# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.032 0.002 0.027 0.031 0.043 0.091 0.002 0.001 0.052 0.676 2 F 0.004 0.014 0.002 0.033 0.234 0.189 0.106 0.001 0.001 0.033 0.384 3 S 0.125 0.171 0.003 0.028 0.050 0.112 0.057 0.009 0.001 0.053 0.392 4 L 0.342 0.044 0.002 0.009 0.039 0.049 0.078 0.010 0.002 0.038 0.387 5 R 0.036 0.030 0.003 0.014 0.061 0.122 0.090 0.002 0.001 0.040 0.600 6 D 0.037 0.008 0.012 0.019 0.046 0.160 0.070 0.002 0.003 0.064 0.579 7 A 0.123 0.002 0.003 0.012 0.072 0.078 0.116 0.002 0.001 0.046 0.547 8 K 0.421 0.001 0.003 0.009 0.020 0.024 0.052 0.003 0.001 0.056 0.410 9 C 0.007 0.001 0.001 0.014 0.018 0.024 0.099 0.001 0.001 0.019 0.817 10 G 0.016 0.001 0.001 0.012 0.017 0.021 0.071 0.001 0.001 0.017 0.843 11 Q 0.005 0.001 0.001 0.040 0.381 0.186 0.080 0.001 0.001 0.029 0.278 12 T 0.001 0.001 0.001 0.126 0.105 0.232 0.075 0.001 0.001 0.048 0.411 13 V 0.001 0.001 0.001 0.068 0.370 0.409 0.028 0.001 0.001 0.015 0.109 14 K 0.003 0.004 0.001 0.319 0.206 0.311 0.015 0.001 0.001 0.017 0.124 15 V 0.004 0.002 0.001 0.082 0.346 0.320 0.030 0.001 0.001 0.029 0.186 16 V 0.008 0.003 0.001 0.200 0.210 0.322 0.044 0.001 0.001 0.027 0.184 17 K 0.020 0.002 0.001 0.204 0.123 0.227 0.072 0.001 0.001 0.067 0.282 18 L 0.013 0.002 0.001 0.172 0.081 0.095 0.117 0.001 0.001 0.042 0.474 19 H 0.070 0.025 0.001 0.040 0.050 0.048 0.095 0.004 0.001 0.033 0.634 20 G 0.084 0.107 0.002 0.015 0.016 0.017 0.073 0.007 0.001 0.048 0.630 21 T 0.037 0.509 0.002 0.004 0.008 0.008 0.042 0.005 0.001 0.037 0.348 22 G 0.034 0.748 0.002 0.004 0.007 0.010 0.019 0.005 0.001 0.045 0.126 23 A 0.022 0.772 0.002 0.005 0.005 0.011 0.018 0.005 0.001 0.061 0.100 24 L 0.009 0.932 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.004 0.001 0.009 0.034 25 K 0.014 0.872 0.002 0.001 0.004 0.007 0.005 0.003 0.001 0.057 0.034 26 R 0.029 0.833 0.006 0.001 0.005 0.009 0.008 0.002 0.001 0.055 0.050 27 R 0.083 0.670 0.018 0.006 0.007 0.015 0.025 0.014 0.005 0.077 0.081 28 I 0.130 0.100 0.176 0.013 0.009 0.024 0.035 0.087 0.116 0.187 0.122 29 M 0.601 0.049 0.011 0.012 0.015 0.018 0.037 0.010 0.009 0.025 0.214 30 D 0.047 0.013 0.003 0.006 0.010 0.019 0.051 0.003 0.001 0.021 0.825 31 M 0.009 0.007 0.002 0.029 0.027 0.027 0.136 0.001 0.001 0.043 0.718 32 G 0.025 0.008 0.020 0.078 0.070 0.097 0.142 0.003 0.005 0.096 0.456 33 I 0.015 0.001 0.001 0.011 0.031 0.032 0.127 0.001 0.001 0.024 0.757 34 T 0.370 0.003 0.002 0.059 0.026 0.029 0.072 0.004 0.001 0.088 0.348 35 R 0.014 0.002 0.001 0.037 0.008 0.025 0.153 0.001 0.001 0.032 0.728 36 G 0.003 0.001 0.001 0.066 0.010 0.032 0.149 0.001 0.001 0.025 0.714 37 C 