# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.039 0.020 0.029 0.061 0.128 0.036 0.658 2 F 0.039 0.059 0.044 0.116 0.097 0.124 0.069 0.452 3 S 0.155 0.206 0.020 0.026 0.042 0.072 0.064 0.415 4 L 0.313 0.161 0.031 0.046 0.040 0.054 0.063 0.291 5 R 0.133 0.078 0.022 0.057 0.062 0.084 0.052 0.513 6 D 0.035 0.012 0.040 0.026 0.050 0.078 0.108 0.652 7 A 0.181 0.005 0.023 0.025 0.038 0.115 0.052 0.561 8 K 0.548 0.002 0.009 0.013 0.012 0.039 0.053 0.323 9 C 0.013 0.001 0.006 0.006 0.023 0.097 0.007 0.847 10 G 0.004 0.001 0.034 0.015 0.115 0.098 0.020 0.713 11 Q 0.006 0.002 0.046 0.345 0.317 0.051 0.025 0.209 12 T 0.002 0.002 0.129 0.215 0.337 0.033 0.030 0.253 13 V 0.001 0.001 0.129 0.325 0.398 0.014 0.018 0.113 14 K 0.002 0.001 0.201 0.391 0.357 0.006 0.016 0.027 15 V 0.005 0.001 0.182 0.293 0.300 0.018 0.039 0.162 16 V 0.005 0.001 0.153 0.362 0.355 0.020 0.018 0.085 17 K 0.018 0.002 0.097 0.166 0.308 0.056 0.050 0.303 18 L 0.015 0.005 0.071 0.117 0.152 0.107 0.047 0.485 19 H 0.073 0.025 0.042 0.064 0.082 0.114 0.041 0.559 20 G 0.152 0.179 0.013 0.016 0.021 0.087 0.057 0.475 21 T 0.048 0.548 0.007 0.006 0.009 0.045 0.027 0.310 22 G 0.025 0.769 0.007 0.006 0.008 0.024 0.038 0.122 23 A 0.011 0.896 0.003 0.007 0.007 0.011 0.028 0.038 24 L 0.007 0.967 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.008 25 K 0.004 0.949 0.001 0.002 0.003 0.002 0.029 0.008 26 R 0.005 0.864 0.017 0.012 0.008 0.004 0.071 0.019 27 R 0.018 0.848 0.019 0.013 0.013 0.008 0.058 0.023 28 I 0.214 0.151 0.214 0.027 0.030 0.025 0.279 0.061 29 M 0.767 0.024 0.008 0.008 0.006 0.023 0.030 0.135 30 D 0.043 0.002 0.003 0.003 0.004 0.021 0.014 0.911 31 M 0.004 0.002 0.009 0.006 0.019 0.148 0.018 0.794 32 G 0.004 0.001 0.029 0.058 0.101 0.159 0.041 0.606 33 I 0.046 0.001 0.015 0.022 0.016 0.072 0.015 0.815 34 T 0.771 0.003 0.014 0.012 0.007 0.021 0.068 0.104 35 R 0.098 0.002 0.013 0.007 0.027 0.128 0.008 0.717 36 G 0.005 0.001 0.030 0.007 0.058 0.058 0.008 0.833 37 C 0.002 0.002 0.106 0.271 0.339 0.062 0.020 0.199 38 E 0.001 0.002 0.135 0.244 0.372 0.032 0.027 0.187 39 I 0.002 0.002 0.119 0.440 0.275 0.010 0.029 0.124 40 Y 0.004 0.002 0.215 0.396 0.322 0.007 0.024 0.031 41 I 0.024 0.005 0.113 0.259 0.362 0.020 0.027 0.190 42 R 0.021 0.004 0.093 0.370 0.291 0.024 0.018 0.179 43 K 0.013 0.003 0.032 0.169 0.262 0.063 0.034 0.423 44 V 0.018 0.002 0.036 0.079 0.103 0.081 0.036 0.646 45 A 0.451 0.002 0.013 0.087 0.061 0.058 0.036 0.293 46 P 0.433 0.001 0.005 0.010 0.010 0.047 0.027 0.467 47 L 0.009 0.001 0.006 0.006 0.023 0.121 0.008 0.827 48 G 0.007 0.001 0.006 0.003 0.012 0.061 0.009 0.902 49 D 0.125 0.005 0.018 0.110 0.073 0.137 0.081 0.451 50 P 0.005 0.002 0.055 0.048 0.108 0.099 0.037 0.646 51 I 0.001 0.001 0.175 0.177 0.512 0.020 0.020 0.094 52 Q 0.001 0.001 0.187 0.276 0.385 0.010 0.042 0.098 53 I 0.001 0.001 0.330 0.406 0.175 0.009 0.018 0.062 54 N 0.041 0.005 0.290 0.198 0.306 0.023 0.032 0.105 55 V 0.263 0.014 0.145 0.088 0.070 0.061 0.051 0.309 56 R 0.031 0.021 0.077 0.036 0.123 0.109 0.010 0.594 57 G 0.008 0.018 0.051 0.025 0.154 0.062 0.071 0.611 58 Y 0.008 0.055 0.043 0.372 0.267 0.044 0.081 0.130 59 E 0.013 0.055 0.058 0.323 0.327 0.022 0.082 0.119 60 L 0.033 0.108 0.044 0.251 0.239 0.042 0.043 0.241 61 S 0.007 0.023 0.118 0.214 0.297 0.023 0.228 0.091 62 L 0.010 0.084 0.068 0.130 0.174 0.052 0.302 0.180 63 R 0.145 0.377 0.028 0.065 0.085 0.032 0.145 0.123 64 K 0.171 0.265 0.017 0.050 0.053 0.057 0.072 0.315 65 S 0.045 0.179 0.020 0.018 0.040 0.076 0.072 0.549 66 A 0.189 0.118 0.024 0.026 0.049 0.086 0.120 0.388 67 A 0.106 0.028 0.027 0.033 0.034 0.101 0.129 0.542 68 E 0.021 0.016 0.045 0.050 0.091 0.101 0.040 0.636 69 M 0.011 0.006 0.064 0.036 0.130 0.090 0.044 0.619 70 I 0.008 0.004 0.146 0.220 0.208 0.094 0.041 0.280 71 E 0.014 0.004 0.127 0.136 0.267 0.063 0.052 0.335 72 V 0.030 0.007 0.059 0.139 0.138 0.080 0.080 0.466 73 E 0.057 0.010 0.071 0.096 0.108 0.098 0.060 0.500