# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.249 0.118 0.064 0.136 0.114 0.086 0.099 0.063 0.037 0.023 0.011 2 F 0.096 0.047 0.041 0.076 0.084 0.120 0.177 0.123 0.112 0.080 0.042 3 S 0.093 0.230 0.102 0.252 0.144 0.066 0.059 0.029 0.014 0.007 0.003 4 L 0.007 0.005 0.008 0.016 0.032 0.050 0.108 0.140 0.202 0.215 0.216 5 R 0.160 0.164 0.134 0.232 0.147 0.065 0.050 0.027 0.012 0.006 0.002 6 D 0.091 0.147 0.108 0.269 0.149 0.082 0.080 0.040 0.019 0.010 0.005 7 A 0.016 0.007 0.007 0.011 0.018 0.037 0.080 0.087 0.204 0.249 0.284 8 K 0.186 0.376 0.098 0.194 0.087 0.027 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 9 C 0.060 0.078 0.064 0.123 0.122 0.150 0.160 0.098 0.071 0.048 0.026 10 G 0.492 0.188 0.039 0.099 0.066 0.038 0.035 0.021 0.011 0.007 0.004 11 Q 0.140 0.129 0.046 0.136 0.102 0.117 0.146 0.094 0.052 0.028 0.010 12 T 0.106 0.144 0.081 0.244 0.177 0.107 0.071 0.038 0.018 0.009 0.005 13 V 0.020 0.009 0.013 0.021 0.031 0.058 0.127 0.152 0.208 0.199 0.163 14 K 0.033 0.148 0.093 0.330 0.214 0.092 0.055 0.021 0.009 0.003 0.002 15 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.006 0.018 0.044 0.148 0.250 0.521 16 V 0.016 0.030 0.039 0.148 0.225 0.183 0.170 0.097 0.049 0.030 0.014 17 K 0.057 0.148 0.203 0.283 0.129 0.069 0.055 0.026 0.016 0.009 0.004 18 L 0.011 0.006 0.008 0.016 0.029 0.084 0.147 0.132 0.188 0.192 0.186 19 H 0.172 0.286 0.062 0.194 0.109 0.054 0.056 0.031 0.020 0.011 0.005 20 G 0.123 0.116 0.042 0.088 0.085 0.096 0.145 0.102 0.089 0.068 0.046 21 T 0.337 0.281 0.064 0.135 0.083 0.043 0.030 0.013 0.007 0.004 0.002 22 G 0.656 0.122 0.033 0.074 0.038 0.026 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 23 A 0.219 0.156 0.053 0.180 0.131 0.090 0.079 0.045 0.024 0.014 0.009 24 L 0.008 0.017 0.014 0.031 0.048 0.075 0.143 0.147 0.209 0.185 0.124 25 K 0.012 0.025 0.053 0.137 0.189 0.195 0.181 0.101 0.057 0.036 0.014 26 R 0.023 0.047 0.332 0.214 0.119 0.097 0.080 0.045 0.023 0.016 0.005 27 R 0.004 0.010 0.028 0.070 0.094 0.200 0.278 0.139 0.097 0.057 0.023 28 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.011 0.018 0.048 0.091 0.215 0.291 0.310 29 M 0.007 0.015 0.057 0.081 0.129 0.158 0.204 0.132 0.109 0.074 0.034 30 D 0.038 0.072 0.244 0.204 0.138 0.093 0.096 0.051 0.032 0.022 0.011 31 M 0.011 0.008 0.013 0.022 0.035 0.084 0.162 0.170 0.199 0.175 0.121 32 G 0.090 0.075 0.031 0.101 0.108 0.101 0.154 0.124 0.105 0.065 0.046 33 I 0.011 0.008 0.014 0.026 0.041 0.042 0.100 0.146 0.192 0.185 0.236 34 T 0.042 0.097 0.079 0.132 0.151 0.122 0.132 0.082 0.068 0.055 0.038 35 R 0.148 0.216 0.072 0.197 0.136 0.079 0.079 0.038 0.020 0.010 0.006 36 G 0.510 0.122 0.029 0.090 0.063 0.048 0.048 0.034 0.024 0.020 0.013 