# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.029 0.024 0.032 0.285 0.003 0.066 0.023 0.003 0.001 0.009 0.008 0.018 0.014 0.045 0.094 0.068 0.071 0.121 0.059 0.007 2 F 0.022 0.025 0.265 0.132 0.031 0.003 0.016 0.019 0.001 0.001 0.008 0.007 0.023 0.017 0.175 0.017 0.038 0.020 0.063 0.114 0.005 3 S 0.008 0.012 0.011 0.023 0.415 0.002 0.012 0.021 0.002 0.001 0.004 0.004 0.006 0.009 0.012 0.131 0.023 0.032 0.138 0.131 0.004 4 L 0.007 0.005 0.147 0.030 0.026 0.002 0.016 0.034 0.005 0.001 0.004 0.002 0.004 0.007 0.280 0.013 0.313 0.033 0.033 0.037 0.002 5 R 0.012 0.014 0.037 0.085 0.080 0.097 0.267 0.090 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.015 0.153 0.014 0.032 0.062 0.001 6 D 0.005 0.006 0.011 0.021 0.070 0.014 0.535 0.029 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.018 0.081 0.107 0.055 0.019 0.001 7 A 0.007 0.007 0.082 0.085 0.042 0.004 0.061 0.029 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.034 0.010 0.091 0.071 0.244 0.217 0.001 8 K 0.002 0.002 0.037 0.020 0.079 0.004 0.025 0.013 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.221 0.072 0.119 0.316 0.001 9 C 0.001 0.001 0.012 0.014 0.040 0.003 0.195 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.047 0.297 0.018 0.077 0.267 0.001 10 G 0.002 0.004 0.034 0.015 0.104 0.003 0.507 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.020 0.168 0.052 0.061 0.001 11 Q 0.011 0.017 0.405 0.109 0.068 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.053 0.069 0.055 0.042 0.042 0.091 0.005 12 T 0.029 0.066 0.037 0.054 0.387 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.041 0.028 0.159 0.069 0.020 0.007 0.019 0.020 0.029 13 V 0.080 0.197 0.039 0.032 0.180 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.052 0.034 0.070 0.065 0.151 0.063 0.001 0.003 0.006 0.005 0.018 14 K 0.162 0.188 0.074 0.106 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.030 0.160 0.085 0.067 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 15 V 0.167 0.111 0.010 0.008 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.081 0.081 0.082 0.026 0.047 0.001 0.001 0.004 0.001 0.115 16 V 0.241 0.187 0.075 0.048 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.027 0.124 0.063 0.188 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 17 K 0.211 0.246 0.016 0.096 0.132 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.026 0.072 0.061 0.018 0.031 0.002 0.003 0.005 0.005 0.035 18 L 0.143 0.188 0.070 0.089 0.094 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.021 0.032 0.061 0.053 0.120 0.039 0.014 0.014 0.021 0.017 0.015 19 H 0.088 0.092 0.098 0.117 0.135 0.002 0.028 0.006 0.001 0.001 0.008 0.010 0.019 0.026 0.092 0.065 0.057 0.027 0.054 0.070 0.004 20 G 0.023 0.015 0.054 0.071 0.140 0.004 0.056 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.092 0.046 0.128 0.062 0.068 0.207 0.001 21 T 0.002 0.002 0.022 0.015 0.033 0.004 0.070 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.018 0.363 0.054 0.080 0.261 0.001 22 G 0.001 0.002 0.012 0.006 0.028 0.009 0.150 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.326 0.143 0.029 0.109 0.001 23 A 0.002 0.004 0.018 0.013 0.020 0.009 0.095 0.501 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.218 0.035 0.025 0.038 0.001 24 L 0.005 0.007 0.009 0.011 0.023 0.004 0.064 0.710 