# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.600 0.247 0.092 0.043 0.015 0.003 0.001 2 F 0.470 0.257 0.162 0.085 0.023 0.004 0.001 3 S 0.327 0.353 0.209 0.087 0.019 0.005 0.001 4 L 0.082 0.088 0.207 0.317 0.238 0.066 0.002 5 R 0.413 0.414 0.116 0.041 0.014 0.002 0.001 6 D 0.221 0.410 0.226 0.107 0.031 0.006 0.001 7 A 0.056 0.068 0.176 0.350 0.283 0.065 0.002 8 K 0.277 0.391 0.221 0.084 0.024 0.003 0.001 9 C 0.371 0.346 0.173 0.083 0.022 0.004 0.001 10 G 0.330 0.347 0.196 0.094 0.029 0.005 0.001 11 Q 0.290 0.362 0.182 0.121 0.038 0.007 0.001 12 T 0.080 0.297 0.330 0.195 0.080 0.018 0.001 13 V 0.017 0.041 0.096 0.220 0.403 0.207 0.015 14 K 0.009 0.121 0.302 0.372 0.159 0.036 0.001 15 V 0.007 0.025 0.040 0.108 0.292 0.482 0.045 16 V 0.007 0.063 0.224 0.398 0.248 0.058 0.001 17 K 0.087 0.335 0.282 0.202 0.073 0.021 0.001 18 L 0.014 0.036 0.176 0.370 0.320 0.081 0.002 19 H 0.238 0.362 0.233 0.121 0.039 0.007 0.001 20 G 0.291 0.291 0.221 0.139 0.047 0.011 0.001 21 T 0.685 0.254 0.044 0.013 0.003 0.001 0.001 22 G 0.580 0.283 0.087 0.039 0.009 0.002 0.001 23 A 0.307 0.326 0.209 0.104 0.044 0.009 0.001 24 L 0.086 0.129 0.197 0.271 0.225 0.083 0.009 25 K 0.069 0.192 0.252 0.260 0.158 0.064 0.005 26 R 0.089 0.171 0.198 0.235 0.196 0.100 0.012 27 R 0.035 0.090 0.166 0.257 0.258 0.162 0.032 28 I 0.027 0.032 0.049 0.116 0.223 0.369 0.184 29 M 0.033 0.068 0.118 0.188 0.233 0.239 0.121 30 D 0.073 0.118 0.163 0.220 0.185 0.161 0.081 31 M 0.043 0.042 0.052 0.095 0.178 0.380 0.211 32 G 0.097 0.118 0.115 0.164 0.172 0.213 0.120 33 I 0.066 0.074 0.098 0.184 0.209 0.251 0.120 34 T 0.107 0.148 0.182 0.210 0.199 0.123 0.030 35 R 0.197 0.264 0.233 0.165 0.086 0.046 0.009 36 G 0.277 0.282 0.174 0.132 0.085 0.041 0.009 37 C 0.138 0.182 0.190 0.223 0.176 0.079 0.012 38 E 0.087 0.213 0.246 0.235 0.131 0.076 0.012 39 I 0.035 0.047 0.081 0.177 0.294 0.305 0.061 40 Y 0.055 0.169 0.249 0.281 0.163 0.074 0.009 41 I 0.037 0.061 0.091 0.183 0.287 0.290 0.051 42 R 0.064 0.145 0.213 0.255 0.201 0.108 0.015 43 K 0.105 0.200 0.214 0.231 0.162 0.079 0.010 44 V 0.107 0.181 0.226 0.227 0.167 0.080 0.011 45 A 0.134 0.148 0.170 0.219 0.204 0.110 0.015 46 P 0.164 0.190 0.192 0.194 0.153 0.090 0.017 47 L 0.214 0.190 0.203 0.192 0.123 0.066 0.012 48 G 0.324 0.306 0.185 0.111 0.049 0.022 0.004 49 D 0.174 0.224 0.191 0.177 0.137 0.080 0.018 50 P 0.056 0.073 0.112 0.191 0.246 0.231 0.091 51 I 0.026 0.054 0.077 0.141 0.268 0.334 0.100 52 Q 0.042 0.120 0.214 0.277 0.188 0.126 0.034 53 I 0.013 0.023 0.039 0.078 0.206 0.475 0.166 54 N 0.040 0.136 0.234 0.297 0.176 0.097 0.021 55 V 0.022 0.037 0.073 0.185 0.291 0.321 0.071 56 R 0.127 0.280 0.252 0.180 0.112 0.044 0.005 57 G 0.165 0.302 0.213 0.165 0.095 0.051 0.008 58 Y 0.030 0.070 0.144 0.256 0.313 0.161 0.028 59 E 0.052 0.162 0.209 0.250 0.192 0.119 0.016 60 L 0.014 0.026 0.051 0.112 0.275 0.430 0.092 61 S 0.035 0.106 0.216 0.261 0.225 0.134 0.022 62 L 0.017 0.035 0.067 0.138 0.254 0.386 0.103 63 R 0.027 0.091 0.190 0.252 0.275 0.150 0.015 64 K 0.108 0.218 0.262 0.268 0.114 0.029 0.001 65 S 0.489 0.383 0.084 0.029 0.012 0.002 0.001 66 A 0.252 0.368 0.203 0.132 0.035 0.010 0.001 67 A 0.070 0.069 0.226 0.326 0.247 0.058 0.003 68 E 0.498 0.390 0.081 0.024 0.006 0.001 0.001 69 M 0.450 0.362 0.124 0.047 0.015 0.003 0.001 70 I 0.103 0.087 0.140 0.270 0.264 0.126 0.009 71 E 0.235 0.335 0.239 0.126 0.050 0.014 0.001 72 V 0.196 0.145 0.204 0.260 0.135 0.054 0.005 73 E 0.610 0.259 0.080 0.033 0.015 0.004 0.001