 0.649 45 A 0.110 0.001 0.005 0.001 0.101 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.088 0.076 0.337 46 P 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.054 0.075 0.674 47 L 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.029 0.116 0.771 48 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.014 0.152 0.776 49 D 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.070 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.202 0.084 0.109 0.401 50 P 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.020 0.025 0.002 0.017 0.005 0.002 0.004 0.092 0.084 0.085 0.478 51 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.039 0.035 0.016 0.005 0.725 0.050 0.014 0.091 52 Q 0.004 0.006 0.002 0.002 0.012 0.041 0.046 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.051 0.057 0.096 0.021 0.302 0.081 0.023 0.236 53 I 0.001 0.002 0.008 0.001 0.158 0.025 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.005 0.640 0.036 0.012 0.078 54 N 0.085 0.008 0.007 0.001 0.041 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.476 0.117 0.023 0.228 55 V 0.444 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.091 0.039 0.319 56 R 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.035 0.109 0.675 57 G 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.353 0.043 0.063 0.504 58 Y 0.008 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.359 0.106 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.078 0.039 0.167 59 E 0.018 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.052 0.077 0.003 0.022 0.005 0.002 0.004 0.359 0.110 0.039 0.209 60 L 0.010 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.141 0.061 0.017 0.004 0.380 0.053 0.036 0.244 61 S 0.015 0.029 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.070 0.069 0.015 0.340 0.149 0.043 0.227 62 L 0.011 0.065 0.022 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.264 0.180 0.087 0.347 63 R 0.095 0.385 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.047 0.063 0.286 64 K 0.227 0.320 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.095 0.054 0.259 65 S 0.062 0.256 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.122 0.086 0.383 66 A 0.201 0.236 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.061 0.056 0.309 67 A 0.160 0.053 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.096 0.090 0.451 68 E 0.027 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.053 0.071 0.443 69 M 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.365 0.039 0.064 0.508 70 I 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.682 0.031 0.048 0.222 71 E 0.011 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.683 0.038 0.030 0.218 72 V 0.011 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.029 0.069 0.472 73 E 0.088 0.013 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.314 0.046 0.060 0.467