# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.017 0.006 0.065 0.034 0.081 0.082 0.003 0.001 0.004 0.629 2 F 0.080 0.019 0.006 0.117 0.096 0.131 0.096 0.001 0.001 0.008 0.446 3 S 0.006 0.004 0.001 0.014 0.009 0.016 0.128 0.001 0.001 0.001 0.821 4 L 0.081 0.023 0.003 0.093 0.046 0.147 0.048 0.001 0.001 0.005 0.554 5 R 0.019 0.052 0.001 0.041 0.040 0.054 0.389 0.001 0.001 0.010 0.394 6 D 0.243 0.052 0.002 0.019 0.016 0.036 0.304 0.005 0.001 0.014 0.308 7 A 0.450 0.203 0.005 0.038 0.032 0.049 0.050 0.006 0.001 0.006 0.162 8 K 0.047 0.107 0.011 0.023 0.068 0.047 0.273 0.007 0.001 0.007 0.411 9 C 0.016 0.022 0.004 0.008 0.018 0.020 0.046 0.005 0.001 0.004 0.858 10 G 0.156 0.028 0.006 0.023 0.070 0.216 0.062 0.010 0.001 0.027 0.402 11 Q 0.617 0.007 0.026 0.030 0.052 0.044 0.086 0.003 0.001 0.008 0.128 12 T 0.020 0.002 0.002 0.041 0.036 0.037 0.083 0.001 0.001 0.001 0.775 13 V 0.014 0.002 0.002 0.149 0.269 0.460 0.012 0.001 0.001 0.001 0.091 14 K 0.005 0.001 0.001 0.360 0.268 0.274 0.022 0.001 0.001 0.001 0.069 15 V 0.004 0.001 0.001 0.169 0.215 0.384 0.018 0.001 0.001 0.001 0.206 16 V 0.002 0.001 0.001 0.297 0.262 0.425 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 17 K 0.001 0.001 0.001 0.074 0.145 0.226 0.067 0.001 0.001 0.001 0.484 18 L 0.005 0.002 0.001 0.169 0.229 0.447 0.022 0.001 0.001 0.003 0.123 19 H 0.017 0.003 0.001 0.070 0.122 0.196 0.139 0.001 0.001 0.006 0.446 20 G 0.023 0.003 0.001 0.035 0.041 0.082 0.174 0.001 0.001 0.008 0.631 21 T 0.010 0.002 0.001 0.007 0.005 0.017 0.220 0.001 0.001 0.002 0.735 22 G 0.051 0.005 0.001 0.011 0.006 0.012 0.146 0.001 0.001 0.028 0.739 23 A 0.056 0.023 0.005 0.006 0.004 0.006 0.295 0.001 0.001 0.006 0.598 24 L 0.065 0.164 0.004 0.012 0.015 0.033 0.242 0.001 0.001 0.007 0.458 25 K 0.048 0.548 0.002 0.009 0.007 0.027 0.048 0.001 0.001 0.002 0.308 26 R 0.023 0.788 0.001 0.003 0.006 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.155 27 R 0.035 0.848 0.001 0.002 0.003 0.003 0.011 0.005 0.001 0.001 0.091 28 I 0.024 0.930 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.030 29 M 0.022 0.928 0.002 0.003 0.007 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 0.019 30 D 0.069 0.842 0.008 0.003 0.006 0.004 0.007 0.027 0.001 0.001 0.033 31 M 0.228 0.594 0.008 0.008 0.007 0.008 0.008 0.080 0.001 0.001 0.058 32 G 0.259 0.183 0.044 0.029 0.014 0.021 0.018 0.172 0.001 0.015 0.245 33 I 0.084 0.022 0.547 0.072 0.016 0.014 0.076 0.010 0.001 0.004 0.156 34 T 0.043 0.022 0.019 0.154 0.153 0.117 0.246 0.003 0.001 0.005 0.238 35 R 0.002 0.005 0.001 0.026 0.016 0.023 0.024 0.002 0.001 0.001 0.901 36 G 0.022 0.005 0.006 0.127 0.074 0.142 