# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.045 0.002 0.046 0.034 0.083 0.105 0.004 0.001 0.031 0.609 2 F 0.016 0.040 0.011 0.071 0.147 0.116 0.082 0.004 0.004 0.028 0.480 3 S 0.228 0.209 0.002 0.030 0.042 0.066 0.045 0.015 0.001 0.039 0.323 4 L 0.329 0.123 0.004 0.017 0.031 0.037 0.063 0.029 0.001 0.055 0.312 5 R 0.075 0.045 0.005 0.040 0.041 0.062 0.083 0.006 0.003 0.053 0.587 6 D 0.086 0.010 0.018 0.013 0.021 0.059 0.090 0.007 0.018 0.096 0.581 7 A 0.165 0.003 0.002 0.018 0.045 0.033 0.085 0.004 0.002 0.032 0.611 8 K 0.669 0.001 0.001 0.009 0.007 0.009 0.028 0.002 0.001 0.028 0.246 9 C 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.012 0.091 0.001 0.001 0.006 0.874 10 G 0.007 0.002 0.001 0.010 0.011 0.039 0.140 0.001 0.001 0.023 0.766 11 Q 0.002 0.001 0.001 0.025 0.525 0.264 0.048 0.001 0.001 0.019 0.115 12 T 0.001 0.001 0.001 0.109 0.093 0.481 0.036 0.001 0.001 0.031 0.247 13 V 0.001 0.001 0.001 0.039 0.469 0.379 0.010 0.001 0.001 0.017 0.084 14 K 0.001 0.001 0.001 0.106 0.351 0.474 0.006 0.001 0.001 0.023 0.038 15 V 0.006 0.002 0.001 0.088 0.362 0.326 0.016 0.001 0.001 0.057 0.143 16 V 0.001 0.001 0.001 0.098 0.392 0.452 0.007 0.001 0.001 0.016 0.033 17 K 0.008 0.002 0.001 0.057 0.270 0.382 0.028 0.001 0.001 0.058 0.194 18 L 0.005 0.003 0.001 0.136 0.274 0.245 0.055 0.001 0.001 0.042 0.237 19 H 0.061 0.033 0.002 0.066 0.083 0.089 0.106 0.004 0.001 0.043 0.513 20 G 0.129 0.163 0.002 0.015 0.012 0.018 0.087 0.010 0.001 0.054 0.510 21 T 0.044 0.507 0.001 0.004 0.004 0.005 0.046 0.007 0.001 0.030 0.352 22 G 0.019 0.728 0.001 0.008 0.007 0.016 0.030 0.002 0.001 0.051 0.139 23 A 0.010 0.784 0.003 0.005 0.014 0.009 0.020 0.002 0.001 0.063 0.092 24 L 0.016 0.921 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.004 0.001 0.015 0.028 25 K 0.010 0.948 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.014 0.015 26 R 0.016 0.853 0.005 0.003 0.005 0.005 0.008 0.002 0.001 0.042 0.061 27 R 0.049 0.813 0.021 0.005 0.002 0.005 0.015 0.013 0.005 0.027 0.044 28 I 0.172 0.119 0.276 0.009 0.006 0.008 0.032 0.045 0.127 0.116 0.089 29 M 0.751 0.019 0.002 0.003 0.003 0.005 0.021 0.005 0.001 0.012 0.178 30 D 0.031 0.016 0.001 0.015 0.003 0.012 0.077 0.004 0.001 0.018 0.823 31 M 0.023 0.004 0.003 0.044 0.016 0.024 0.134 0.001 0.001 0.039 0.711 32 G 0.027 0.004 0.003 0.019 0.033 0.063 0.119 0.002 0.002 0.100 0.627 33 I 0.013 0.002 0.001 0.014 0.026 0.015 0.082 0.001 0.001 0.014 0.833 34 T 0.732 0.002 0.001 0.032 0.006 0.009 0.041 0.003 0.001 0.038 0.135 35 R 0.012 0.002 0.001 0.013 0.005 0.021 0.113 0.001 0.001 0.018 0.814 36 G 0.004 0.002 0.001 0.031 0.007 0.035 0.125 0.001 0.001 0.017 0.779 37 C 0.002 0.003 0.001 