# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.5359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.088 0.122 0.133 0.165 0.128 0.104 0.062 0.044 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 2 F 0.166 0.087 0.103 0.132 0.125 0.130 0.094 0.062 0.043 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 3 S 0.126 0.098 0.109 0.157 0.177 0.110 0.086 0.059 0.040 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 4 L 0.043 0.024 0.033 0.060 0.094 0.138 0.139 0.188 0.124 0.086 0.041 0.017 0.011 0.002 5 R 0.189 0.164 0.152 0.183 0.129 0.083 0.052 0.022 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 6 D 0.286 0.172 0.172 0.129 0.113 0.054 0.033 0.015 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 7 A 0.089 0.061 0.085 0.161 0.184 0.176 0.124 0.064 0.029 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 8 K 0.192 0.194 0.193 0.156 0.113 0.064 0.045 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 9 C 0.143 0.095 0.127 0.166 0.187 0.119 0.068 0.048 0.024 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 10 G 0.174 0.174 0.144 0.163 0.145 0.088 0.049 0.029 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.091 0.083 0.118 0.155 0.186 0.129 0.085 0.062 0.039 0.030 0.013 0.004 0.002 0.001 12 T 0.024 0.039 0.062 0.143 0.222 0.170 0.123 0.074 0.060 0.050 0.017 0.009 0.003 0.003 13 V 0.016 0.008 0.014 0.028 0.042 0.090 0.117 0.118 0.152 0.140 0.136 0.083 0.041 0.016 14 K 0.010 0.017 0.030 0.093 0.103 0.106 0.134 0.168 0.128 0.081 0.064 0.036 0.017 0.013 15 V 0.003 0.002 0.003 0.006 0.011 0.026 0.049 0.131 0.171 0.166 0.180 0.162 0.072 0.016 16 V 0.012 0.015 0.023 0.045 0.062 0.106 0.118 0.228 0.126 0.115 0.081 0.034 0.028 0.008 17 K 0.053 0.066 0.082 0.110 0.172 0.114 0.104 0.067 0.070 0.053 0.048 0.033 0.011 0.016 18 L 0.030 0.020 0.038 0.071 0.111 0.168 0.168 0.125 0.105 0.093 0.042 0.019 0.008 0.003 19 H 0.138 0.152 0.159 0.171 0.140 0.096 0.069 0.035 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 20 G 0.140 0.104 0.114 0.175 0.150 0.138 0.082 0.041 0.032 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 21 T 0.358 0.238 0.159 0.105 0.074 0.034 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.585 0.235 0.099 0.044 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.398 0.236 0.176 0.076 0.056 0.030 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.076 0.054 0.099 0.119 0.209 0.191 0.131 0.076 0.029 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 25 K 0.133 0.131 0.156 0.179 0.195 0.104 0.053 0.027 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 26 R 0.446 0.211 0.129 0.089 0.067 0.027 0.013 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.102 0.105 0.120 0.232 0.170 0.121 0.072 0.047 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 28 I 0.048 0.028 0.044 0.088 0.145 0.177 0.157 0.138 0.120 0.036 0.011 0.006 0.002 0.001 29 M 0.158 0.133 0.124 0.197 0.120 0.093 0.074 0.049 0.023 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 30 D 0.590 0.222 0.112 0.030 0.016 0.013 0.008 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 31 M 0.068 0.055 0.096 0.139 0.214 0.164 0.097 0.057 0.046 0.033 0.021 0.007 0.004 0.002 32 G 0.114 0.091 0.088 0.125 0.152 0.137 0.132 0.082 0.043 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 33 I 0.067 0.055 0.053 0.102 0.146 0.160 0.114 0.100 0.085 0.066 0.030 0.013 0.007 0.002 34 T 0.092 0.080 0.093 0.134 0.126 0.123 0.119 0.087 0.068 0.034 0.023 0.013 0.005 0.002 35 R 0.120 0.086 0.121 0.127 0.146 0.126 0.085 0.048 0.050 0.040 0.028 0.014 0.005 0.004 36 G 0.070 0.062 0.080 0.107 