# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.141 0.004 0.034 0.028 0.034 0.086 0.006 0.002 0.038 0.593 2 F 0.047 0.162 0.015 0.042 0.083 0.072 0.104 0.015 0.004 0.064 0.392 3 S 0.197 0.172 0.010 0.022 0.040 0.085 0.085 0.029 0.003 0.058 0.299 4 L 0.456 0.053 0.005 0.025 0.029 0.034 0.046 0.016 0.002 0.045 0.288 5 R 0.089 0.020 0.005 0.070 0.050 0.062 0.096 0.005 0.002 0.038 0.564 6 D 0.029 0.009 0.005 0.025 0.023 0.059 0.108 0.004 0.002 0.025 0.710 7 A 0.129 0.006 0.004 0.014 0.045 0.050 0.097 0.007 0.002 0.039 0.608 8 K 0.179 0.002 0.001 0.015 0.024 0.032 0.118 0.003 0.001 0.061 0.564 9 C 0.012 0.002 0.001 0.016 0.015 0.016 0.125 0.001 0.001 0.018 0.794 10 G 0.008 0.002 0.001 0.036 0.038 0.083 0.114 0.001 0.001 0.035 0.684 11 Q 0.005 0.003 0.001 0.107 0.103 0.227 0.132 0.001 0.001 0.055 0.369 12 T 0.001 0.002 0.001 0.147 0.216 0.370 0.053 0.001 0.001 0.026 0.186 13 V 0.001 0.001 0.001 0.171 0.262 0.452 0.022 0.001 0.001 0.025 0.066 14 K 0.001 0.001 0.001 0.246 0.220 0.455 0.011 0.001 0.001 0.021 0.044 15 V 0.003 0.002 0.001 0.182 0.280 0.318 0.023 0.001 0.001 0.043 0.148 16 V 0.006 0.004 0.001 0.184 0.267 0.333 0.034 0.001 0.001 0.036 0.135 17 K 0.009 0.005 0.001 0.112 0.121 0.252 0.081 0.001 0.001 0.077 0.342 18 L 0.029 0.015 0.002 0.070 0.122 0.154 0.108 0.002 0.001 0.074 0.423 19 H 0.100 0.068 0.002 0.030 0.035 0.046 0.085 0.004 0.001 0.036 0.594 20 G 0.085 0.210 0.001 0.012 0.013 0.018 0.053 0.005 0.001 0.028 0.574 21 T 0.026 0.540 0.001 0.003 0.006 0.008 0.041 0.002 0.001 0.023 0.349 22 G 0.019 0.792 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.003 0.001 0.045 0.108 23 A 0.023 0.801 0.004 0.002 0.007 0.009 0.013 0.004 0.001 0.058 0.078 24 L 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 25 K 0.012 0.917 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.001 0.023 0.027 26 R 0.009 0.869 0.005 0.002 0.005 0.012 0.012 0.002 0.002 0.050 0.033 27 R 0.031 0.656 0.034 0.006 0.011 0.010 0.019 0.005 0.007 0.148 0.074 28 I 0.168 0.157 0.224 0.014 0.019 0.027 0.030 0.027 0.061 0.153 0.119 29 M 0.586 0.041 0.014 0.009 0.005 0.015 0.049 0.014 0.011 0.032 0.225 30 D 0.078 0.004 0.001 0.018 0.008 0.014 0.053 0.005 0.001 0.040 0.777 31 M 0.005 0.002 0.001 0.059 0.021 0.013 0.172 0.001 0.001 0.035 0.691 32 G 0.012 0.003 0.005 0.083 0.022 0.075 0.213 0.003 0.002 0.046 0.537 33 I 0.029 0.004 0.002 0.022 0.024 0.017 0.118 0.004 0.001 0.025 0.754 34 T 0.303 0.005 0.001 0.063 0.021 0.035 0.116 0.006 0.001 0.071 0.378 35 R 0.031 0.006 0.001 0.066 0.016 0.023 0.099 0.001 0.001 0.021 0.736 36 G 0.006 0.004 0.001 0.082 0.026 0.072 0.092 0.001 0.001 0.032 0.684 37 C 0.004 0.004 