0.071 0.385 0.359 0.039 0.001 0.001 0.030 0.111 38 E 0.002 0.003 0.001 0.099 0.158 0.341 0.044 0.001 0.001 0.049 0.302 39 I 0.001 0.002 0.001 0.109 0.437 0.320 0.012 0.001 0.001 0.017 0.100 40 Y 0.005 0.003 0.002 0.104 0.312 0.436 0.013 0.001 0.001 0.042 0.081 41 I 0.027 0.005 0.001 0.086 0.270 0.363 0.024 0.003 0.001 0.066 0.156 42 R 0.015 0.003 0.001 0.090 0.280 0.299 0.036 0.002 0.001 0.066 0.208 43 K 0.008 0.003 0.001 0.075 0.166 0.277 0.055 0.001 0.001 0.030 0.384 44 V 0.013 0.004 0.008 0.037 0.109 0.136 0.074 0.004 0.009 0.098 0.508 45 A 0.365 0.002 0.002 0.014 0.068 0.037 0.063 0.005 0.002 0.052 0.390 46 P 0.598 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.033 0.002 0.001 0.030 0.321 47 L 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.071 0.001 0.001 0.004 0.906 48 G 0.010 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.140 0.001 0.001 0.011 0.816 49 D 0.009 0.002 0.001 0.026 0.300 0.212 0.118 0.003 0.001 0.043 0.286 50 P 0.005 0.002 0.001 0.053 0.047 0.207 0.079 0.001 0.001 0.072 0.533 51 I 0.001 0.001 0.001 0.050 0.325 0.491 0.019 0.001 0.001 0.029 0.082 52 Q 0.003 0.001 0.001 0.094 0.241 0.327 0.024 0.001 0.001 0.055 0.256 53 I 0.001 0.001 0.001 0.101 0.519 0.309 0.007 0.001 0.001 0.012 0.051 54 N 0.011 0.002 0.001 0.100 0.290 0.379 0.020 0.001 0.001 0.057 0.138 55 V 0.215 0.004 0.001 0.061 0.144 0.150 0.054 0.005 0.001 0.100 0.263 56 R 0.011 0.003 0.001 0.048 0.087 0.154 0.089 0.002 0.001 0.026 0.578 57 G 0.006 0.006 0.001 0.028 0.045 0.179 0.107 0.001 0.001 0.032 0.595 58 Y 0.003 0.008 0.001 0.051 0.373 0.330 0.044 0.001 0.001 0.043 0.147 59 E 0.007 0.018 0.001 0.069 0.240 0.266 0.036 0.001 0.001 0.075 0.286 60 L 0.006 0.027 0.001 0.068 0.342 0.346 0.022 0.001 0.001 0.030 0.157 61 S 0.009 0.030 0.001 0.062 0.220 0.295 0.033 0.001 0.001 0.137 0.209 62 L 0.010 0.091 0.004 0.043 0.253 0.202 0.037 0.003 0.001 0.065 0.290 63 R 0.124 0.376 0.004 0.016 0.126 0.077 0.025 0.026 0.002 0.033 0.193 64 K 0.191 0.251 0.010 0.016 0.063 0.072 0.048 0.013 0.005 0.052 0.280 65 S 0.118 0.129 0.023 0.020 0.080 0.077 0.072 0.008 0.005 0.052 0.417 66 A 0.160 0.069 0.006 0.038 0.055 0.183 0.078 0.016 0.002 0.051 0.342 67 A 0.051 0.021 0.012 0.028 0.052 0.080 0.115 0.006 0.003 0.096 0.537 68 E 0.017 0.012 0.002 0.094 0.118 0.249 0.069 0.002 0.001 0.051 0.384 69 M 0.011 0.006 0.001 0.069 0.072 0.169 0.058 0.002 0.001 0.076 0.535 70 I 0.003 0.002 0.001 0.157 0.353 0.271 0.032 0.001 0.001 0.034 0.146 71 E 0.005 0.005 0.001 0.167 0.164 0.291 0.037 0.001 0.001 0.068 0.260 72 V 0.018 0.005 0.001 0.136 0.193 0.156 0.052 0.003 0.001 0.059 0.375 73 E 0.064 0.013 0.002 0.127 0.117 0.110 0.076 0.006 0.001 0.076 0.407