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 0.094 0.015 0.029 0.009 0.001 25 K 0.003 0.004 0.006 0.009 0.005 0.002 0.017 0.844 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.086 0.003 0.006 0.002 0.001 26 R 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 27 R 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 0.002 0.001 0.002 0.001 28 I 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.015 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.042 0.004 0.001 0.002 0.001 29 M 0.005 0.004 0.019 0.010 0.004 0.020 0.052 0.702 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.134 0.003 0.003 0.004 0.001 30 D 0.004 0.006 0.003 0.030 0.007 0.017 0.352 0.081 0.162 0.161 0.001 0.002 0.003 0.013 0.004 0.005 0.108 0.019 0.009 0.012 0.001 31 M 0.002 0.003 0.005 0.008 0.053 0.005 0.598 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 0.070 0.029 0.039 0.126 0.001 32 G 0.004 0.002 0.069 0.019 0.021 0.003 0.057 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 0.053 0.574 0.110 0.039 0.004 33 I 0.010 0.010 0.025 0.018 0.388 0.002 0.014 0.008 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.020 0.123 0.067 0.051 0.161 0.085 0.003 34 T 0.006 0.005 0.218 0.125 0.023 0.001 0.007 0.003 0.012 0.011 0.003 0.003 0.006 0.006 0.170 0.007 0.034 0.014 0.171 0.170 0.004 35 R 0.001 0.001 0.002 0.004 0.243 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.604 0.003 0.010 0.070 0.001 36 G 0.002 0.004 0.015 0.008 0.088 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.012 0.006 0.091 0.011 0.017 0.001 37 C 0.033 0.044 0.402 0.167 0.054 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.011 0.010 0.070 0.047 0.019 0.046 0.020 0.046 0.005 38 E 0.084 0.110 0.053 0.057 0.446 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.044 0.013 0.042 0.022 0.009 0.004 0.024 0.009 0.047 39 I 0.171 0.271 0.042 0.037 0.221 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.029 0.065 0.019 0.068 0.022 0.002 0.002 0.004 0.003 0.012 40 Y 0.194 0.217 0.082 0.217 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.019 0.093 0.025 0.046 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 41 I 0.170 0.183 0.009 0.021 0.333 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.045 0.058 0.029 0.018 0.044 0.002 0.002 0.005 0.001 0.033 42 R 0.247 0.239 0.124 0.090 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.073 0.021 0.129 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 43 K 0.193 0.176 0.046 0.145 0.304 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.018 0.010 0.022 0.015 0.009 0.005 0.007 0.017 0.010 44 V 0.081 0.087 0.067 0.077 0.341 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.011 0.088 0.036 0.035 0.028 0.038 0.033 0.007 45 A 0.033 0.036 0.179 0.235 0.069 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.005 0.075 0.011 0.027 0.027 0.076 0.193 0.002 46 P 0.007 0.007 0.037 0.051 0.274 0.003 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.082 0.051 0.102 0.307 0.001 47 L 0.003 0.004 0.059 0.079 0.050 0.009 0.083 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.011 0.286 0.035 0.132 0.210 0.001 48 G 0.004 0.006 0.032 0.030 0.128 0.007 0.273 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.095 0.199 0.050 0.137 0.001 49 D 0.005 0.009 0.129 0.105 0.035 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.023 0.012 0.041 