# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.015 0.032 0.037 0.066 0.039 0.008 0.758 2 F 0.049 0.014 0.109 0.154 0.194 0.119 0.007 0.355 3 S 0.020 0.011 0.024 0.048 0.050 0.203 0.007 0.638 4 L 0.039 0.029 0.105 0.068 0.277 0.055 0.006 0.421 5 R 0.007 0.014 0.015 0.024 0.024 0.574 0.005 0.335 6 D 0.325 0.017 0.012 0.017 0.025 0.137 0.091 0.374 7 A 0.334 0.228 0.041 0.032 0.050 0.075 0.017 0.223 8 K 0.069 0.060 0.034 0.090 0.071 0.320 0.013 0.343 9 C 0.023 0.024 0.016 0.031 0.057 0.057 0.010 0.781 10 G 0.091 0.031 0.055 0.077 0.168 0.112 0.025 0.440 11 Q 0.342 0.009 0.041 0.123 0.079 0.074 0.039 0.294 12 T 0.031 0.005 0.120 0.050 0.045 0.110 0.005 0.635 13 V 0.004 0.001 0.102 0.357 0.411 0.011 0.001 0.114 14 K 0.002 0.001 0.187 0.307 0.393 0.031 0.001 0.078 15 V 0.001 0.001 0.168 0.221 0.261 0.028 0.001 0.321 16 V 0.001 0.001 0.229 0.285 0.463 0.004 0.001 0.018 17 K 0.002 0.001 0.151 0.150 0.197 0.044 0.002 0.453 18 L 0.004 0.002 0.355 0.127 0.306 0.038 0.003 0.165 19 H 0.009 0.005 0.162 0.109 0.186 0.139 0.005 0.385 20 G 0.030 0.005 0.055 0.028 0.073 0.109 0.010 0.689 21 T 0.051 0.007 0.026 0.015 0.049 0.130 0.007 0.715 22 G 0.021 0.006 0.008 0.005 0.013 0.063 0.003 0.880 23 A 0.058 0.024 0.008 0.006 0.013 0.275 0.004 0.612 24 L 0.113 0.108 0.012 0.009 0.016 0.286 0.006 0.452 25 K 0.060 0.474 0.017 0.012 0.047 0.064 0.004 0.323 26 R 0.021 0.717 0.007 0.004 0.015 0.038 0.003 0.196 27 R 0.027 0.806 0.004 0.004 0.007 0.020 0.006 0.125 28 I 0.012 0.953 0.002 0.002 0.004 0.005 0.002 0.019 29 M 0.033 0.868 0.013 0.015 0.010 0.014 0.010 0.037 30 D 0.083 0.724 0.023 0.008 0.012 0.010 0.057 0.082 31 M 0.324 0.385 0.030 0.010 0.013 0.015 0.123 0.100 32 G 0.461 0.046 0.043 0.029 0.019 0.034 0.149 0.220 33 I 0.031 0.012 0.464 0.098 0.046 0.052 0.008 0.289 34 T 0.010 0.004 0.153 0.324 0.187 0.136 0.003 0.183 35 R 0.005 0.004 0.010 0.019 0.033 0.030 0.002 0.898 36 G 0.017 0.006 0.100 0.048 0.125 0.235 0.011 0.460 37 C 0.450 0.002 0.061 0.086 0.064 0.078 0.055 0.204 38 E 0.060 0.003 0.066 0.073 0.060 0.134 0.007 0.596 39 I 0.002 0.001 0.043 0.437 0.424 0.013 0.001 0.081 40 Y 0.001 0.001 0.092 0.328 0.516 0.014 0.001 0.049 41 I 0.002 0.001 0.077 0.267 0.383 0.025 0.001 0.245 42 R 0.001 0.001 0.099 0.305 0.571 0.004 0.001 0.020 43 K 0.003 0.001 0.080 0.286 0.324 0.023 0.003 0.282 44 V 0.007 0.001 0.129 0.173 0.457 0.024 0.005 0.203 45 A 0.011 0.002 0.111 0.294 0.340 0.058 0.002 0.181 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 47 L 0.019 0.001 0.042 0.065 0.373 0.093 0.004 0.402 48 G 0.083 0.003 0.022 0.018 0.031 0.148 0.020 0.676 49 D 0.529 0.002 0.015 0.047 0.035 0.086 0.017 0.271 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 51 I 0.018 0.001 0.074 0.284 0.227 0.237 0.002 0.157 52 Q 0.036 0.002 0.157 0.138 0.404 0.062 0.003 0.200 53 I 0.008 0.002 0.106 0.435 0.373 0.007 0.001 0.067 54 N 0.003 0.001 0.231 0.217 0.458 0.015 0.001 0.074 55 V 0.005 0.003 0.125 0.383 0.312 0.034 0.002 0.136 56 R 0.002 0.003 0.084 0.226 0.414 0.085 0.004 0.183 57 G 0.030 0.004 0.065 0.116 0.249 0.100 0.027 0.409 58 Y 0.163 0.007 0.100 0.167 0.176 0.146 0.024 0.217 59 E 0.018 0.005 0.088 0.143 0.206 0.140 0.004 0.397 60 L 0.007 0.004 0.062 0.305 0.425 0.037 0.002 0.158 61 S 0.008 0.006 0.073 0.187 0.534 0.039 0.002 0.152 62 L 0.019 0.021 0.068 0.253 0.365 0.039 0.003 0.230 63 R 0.016 0.031 0.057 0.188 0.419 0.054 0.005 0.229 64 K 0.023 0.048 0.038 0.101 0.276 0.051 0.006 0.457 65 S 0.014 0.048 0.014 0.028 0.069 0.214 0.009 0.605 66 A 0.163 0.079 0.019 0.029 0.068 0.246 0.030 0.367 67 A 0.141 0.362 0.034 0.041 0.067 0.086 0.014 0.254 68 E 0.079 0.225 0.070 0.145 0.152 0.118 0.015 0.195 69 M 0.067 0.264 0.055 0.057 0.116 0.032 0.019 0.389 70 I 0.083 0.204 0.117 0.163 0.251 0.017 0.013 0.153 71 E 0.023 0.057 0.176 0.244 0.276 0.028 0.010 0.186 72 V 0.011 0.032 0.204 0.287 0.284 0.021 0.006 0.155 73 E 0.018 0.031 0.113 0.158 0.247 0.051 0.008 0.375