# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.005 0.001 0.030 0.010 0.027 0.010 0.001 0.001 0.002 0.891 2 F 0.052 0.012 0.012 0.138 0.135 0.200 0.060 0.001 0.001 0.005 0.385 3 S 0.031 0.008 0.003 0.070 0.076 0.128 0.089 0.002 0.001 0.006 0.586 4 L 0.039 0.017 0.011 0.108 0.071 0.160 0.042 0.001 0.001 0.003 0.549 5 R 0.009 0.017 0.001 0.077 0.070 0.092 0.425 0.001 0.001 0.004 0.303 6 D 0.162 0.017 0.002 0.031 0.030 0.061 0.339 0.004 0.001 0.025 0.329 7 A 0.394 0.095 0.002 0.095 0.069 0.125 0.023 0.002 0.001 0.003 0.193 8 K 0.049 0.074 0.006 0.049 0.120 0.089 0.205 0.007 0.001 0.013 0.388 9 C 0.051 0.059 0.016 0.094 0.030 0.061 0.061 0.004 0.001 0.007 0.617 10 G 0.069 0.022 0.003 0.063 0.114 0.190 0.089 0.016 0.001 0.022 0.413 11 Q 0.622 0.003 0.066 0.023 0.027 0.025 0.087 0.001 0.001 0.034 0.112 12 T 0.008 0.004 0.002 0.051 0.027 0.034 0.075 0.001 0.001 0.002 0.797 13 V 0.004 0.001 0.001 0.055 0.356 0.539 0.007 0.001 0.001 0.004 0.032 14 K 0.002 0.003 0.001 0.201 0.240 0.420 0.036 0.001 0.001 0.002 0.096 15 V 0.002 0.001 0.001 0.057 0.331 0.528 0.006 0.001 0.001 0.001 0.076 16 V 0.001 0.001 0.001 0.150 0.321 0.495 0.006 0.001 0.001 0.001 0.025 17 K 0.003 0.002 0.001 0.069 0.297 0.333 0.025 0.001 0.001 0.001 0.270 18 L 0.012 0.001 0.001 0.155 0.204 0.486 0.017 0.001 0.001 0.001 0.124 19 H 0.005 0.004 0.001 0.054 0.235 0.379 0.064 0.001 0.001 0.008 0.250 20 G 0.017 0.003 0.003 0.030 0.052 0.106 0.076 0.001 0.001 0.006 0.707 21 T 0.022 0.005 0.002 0.020 0.019 0.050 0.133 0.001 0.001 0.006 0.744 22 G 0.045 0.004 0.002 0.005 0.006 0.012 0.083 0.001 0.001 0.013 0.830 23 A 0.070 0.020 0.006 0.006 0.007 0.009 0.273 0.001 0.001 0.005 0.604 24 L 0.028 0.091 0.005 0.011 0.008 0.023 0.177 0.001 0.001 0.004 0.652 25 K 0.050 0.347 0.003 0.026 0.021 0.051 0.115 0.002 0.001 0.004 0.380 26 R 0.058 0.607 0.002 0.008 0.022 0.026 0.043 0.002 0.001 0.002 0.230 27 R 0.047 0.826 0.005 0.005 0.013 0.008 0.029 0.002 0.001 0.001 0.065 28 I 0.020 0.932 0.003 0.002 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 29 M 0.007 0.949 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 30 D 0.053 0.750 0.002 0.003 0.002 0.006 0.049 0.071 0.001 0.001 0.063 31 M 0.339 0.524 0.006 0.003 0.002 0.003 0.002 0.094 0.001 0.002 0.024 32 G 0.449 0.212 0.044 0.009 0.011 0.011 0.018 0.133 0.001 0.004 0.109 33 I 0.026 0.031 0.765 0.018 0.011 0.015 0.024 0.005 0.001 0.002 0.103 34 T 0.040 0.053 0.012 0.125 0.179 0.135 0.105 0.007 0.001 0.009 0.336 35 R 0.014 0.012 0.003 0.024 0.006 0.014 0.055 0.003 0.001 0.004 0.865 36 G 0.051 0.010 0.003 0.072 0.041 0.037 0.322 0.005 0.001 0.024 