# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.021 0.023 0.021 0.287 0.003 0.092 0.018 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.011 0.037 0.142 0.060 0.090 0.082 0.063 0.008 2 F 0.029 0.020 0.263 0.135 0.040 0.002 0.015 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.013 0.169 0.023 0.026 0.028 0.086 0.106 0.004 3 S 0.009 0.015 0.017 0.018 0.343 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.010 0.014 0.104 0.018 0.017 0.110 0.293 0.002 4 L 0.005 0.004 0.029 0.031 0.034 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 0.467 0.031 0.287 0.012 0.028 0.024 0.001 5 R 0.009 0.013 0.045 0.073 0.065 0.018 0.294 0.095 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.010 0.036 0.023 0.168 0.022 0.028 0.083 0.002 6 D 0.006 0.008 0.018 0.031 0.119 0.017 0.375 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.012 0.029 0.060 0.142 0.070 0.066 0.001 7 A 0.008 0.010 0.070 0.064 0.144 0.002 0.070 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.029 0.092 0.102 0.189 0.160 0.001 8 K 0.007 0.004 0.107 0.088 0.089 0.002 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.118 0.019 0.154 0.358 0.001 9 C 0.003 0.005 0.017 0.030 0.189 0.002 0.146 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.374 0.036 0.031 0.133 0.001 10 G 0.006 0.012 0.019 0.019 0.141 0.001 0.622 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.019 0.086 0.026 0.018 0.001 11 Q 0.027 0.018 0.444 0.219 0.044 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.042 0.013 0.012 0.034 0.065 0.051 0.002 12 T 0.060 0.136 0.022 0.022 0.577 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.019 0.010 0.018 0.045 0.006 0.009 0.016 0.014 0.029 13 V 0.253 0.214 0.133 0.084 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.023 0.056 0.025 0.081 0.035 0.001 0.001 0.005 0.003 0.015 14 K 0.271 0.291 0.076 0.060 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.023 0.068 0.046 0.051 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 15 V 0.196 0.171 0.005 0.012 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.096 0.162 0.107 0.011 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 16 V 0.214 0.234 0.072 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.104 0.092 0.142 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 17 K 0.223 0.260 0.015 0.053 0.153 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.032 0.073 0.034 0.014 0.065 0.001 0.003 0.007 0.005 0.018 18 L 0.108 0.105 0.044 0.064 0.157 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.045 0.084 0.219 0.065 0.023 0.010 0.014 0.016 0.008 19 H 0.038 0.050 0.097 0.129 0.092 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.006 0.006 0.031 0.027 0.139 0.067 0.035 0.019 0.064 0.153 0.004 20 G 0.009 0.007 0.030 0.026 0.140 0.001 0.031 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.069 0.047 0.200 0.072 0.093 0.256 0.001 21 T 0.002 0.002 0.034 0.035 0.031 0.003 0.077 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.016 0.264 0.061 0.101 0.279 0.001 22 G 0.001 0.002 0.014 0.015 0.026 0.012 0.068 0.167 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.353 0.085 0.085 0.145 0.001 23 A 0.001 0.001 0.007 0.005 0.012 0.016 0.061 0.479 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.281 0.042 0.031 0.047 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.003 0.046 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.066 0.015 0.010 0.014 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.009 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.003 0.002 0.004 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.969 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 29 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.871 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 30 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.046 0.245 0.064 0.337 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.020 0.002 0.001 0.001 31 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.004 0.874 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.030 0.012 0.032 0.001 32 G 0.001 0.001 0.013 0.006 0.012 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.020 0.672 0.158 0.090 0.001 33 I 0.002 0.002 0.023 0.010 0.195 0.002 0.016 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.154 0.049 0.252 0.200 0.002 34 T 0.003 0.002 0.253 0.094 0.012 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.005 0.013 0.004 0.246 0.293 0.001 35 R 0.001 0.001 0.005 0.010 0.110 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.040 0.714 0.007 0.010 0.071 0.001 36 G 0.002 0.006 0.006 0.011 0.048 0.001 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.019 0.006 0.027 0.013 0.008 0.001 37 C 0.034 0.020 0.433 0.173 0.043 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.050 0.039 0.007 0.046 0.055 0.047 0.002 38 E 0.080 0.114 0.063 0.049 0.509 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.019 