# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.299 0.114 0.046 0.156 0.110 0.093 0.084 0.043 0.029 0.016 0.009 2 F 0.113 0.073 0.040 0.080 0.106 0.103 0.140 0.113 0.103 0.084 0.045 3 S 0.078 0.293 0.074 0.237 0.164 0.062 0.053 0.020 0.011 0.006 0.003 4 L 0.007 0.006 0.007 0.017 0.017 0.040 0.094 0.133 0.222 0.205 0.252 5 R 0.174 0.184 0.109 0.271 0.156 0.051 0.031 0.011 0.007 0.004 0.002 6 D 0.083 0.217 0.078 0.290 0.173 0.068 0.052 0.018 0.012 0.007 0.003 7 A 0.008 0.006 0.005 0.015 0.021 0.047 0.113 0.155 0.233 0.177 0.220 8 K 0.202 0.373 0.099 0.185 0.083 0.026 0.017 0.007 0.004 0.003 0.001 9 C 0.070 0.106 0.077 0.166 0.117 0.118 0.133 0.077 0.062 0.043 0.031 10 G 0.438 0.193 0.045 0.129 0.088 0.041 0.028 0.014 0.011 0.008 0.005 11 Q 0.140 0.243 0.050 0.181 0.132 0.103 0.085 0.031 0.021 0.011 0.005 12 T 0.114 0.131 0.056 0.280 0.196 0.099 0.062 0.029 0.018 0.009 0.006 13 V 0.006 0.006 0.009 0.018 0.029 0.053 0.130 0.167 0.199 0.209 0.174 14 K 0.015 0.093 0.070 0.379 0.272 0.086 0.054 0.019 0.008 0.003 0.001 15 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.020 0.042 0.174 0.325 0.427 16 V 0.010 0.019 0.033 0.189 0.209 0.164 0.189 0.071 0.057 0.037 0.020 17 K 0.040 0.137 0.132 0.291 0.174 0.086 0.063 0.028 0.024 0.016 0.008 18 L 0.005 0.005 0.006 0.015 0.024 0.048 0.112 0.189 0.203 0.186 0.205 19 H 0.192 0.254 0.082 0.177 0.120 0.045 0.053 0.031 0.021 0.019 0.006 20 G 0.074 0.125 0.050 0.105 0.077 0.083 0.126 0.098 0.105 0.094 0.062 21 T 0.211 0.359 0.055 0.152 0.114 0.047 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 22 G 0.738 0.124 0.024 0.042 0.025 0.014 0.015 0.009 0.005 0.003 0.001 23 A 0.271 0.192 0.062 0.203 0.124 0.072 0.040 0.017 0.010 0.006 0.002 24 L 0.010 0.016 0.022 0.055 0.060 0.110 0.222 0.156 0.172 0.102 0.075 25 K 0.010 0.024 0.064 0.150 0.192 0.181 0.197 0.086 0.056 0.029 0.012 26 R 0.020 0.041 0.304 0.215 0.163 0.107 0.080 0.030 0.022 0.012 0.005 27 R 0.005 0.012 0.074 0.093 0.116 0.160 0.242 0.128 0.095 0.048 0.027 28 I 0.002 0.004 0.018 0.012 0.015 0.024 0.088 0.139 0.219 0.262 0.217 29 M 0.005 0.014 0.118 0.137 0.180 0.147 0.171 0.093 0.067 0.052 0.016 30 D 0.035 0.055 0.260 0.236 0.176 0.087 0.076 0.032 0.023 0.014 0.005 31 M 0.011 0.010 0.015 0.021 0.029 0.068 0.206 0.181 0.220 0.152 0.089 32 G 0.162 0.154 0.053 0.100 0.089 0.077 0.118 0.078 0.082 0.053 0.033 33 I 0.013 0.012 0.018 0.035 0.033 0.047 0.115 0.121 0.196 0.200 0.207 34 T 0.063 0.102 0.056 0.137 0.135 0.106 0.120 0.086 0.084 0.060 0.051 35 R 0.154 0.448 0.053 0.138 0.098 0.040 0.034 0.015 0.010 0.006 0.004 36 G 0.651 0.142 0.019 0.075 0.047 0.024 0.017 0.010 0.007 0.005 0.004 37 C 0.066 0.074 0.026 0.099 