37 C 0.062 0.060 0.024 0.086 0.086 0.137 0.205 0.126 0.109 0.073 0.032 38 E 0.081 0.176 0.076 0.264 0.170 0.100 0.069 0.033 0.018 0.010 0.005 39 I 0.005 0.003 0.005 0.006 0.010 0.027 0.058 0.078 0.213 0.261 0.335 40 Y 0.039 0.125 0.075 0.296 0.232 0.103 0.072 0.032 0.016 0.007 0.004 41 I 0.002 0.002 0.006 0.007 0.012 0.013 0.034 0.071 0.183 0.247 0.421 42 R 0.021 0.040 0.046 0.155 0.222 0.158 0.134 0.095 0.059 0.041 0.028 43 K 0.083 0.096 0.105 0.186 0.118 0.096 0.117 0.082 0.062 0.038 0.016 44 V 0.052 0.054 0.042 0.124 0.124 0.150 0.166 0.109 0.079 0.057 0.042 45 A 0.047 0.041 0.027 0.065 0.068 0.079 0.141 0.144 0.163 0.125 0.099 46 P 0.205 0.201 0.081 0.153 0.103 0.069 0.072 0.045 0.033 0.023 0.015 47 L 0.067 0.054 0.036 0.096 0.108 0.107 0.152 0.119 0.115 0.078 0.069 48 G 0.521 0.159 0.041 0.093 0.056 0.036 0.037 0.023 0.016 0.011 0.006 49 D 0.041 0.055 0.029 0.113 0.118 0.135 0.182 0.122 0.102 0.062 0.041 50 P 0.045 0.048 0.031 0.088 0.112 0.102 0.125 0.134 0.123 0.106 0.086 51 I 0.018 0.023 0.022 0.058 0.075 0.105 0.197 0.170 0.158 0.115 0.060 52 Q 0.040 0.070 0.074 0.221 0.182 0.128 0.117 0.069 0.049 0.030 0.018 53 I 0.004 0.002 0.004 0.006 0.011 0.020 0.052 0.093 0.207 0.268 0.332 54 N 0.031 0.079 0.060 0.268 0.255 0.103 0.095 0.054 0.031 0.014 0.009 55 V 0.003 0.004 0.007 0.007 0.012 0.018 0.052 0.079 0.180 0.266 0.373 56 R 0.046 0.132 0.103 0.282 0.221 0.099 0.061 0.027 0.016 0.008 0.005 57 G 0.304 0.144 0.077 0.139 0.082 0.067 0.081 0.044 0.031 0.020 0.010 58 Y 0.023 0.025 0.022 0.061 0.074 0.127 0.187 0.142 0.152 0.111 0.076 59 E 0.049 0.110 0.061 0.175 0.152 0.132 0.148 0.078 0.054 0.029 0.014 60 L 0.008 0.006 0.016 0.021 0.030 0.058 0.111 0.130 0.205 0.207 0.209 61 S 0.024 0.043 0.066 0.145 0.184 0.151 0.175 0.094 0.060 0.033 0.023 62 L 0.003 0.003 0.008 0.010 0.019 0.022 0.062 0.112 0.214 0.250 0.298 63 R 0.007 0.042 0.075 0.117 0.166 0.135 0.179 0.115 0.079 0.055 0.029 64 K 0.049 0.062 0.145 0.185 0.158 0.137 0.143 0.058 0.038 0.018 0.008 65 S 0.488 0.145 0.149 0.118 0.048 0.023 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 66 A 0.062 0.127 0.117 0.204 0.146 0.094 0.135 0.065 0.030 0.013 0.006 67 A 0.035 0.017 0.036 0.044 0.064 0.085 0.184 0.168 0.145 0.136 0.086 68 E 0.042 0.144 0.520 0.187 0.065 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 69 M 0.024 0.052 0.264 0.202 0.164 0.094 0.101 0.061 0.022 0.010 0.005 70 I 0.027 0.014 0.030 0.027 0.037 0.059 0.145 0.172 0.189 0.172 0.127 71 E 0.103 0.173 0.225 0.236 0.130 0.054 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 72 V 0.066 0.036 0.118 0.081 0.106 0.079 0.158 0.154 0.090 0.064 0.048 73 E 0.123 0.105 0.130 0.169 0.148 0.084 0.111 0.066 0.036 0.018 0.010