# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.226 0.099 0.031 0.010 0.328 0.010 0.024 0.059 0.036 0.086 0.090 2 F 0.094 0.374 0.099 0.015 0.298 0.018 0.020 0.026 0.009 0.023 0.023 3 S 0.117 0.355 0.124 0.014 0.256 0.008 0.011 0.028 0.013 0.024 0.050 4 L 0.153 0.059 0.021 0.008 0.133 0.014 0.033 0.205 0.254 0.053 0.067 5 R 0.014 0.074 0.038 0.041 0.040 0.095 0.188 0.283 0.167 0.044 0.016 6 D 0.116 0.102 0.057 0.012 0.179 0.010 0.046 0.125 0.056 0.239 0.059 7 A 0.129 0.265 0.138 0.008 0.240 0.009 0.023 0.064 0.042 0.046 0.038 8 K 0.080 0.148 0.201 0.115 0.094 0.088 0.045 0.103 0.035 0.043 0.048 9 C 0.026 0.225 0.089 0.134 0.046 0.104 0.199 0.078 0.055 0.031 0.013 10 G 0.025 0.011 0.024 0.137 0.017 0.034 0.013 0.023 0.025 0.564 0.126 11 Q 0.057 0.363 0.165 0.021 0.221 0.017 0.021 0.026 0.028 0.057 0.024 12 T 0.305 0.087 0.008 0.003 0.546 0.003 0.007 0.004 0.003 0.009 0.023 13 V 0.182 0.122 0.010 0.002 0.667 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 14 K 0.232 0.048 0.002 0.001 0.706 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 15 V 0.589 0.015 0.001 0.001 0.362 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 16 V 0.203 0.116 0.017 0.011 0.530 0.036 0.025 0.006 0.003 0.004 0.049 17 K 0.331 0.055 0.009 0.002 0.529 0.003 0.002 0.004 0.002 0.011 0.053 18 L 0.182 0.149 0.028 0.006 0.407 0.011 0.018 0.024 0.019 0.051 0.105 19 H 0.122 0.146 0.147 0.098 0.141 0.058 0.064 0.045 0.017 0.077 0.087 20 G 0.034 0.130 0.216 0.281 0.046 0.079 0.027 0.083 0.026 0.050 0.027 21 T 0.010 0.132 0.099 0.176 0.021 0.071 0.128 0.222 0.099 0.032 0.009 22 G 0.013 0.018 0.026 0.062 0.013 0.023 0.018 0.267 0.189 0.316 0.054 23 A 0.032 0.109 0.019 0.002 0.071 0.004 0.011 0.559 0.124 0.054 0.016 24 L 0.029 0.021 0.002 0.001 0.027 0.002 0.011 0.779 0.089 0.027 0.011 25 K 0.011 0.009 0.002 0.001 0.011 0.003 0.009 0.874 0.061 0.012 0.006 26 R 0.008 0.009 0.002 0.001 0.011 0.003 0.007 0.881 0.068 0.008 0.002 27 R 0.007 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.891 0.048 0.023 0.002 28 I 0.009 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.796 0.138 0.028 0.004 29 M 0.003 0.011 0.004 0.002 0.005 0.006 0.049 0.751 0.154 0.012 0.002 30 D 0.032 0.016 0.013 0.006 0.026 0.009 0.130 0.496 0.130 0.128 0.015 31 M 0.019 0.351 0.181 0.018 0.064 0.025 0.048 0.117 0.079 0.077 0.022 32 G 0.061 0.149 0.114 0.038 0.123 0.023 0.052 0.117 0.078 0.137 0.107 33 I 0.248 0.119 0.075 0.005 0.188 0.006 0.031 0.030 0.025 0.201 0.071 34 T 0.007 0.331 0.554 0.055 0.026 0.010 0.003 0.005 0.003 0.002 0.004 35 R 0.008 0.074 0.032 0.069 0.013 0.116 0.471 0.112 0.091 0.009 0.004 36 G 0.014 0.008 0.015 0.063 0.010 0.010 0.004 0.010 0.016 0.766 0.084 37 C 0.077 0.383 0.078 0.007 