0.128 0.152 0.159 0.107 0.083 0.066 0.041 38 E 0.088 0.219 0.053 0.333 0.177 0.061 0.040 0.015 0.008 0.004 0.002 39 I 0.003 0.002 0.004 0.007 0.010 0.024 0.080 0.137 0.224 0.249 0.260 40 Y 0.026 0.089 0.082 0.370 0.273 0.077 0.045 0.017 0.012 0.006 0.002 41 I 0.001 0.003 0.009 0.011 0.009 0.019 0.054 0.078 0.209 0.281 0.325 42 R 0.011 0.021 0.042 0.156 0.177 0.135 0.165 0.097 0.088 0.065 0.042 43 K 0.049 0.087 0.143 0.190 0.140 0.101 0.111 0.063 0.057 0.041 0.019 44 V 0.048 0.048 0.058 0.160 0.152 0.138 0.158 0.089 0.069 0.049 0.031 45 A 0.083 0.046 0.041 0.082 0.069 0.096 0.182 0.125 0.137 0.089 0.052 46 P 0.217 0.178 0.075 0.156 0.101 0.073 0.078 0.042 0.037 0.025 0.015 47 L 0.101 0.070 0.039 0.093 0.085 0.117 0.160 0.112 0.096 0.069 0.058 48 G 0.432 0.165 0.043 0.104 0.074 0.054 0.048 0.029 0.024 0.017 0.011 49 D 0.075 0.089 0.033 0.128 0.128 0.132 0.154 0.093 0.078 0.053 0.036 50 P 0.070 0.059 0.038 0.097 0.108 0.114 0.123 0.108 0.111 0.098 0.074 51 I 0.008 0.014 0.014 0.041 0.056 0.132 0.186 0.183 0.148 0.127 0.091 52 Q 0.012 0.051 0.058 0.238 0.169 0.159 0.122 0.073 0.057 0.038 0.021 53 I 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.008 0.037 0.140 0.202 0.279 0.318 54 N 0.023 0.072 0.066 0.263 0.247 0.102 0.094 0.052 0.038 0.028 0.014 55 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.013 0.032 0.054 0.170 0.283 0.428 56 R 0.046 0.134 0.060 0.326 0.259 0.081 0.057 0.017 0.011 0.006 0.002 57 G 0.237 0.211 0.067 0.146 0.106 0.054 0.060 0.040 0.040 0.026 0.012 58 Y 0.016 0.020 0.014 0.052 0.074 0.125 0.168 0.135 0.157 0.147 0.091 59 E 0.033 0.079 0.062 0.183 0.147 0.141 0.168 0.079 0.060 0.032 0.015 60 L 0.003 0.008 0.020 0.029 0.037 0.049 0.135 0.171 0.206 0.215 0.127 61 S 0.014 0.026 0.074 0.110 0.100 0.088 0.170 0.131 0.128 0.094 0.066 62 L 0.002 0.005 0.023 0.021 0.020 0.037 0.109 0.144 0.213 0.248 0.178 63 R 0.008 0.045 0.097 0.131 0.131 0.138 0.199 0.089 0.077 0.059 0.027 64 K 0.019 0.027 0.072 0.148 0.179 0.189 0.206 0.085 0.041 0.024 0.010 65 S 0.530 0.086 0.173 0.104 0.046 0.022 0.019 0.009 0.005 0.005 0.002 66 A 0.065 0.139 0.094 0.211 0.154 0.120 0.125 0.042 0.029 0.015 0.007 67 A 0.005 0.005 0.013 0.017 0.018 0.044 0.099 0.115 0.223 0.216 0.243 68 E 0.062 0.072 0.331 0.283 0.171 0.047 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 69 M 0.012 0.065 0.247 0.244 0.188 0.125 0.074 0.023 0.014 0.006 0.003 70 I 0.007 0.005 0.012 0.009 0.014 0.028 0.106 0.151 0.224 0.229 0.215 71 E 0.063 0.142 0.168 0.232 0.205 0.074 0.068 0.026 0.013 0.007 0.002 72 V 0.009 0.018 0.103 0.053 0.040 0.056 0.096 0.101 0.184 0.196 0.143 73 E 0.138 0.119 0.123 0.220 0.180 0.080 0.076 0.028 0.020 0.011 0.004