0.144 0.003 0.001 0.018 0.460 37 C 0.632 0.001 0.006 0.051 0.069 0.066 0.080 0.001 0.001 0.007 0.089 38 E 0.030 0.001 0.001 0.067 0.103 0.107 0.120 0.001 0.001 0.003 0.567 39 I 0.009 0.001 0.002 0.148 0.274 0.376 0.026 0.001 0.001 0.001 0.162 40 Y 0.004 0.001 0.001 0.271 0.362 0.308 0.015 0.001 0.001 0.001 0.039 41 I 0.002 0.001 0.001 0.124 0.261 0.370 0.022 0.001 0.001 0.001 0.219 42 R 0.001 0.001 0.001 0.305 0.204 0.463 0.005 0.001 0.001 0.002 0.018 43 K 0.004 0.003 0.001 0.166 0.259 0.338 0.044 0.001 0.001 0.002 0.183 44 V 0.007 0.005 0.001 0.113 0.124 0.354 0.037 0.001 0.001 0.003 0.356 45 A 0.034 0.003 0.001 0.122 0.199 0.345 0.052 0.001 0.001 0.004 0.240 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.983 47 L 0.018 0.002 0.001 0.020 0.079 0.222 0.048 0.001 0.001 0.002 0.609 48 G 0.103 0.005 0.001 0.023 0.036 0.059 0.054 0.001 0.001 0.025 0.694 49 D 0.356 0.001 0.004 0.014 0.040 0.038 0.099 0.001 0.001 0.006 0.442 50 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.972 51 I 0.010 0.001 0.001 0.077 0.281 0.376 0.123 0.001 0.001 0.003 0.129 52 Q 0.048 0.002 0.001 0.132 0.153 0.289 0.080 0.001 0.001 0.004 0.291 53 I 0.012 0.004 0.001 0.142 0.347 0.405 0.013 0.001 0.001 0.001 0.075 54 N 0.004 0.004 0.001 0.124 0.369 0.355 0.021 0.001 0.001 0.001 0.122 55 V 0.001 0.002 0.001 0.044 0.408 0.472 0.011 0.001 0.001 0.001 0.061 56 R 0.005 0.004 0.001 0.056 0.186 0.427 0.074 0.001 0.001 0.003 0.245 57 G 0.044 0.003 0.002 0.040 0.056 0.085 0.168 0.001 0.001 0.020 0.580 58 Y 0.201 0.010 0.005 0.052 0.154 0.208 0.125 0.001 0.001 0.008 0.237 59 E 0.042 0.011 0.003 0.062 0.136 0.200 0.151 0.001 0.001 0.008 0.386 60 L 0.025 0.015 0.003 0.071 0.217 0.333 0.061 0.001 0.001 0.004 0.272 61 S 0.019 0.056 0.001 0.078 0.241 0.349 0.065 0.001 0.001 0.004 0.187 62 L 0.025 0.111 0.001 0.055 0.228 0.323 0.053 0.001 0.001 0.004 0.199 63 R 0.025 0.164 0.003 0.035 0.104 0.268 0.105 0.003 0.001 0.003 0.290 64 K 0.084 0.142 0.005 0.036 0.046 0.117 0.060 0.003 0.001 0.005 0.502 65 S 0.032 0.134 0.007 0.010 0.031 0.054 0.107 0.004 0.001 0.004 0.617 66 A 0.130 0.227 0.010 0.017 0.029 0.055 0.111 0.005 0.001 0.008 0.408 67 A 0.140 0.489 0.011 0.019 0.035 0.055 0.021 0.006 0.001 0.004 0.220 68 E 0.082 0.494 0.007 0.018 0.096 0.086 0.055 0.007 0.001 0.004 0.151 69 M 0.408 0.246 0.009 0.021 0.032 0.043 0.038 0.016 0.001 0.005 0.183 70 I 0.269 0.225 0.017 0.069 0.135 0.141 0.022 0.016 0.001 0.002 0.103 71 E 0.033 0.055 0.028 0.126 0.152 0.148 0.060 0.009 0.001 0.002 0.385 72 V 0.013 0.024 0.017 0.200 0.239 0.298 0.021 0.002 0.001 0.002 0.185 73 E 0.009 0.009 0.001 0.126 0.170 0.377 0.037 0.001 0.001 0.001 0.270