# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.456 0.249 0.141 0.094 0.045 0.013 0.001 2 F 0.467 0.257 0.162 0.080 0.027 0.006 0.001 3 S 0.329 0.327 0.217 0.097 0.023 0.006 0.001 4 L 0.103 0.092 0.197 0.286 0.245 0.074 0.003 5 R 0.391 0.392 0.141 0.054 0.018 0.003 0.001 6 D 0.297 0.409 0.183 0.081 0.025 0.006 0.001 7 A 0.069 0.082 0.203 0.356 0.238 0.050 0.002 8 K 0.360 0.362 0.187 0.067 0.020 0.003 0.001 9 C 0.477 0.333 0.125 0.049 0.013 0.002 0.001 10 G 0.385 0.337 0.168 0.081 0.025 0.004 0.001 11 Q 0.285 0.347 0.195 0.124 0.041 0.007 0.001 12 T 0.106 0.363 0.304 0.153 0.061 0.013 0.001 13 V 0.016 0.044 0.111 0.275 0.396 0.149 0.009 14 K 0.008 0.118 0.302 0.366 0.168 0.037 0.001 15 V 0.007 0.026 0.048 0.132 0.305 0.444 0.038 16 V 0.009 0.077 0.243 0.397 0.228 0.045 0.001 17 K 0.101 0.363 0.282 0.181 0.059 0.014 0.001 18 L 0.013 0.035 0.178 0.380 0.318 0.073 0.002 19 H 0.274 0.394 0.211 0.092 0.026 0.004 0.001 20 G 0.276 0.286 0.228 0.150 0.049 0.010 0.001 21 T 0.694 0.249 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 22 G 0.605 0.276 0.078 0.032 0.007 0.001 0.001 23 A 0.351 0.354 0.183 0.077 0.029 0.006 0.001 24 L 0.079 0.120 0.190 0.282 0.238 0.082 0.009 25 K 0.065 0.197 0.267 0.262 0.146 0.057 0.005 26 R 0.098 0.183 0.208 0.234 0.178 0.089 0.010 27 R 0.036 0.098 0.184 0.273 0.242 0.141 0.026 28 I 0.028 0.034 0.054 0.127 0.242 0.356 0.159 29 M 0.038 0.081 0.146 0.205 0.229 0.208 0.094 30 D 0.087 0.129 0.164 0.212 0.182 0.151 0.073 31 M 0.046 0.046 0.057 0.104 0.183 0.370 0.195 32 G 0.101 0.134 0.130 0.177 0.177 0.192 0.089 33 I 0.075 0.084 0.112 0.196 0.215 0.227 0.091 34 T 0.120 0.160 0.186 0.213 0.189 0.107 0.025 35 R 0.226 0.268 0.223 0.158 0.077 0.041 0.008 36 G 0.340 0.298 0.158 0.108 0.062 0.028 0.007 37 C 0.174 0.201 0.190 0.213 0.148 0.064 0.011 38 E 0.095 0.216 0.240 0.231 0.132 0.074 0.013 39 I 0.037 0.049 0.083 0.196 0.299 0.280 0.055 40 Y 0.054 0.167 0.248 0.283 0.167 0.073 0.008 41 I 0.036 0.062 0.097 0.189 0.292 0.276 0.047 42 R 0.063 0.139 0.204 0.256 0.210 0.112 0.017 43 K 0.127 0.216 0.217 0.218 0.146 0.067 0.008 44 V 0.142 0.213 0.232 0.211 0.136 0.058 0.008 45 A 0.185 0.182 0.189 0.204 0.157 0.074 0.009 46 P 0.219 0.219 0.191 0.176 0.119 0.065 0.011 47 L 0.218 0.188 0.223 0.191 0.111 0.058 0.010 48 G 0.295 0.286 0.205 0.129 0.054 0.025 0.005 49 D 0.147 0.202 0.187 0.188 0.157 0.096 0.022 50 P 0.038 0.061 0.101 0.183 0.254 0.259 0.103 51 I 0.014 0.035 0.056 0.119 0.260 0.386 0.130 52 Q 0.024 0.086 0.170 0.265 0.220 0.178 0.056 53 I 0.007 0.016 0.029 0.067 0.185 0.487 0.208 54 N 0.023 0.103 0.203 0.307 0.204 0.128 0.032 55 V 0.017 0.032 0.071 0.184 0.289 0.326 0.081 56 R 0.096 0.250 0.256 0.203 0.132 0.055 0.007 57 G 0.151 0.301 0.199 0.161 0.111 0.064 0.012 58 Y 0.022 0.059 0.124 0.245 0.328 0.186 0.037 59 E 0.045 0.154 0.208 0.243 0.201 0.129 0.020 60 L 0.012 0.024 0.047 0.109 0.258 0.438 0.114 61 S 0.027 0.077 0.168 0.242 0.249 0.194 0.042 62 L 0.016 0.032 0.065 0.135 0.245 0.386 0.121 63 R 0.039 0.109 0.193 0.238 0.254 0.147 0.020 64 K 0.118 0.228 0.247 0.246 0.124 0.035 0.002 65 S 0.483 0.378 0.088 0.033 0.015 0.003 0.001 66 A 0.256 0.338 0.207 0.141 0.044 0.013 0.001 67 A 0.094 0.085 0.231 0.303 0.223 0.059 0.004 68 E 0.473 0.372 0.105 0.037 0.011 0.002 0.001 69 M 0.442 0.359 0.127 0.050 0.017 0.004 0.001 70 I 0.103 0.093 0.143 0.272 0.257 0.122 0.010 71 E 0.220 0.314 0.237 0.139 0.066 0.022 0.002 72 V 0.185 0.133 0.198 0.259 0.149 0.068 0.009 73 E 0.594 0.264 0.088 0.035 0.015 0.004 0.001