0.004 0.023 0.034 0.005 0.014 0.030 0.018 0.021 39 I 0.267 0.180 0.094 0.073 0.133 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.026 0.060 0.010 0.041 0.048 0.001 0.003 0.011 0.005 0.014 40 Y 0.255 0.213 0.194 0.147 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.035 0.005 0.066 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 41 I 0.140 0.179 0.005 0.021 0.299 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.056 0.086 0.034 0.011 0.069 0.001 0.002 0.004 0.001 0.030 42 R 0.163 0.171 0.125 0.106 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 0.074 0.030 0.247 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 43 K 0.181 0.214 0.043 0.138 0.186 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.016 0.068 0.014 0.021 0.049 0.004 0.004 0.010 0.008 0.014 44 V 0.111 0.100 0.043 0.065 0.309 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.010 0.017 0.022 0.015 0.133 0.043 0.039 0.017 0.021 0.028 0.007 45 A 0.035 0.040 0.154 0.251 0.066 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.005 0.067 0.020 0.031 0.015 0.079 0.183 0.002 46 P 0.010 0.008 0.030 0.028 0.434 0.002 0.020 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.025 0.168 0.034 0.067 0.147 0.001 47 L 0.005 0.006 0.088 0.091 0.077 0.002 0.262 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.014 0.163 0.031 0.069 0.141 0.001 48 G 0.006 0.006 0.028 0.024 0.244 0.001 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.036 0.084 0.167 0.065 0.123 0.001 49 D 0.009 0.011 0.161 0.110 0.040 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.020 0.014 0.022 0.160 0.399 0.001 50 P 0.061 0.069 0.061 0.033 0.346 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 0.019 0.058 0.076 0.130 0.018 0.030 0.047 0.011 51 I 0.223 0.204 0.118 0.078 0.052 0.002 0.024 0.009 0.001 0.001 0.041 0.025 0.069 0.027 0.063 0.023 0.004 0.004 0.004 0.003 0.027 52 Q 0.269 0.363 0.025 0.021 0.059 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 0.030 0.079 0.046 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 53 I 0.341 0.384 0.027 0.036 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.076 0.023 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 54 N 0.338 0.404 0.016 0.042 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.019 0.043 0.014 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 55 V 0.341 0.269 0.037 0.111 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.039 0.010 0.034 0.015 0.003 0.002 0.006 0.005 0.005 56 R 0.144 0.173 0.070 0.093 0.151 0.001 0.019 0.011 0.002 0.001 0.010 0.013 0.041 0.025 0.078 0.024 0.085 0.016 0.009 0.027 0.008 57 G 0.089 0.100 0.047 0.064 0.156 0.008 0.185 0.026 0.005 0.001 0.017 0.011 0.026 0.007 0.030 0.034 0.038 0.082 0.034 0.033 0.007 58 Y 0.082 0.092 0.100 0.068 0.145 0.004 0.033 0.061 0.002 0.001 0.007 0.007 0.020 0.011 0.076 0.036 0.082 0.064 0.044 0.059 0.007 59 E 0.074 0.120 0.103 0.090 0.111 0.007 0.017 0.177 0.003 0.001 0.017 0.010 0.037 0.015 0.048 0.022 0.061 0.018 0.025 0.038 0.009 60 L 0.111 0.162 0.023 0.031 0.095 0.014 0.032 0.324 0.003 0.001 0.014 0.010 0.040 0.015 0.021 0.012 0.054 0.010 0.008 0.008 0.012 61 S 0.086 0.127 0.035 0.065 0.060 0.011 0.028 0.357 0.011 0.003 0.026 0.018 0.029 0.019 0.042 0.015 0.032 0.014 0.009 0.008 0.005 62 L 0.069 0.104 0.023 0.034 0.101 0.006 0.046 0.358 0.008 0.002 0.005 0.009 0.024 0.020 0.027 0.020 0.090 0.011 0.012 0.024 0.007 63 R 0.027 0.047 0.024 0.036 0.077 0.008 0.067 0.410 0.026 0.007 0.005 0.004 0.007 0.007 0.026 0.011 0.084 0.038 0.028 0.059 0.002 64 K 0.012 0.012 0.021 0.028 0.045 0.008 0.063 0.184 0.028 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.007 0.448 0.028 0.030 0.047 0.001 65 S 0.005 0.008 0.013 0.011 0.041 0.012 0.125 0.444 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.190 0.030 0.024 0.068 0.001 66 A 0.004 0.006 0.011 0.014 0.032 0.020 0.185 0.328 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.225 0.070 0.030 0.034 0.001 67 A 0.011 0.026 0.016 0.013 0.242 0.004 0.106 0.273 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.038 0.096 0.047 0.030 0.069 0.001 68 E 0.037 0.052 0.114 0.077 0.048 0.021 0.131 0.241 0.010 0.003 0.004 0.003 0.011 0.009 0.061 0.018 0.090 0.022 0.017 0.027 0.005 69 M 0.089 0.144 0.020 0.035 0.222 0.009 0.091 0.093 0.011 0.005 0.014 0.012 0.029 0.033 0.026 0.042 0.039 0.032 0.017 0.014 0.022 70 I 0.137 0.190 0.080 0.058 0.108 0.002 0.027 0.039 0.003 0.001 0.020 0.023 0.033 0.056 0.079 0.068 0.011 0.013 0.017 0.022 0.014 71 E 0.133 0.148 0.113 0.086 0.083 0.002 0.008 0.016 0.002 0.001 0.027 0.025 0.051 0.074 0.108 0.036 0.015 0.015 0.015 0.012 0.032 72 V 0.124 0.119 0.030 0.040 0.210 0.001 0.012 0.019 0.003 0.001 0.036 0.041 0.082 0.075 0.031 0.067 0.013 0.012 0.026 0.024 0.035 73 E 0.071 0.078 0.130 0.112 0.060 0.001 0.021 0.010 0.002 0.001 0.021 0.019 0.039 0.052 0.236 0.037 0.028 0.020 0.026 0.022 0.012