# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.265 0.074 0.025 0.019 0.187 0.012 0.023 0.058 0.049 0.124 0.162 2 F 0.056 0.408 0.169 0.009 0.268 0.012 0.013 0.023 0.013 0.019 0.012 3 S 0.184 0.277 0.040 0.003 0.412 0.002 0.005 0.023 0.009 0.008 0.037 4 L 0.157 0.062 0.010 0.011 0.088 0.015 0.015 0.204 0.274 0.052 0.111 5 R 0.007 0.042 0.029 0.034 0.024 0.119 0.231 0.361 0.125 0.023 0.005 6 D 0.057 0.039 0.016 0.008 0.098 0.005 0.017 0.138 0.094 0.492 0.036 7 A 0.086 0.274 0.146 0.009 0.177 0.008 0.014 0.112 0.104 0.051 0.018 8 K 0.072 0.112 0.307 0.033 0.079 0.111 0.077 0.118 0.049 0.022 0.020 9 C 0.010 0.447 0.063 0.029 0.032 0.022 0.226 0.084 0.075 0.009 0.004 10 G 0.015 0.003 0.007 0.030 0.005 0.010 0.005 0.012 0.013 0.634 0.266 11 Q 0.021 0.612 0.089 0.003 0.227 0.004 0.014 0.006 0.004 0.012 0.009 12 T 0.430 0.056 0.004 0.002 0.393 0.011 0.021 0.004 0.004 0.007 0.068 13 V 0.128 0.150 0.013 0.004 0.693 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 14 K 0.198 0.044 0.002 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 V 0.654 0.019 0.001 0.001 0.199 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 16 V 0.115 0.219 0.063 0.015 0.469 0.043 0.019 0.002 0.003 0.010 0.041 17 K 0.291 0.078 0.011 0.003 0.584 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.022 18 L 0.264 0.164 0.019 0.015 0.349 0.013 0.007 0.006 0.007 0.025 0.132 19 H 0.097 0.108 0.170 0.124 0.098 0.144 0.158 0.026 0.011 0.028 0.036 20 G 0.051 0.113 0.205 0.177 0.081 0.054 0.044 0.110 0.070 0.060 0.035 21 T 0.016 0.071 0.044 0.221 0.029 0.101 0.041 0.220 0.154 0.090 0.013 22 G 0.012 0.024 0.041 0.061 0.017 0.028 0.029 0.314 0.155 0.287 0.032 23 A 0.018 0.063 0.025 0.003 0.034 0.003 0.013 0.675 0.095 0.056 0.015 24 L 0.016 0.028 0.008 0.001 0.019 0.002 0.004 0.798 0.096 0.022 0.006 25 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.917 0.070 0.002 0.001 26 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.949 0.039 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.963 0.025 0.002 0.001 28 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.908 0.072 0.004 0.001 29 M 0.002 0.009 0.002 0.001 0.004 0.003 0.024 0.817 0.133 0.004 0.001 30 D 0.021 0.005 0.005 0.002 0.013 0.009 0.141 0.528 0.094 0.130 0.051 31 M 0.011 0.660 0.201 0.004 0.071 0.004 0.018 0.011 0.006 0.008 0.005 32 G 0.125 0.055 0.019 0.019 0.094 0.021 0.026 0.034 0.025 0.309 0.272 33 I 0.191 0.194 0.051 0.025 0.258 0.009 0.015 0.046 0.048 0.084 0.079 34 T 0.071 0.169 0.357 0.084 0.140 0.088 0.023 0.027 0.013 0.010 0.019 35 R 0.017 0.111 0.062 0.082 0.029 0.062 0.291 0.191 0.139 0.009 0.007 36 G 0.028 0.015 0.023 0.036 0.016 0.011 0.008 0.013 0.022 0.672 0.154 37 C 0.027 0.585 0.097 0.005 