# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.021 0.027 0.057 0.088 0.124 0.036 0.609 2 F 0.015 0.027 0.054 0.135 0.156 0.104 0.025 0.484 3 S 0.136 0.090 0.023 0.042 0.079 0.081 0.114 0.434 4 L 0.275 0.066 0.016 0.032 0.041 0.085 0.088 0.397 5 R 0.077 0.038 0.026 0.050 0.061 0.097 0.051 0.602 6 D 0.036 0.007 0.027 0.041 0.093 0.094 0.080 0.622 7 A 0.183 0.002 0.016 0.033 0.038 0.106 0.039 0.582 8 K 0.285 0.001 0.009 0.028 0.021 0.065 0.090 0.501 9 C 0.010 0.001 0.005 0.002 0.009 0.110 0.012 0.851 10 G 0.037 0.001 0.020 0.013 0.023 0.163 0.015 0.728 11 Q 0.001 0.001 0.095 0.193 0.351 0.056 0.022 0.280 12 T 0.002 0.002 0.166 0.092 0.263 0.041 0.111 0.322 13 V 0.002 0.003 0.151 0.325 0.328 0.025 0.030 0.137 14 K 0.002 0.002 0.317 0.299 0.265 0.013 0.032 0.069 15 V 0.006 0.002 0.140 0.317 0.350 0.021 0.046 0.117 16 V 0.015 0.003 0.162 0.297 0.315 0.037 0.028 0.143 17 K 0.020 0.002 0.145 0.128 0.270 0.078 0.046 0.311 18 L 0.022 0.003 0.063 0.109 0.118 0.116 0.035 0.535 19 H 0.068 0.019 0.047 0.057 0.057 0.135 0.047 0.568 20 G 0.105 0.138 0.012 0.011 0.018 0.102 0.069 0.544 21 T 0.072 0.387 0.005 0.006 0.010 0.070 0.070 0.380 22 G 0.046 0.615 0.005 0.013 0.016 0.040 0.077 0.189 23 A 0.020 0.716 0.008 0.010 0.017 0.027 0.097 0.106 24 L 0.011 0.904 0.004 0.006 0.008 0.008 0.018 0.039 25 K 0.021 0.909 0.005 0.004 0.008 0.006 0.012 0.035 26 R 0.019 0.906 0.005 0.004 0.008 0.006 0.013 0.039 27 R 0.062 0.654 0.029 0.021 0.032 0.025 0.063 0.113 28 I 0.117 0.160 0.121 0.026 0.030 0.055 0.276 0.215 29 M 0.432 0.059 0.024 0.022 0.024 0.080 0.083 0.277 30 D 0.045 0.013 0.011 0.012 0.033 0.073 0.059 0.755 31 M 0.011 0.006 0.018 0.010 0.014 0.162 0.036 0.744 32 G 0.010 0.003 0.094 0.111 0.166 0.116 0.071 0.429 33 I 0.027 0.001 0.025 0.028 0.036 0.091 0.027 0.765 34 T 0.688 0.002 0.011 0.007 0.006 0.038 0.084 0.163 35 R 0.017 0.003 0.025 0.006 0.023 0.137 0.020 0.768 36 G 0.011 0.001 0.038 0.010 0.038 0.124 0.024 0.753 37 C 0.002 0.002 0.097 0.371 0.301 0.047 0.027 0.155 38 E 0.001 0.003 0.209 0.119 0.319 0.034 0.082 0.232 39 I 0.003 0.002 0.093 0.421 0.274 0.024 0.056 0.126 40 Y 0.003 0.002 0.216 0.342 0.359 0.009 0.020 0.049 41 I 0.013 0.002 0.116 0.291 0.317 0.032 0.038 0.192 42 R 0.039 0.002 0.144 0.306 0.277 0.046 0.031 0.155 43 K 0.011 0.003 0.085 0.106 0.341 0.069 0.022 0.363 44 V 0.028 0.003 0.047 0.118 0.114 0.117 0.033 0.541 45 A 0.079 0.004 0.065 0.157 0.153 0.103 0.032 0.407 46 P 0.134 0.004 0.014 0.015 0.030 0.104 0.059 0.640 47 L 0.050 0.003 0.012 0.027 0.046 0.171 0.040 0.650 48 G 0.008 0.003 0.010 0.014 0.031 0.136 0.016 0.782 49 D 0.024 0.010 0.035 0.109 0.149 0.136 0.135 0.403 50 P 0.007 0.005 0.061 0.091 0.299 0.084 0.086 0.368 51 I 0.003 0.003 0.061 0.355 0.401 0.023 0.028 0.126 52 Q 0.003 0.002 0.118 0.222 0.403 0.024 0.059 0.169 53 I 0.003 0.001 0.128 0.495 0.220 0.024 0.032 0.099 54 N 0.005 0.001 0.175 0.192 0.418 0.027 0.021 0.162 55 V 0.238 0.006 0.051 0.127 0.080 0.086 0.071 0.342 56 R 0.083 0.021 0.045 0.057 0.116 0.122 0.051 0.505 57 G 0.018 0.017 0.021 0.025 0.152 0.095 0.051 0.621 58 Y 0.006 0.026 0.026 0.256 0.429 0.046 0.057 0.153 59 E 0.010 0.157 0.035 0.255 0.269 0.032 0.070 0.172 60 L 0.016 0.160 0.025 0.229 0.263 0.024 0.148 0.134 61 S 0.021 0.117 0.032 0.186 0.203 0.027 0.298 0.115 62 L 0.025 0.215 0.046 0.154 0.204 0.042 0.153 0.161 63 R 0.062 0.575 0.019 0.062 0.073 0.025 0.041 0.142 64 K 0.144 0.360 0.018 0.036 0.050 0.049 0.058 0.285 65 S 0.085 0.233 0.021 0.024 0.032 0.083 0.134 0.388 66 A 0.090 0.185 0.018 0.023 0.058 0.098 0.142 0.386 67 A 0.073 0.065 0.027 0.018 0.029 0.116 0.115 0.555 68 E 0.034 0.048 0.075 0.083 0.140 0.099 0.094 0.426 69 M 0.019 0.020 0.055 0.027 0.079 0.069 0.066 0.665 70 I 0.012 0.010 0.179 0.231 0.168 0.073 0.035 0.291 71 E 0.016 0.006 0.207 0.077 0.149 0.067 0.072 0.406 72 V 0.026 0.003 0.132 0.104 0.082 0.099 0.062 0.492 73 E 0.016 0.004 0.258 0.045 0.095 0.087 0.050 0.445