0.001 0.002 0.001 0.234 0.227 0.244 0.070 0.001 0.001 0.020 0.201 38 E 0.002 0.009 0.001 0.385 0.102 0.219 0.037 0.001 0.001 0.041 0.205 39 I 0.002 0.007 0.001 0.184 0.349 0.253 0.027 0.001 0.001 0.042 0.135 40 Y 0.005 0.017 0.001 0.449 0.169 0.264 0.011 0.001 0.001 0.025 0.057 41 I 0.015 0.016 0.001 0.181 0.185 0.321 0.040 0.003 0.001 0.041 0.197 42 R 0.088 0.007 0.002 0.138 0.181 0.225 0.061 0.003 0.001 0.081 0.213 43 K 0.017 0.011 0.002 0.197 0.140 0.217 0.073 0.001 0.001 0.036 0.305 44 V 0.033 0.009 0.009 0.026 0.037 0.056 0.089 0.003 0.002 0.045 0.691 45 A 0.311 0.005 0.008 0.034 0.117 0.090 0.089 0.009 0.002 0.085 0.249 46 P 0.179 0.003 0.001 0.010 0.010 0.017 0.092 0.002 0.001 0.036 0.651 47 L 0.005 0.001 0.001 0.020 0.022 0.047 0.165 0.001 0.001 0.023 0.717 48 G 0.011 0.004 0.001 0.019 0.008 0.022 0.117 0.001 0.001 0.022 0.794 49 D 0.117 0.014 0.001 0.060 0.117 0.121 0.120 0.004 0.001 0.082 0.364 50 P 0.005 0.010 0.001 0.053 0.045 0.085 0.149 0.001 0.001 0.051 0.602 51 I 0.003 0.006 0.001 0.175 0.161 0.427 0.043 0.001 0.001 0.031 0.154 52 Q 0.007 0.009 0.001 0.247 0.116 0.339 0.035 0.001 0.001 0.055 0.191 53 I 0.002 0.002 0.002 0.210 0.293 0.251 0.038 0.001 0.001 0.031 0.171 54 N 0.060 0.006 0.004 0.073 0.269 0.341 0.026 0.002 0.001 0.062 0.156 55 V 0.474 0.012 0.001 0.057 0.043 0.059 0.056 0.004 0.001 0.059 0.234 56 R 0.017 0.014 0.001 0.034 0.044 0.087 0.121 0.002 0.001 0.027 0.654 57 G 0.005 0.009 0.002 0.038 0.070 0.178 0.097 0.001 0.001 0.071 0.530 58 Y 0.004 0.014 0.001 0.060 0.444 0.249 0.036 0.001 0.001 0.049 0.144 59 E 0.014 0.109 0.001 0.069 0.229 0.265 0.030 0.005 0.001 0.101 0.176 60 L 0.024 0.125 0.001 0.065 0.214 0.226 0.034 0.005 0.001 0.062 0.244 61 S 0.019 0.035 0.003 0.103 0.149 0.241 0.035 0.001 0.001 0.220 0.193 62 L 0.002 0.028 0.005 0.129 0.201 0.205 0.062 0.001 0.001 0.077 0.290 63 R 0.187 0.450 0.003 0.014 0.037 0.030 0.038 0.019 0.001 0.036 0.186 64 K 0.479 0.314 0.005 0.002 0.008 0.007 0.023 0.013 0.002 0.049 0.096 65 S 0.036 0.332 0.018 0.004 0.007 0.023 0.074 0.005 0.003 0.070 0.429 66 A 0.138 0.227 0.020 0.020 0.019 0.093 0.079 0.011 0.002 0.060 0.331 67 A 0.169 0.033 0.011 0.028 0.037 0.089 0.117 0.013 0.007 0.078 0.419 68 E 0.026 0.008 0.003 0.036 0.168 0.244 0.060 0.002 0.001 0.023 0.429 69 M 0.011 0.003 0.001 0.059 0.082 0.225 0.058 0.001 0.001 0.038 0.520 70 I 0.004 0.001 0.001 0.113 0.313 0.159 0.079 0.001 0.001 0.019 0.311 71 E 0.005 0.002 0.001 0.147 0.249 0.299 0.047 0.001 0.001 0.023 0.227 72 V 0.007 0.001 0.001 0.074 0.122 0.109 0.094 0.001 0.001 0.023 0.569 73 E 0.040 0.004 0.001 0.156 0.123 0.114 0.088 0.002 0.001 0.037 0.435