0.229 0.007 0.013 0.006 0.006 0.013 0.011 38 E 0.373 0.044 0.003 0.001 0.532 0.003 0.008 0.002 0.002 0.003 0.028 39 I 0.222 0.127 0.011 0.005 0.604 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 40 Y 0.240 0.084 0.006 0.002 0.638 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 41 I 0.459 0.068 0.006 0.002 0.402 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 42 R 0.203 0.157 0.031 0.019 0.394 0.038 0.024 0.010 0.009 0.022 0.093 43 K 0.205 0.158 0.058 0.014 0.457 0.009 0.016 0.010 0.010 0.019 0.044 44 V 0.170 0.161 0.044 0.028 0.234 0.025 0.028 0.024 0.046 0.165 0.076 45 A 0.057 0.326 0.313 0.034 0.177 0.016 0.018 0.019 0.018 0.011 0.011 46 P 0.126 0.122 0.137 0.050 0.133 0.052 0.082 0.110 0.104 0.039 0.044 47 L 0.039 0.141 0.054 0.081 0.061 0.068 0.222 0.123 0.150 0.044 0.017 48 G 0.028 0.021 0.045 0.152 0.017 0.064 0.027 0.020 0.039 0.495 0.092 49 D 0.046 0.386 0.266 0.017 0.209 0.006 0.011 0.009 0.009 0.026 0.015 50 P 0.348 0.142 0.015 0.006 0.281 0.014 0.026 0.021 0.031 0.030 0.087 51 I 0.134 0.170 0.021 0.014 0.487 0.036 0.078 0.011 0.011 0.014 0.024 52 Q 0.299 0.038 0.003 0.001 0.635 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 53 I 0.184 0.101 0.009 0.001 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 N 0.364 0.073 0.004 0.001 0.489 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.062 55 V 0.310 0.066 0.031 0.076 0.139 0.031 0.010 0.007 0.008 0.034 0.289 56 R 0.010 0.044 0.044 0.353 0.024 0.223 0.235 0.028 0.018 0.015 0.005 57 G 0.082 0.039 0.044 0.081 0.047 0.015 0.008 0.012 0.025 0.501 0.147 58 Y 0.096 0.368 0.075 0.007 0.361 0.010 0.009 0.018 0.015 0.019 0.022 59 E 0.237 0.128 0.014 0.003 0.511 0.010 0.021 0.022 0.016 0.009 0.028 60 L 0.301 0.119 0.013 0.005 0.458 0.007 0.008 0.020 0.015 0.008 0.045 61 S 0.231 0.120 0.019 0.009 0.393 0.022 0.041 0.076 0.015 0.020 0.054 62 L 0.203 0.166 0.048 0.020 0.298 0.017 0.021 0.074 0.029 0.049 0.076 63 R 0.099 0.328 0.104 0.025 0.209 0.018 0.019 0.077 0.026 0.053 0.043 64 K 0.034 0.049 0.018 0.009 0.065 0.014 0.026 0.385 0.318 0.068 0.015 65 S 0.014 0.037 0.023 0.007 0.027 0.016 0.046 0.588 0.198 0.038 0.007 66 A 0.026 0.022 0.006 0.003 0.026 0.004 0.024 0.580 0.154 0.139 0.017 67 A 0.097 0.028 0.007 0.005 0.073 0.010 0.024 0.465 0.166 0.077 0.049 68 E 0.019 0.046 0.014 0.010 0.047 0.049 0.104 0.513 0.140 0.051 0.008 69 M 0.220 0.038 0.009 0.007 0.223 0.007 0.041 0.223 0.074 0.101 0.058 70 I 0.089 0.257 0.058 0.008 0.424 0.013 0.028 0.066 0.022 0.018 0.018 71 E 0.270 0.105 0.014 0.003 0.499 0.004 0.008 0.024 0.007 0.013 0.053 72 V 0.252 0.186 0.027 0.011 0.289 0.010 0.013 0.052 0.030 0.032 0.100 73 E 0.130 0.190 0.084 0.026 0.321 0.052 0.070 0.060 0.017 0.019 0.032