# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.011 0.123 0.742 2 F 0.007 0.034 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.301 0.023 0.120 0.487 3 S 0.178 0.319 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.062 0.070 0.072 0.277 4 L 0.497 0.123 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.102 0.043 0.176 5 R 0.077 0.057 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.055 0.126 0.606 6 D 0.037 0.011 0.007 0.001 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.063 0.098 0.683 7 A 0.099 0.003 0.037 0.002 0.046 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.068 0.127 0.529 8 K 0.424 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.081 0.060 0.394 9 C 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.033 0.125 0.768 10 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.020 0.175 0.730 11 Q 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.575 0.050 0.057 0.256 12 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.495 0.028 0.073 0.340 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.003 0.001 0.796 0.012 0.024 0.142 14 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.017 0.009 0.847 0.031 0.009 0.034 15 V 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.596 0.051 0.034 0.287 16 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.017 0.020 0.114 17 K 0.024 0.005 0.001 0.001 0.010 0.039 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.053 0.083 0.314 18 L 0.018 0.007 0.002 0.001 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.077 0.084 0.441 19 H 0.078 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.051 0.100 0.582 20 G 0.075 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.048 0.086 0.612 21 T 0.042 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.032 0.056 0.408 22 G 0.028 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.031 0.037 0.185 23 A 0.019 0.684 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.090 0.033 0.123 24 L 0.018 0.869 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.027 0.010 0.052 25 K 0.017 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.019 0.005 0.031 26 R 0.019 0.752 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.015 0.089 0.012 0.090 27 R 0.062 0.687 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.120 0.019 0.055 28 I 0.107 0.094 0.346 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.325 0.016 0.091 29 M 0.596 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.041 0.035 0.279 30 D 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.070 0.051 0.810 31 M 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.024 0.248 0.689 32 G 0.017 0.005 0.005 0.001 0.011 0.011 0.002 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.101 0.129 0.589 33 I 0.005 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.016 0.086 0.822 34 T 0.391 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.106 0.126 0.040 0.326 35 R 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.069 0.109 0.704 36 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.014 0.103 0.771 37 C 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.657 0.050 0.040 0.235 38 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.603 0.024 0.073 0.272 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.003 0.002 0.001 0.834 0.009 0.018 0.111 40 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.041 0.021 0.016 0.750 0.044 0.017 0.083 41 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.697 0.043 0.029 0.213 42 R 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.045 0.045 0.374 43 K 0.018 0.007 0.001 0.001 0.007 0.016 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.476 0.059 0.082 0.305 44 V 0.019 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.052 0.079 0.730 45 A 0.174 0.005 0.006 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.107 0.079 0.441 46 P 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.044 0.086 0.695 47 L 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.017 0.120 0.762 48 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.023 0.144 0.766 49 D 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.326 0.094 0.103 0.417 50 P 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.014 0.003 0.005 0.003 0.003 0.003 0.148 0.055 0.112 0.620 51 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.011 0.013 0.006 0.793 0.041 0.019 0.094 52 Q 0.012 0.003 0.001 0.001 0.004 0.044 0.029 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.021 0.024 0.033 0.019 0.451 0.096 0.041 0.206 53 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.472 0.064 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.358 0.031 0.011 0.038 54 N 0.054 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.652 0.058 0.032 0.176 55 V 0.562 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.068 0.041 0.148 56 R 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.017 0.221 0.704 57 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.037 0.154 0.576 58 Y 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.608 0.065 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.063 0.038 0.127 59 E 0.019 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.094 0.027 0.005 0.010 0.002 0.001 0.002 0.366 0.099 0.053 0.231 60 L 0.020 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.424 0.071 0.014 0.003 0.184 0.041 0.025 0.163 61 S 0.018 0.023 0.002 0.001 0.004 0.010 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.091 0.121 0.017 0.280 0.128 0.068 0.203 62 L 0.013 0.050 0.005 0.001 0.005 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.294 0.153 0.081 0.376 63 R 0.307 0.230 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.070 0.066 0.233 64 K 0.137 0.198 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.059 0.116 0.393 65 S 0.083 0.118 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.074 0.138 0.515 66 A 0.127 0.086 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.089 0.120 0.421 67 A 0.086 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.098 0.129 0.512 68 E 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.434 0.037 0.077 0.388 69 M 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.361 0.045 0.076 0.480 70 I 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.661 0.028 0.048 0.229 71 E 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.671 0.045 0.039 0.199 72 V 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.443 0.037 0.062 0.427 73 E 0.025 0.014 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.069 0.051 0.238