# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.038 0.652 0.006 0.022 0.024 0.002 0.001 0.041 0.065 0.040 0.018 0.082 2 F 0.003 0.029 0.734 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.046 0.054 0.003 0.095 0.022 3 S 0.001 0.023 0.747 0.002 0.010 0.011 0.001 0.001 0.033 0.062 0.012 0.007 0.089 4 L 0.002 0.013 0.350 0.010 0.286 0.160 0.001 0.001 0.015 0.087 0.051 0.012 0.013 5 R 0.002 0.005 0.081 0.006 0.458 0.166 0.001 0.001 0.008 0.036 0.216 0.012 0.009 6 D 0.001 0.018 0.102 0.002 0.503 0.119 0.001 0.001 0.005 0.035 0.184 0.005 0.024 7 A 0.002 0.045 0.630 0.002 0.096 0.046 0.001 0.001 0.012 0.091 0.035 0.018 0.021 8 K 0.002 0.014 0.638 0.006 0.054 0.024 0.001 0.001 0.007 0.132 0.080 0.018 0.026 9 C 0.001 0.003 0.062 0.003 0.084 0.010 0.001 0.001 0.001 0.036 0.790 0.002 0.008 10 G 0.001 0.001 0.053 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.795 0.003 0.002 11 Q 0.006 0.012 0.591 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 0.208 0.007 0.097 0.025 12 T 0.020 0.013 0.185 0.006 0.001 0.001 0.018 0.006 0.167 0.018 0.010 0.013 0.542 13 V 0.121 0.007 0.075 0.072 0.001 0.001 0.062 0.057 0.242 0.010 0.001 0.298 0.053 14 K 0.147 0.002 0.012 0.030 0.001 0.001 0.141 0.083 0.322 0.003 0.001 0.098 0.161 15 V 0.249 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.176 0.132 0.185 0.001 0.001 0.071 0.154 16 V 0.176 0.001 0.014 0.143 0.002 0.002 0.139 0.109 0.228 0.002 0.002 0.133 0.050 17 K 0.278 0.003 0.035 0.010 0.003 0.003 0.077 0.033 0.146 0.009 0.006 0.126 0.271 18 L 0.123 0.015 0.147 0.015 0.006 0.006 0.035 0.017 0.136 0.029 0.013 0.150 0.308 19 H 0.033 0.021 0.340 0.013 0.007 0.006 0.010 0.005 0.079 0.100 0.033 0.217 0.135 20 G 0.005 0.019 0.434 0.006 0.013 0.026 0.002 0.001 0.014 0.219 0.103 0.027 0.131 21 T 0.001 0.007 0.172 0.010 0.023 0.149 0.001 0.001 0.001 0.205 0.409 0.010 0.012 22 G 0.001 0.005 0.099 0.003 0.027 0.421 0.001 0.001 0.001 0.156 0.275 0.005 0.006 23 A 0.002 0.005 0.097 0.001 0.029 0.797 0.001 0.001 0.001 0.027 0.024 0.005 0.011 24 L 0.003 0.002 0.019 0.001 0.020 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.003 0.011 25 K 0.003 0.001 0.008 0.002 0.029 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.004 26 R 0.003 0.001 0.003 0.001 0.022 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 27 R 0.004 0.001 0.004 0.001 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.002 0.003 28 I 0.006 0.001 0.013 0.001 0.011 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.003 0.012 29 M 0.014 0.002 0.025 0.008 0.038 0.833 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.017 0.009 30 D 0.023 0.002 0.035 0.005 0.068 0.630 0.001 0.001 0.004 0.029 0.150 0.020 0.032 31 M 0.023 0.004 0.089 0.015 0.069 0.239 0.002 0.001 0.006 0.075 0.404 0.016 0.057 32 G 0.020 0.009 0.205 0.005 0.023 0.072 0.002 0.001 0.016 0.136 0.332 0.138 0.041 33 I 0.028 0.061 0.388 0.003 0.019 0.021 0.003 0.002 0.015 0.073 0.047 0.035 0.304 34 T 0.009 0.009 0.511 0.015 0.008 0.008 0.001 0.001 0.013 0.115 0.029 0.244 0.037 35 R 0.001 0.002 0.059 0.014 0.025 0.006 0.001 0.001 0.002 0.096 0.735 0.006 0.053 36 G 0.001 0.001 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.731 0.010 0.006 37 C 0.045 