# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.482 0.177 0.066 0.072 0.032 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 2 F 0.100 0.518 0.202 0.039 0.078 0.032 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 3 S 0.064 0.295 0.440 0.024 0.033 0.105 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 4 L 0.580 0.084 0.233 0.040 0.018 0.021 0.004 0.001 0.014 0.002 0.003 5 R 0.755 0.033 0.059 0.093 0.016 0.011 0.023 0.002 0.006 0.002 0.001 6 D 0.208 0.043 0.050 0.555 0.023 0.016 0.080 0.008 0.014 0.003 0.001 7 A 0.163 0.275 0.375 0.075 0.022 0.017 0.045 0.004 0.022 0.002 0.001 8 K 0.069 0.367 0.387 0.033 0.019 0.068 0.015 0.001 0.036 0.002 0.004 9 C 0.113 0.135 0.537 0.120 0.021 0.022 0.026 0.002 0.016 0.003 0.006 10 G 0.009 0.009 0.021 0.010 0.049 0.004 0.026 0.651 0.002 0.220 0.001 11 Q 0.079 0.247 0.469 0.070 0.083 0.019 0.012 0.003 0.012 0.003 0.002 12 T 0.040 0.546 0.226 0.062 0.068 0.024 0.009 0.002 0.021 0.001 0.001 13 V 0.010 0.734 0.123 0.008 0.105 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 14 K 0.004 0.833 0.101 0.003 0.022 0.032 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 V 0.013 0.644 0.224 0.004 0.018 0.084 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 V 0.049 0.666 0.142 0.013 0.055 0.029 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 17 K 0.042 0.422 0.228 0.024 0.137 0.078 0.023 0.001 0.042 0.002 0.001 18 L 0.087 0.531 0.221 0.044 0.036 0.042 0.007 0.001 0.028 0.001 0.002 19 H 0.122 0.347 0.239 0.110 0.089 0.025 0.024 0.003 0.031 0.008 0.001 20 G 0.117 0.061 0.130 0.066 0.215 0.045 0.078 0.070 0.025 0.192 0.001 21 T 0.431 0.053 0.199 0.232 0.029 0.018 0.023 0.003 0.006 0.006 0.001 22 G 0.275 0.007 0.043 0.022 0.031 0.014 0.062 0.346 0.002 0.198 0.001 23 A 0.905 0.011 0.041 0.029 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.946 0.016 0.013 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 K 0.989 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.991 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.965 0.013 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 I 0.983 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 M 0.962 0.004 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.902 0.004 0.008 0.063 0.006 0.003 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 31 M 0.157 0.010 0.028 0.773 0.002 0.002 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.034 0.010 0.031 0.014 0.025 0.004 0.384 0.397 0.003 0.097 0.001 33 I 0.084 0.345 0.450 0.048 0.020 0.040 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 34 T 0.027 0.455 0.357 0.022 0.028 0.038 0.004 0.001 0.064 0.003 0.001 35 R 0.113 0.082 0.655 0.053 0.027 0.020 0.025 0.001 0.011 0.004 0.011 36 G 0.007 0.011 0.022 0.021 0.179 0.006 0.050 0.548 0.003 0.151 0.001 37 C 0.046 0.415 0.384 0.030 0.095 0.010 0.004 0.001 0.012 0.002 0.002 38 E 0.016 0.622 0.274 0.013 0.032 0.034 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 39 I 0.005 0.837 0.089 0.003 0.044 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 Y 0.004 0.797 0.125 0.002 0.026 0.039 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 41 I 0.014 0.714 0.172 0.004 0.024 0.056 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 42 R 0.045 0.677 0.115 0.015 0.096 0.017 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 43 K 0.055 0.499 0.171 0.023 0.172 0.028 0.016 0.001 0.034 0.001 0.001 44 V 0.097 0.454 0.258 0.082 0.040 0.037 0.010 0.001 0.016 0.002 0.004 45 A 0.021 0.189 0.389 0.004 0.134 0.008 0.006 0.002 0.203 0.043 0.001 46 P 0.320 0.007 0.511 0.018 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 0.002 0.122 47 L 0.146 0.060 0.375 0.284 0.019 0.016 0.078 0.010 0.009 0.003 0.001 48 G 0.004 0.004 0.014 0.010 0.019 0.002 0.031 0.786 0.001 0.130 0.001 49 D 0.007 0.296 0.542 0.012 0.057 0.010 0.007 0.001 0.065 0.002 0.001 50 P 0.018 0.066 0.819 0.012 0.013 0.030 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 51 I 0.009 0.754 0.128 0.014 0.076 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 52 Q 0.003 0.837 0.092 0.003 0.044 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 53 I 0.001 0.888 0.062 0.001 0.027 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 54 N 0.001 0.633 0.238 0.001 0.024 0.089 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 V 0.010 0.650 0.226 0.005 0.028 0.055 0.002 0.001 0.022 0.001 0.002 56 R 0.074 0.301 0.337 0.057 0.109 0.022 0.064 0.003 0.025 0.007 0.002 57 G 0.011 0.020 0.025 0.015 0.257 0.007 0.084 0.399 0.004 0.179 0.001 58 Y 0.055 0.520 0.293 0.023 0.075 0.014 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 59 E 0.062 0.551 0.292 0.013 0.029 0.042 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 60 L 0.088 0.693 0.116 0.014 0.058 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 61 S 0.102 0.564 0.158 0.021 0.095 0.031 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 62 L 0.105 0.404 0.272 0.039 0.087 0.050 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 63 R 0.118 0.292 0.408 0.025 0.046 0.054 0.007 0.001 0.047 0.002 0.001 64 K 0.768 0.030 0.128 0.031 0.015 0.011 0.007 0.001 0.005 0.003 0.002 65 S 0.781 0.016 0.044 0.095 0.017 0.014 0.021 0.006 0.003 0.003 0.001 66 A 0.462 0.080 0.050 0.348 0.011 0.018 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 67 A 0.578 0.131 0.131 0.068 0.022 0.010 0.044 0.004 0.009 0.002 0.001 68 E 0.516 0.127 0.063 0.202 0.024 0.012 0.044 0.002 0.007 0.001 0.001 69 M 0.157 0.328 0.111 0.241 0.092 0.017 0.032 0.001 0.019 0.001 0.001 70 I 0.009 0.852 0.097 0.005 0.017 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 71 E 0.005 0.407 0.392 0.003 0.005 0.182 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 V 0.009 0.781 0.132 0.004 0.021 0.018 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 73 E 0.035 0.408 0.391 0.012 0.074 0.042 0.004 0.001 0.031 0.001 0.002