# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.034 0.548 0.010 0.021 0.021 0.004 0.002 0.034 0.125 0.064 0.017 0.109 2 F 0.009 0.029 0.555 0.006 0.006 0.011 0.003 0.002 0.035 0.135 0.009 0.173 0.026 3 S 0.007 0.014 0.617 0.002 0.014 0.017 0.003 0.002 0.050 0.029 0.007 0.018 0.221 4 L 0.005 0.024 0.264 0.034 0.276 0.149 0.006 0.002 0.027 0.037 0.082 0.029 0.065 5 R 0.005 0.007 0.143 0.033 0.374 0.118 0.003 0.002 0.020 0.055 0.167 0.043 0.031 6 D 0.008 0.023 0.157 0.007 0.271 0.097 0.001 0.001 0.016 0.113 0.181 0.017 0.109 7 A 0.006 0.064 0.482 0.004 0.037 0.030 0.001 0.001 0.010 0.185 0.067 0.060 0.054 8 K 0.006 0.022 0.494 0.009 0.020 0.023 0.001 0.001 0.007 0.156 0.143 0.064 0.054 9 C 0.001 0.004 0.032 0.005 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.057 0.853 0.005 0.011 10 G 0.005 0.003 0.133 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.149 0.654 0.008 0.018 11 Q 0.027 0.007 0.374 0.027 0.011 0.003 0.002 0.001 0.012 0.172 0.020 0.292 0.053 12 T 0.083 0.007 0.047 0.010 0.001 0.001 0.033 0.003 0.030 0.009 0.006 0.031 0.740 13 V 0.368 0.003 0.020 0.044 0.001 0.001 0.056 0.014 0.033 0.002 0.001 0.343 0.116 14 K 0.585 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.084 0.022 0.039 0.001 0.001 0.197 0.053 15 V 0.536 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.110 0.031 0.029 0.001 0.001 0.017 0.263 16 V 0.309 0.001 0.021 0.125 0.001 0.001 0.140 0.020 0.048 0.005 0.003 0.276 0.049 17 K 0.462 0.003 0.028 0.012 0.002 0.001 0.054 0.020 0.101 0.011 0.004 0.086 0.218 18 L 0.210 0.010 0.143 0.013 0.008 0.009 0.044 0.014 0.078 0.045 0.022 0.130 0.272 19 H 0.040 0.019 0.362 0.031 0.013 0.020 0.012 0.006 0.055 0.110 0.084 0.141 0.106 20 G 0.007 0.011 0.307 0.006 0.025 0.059 0.001 0.001 0.009 0.295 0.204 0.019 0.057 21 T 0.001 0.005 0.207 0.005 0.025 0.154 0.001 0.001 0.003 0.260 0.323 0.006 0.009 22 G 0.001 0.005 0.101 0.001 0.048 0.419 0.001 0.001 0.001 0.228 0.186 0.003 0.006 23 A 0.001 0.004 0.066 0.001 0.039 0.821 0.001 0.001 0.001 0.030 0.027 0.002 0.008 24 L 0.001 0.005 0.023 0.001 0.025 0.909 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.002 0.010 25 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 26 R 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.004 27 R 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.002 0.006 28 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.005 29 M 0.002 0.001 0.005 0.003 0.040 0.912 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.005 0.001 30 D 0.004 0.003 0.011 0.001 0.032 0.848 0.001 0.001 0.002 0.015 0.067 0.004 0.011 31 M 0.008 0.007 0.063 0.011 0.042 0.490 0.001 0.001 0.005 0.063 0.284 0.010 0.015 32 G 0.007 0.014 0.158 0.004 0.029 0.124 0.001 0.001 0.006 0.120 0.474 0.050 0.013 33 I 0.007 0.038 0.615 0.002 0.019 0.028 0.001 0.001 0.008 0.085 0.116 0.006 0.073 34 T 0.005 0.022 0.561 0.008 0.016 0.010 0.001 0.001 0.007 0.194 0.060 0.100 0.015 35 R 0.001 0.004 0.060 0.011 0.027 0.008 0.001 0.001 0.008 0.110 0.744 0.004 0.022 36 G 0.002 0.002 0.100 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.142 0.711 0.005 0.012 37 C 0.025 0.007 0.530 0.028 0.010 0.003 0.004 0.001 0.027 0.170 0.012 0.122 0.062 38 