0.010 0.340 0.024 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.152 0.009 0.317 0.085 38 E 0.131 0.008 0.058 0.003 0.001 0.001 0.026 0.003 0.030 0.007 0.004 0.047 0.681 39 I 0.408 0.004 0.020 0.072 0.001 0.001 0.094 0.021 0.039 0.003 0.001 0.240 0.095 40 Y 0.466 0.001 0.006 0.071 0.001 0.001 0.086 0.014 0.031 0.001 0.001 0.177 0.144 41 I 0.531 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.061 0.009 0.024 0.001 0.001 0.075 0.285 42 R 0.508 0.001 0.016 0.083 0.005 0.003 0.056 0.007 0.027 0.003 0.002 0.158 0.132 43 K 0.360 0.002 0.022 0.005 0.005 0.002 0.018 0.002 0.026 0.008 0.008 0.339 0.201 44 V 0.138 0.023 0.120 0.017 0.022 0.007 0.015 0.003 0.014 0.037 0.030 0.041 0.533 45 A 0.014 0.013 0.499 0.008 0.011 0.003 0.002 0.001 0.008 0.135 0.024 0.254 0.029 46 P 0.005 0.012 0.420 0.005 0.096 0.010 0.001 0.001 0.004 0.120 0.157 0.010 0.161 47 L 0.001 0.004 0.081 0.004 0.088 0.005 0.001 0.001 0.001 0.063 0.737 0.010 0.007 48 G 0.001 0.002 0.086 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.371 0.513 0.005 0.004 49 D 0.003 0.012 0.498 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.393 0.029 0.027 0.024 50 P 0.034 0.019 0.496 0.022 0.005 0.001 0.005 0.003 0.026 0.095 0.045 0.036 0.211 51 I 0.301 0.006 0.051 0.039 0.002 0.001 0.093 0.027 0.086 0.027 0.005 0.256 0.106 52 Q 0.522 0.001 0.009 0.018 0.001 0.001 0.138 0.039 0.022 0.002 0.001 0.062 0.186 53 I 0.640 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.164 0.037 0.023 0.001 0.001 0.074 0.056 54 N 0.596 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.132 0.052 0.035 0.001 0.001 0.088 0.077 55 V 0.234 0.002 0.081 0.017 0.002 0.001 0.029 0.010 0.068 0.009 0.005 0.180 0.361 56 R 0.023 0.001 0.066 0.157 0.003 0.002 0.006 0.001 0.013 0.153 0.473 0.061 0.040 57 G 0.016 0.003 0.102 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.311 0.484 0.021 0.038 58 Y 0.074 0.011 0.266 0.010 0.006 0.012 0.005 0.002 0.011 0.163 0.027 0.276 0.138 59 E 0.256 0.008 0.046 0.002 0.005 0.021 0.031 0.010 0.012 0.010 0.007 0.066 0.525 60 L 0.413 0.014 0.038 0.049 0.026 0.074 0.078 0.016 0.019 0.011 0.009 0.141 0.110 61 S 0.365 0.009 0.047 0.096 0.039 0.080 0.039 0.007 0.014 0.016 0.024 0.097 0.168 62 L 0.221 0.010 0.071 0.023 0.068 0.128 0.024 0.003 0.016 0.039 0.064 0.109 0.225 63 R 0.061 0.010 0.252 0.014 0.058 0.219 0.006 0.001 0.009 0.081 0.080 0.046 0.162 64 K 0.011 0.005 0.073 0.005 0.078 0.681 0.001 0.001 0.002 0.049 0.058 0.018 0.019 65 S 0.003 0.004 0.044 0.003 0.125 0.660 0.001 0.001 0.001 0.031 0.113 0.006 0.010 66 A 0.003 0.003 0.055 0.002 0.218 0.601 0.001 0.001 0.001 0.022 0.079 0.003 0.013 67 A 0.006 0.003 0.042 0.013 0.305 0.493 0.001 0.001 0.002 0.029 0.090 0.006 0.009 68 E 0.015 0.004 0.040 0.031 0.319 0.255 0.002 0.001 0.004 0.047 0.255 0.013 0.014 69 M 0.051 0.007 0.079 0.036 0.179 0.227 0.006 0.004 0.026 0.058 0.231 0.021 0.075 70 I 0.145 0.007 0.178 0.024 0.015 0.078 0.027 0.015 0.111 0.091 0.045 0.106 0.156 71 E 0.138 0.011 0.181 0.013 0.004 0.031 0.042 0.027 0.152 0.029 0.024 0.251 0.098 72 V 0.130 0.031 0.188 0.010 0.003 0.021 0.036 0.036 0.213 0.026 0.012 0.072 0.222 73 E 0.021 0.012 0.494 0.015 0.002 0.013 0.007 0.010 0.161 0.080 0.008 0.137 0.041