0.001 0.149 0.112 0.237 0.091 0.001 0.001 0.043 0.359 38 E 0.001 0.003 0.001 0.165 0.206 0.330 0.068 0.001 0.001 0.039 0.188 39 I 0.001 0.002 0.001 0.181 0.312 0.343 0.030 0.001 0.001 0.031 0.098 40 Y 0.005 0.005 0.001 0.286 0.268 0.312 0.022 0.001 0.001 0.018 0.083 41 I 0.015 0.006 0.001 0.194 0.211 0.373 0.023 0.002 0.001 0.020 0.156 42 R 0.027 0.004 0.001 0.138 0.159 0.268 0.076 0.002 0.001 0.034 0.291 43 K 0.024 0.006 0.001 0.106 0.093 0.190 0.082 0.002 0.001 0.029 0.467 44 V 0.035 0.004 0.003 0.043 0.076 0.077 0.111 0.003 0.001 0.025 0.622 45 A 0.174 0.005 0.002 0.019 0.048 0.085 0.092 0.007 0.001 0.026 0.541 46 P 0.181 0.002 0.001 0.014 0.020 0.034 0.119 0.002 0.001 0.042 0.585 47 L 0.024 0.001 0.001 0.021 0.027 0.041 0.124 0.001 0.001 0.014 0.747 48 G 0.009 0.002 0.001 0.011 0.016 0.032 0.072 0.001 0.001 0.010 0.847 49 D 0.014 0.002 0.001 0.022 0.113 0.177 0.138 0.001 0.001 0.046 0.488 50 P 0.003 0.001 0.001 0.038 0.105 0.177 0.132 0.001 0.001 0.069 0.475 51 I 0.002 0.001 0.001 0.166 0.223 0.373 0.048 0.001 0.001 0.062 0.124 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.229 0.205 0.302 0.047 0.001 0.001 0.055 0.160 53 I 0.001 0.004 0.001 0.306 0.286 0.273 0.025 0.001 0.001 0.032 0.073 54 N 0.009 0.007 0.001 0.156 0.156 0.439 0.037 0.001 0.001 0.082 0.113 55 V 0.065 0.040 0.002 0.114 0.159 0.145 0.038 0.003 0.001 0.120 0.314 56 R 0.030 0.051 0.001 0.113 0.110 0.120 0.081 0.001 0.001 0.046 0.447 57 G 0.010 0.041 0.001 0.050 0.043 0.144 0.103 0.001 0.001 0.144 0.463 58 Y 0.008 0.081 0.002 0.060 0.130 0.135 0.113 0.002 0.001 0.144 0.326 59 E 0.014 0.321 0.004 0.051 0.123 0.141 0.048 0.003 0.001 0.078 0.217 60 L 0.031 0.298 0.003 0.040 0.119 0.128 0.027 0.005 0.001 0.073 0.275 61 S 0.032 0.075 0.002 0.049 0.069 0.128 0.057 0.004 0.001 0.351 0.231 62 L 0.027 0.101 0.013 0.045 0.048 0.052 0.078 0.004 0.006 0.312 0.313 63 R 0.121 0.424 0.016 0.023 0.028 0.027 0.058 0.011 0.009 0.057 0.226 64 K 0.257 0.219 0.008 0.009 0.014 0.021 0.045 0.015 0.005 0.097 0.310 65 S 0.103 0.166 0.017 0.012 0.022 0.028 0.105 0.009 0.005 0.118 0.416 66 A 0.190 0.115 0.019 0.018 0.015 0.035 0.141 0.008 0.006 0.114 0.338 67 A 0.107 0.020 0.011 0.026 0.034 0.044 0.109 0.006 0.002 0.092 0.548 68 E 0.027 0.006 0.002 0.040 0.053 0.097 0.148 0.002 0.001 0.050 0.575 69 M 0.008 0.003 0.001 0.058 0.084 0.155 0.078 0.001 0.001 0.041 0.573 70 I 0.004 0.001 0.001 0.109 0.195 0.188 0.087 0.001 0.001 0.036 0.379 71 E 0.004 0.001 0.001 0.136 0.118 0.231 0.072 0.001 0.001 0.037 0.400 72 V 0.006 0.003 0.001 0.108 0.143 0.122 0.084 0.001 0.001 0.034 0.499 73 E 0.022 0.005 0.001 0.139 0.117 0.160 0.099 0.001 0.001 0.053 0.402