0.154 0.127 0.116 0.095 0.077 0.053 0.030 0.016 0.008 0.004 37 C 0.048 0.034 0.051 0.084 0.101 0.129 0.132 0.111 0.094 0.097 0.057 0.030 0.023 0.010 38 E 0.029 0.035 0.054 0.106 0.167 0.127 0.135 0.096 0.090 0.085 0.034 0.024 0.008 0.010 39 I 0.015 0.007 0.010 0.018 0.030 0.059 0.072 0.100 0.133 0.183 0.182 0.111 0.061 0.019 40 Y 0.024 0.029 0.044 0.113 0.111 0.110 0.132 0.115 0.116 0.077 0.057 0.042 0.016 0.014 41 I 0.009 0.005 0.007 0.015 0.022 0.045 0.073 0.169 0.192 0.184 0.144 0.094 0.031 0.009 42 R 0.018 0.024 0.032 0.046 0.071 0.104 0.102 0.262 0.144 0.087 0.055 0.029 0.019 0.004 43 K 0.063 0.079 0.080 0.112 0.133 0.105 0.100 0.098 0.074 0.069 0.043 0.026 0.010 0.008 44 V 0.059 0.068 0.110 0.123 0.158 0.138 0.115 0.080 0.075 0.044 0.018 0.008 0.002 0.002 45 A 0.091 0.097 0.123 0.148 0.152 0.139 0.093 0.063 0.048 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 46 P 0.083 0.100 0.113 0.156 0.152 0.139 0.110 0.071 0.042 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 47 L 0.086 0.100 0.115 0.141 0.165 0.150 0.100 0.063 0.037 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 48 G 0.172 0.166 0.158 0.137 0.126 0.088 0.067 0.040 0.022 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 49 D 0.125 0.111 0.144 0.147 0.146 0.102 0.079 0.047 0.038 0.025 0.021 0.008 0.004 0.002 50 P 0.036 0.040 0.047 0.082 0.123 0.134 0.139 0.142 0.116 0.068 0.037 0.020 0.011 0.005 51 I 0.012 0.009 0.015 0.030 0.047 0.081 0.115 0.162 0.142 0.159 0.110 0.061 0.041 0.015 52 Q 0.014 0.021 0.033 0.067 0.112 0.116 0.132 0.123 0.113 0.101 0.077 0.048 0.020 0.023 53 I 0.011 0.004 0.007 0.013 0.018 0.037 0.052 0.062 0.126 0.159 0.194 0.180 0.092 0.044 54 N 0.011 0.016 0.030 0.081 0.102 0.100 0.155 0.171 0.146 0.085 0.045 0.029 0.015 0.013 55 V 0.005 0.004 0.006 0.012 0.022 0.050 0.073 0.187 0.163 0.162 0.153 0.090 0.059 0.014 56 R 0.020 0.033 0.058 0.094 0.119 0.144 0.153 0.148 0.089 0.069 0.033 0.020 0.013 0.007 57 G 0.027 0.044 0.062 0.094 0.168 0.126 0.131 0.104 0.092 0.072 0.040 0.024 0.007 0.008 58 Y 0.008 0.011 0.024 0.050 0.092 0.160 0.161 0.144 0.143 0.102 0.060 0.023 0.014 0.007 59 E 0.019 0.034 0.050 0.110 0.165 0.147 0.153 0.106 0.099 0.061 0.029 0.015 0.006 0.007 60 L 0.012 0.009 0.017 0.030 0.052 0.092 0.108 0.185 0.160 0.147 0.096 0.047 0.032 0.012 61 S 0.031 0.024 0.037 0.081 0.130 0.119 0.126 0.158 0.124 0.077 0.040 0.030 0.015 0.008 62 L 0.024 0.018 0.026 0.054 0.071 0.107 0.124 0.154 0.137 0.127 0.080 0.047 0.025 0.007 63 R 0.061 0.067 0.075 0.149 0.192 0.154 0.111 0.068 0.074 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 64 K 0.103 0.135 0.138 0.204 0.162 0.092 0.068 0.034 0.033 0.017 0.012 0.002 0.001 0.001 65 S 0.304 0.241 0.203 0.102 0.065 0.043 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.139 0.155 0.166 0.178 0.192 0.087 0.034 0.022 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 A 0.041 0.042 0.060 0.154 0.227 0.180 0.127 0.088 0.044 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 68 E 0.365 0.247 0.133 0.108 0.066 0.036 0.023 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 69 M 0.094 0.091 0.162 0.170 0.189 0.109 0.091 0.041 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 70 I 0.051 0.019 0.033 0.057 0.108 0.176 0.145 0.179 0.099 0.075 0.029 0.016 0.011 0.002 71 E 0.090 0.082 0.109 0.185 0.214 0.108 0.080 0.053 0.038 0.022 0.009 0.007 0.002 0.001 72 V 0.071 0.022 0.027 0.064 0.087 0.143 0.126 0.118 0.119 0.139 0.048 0.026 0.009 0.003 73 E 0.178 0.147 0.148 0.164 0.151 0.091 0.051 0.025 0.022 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001