# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.1747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.122 0.124 0.153 0.154 0.110 0.065 0.038 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 2 F 0.209 0.099 0.103 0.132 0.145 0.120 0.075 0.051 0.034 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 3 S 0.162 0.141 0.142 0.163 0.149 0.097 0.069 0.038 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 4 L 0.072 0.043 0.067 0.091 0.140 0.143 0.119 0.116 0.095 0.060 0.029 0.014 0.007 0.002 5 R 0.279 0.188 0.151 0.157 0.093 0.060 0.037 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 D 0.301 0.215 0.149 0.116 0.088 0.053 0.034 0.018 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 7 A 0.092 0.064 0.096 0.136 0.194 0.163 0.115 0.072 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 8 K 0.235 0.234 0.176 0.146 0.092 0.053 0.033 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 C 0.192 0.093 0.118 0.139 0.152 0.122 0.079 0.050 0.033 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 10 G 0.144 0.155 0.128 0.190 0.146 0.097 0.072 0.032 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 11 Q 0.071 0.081 0.108 0.135 0.149 0.144 0.115 0.083 0.058 0.029 0.014 0.007 0.003 0.002 12 T 0.035 0.041 0.054 0.103 0.160 0.164 0.151 0.124 0.079 0.039 0.028 0.012 0.007 0.003 13 V 0.008 0.006 0.008 0.012 0.026 0.046 0.079 0.118 0.172 0.169 0.165 0.124 0.053 0.015 14 K 0.015 0.014 0.025 0.065 0.109 0.102 0.125 0.149 0.133 0.099 0.075 0.053 0.022 0.012 15 V 0.003 0.003 0.004 0.004 0.008 0.015 0.026 0.050 0.118 0.233 0.241 0.160 0.093 0.041 16 V 0.021 0.029 0.036 0.053 0.079 0.104 0.133 0.156 0.132 0.100 0.076 0.044 0.027 0.010 17 K 0.050 0.074 0.079 0.115 0.120 0.106 0.106 0.099 0.104 0.069 0.043 0.017 0.012 0.006 18 L 0.017 0.019 0.036 0.067 0.150 0.142 0.157 0.160 0.110 0.069 0.041 0.021 0.008 0.004 19 H 0.118 0.162 0.156 0.178 0.136 0.098 0.066 0.037 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 20 G 0.141 0.107 0.140 0.142 0.148 0.119 0.097 0.049 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 21 T 0.364 0.238 0.135 0.103 0.073 0.038 0.027 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.532 0.196 0.115 0.066 0.044 0.023 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.278 0.186 0.152 0.143 0.112 0.062 0.036 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.076 0.055 0.089 0.141 0.199 0.170 0.124 0.081 0.037 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 25 K 0.119 0.136 0.143 0.183 0.169 0.121 0.063 0.035 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 26 R 0.307 0.180 0.136 0.114 0.087 0.067 0.044 0.031 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 27 R 0.089 0.098 0.124 0.185 0.194 0.132 0.077 0.051 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 28 I 0.048 0.027 0.042 0.058 0.109 0.155 0.151 0.164 0.115 0.073 0.031 0.018 0.008 0.002 29 M 0.115 0.101 0.116 0.150 0.144 0.132 0.097 0.070 0.036 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 30 D 0.361 0.225 0.138 0.100 0.059 0.037 0.032 0.018 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 31 M 0.072 0.044 0.066 0.128 0.197 0.165 0.119 0.087 0.059 0.028 0.016 0.012 0.004 0.002 32 G 0.099 0.085 0.118 0.149 0.153 0.138 0.115 0.070 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 33 I 0.106 0.060 0.075 0.110 0.147 0.141 0.112 0.108 0.065 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 34 T 0.140 0.089 0.107 0.129 0.138 0.135 0.102 0.066 0.044 0.024 0.015 0.008 0.002 0.001 35 R 0.151 0.100 0.115 0.131 0.130 0.119 0.093 0.062 0.043 0.026 0.016 0.008 0.004 0.002 36 