# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.033 0.116 0.663 2 F 0.026 0.105 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.233 0.066 0.103 0.439 3 S 0.141 0.292 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.081 0.062 0.352 4 L 0.374 0.164 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.080 0.058 0.279 5 R 0.076 0.077 0.008 0.002 0.011 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.064 0.096 0.550 6 D 0.037 0.022 0.011 0.001 0.026 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.050 0.089 0.685 7 A 0.246 0.017 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.087 0.091 0.467 8 K 0.275 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.152 0.074 0.435 9 C 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.041 0.098 0.758 10 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.023 0.151 0.725 11 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.602 0.047 0.056 0.258 12 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.561 0.070 0.037 0.295 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.026 0.010 0.005 0.673 0.029 0.033 0.202 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.006 0.926 0.014 0.005 0.031 15 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 0.630 0.051 0.027 0.253 16 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.038 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.791 0.016 0.018 0.102 17 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 0.053 0.105 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.038 0.054 0.293 18 L 0.016 0.003 0.001 0.001 0.108 0.036 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.062 0.077 0.317 19 H 0.109 0.018 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.049 0.115 0.524 20 G 0.124 0.187 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.056 0.087 0.513 21 T 0.051 0.628 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.034 0.036 0.230 22 G 0.026 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.011 0.057 23 A 0.019 0.878 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.008 0.040 24 L 0.018 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.015 25 K 0.018 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.017 26 R 0.019 0.890 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 0.006 0.035 27 R 0.049 0.780 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.056 0.015 0.056 28 I 0.073 0.184 0.287 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.326 0.023 0.085 29 M 0.661 0.061 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.035 0.187 30 D 0.035 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.024 0.102 0.776 31 M 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.070 0.188 0.654 32 G 0.048 0.012 0.010 0.001 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.090 0.138 0.624 33 I 0.042 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.027 0.118 0.753 34 T 0.489 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.116 0.065 0.259 35 R 0.062 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.054 0.155 0.622 36 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.020 0.134 0.640 37 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.689 0.025 0.047 0.213 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.752 0.050 0.023 0.152 39 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.017 0.014 0.007 0.004 0.667 0.033 0.027 0.214 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.013 0.006 0.858 0.026 0.008 0.056 41 I 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.617 0.074 0.030 0.243 42 R 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.592 0.030 0.044 0.294 43 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.575 0.024 0.064 0.301 44 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.021 0.104 0.732 45 A 0.151 0.003 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.121 0.100 0.418 46 P 0.171 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.050 0.079 0.640 47 L 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.126 0.827 48 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.011 0.172 0.719 49 D 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.068 0.136 0.520 50 P 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.032 0.002 0.005 0.002 0.004 0.003 0.338 0.121 0.101 0.363 51 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.008 0.013 0.007 0.747 0.079 0.025 0.100 52 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.021 0.013 0.699 0.061 0.021 0.134 53 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.030 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.731 0.032 0.009 0.037 54 N 0.005 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.041 0.034 0.160 55 V 0.428 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.181 0.042 0.104 56 R 0.036 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.029 0.168 0.504 57 G 0.016 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.096 0.129 0.448 58 Y 0.012 0.230 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.078 0.063 0.183 59 E 0.039 0.327 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.119 0.036 0.166 60 L 0.055 0.392 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.112 0.016 0.005 0.002 0.157 0.078 0.021 0.129 61 S 0.056 0.103 0.019 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.098 0.016 0.004 0.174 0.318 0.032 0.147 62 L 0.051 0.246 0.014 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.183 0.192 0.064 0.233 63 R 0.094 0.332 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.092 0.092 0.296 64 K 0.079 0.318 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.080 0.069 0.386 65 S 0.112 0.214 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.135 0.080 0.373 66 A 0.274 0.086 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.142 0.070 0.350 67 A 0.053 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.096 0.135 0.612 68 E 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.438 0.075 0.080 0.374 69 M 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.417 0.059 0.056 0.450 70 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.708 0.025 0.033 0.220 71 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.628 0.032 0.038 0.286 72 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.033 0.072 0.541 73 E 0.021 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.390 0.045 0.072 0.445