# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.141 0.302 0.207 0.147 0.062 0.051 0.048 0.004 0.036 0.003 0.001 2 F 0.051 0.566 0.228 0.025 0.078 0.019 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 3 S 0.082 0.139 0.585 0.019 0.032 0.093 0.004 0.001 0.041 0.002 0.003 4 L 0.701 0.047 0.159 0.044 0.012 0.024 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 5 R 0.706 0.057 0.047 0.139 0.026 0.007 0.008 0.002 0.005 0.003 0.001 6 D 0.313 0.078 0.084 0.270 0.044 0.034 0.126 0.025 0.016 0.007 0.001 7 A 0.183 0.190 0.438 0.094 0.017 0.018 0.030 0.004 0.022 0.004 0.001 8 K 0.152 0.206 0.473 0.052 0.021 0.036 0.016 0.002 0.039 0.002 0.002 9 C 0.086 0.108 0.498 0.180 0.027 0.022 0.052 0.003 0.019 0.002 0.003 10 G 0.005 0.003 0.016 0.005 0.060 0.003 0.044 0.721 0.002 0.142 0.001 11 Q 0.046 0.331 0.472 0.056 0.059 0.017 0.005 0.001 0.009 0.003 0.001 12 T 0.021 0.664 0.199 0.035 0.041 0.018 0.006 0.001 0.014 0.001 0.002 13 V 0.001 0.843 0.036 0.002 0.111 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 14 K 0.002 0.853 0.096 0.001 0.033 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 15 V 0.004 0.482 0.413 0.003 0.007 0.053 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 16 V 0.016 0.788 0.084 0.011 0.075 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 17 K 0.012 0.562 0.117 0.017 0.194 0.036 0.015 0.002 0.042 0.002 0.001 18 L 0.034 0.649 0.218 0.017 0.038 0.025 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 19 H 0.090 0.334 0.298 0.083 0.086 0.059 0.012 0.001 0.034 0.003 0.001 20 G 0.126 0.079 0.140 0.033 0.254 0.028 0.025 0.054 0.011 0.248 0.001 21 T 0.398 0.042 0.215 0.231 0.030 0.031 0.036 0.001 0.011 0.003 0.003 22 G 0.253 0.006 0.028 0.020 0.068 0.006 0.084 0.340 0.003 0.191 0.001 23 A 0.864 0.017 0.071 0.024 0.008 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 24 L 0.936 0.015 0.018 0.014 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.988 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.983 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.976 0.003 0.003 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 M 0.979 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.904 0.003 0.004 0.078 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 M 0.303 0.006 0.022 0.643 0.002 0.002 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 32 G 0.092 0.007 0.047 0.058 0.043 0.004 0.226 0.408 0.002 0.114 0.001 33 I 0.097 0.171 0.605 0.060 0.012 0.024 0.013 0.001 0.015 0.001 0.001 34 T 0.031 0.432 0.414 0.025 0.039 0.019 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 35 R 0.115 0.043 0.657 0.108 0.019 0.023 0.016 0.002 0.007 0.002 0.008 36 G 0.014 0.007 0.031 0.010 0.066 0.005 0.043 0.678 0.005 0.140 0.001 37 C 0.052 0.349 0.426 0.049 0.089 0.012 0.006 0.002 0.010 0.003 0.002 38 E 0.028 0.425 0.422 0.029 0.025 0.035 0.010 0.001 0.017 0.001 0.006 39 I 0.004 0.834 0.119 0.003 0.028 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 Y 0.009 0.667 0.212 0.005 0.047 0.039 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 41 I 0.015 0.505 0.361 0.007 0.019 0.054 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 42 R 0.065 0.670 0.142 0.021 0.051 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 43 K 0.060 0.505 0.134 0.049 0.154 0.054 0.013 0.002 0.024 0.002 0.001 44 V 0.050 0.707 0.103 0.037 0.064 0.022 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 45 A 0.017 0.187 0.444 0.002 0.057 0.022 0.004 0.001 0.262 0.004 0.001 46 P 0.206 0.006 0.712 0.016 0.001 0.018 0.002 0.001 0.003 0.001 0.034 47 L 0.211 0.100 0.267 0.321 0.029 0.012 0.041 0.005 0.009 0.003 0.002 48 G 0.014 0.006 0.027 0.018 0.065 0.006 0.041 0.627 0.004 0.193 0.001 49 D 0.003 0.184 0.512 0.006 0.060 0.009 0.010 0.001 0.212 0.004 0.001 50 P 0.091 0.003 0.794 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 51 I 0.120 0.537 0.218 0.061 0.036 0.011 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 52 Q 0.017 0.726 0.185 0.016 0.026 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 53 I 0.004 0.901 0.052 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 54 N 0.014 0.558 0.258 0.004 0.027 0.087 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 55 V 0.045 0.525 0.268 0.028 0.025 0.065 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 56 R 0.132 0.216 0.267 0.192 0.085 0.040 0.040 0.002 0.021 0.004 0.002 57 G 0.033 0.016 0.028 0.025 0.154 0.012 0.163 0.432 0.005 0.131 0.001 58 Y 0.109 0.386 0.269 0.092 0.079 0.025 0.016 0.001 0.019 0.002 0.001 59 E 0.133 0.523 0.195 0.024 0.070 0.040 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 60 L 0.209 0.513 0.140 0.024 0.046 0.050 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 61 S 0.226 0.451 0.118 0.040 0.063 0.060 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 62 L 0.358 0.268 0.142 0.079 0.068 0.058 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 63 R 0.391 0.258 0.149 0.050 0.068 0.049 0.010 0.001 0.020 0.002 0.001 64 K 0.806 0.041 0.063 0.041 0.014 0.020 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 65 S 0.725 0.034 0.054 0.100 0.028 0.021 0.022 0.003 0.011 0.002 0.001 66 A 0.608 0.039 0.035 0.246 0.024 0.015 0.024 0.003 0.005 0.002 0.001 67 A 0.661 0.082 0.087 0.092 0.022 0.021 0.012 0.002 0.018 0.001 0.001 68 E 0.744 0.054 0.054 0.115 0.012 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 69 M 0.229 0.234 0.117 0.292 0.039 0.022 0.049 0.003 0.013 0.001 0.001 70 I 0.022 0.609 0.321 0.014 0.014 0.005 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 71 E 0.060 0.256 0.522 0.011 0.015 0.092 0.010 0.001 0.031 0.001 0.002 72 V 0.036 0.615 0.230 0.021 0.030 0.041 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 73 E 0.149 0.296 0.274 0.048 0.057 0.109 0.010 0.002 0.051 0.002 0.001