0.435 37 C 0.668 0.002 0.038 0.025 0.018 0.013 0.098 0.001 0.001 0.039 0.099 38 E 0.015 0.006 0.003 0.231 0.064 0.069 0.145 0.001 0.001 0.005 0.460 39 I 0.005 0.001 0.003 0.085 0.347 0.448 0.016 0.001 0.001 0.002 0.093 40 Y 0.002 0.002 0.001 0.221 0.248 0.432 0.024 0.001 0.001 0.001 0.070 41 I 0.003 0.002 0.001 0.065 0.276 0.386 0.015 0.001 0.001 0.001 0.253 42 R 0.001 0.002 0.001 0.139 0.274 0.506 0.013 0.001 0.001 0.001 0.064 43 K 0.008 0.005 0.001 0.110 0.282 0.335 0.043 0.001 0.001 0.002 0.214 44 V 0.026 0.007 0.001 0.075 0.192 0.413 0.040 0.001 0.001 0.003 0.241 45 A 0.032 0.007 0.002 0.067 0.192 0.351 0.069 0.001 0.001 0.003 0.276 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 47 L 0.018 0.004 0.001 0.027 0.038 0.180 0.063 0.001 0.001 0.005 0.665 48 G 0.230 0.004 0.003 0.015 0.022 0.036 0.061 0.005 0.001 0.022 0.602 49 D 0.515 0.003 0.027 0.010 0.019 0.021 0.091 0.001 0.001 0.009 0.305 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 I 0.005 0.001 0.001 0.049 0.308 0.512 0.030 0.001 0.001 0.004 0.091 52 Q 0.050 0.004 0.001 0.142 0.129 0.231 0.053 0.001 0.001 0.002 0.387 53 I 0.017 0.002 0.001 0.100 0.382 0.408 0.006 0.001 0.001 0.001 0.084 54 N 0.003 0.003 0.001 0.129 0.324 0.407 0.024 0.001 0.001 0.003 0.108 55 V 0.010 0.004 0.001 0.110 0.327 0.354 0.030 0.001 0.001 0.001 0.162 56 R 0.002 0.003 0.001 0.122 0.157 0.353 0.131 0.001 0.001 0.004 0.227 57 G 0.039 0.001 0.002 0.047 0.065 0.143 0.121 0.001 0.001 0.054 0.526 58 Y 0.225 0.004 0.014 0.096 0.090 0.094 0.157 0.001 0.001 0.014 0.305 59 E 0.009 0.005 0.006 0.094 0.113 0.170 0.172 0.001 0.001 0.011 0.422 60 L 0.011 0.007 0.002 0.092 0.269 0.425 0.035 0.001 0.001 0.003 0.157 61 S 0.013 0.025 0.001 0.088 0.213 0.396 0.035 0.001 0.001 0.001 0.229 62 L 0.017 0.042 0.001 0.084 0.263 0.279 0.048 0.001 0.001 0.002 0.264 63 R 0.026 0.052 0.001 0.049 0.095 0.307 0.085 0.002 0.001 0.003 0.382 64 K 0.041 0.094 0.004 0.044 0.114 0.201 0.099 0.003 0.001 0.005 0.395 65 S 0.025 0.164 0.001 0.010 0.051 0.072 0.091 0.004 0.001 0.005 0.578 66 A 0.123 0.127 0.004 0.011 0.025 0.079 0.188 0.012 0.001 0.008 0.422 67 A 0.182 0.406 0.006 0.010 0.026 0.048 0.053 0.014 0.001 0.006 0.247 68 E 0.247 0.216 0.020 0.021 0.101 0.146 0.060 0.018 0.001 0.005 0.165 69 M 0.117 0.239 0.050 0.033 0.039 0.058 0.020 0.020 0.001 0.005 0.419 70 I 0.090 0.043 0.012 0.096 0.310 0.278 0.008 0.002 0.001 0.001 0.160 71 E 0.010 0.032 0.009 0.136 0.136 0.221 0.035 0.007 0.001 0.004 0.409 72 V 0.014 0.010 0.003 0.099 0.303 0.391 0.010 0.001 0.001 0.001 0.170 73 E 0.003 0.010 0.001 0.181 0.194 0.419 0.028 0.001 0.001 0.003 0.159