G 0.113 0.095 0.091 0.125 0.145 0.127 0.103 0.076 0.056 0.031 0.021 0.010 0.005 0.002 37 C 0.036 0.041 0.063 0.096 0.132 0.149 0.146 0.120 0.085 0.058 0.037 0.023 0.010 0.004 38 E 0.037 0.042 0.061 0.115 0.177 0.151 0.126 0.120 0.081 0.042 0.026 0.011 0.007 0.004 39 I 0.010 0.007 0.010 0.016 0.033 0.058 0.102 0.142 0.168 0.156 0.145 0.100 0.040 0.014 40 Y 0.020 0.021 0.034 0.077 0.118 0.116 0.120 0.147 0.126 0.088 0.069 0.039 0.015 0.008 41 I 0.009 0.007 0.010 0.015 0.025 0.038 0.061 0.091 0.136 0.193 0.194 0.134 0.058 0.029 42 R 0.028 0.041 0.054 0.068 0.092 0.109 0.113 0.128 0.117 0.098 0.073 0.042 0.027 0.012 43 K 0.043 0.056 0.071 0.110 0.133 0.125 0.122 0.116 0.095 0.060 0.036 0.017 0.010 0.005 44 V 0.042 0.049 0.066 0.097 0.137 0.134 0.117 0.124 0.100 0.067 0.038 0.016 0.008 0.005 45 A 0.110 0.138 0.136 0.161 0.139 0.106 0.070 0.053 0.041 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 46 P 0.075 0.081 0.120 0.143 0.154 0.145 0.112 0.076 0.050 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 47 L 0.078 0.086 0.109 0.127 0.162 0.147 0.111 0.079 0.049 0.027 0.013 0.006 0.003 0.001 48 G 0.212 0.192 0.137 0.137 0.103 0.075 0.060 0.035 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 49 D 0.126 0.098 0.114 0.124 0.134 0.122 0.089 0.070 0.056 0.030 0.018 0.010 0.006 0.003 50 P 0.041 0.036 0.051 0.089 0.143 0.152 0.147 0.128 0.085 0.050 0.040 0.022 0.011 0.004 51 I 0.014 0.014 0.021 0.035 0.065 0.089 0.133 0.161 0.147 0.130 0.099 0.055 0.027 0.009 52 Q 0.027 0.026 0.035 0.093 0.160 0.129 0.114 0.146 0.117 0.065 0.048 0.023 0.011 0.007 53 I 0.009 0.006 0.008 0.010 0.018 0.034 0.064 0.089 0.139 0.177 0.205 0.152 0.066 0.023 54 N 0.029 0.031 0.050 0.107 0.147 0.137 0.127 0.139 0.098 0.057 0.041 0.021 0.010 0.005 55 V 0.007 0.007 0.010 0.020 0.043 0.064 0.090 0.127 0.169 0.193 0.142 0.083 0.030 0.016 56 R 0.032 0.048 0.068 0.115 0.135 0.160 0.125 0.127 0.077 0.052 0.033 0.017 0.006 0.005 57 G 0.040 0.061 0.074 0.112 0.135 0.129 0.129 0.109 0.087 0.055 0.038 0.018 0.010 0.004 58 Y 0.009 0.012 0.021 0.040 0.089 0.123 0.167 0.190 0.152 0.093 0.056 0.030 0.012 0.004 59 E 0.033 0.047 0.063 0.124 0.198 0.150 0.122 0.111 0.072 0.038 0.023 0.010 0.005 0.003 60 L 0.019 0.013 0.019 0.029 0.053 0.080 0.133 0.159 0.159 0.141 0.107 0.058 0.023 0.008 61 S 0.063 0.049 0.071 0.128 0.188 0.140 0.110 0.111 0.073 0.034 0.019 0.008 0.004 0.002 62 L 0.039 0.031 0.042 0.070 0.105 0.116 0.122 0.135 0.139 0.094 0.062 0.028 0.013 0.005 63 R 0.039 0.046 0.068 0.140 0.171 0.192 0.161 0.097 0.050 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 64 K 0.056 0.106 0.151 0.173 0.166 0.139 0.099 0.047 0.032 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 65 S 0.297 0.276 0.172 0.114 0.066 0.036 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.079 0.189 0.221 0.183 0.147 0.088 0.047 0.021 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 67 A 0.028 0.024 0.043 0.076 0.173 0.204 0.176 0.144 0.085 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 68 E 0.181 0.280 0.176 0.122 0.085 0.055 0.051 0.022 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 69 M 0.117 0.116 0.111 0.139 0.156 0.109 0.080 0.075 0.049 0.021 0.013 0.006 0.007 0.002 70 I 0.024 0.022 0.026 0.032 0.080 0.095 0.134 0.131 0.146 0.114 0.087 0.070 0.033 0.007 71 E 0.082 0.064 0.095 0.166 0.185 0.121 0.103 0.087 0.048 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 72 V 0.055 0.028 0.029 0.059 0.102 0.101 0.101 0.134 0.146 0.116 0.069 0.036 0.015 0.009 73 E 0.103 0.084 0.103 0.157 0.158 0.140 0.095 0.071 0.041 0.024 0.014 0.007 0.002 0.002