0.020 0.164 0.429 0.002 50 P 0.013 0.033 0.013 0.020 0.638 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.012 0.034 0.086 0.037 0.029 0.052 0.002 51 I 0.096 0.166 0.272 0.184 0.051 0.004 0.047 0.016 0.001 0.001 0.006 0.008 0.022 0.006 0.053 0.010 0.012 0.012 0.015 0.015 0.006 52 Q 0.235 0.226 0.027 0.046 0.282 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.021 0.018 0.044 0.008 0.008 0.016 0.005 0.005 0.012 0.004 0.030 53 I 0.322 0.265 0.095 0.045 0.067 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 0.022 0.066 0.015 0.046 0.006 0.002 0.002 0.004 0.002 0.020 54 N 0.318 0.332 0.036 0.106 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.047 0.010 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.018 55 V 0.318 0.231 0.044 0.113 0.154 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.016 0.032 0.008 0.026 0.007 0.006 0.003 0.007 0.006 0.013 56 R 0.213 0.163 0.058 0.079 0.245 0.001 0.012 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.016 0.005 0.052 0.008 0.098 0.004 0.005 0.017 0.003 57 G 0.127 0.209 0.036 0.064 0.250 0.002 0.135 0.018 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.007 0.028 0.015 0.020 0.033 0.008 0.020 0.005 58 Y 0.173 0.201 0.117 0.115 0.117 0.002 0.021 0.042 0.001 0.001 0.010 0.009 0.024 0.011 0.037 0.015 0.027 0.022 0.026 0.020 0.008 59 E 0.241 0.154 0.119 0.056 0.130 0.003 0.012 0.096 0.003 0.001 0.007 0.011 0.026 0.013 0.026 0.010 0.049 0.010 0.019 0.007 0.007 60 L 0.193 0.183 0.063 0.091 0.097 0.008 0.029 0.145 0.005 0.001 0.008 0.017 0.028 0.020 0.036 0.010 0.035 0.006 0.011 0.008 0.008 61 S 0.082 0.218 0.028 0.107 0.072 0.007 0.046 0.186 0.005 0.003 0.004 0.011 0.031 0.025 0.079 0.017 0.034 0.017 0.009 0.013 0.005 62 L 0.098 0.118 0.069 0.122 0.075 0.006 0.035 0.175 0.007 0.001 0.021 0.013 0.037 0.019 0.038 0.013 0.079 0.019 0.019 0.024 0.012 63 R 0.054 0.066 0.031 0.036 0.207 0.008 0.059 0.229 0.015 0.002 0.006 0.006 0.011 0.009 0.021 0.035 0.044 0.044 0.044 0.066 0.007 64 K 0.019 0.011 0.057 0.023 0.036 0.003 0.043 0.186 0.023 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.067 0.005 0.439 0.029 0.019 0.028 0.002 65 S 0.005 0.007 0.014 0.015 0.024 0.052 0.139 0.556 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.005 0.078 0.017 0.025 0.032 0.001 66 A 0.003 0.003 0.009 0.006 0.024 0.018 0.183 0.436 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.167 0.071 0.028 0.013 0.001 67 A 0.008 0.007 0.033 0.022 0.024 0.011 0.095 0.433 0.014 0.006 0.002 0.002 0.005 0.006 0.013 0.009 0.173 0.019 0.081 0.037 0.001 68 E 0.009 0.013 0.039 0.044 0.023 0.052 0.167 0.258 0.016 0.014 0.001 0.003 0.006 0.036 0.052 0.014 0.140 0.035 0.019 0.058 0.001 69 M 0.017 0.025 0.022 0.064 0.062 0.019 0.150 0.071 0.032 0.016 0.006 0.010 0.024 0.156 0.041 0.078 0.073 0.022 0.053 0.051 0.008 70 I 0.041 0.037 0.063 0.052 0.084 0.005 0.068 0.028 0.005 0.002 0.016 0.030 0.043 0.227 0.089 0.043 0.027 0.023 0.057 0.045 0.013 71 E 0.044 0.040 0.106 0.101 0.069 0.007 0.019 0.025 0.004 0.001 0.014 0.022 0.039 0.181 0.134 0.051 0.040 0.028 0.027 0.028 0.021 72 V 0.027 0.027 0.017 0.032 0.167 0.003 0.008 0.009 0.004 0.001 0.017 0.022 0.055 0.228 0.163 0.134 0.016 0.010 0.024 0.016 0.018 73 E 0.024 0.024 0.074 0.089 0.052 0.002 0.007 0.009 0.002 0.001 0.021 0.020 0.040 0.119 0.357 0.036 0.018 0.012 0.036 0.043 0.014