0.372 0.008 0.015 0.013 0.014 0.018 0.014 38 E 0.252 0.082 0.006 0.002 0.617 0.003 0.005 0.004 0.002 0.006 0.020 39 I 0.252 0.076 0.005 0.001 0.649 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 40 Y 0.213 0.071 0.004 0.001 0.694 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 41 I 0.512 0.031 0.002 0.001 0.381 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.058 42 R 0.179 0.142 0.029 0.026 0.385 0.063 0.043 0.019 0.013 0.020 0.080 43 K 0.262 0.122 0.034 0.008 0.413 0.009 0.011 0.019 0.012 0.043 0.067 44 V 0.142 0.127 0.051 0.016 0.225 0.020 0.043 0.048 0.065 0.154 0.109 45 A 0.053 0.320 0.300 0.054 0.124 0.025 0.030 0.024 0.020 0.027 0.023 46 P 0.107 0.148 0.126 0.056 0.125 0.039 0.053 0.116 0.092 0.088 0.051 47 L 0.036 0.149 0.103 0.104 0.059 0.081 0.161 0.090 0.116 0.082 0.020 48 G 0.037 0.030 0.052 0.173 0.036 0.071 0.037 0.028 0.039 0.421 0.074 49 D 0.068 0.329 0.219 0.016 0.276 0.006 0.008 0.013 0.014 0.034 0.017 50 P 0.247 0.116 0.030 0.010 0.355 0.015 0.035 0.044 0.060 0.036 0.052 51 I 0.149 0.253 0.055 0.009 0.402 0.019 0.032 0.018 0.017 0.016 0.030 52 Q 0.289 0.044 0.003 0.001 0.644 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 53 I 0.149 0.114 0.005 0.001 0.724 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 54 N 0.402 0.034 0.004 0.001 0.510 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.043 55 V 0.309 0.060 0.028 0.074 0.197 0.060 0.011 0.022 0.012 0.029 0.198 56 R 0.005 0.039 0.024 0.299 0.011 0.292 0.303 0.011 0.005 0.006 0.004 57 G 0.048 0.030 0.062 0.164 0.039 0.014 0.005 0.010 0.015 0.463 0.149 58 Y 0.138 0.242 0.023 0.003 0.475 0.005 0.016 0.032 0.041 0.013 0.013 59 E 0.231 0.123 0.013 0.006 0.490 0.013 0.019 0.036 0.014 0.013 0.041 60 L 0.328 0.090 0.013 0.006 0.382 0.013 0.018 0.049 0.023 0.017 0.062 61 S 0.188 0.133 0.033 0.009 0.422 0.019 0.025 0.084 0.022 0.021 0.044 62 L 0.241 0.126 0.019 0.004 0.264 0.008 0.022 0.155 0.031 0.072 0.059 63 R 0.084 0.281 0.102 0.030 0.183 0.031 0.033 0.124 0.045 0.045 0.043 64 K 0.055 0.085 0.035 0.028 0.069 0.031 0.048 0.380 0.190 0.050 0.027 65 S 0.015 0.078 0.057 0.019 0.031 0.025 0.076 0.371 0.224 0.087 0.016 66 A 0.060 0.036 0.014 0.005 0.055 0.007 0.062 0.234 0.203 0.252 0.071 67 A 0.111 0.149 0.032 0.007 0.167 0.020 0.087 0.156 0.169 0.045 0.057 68 E 0.076 0.092 0.037 0.021 0.133 0.076 0.194 0.171 0.079 0.070 0.051 69 M 0.270 0.123 0.020 0.004 0.402 0.007 0.036 0.039 0.025 0.036 0.037 70 I 0.137 0.134 0.014 0.001 0.686 0.004 0.007 0.006 0.002 0.003 0.007 71 E 0.330 0.042 0.005 0.001 0.560 0.002 0.004 0.005 0.002 0.008 0.042 72 V 0.241 0.188 0.041 0.008 0.384 0.012 0.015 0.009 0.008 0.019 0.075 73 E 0.107 0.288 0.125 0.034 0.301 0.027 0.030 0.020 0.012 0.017 0.038