E 0.116 0.009 0.075 0.015 0.003 0.003 0.061 0.014 0.151 0.019 0.005 0.098 0.431 39 I 0.328 0.003 0.017 0.029 0.001 0.001 0.135 0.051 0.080 0.002 0.001 0.110 0.242 40 Y 0.441 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 0.108 0.061 0.069 0.001 0.001 0.256 0.032 41 I 0.468 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.140 0.038 0.033 0.001 0.001 0.023 0.287 42 R 0.393 0.002 0.029 0.090 0.002 0.002 0.107 0.034 0.075 0.005 0.004 0.182 0.075 43 K 0.257 0.006 0.060 0.030 0.007 0.003 0.061 0.016 0.071 0.027 0.016 0.291 0.155 44 V 0.149 0.027 0.141 0.027 0.017 0.006 0.024 0.008 0.046 0.057 0.041 0.049 0.408 45 A 0.012 0.021 0.407 0.017 0.015 0.005 0.002 0.001 0.015 0.148 0.033 0.301 0.024 46 P 0.004 0.014 0.443 0.004 0.040 0.005 0.001 0.001 0.006 0.132 0.178 0.009 0.164 47 L 0.001 0.007 0.137 0.006 0.038 0.004 0.001 0.001 0.002 0.184 0.592 0.019 0.009 48 G 0.002 0.007 0.095 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.410 0.452 0.009 0.006 49 D 0.005 0.011 0.372 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.479 0.055 0.028 0.033 50 P 0.018 0.011 0.487 0.034 0.007 0.003 0.003 0.001 0.016 0.049 0.041 0.026 0.304 51 I 0.242 0.009 0.070 0.075 0.007 0.005 0.062 0.009 0.059 0.013 0.010 0.302 0.137 52 Q 0.689 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.085 0.009 0.010 0.001 0.001 0.055 0.134 53 I 0.710 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.077 0.010 0.005 0.001 0.001 0.101 0.088 54 N 0.661 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.041 0.016 0.013 0.001 0.001 0.131 0.126 55 V 0.464 0.003 0.025 0.024 0.001 0.002 0.021 0.007 0.012 0.009 0.011 0.134 0.286 56 R 0.039 0.001 0.026 0.269 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.037 0.516 0.062 0.035 57 G 0.018 0.001 0.022 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.141 0.764 0.010 0.024 58 Y 0.127 0.011 0.272 0.012 0.006 0.015 0.012 0.001 0.016 0.105 0.023 0.259 0.142 59 E 0.267 0.024 0.034 0.006 0.004 0.035 0.092 0.005 0.020 0.011 0.004 0.167 0.331 60 L 0.400 0.010 0.017 0.029 0.005 0.056 0.067 0.008 0.013 0.005 0.005 0.188 0.196 61 S 0.386 0.007 0.030 0.040 0.010 0.073 0.036 0.008 0.018 0.016 0.011 0.246 0.118 62 L 0.243 0.017 0.057 0.006 0.009 0.039 0.020 0.005 0.019 0.026 0.022 0.065 0.470 63 R 0.055 0.008 0.368 0.014 0.017 0.179 0.003 0.001 0.012 0.083 0.037 0.130 0.092 64 K 0.007 0.004 0.052 0.008 0.151 0.610 0.001 0.001 0.002 0.053 0.085 0.009 0.019 65 S 0.003 0.001 0.034 0.005 0.175 0.617 0.001 0.001 0.001 0.032 0.122 0.003 0.006 66 A 0.008 0.003 0.033 0.003 0.269 0.600 0.001 0.001 0.001 0.019 0.052 0.003 0.010 67 A 0.013 0.006 0.147 0.021 0.148 0.424 0.001 0.001 0.006 0.028 0.136 0.007 0.063 68 E 0.008 0.003 0.061 0.035 0.087 0.364 0.002 0.001 0.019 0.050 0.324 0.034 0.013 69 M 0.060 0.009 0.127 0.018 0.055 0.190 0.015 0.009 0.048 0.048 0.203 0.020 0.196 70 I 0.171 0.012 0.173 0.022 0.008 0.082 0.060 0.033 0.073 0.066 0.025 0.166 0.109 71 E 0.229 0.013 0.064 0.005 0.004 0.026 0.084 0.090 0.191 0.016 0.011 0.148 0.119 72 V 0.093 0.015 0.118 0.013 0.004 0.017 0.051 0.105 0.318 0.016 0.008 0.057 0.185 73 E 0.015 0.005 0.561 0.046 0.004 0.010 0.008 0.008 0.092 0.052 0.010 0.125 0.062