# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.041 0.018 0.034 0.092 0.081 0.027 0.667 2 F 0.026 0.076 0.082 0.202 0.139 0.081 0.107 0.286 3 S 0.149 0.115 0.026 0.061 0.113 0.071 0.084 0.381 4 L 0.304 0.065 0.035 0.060 0.064 0.059 0.101 0.311 5 R 0.179 0.025 0.020 0.040 0.079 0.065 0.036 0.555 6 D 0.024 0.005 0.019 0.027 0.053 0.115 0.045 0.712 7 A 0.099 0.007 0.022 0.047 0.060 0.111 0.052 0.603 8 K 0.535 0.005 0.008 0.013 0.033 0.047 0.073 0.286 9 C 0.007 0.001 0.013 0.018 0.019 0.157 0.014 0.770 10 G 0.009 0.002 0.016 0.032 0.107 0.145 0.027 0.663 11 Q 0.004 0.004 0.108 0.253 0.315 0.074 0.062 0.181 12 T 0.004 0.002 0.201 0.160 0.352 0.051 0.032 0.198 13 V 0.001 0.001 0.173 0.327 0.267 0.035 0.034 0.162 14 K 0.001 0.001 0.355 0.284 0.278 0.014 0.024 0.041 15 V 0.009 0.002 0.132 0.333 0.257 0.036 0.032 0.201 16 V 0.013 0.004 0.219 0.231 0.235 0.044 0.046 0.208 17 K 0.048 0.011 0.125 0.107 0.179 0.087 0.055 0.390 18 L 0.023 0.013 0.079 0.083 0.094 0.110 0.045 0.553 19 H 0.072 0.048 0.031 0.031 0.034 0.101 0.037 0.646 20 G 0.186 0.200 0.011 0.010 0.012 0.068 0.065 0.450 21 T 0.080 0.537 0.005 0.005 0.005 0.045 0.050 0.274 22 G 0.064 0.596 0.007 0.006 0.008 0.029 0.112 0.178 23 A 0.027 0.650 0.009 0.010 0.012 0.024 0.127 0.141 24 L 0.030 0.863 0.004 0.004 0.009 0.007 0.034 0.048 25 K 0.007 0.903 0.003 0.009 0.006 0.005 0.034 0.032 26 R 0.023 0.860 0.005 0.008 0.009 0.006 0.045 0.044 27 R 0.036 0.713 0.015 0.015 0.024 0.011 0.107 0.080 28 I 0.106 0.118 0.167 0.050 0.037 0.044 0.372 0.105 29 M 0.534 0.063 0.014 0.010 0.016 0.031 0.133 0.198 30 D 0.031 0.005 0.025 0.005 0.008 0.105 0.049 0.771 31 M 0.013 0.007 0.083 0.023 0.041 0.170 0.049 0.614 32 G 0.013 0.002 0.042 0.019 0.022 0.193 0.055 0.654 33 I 0.046 0.002 0.024 0.018 0.012 0.124 0.022 0.752 34 T 0.381 0.006 0.033 0.018 0.049 0.074 0.073 0.365 35 R 0.015 0.001 0.044 0.010 0.017 0.148 0.016 0.749 36 G 0.005 0.001 0.021 0.028 0.077 0.140 0.026 0.701 37 C 0.001 0.002 0.129 0.190 0.413 0.059 0.045 0.160 38 E 0.002 0.002 0.255 0.274 0.320 0.029 0.034 0.085 39 I 0.001 0.001 0.066 0.349 0.198 0.044 0.015 0.327 40 Y 0.001 0.001 0.386 0.281 0.276 0.010 0.021 0.025 41 I 0.027 0.003 0.096 0.253 0.256 0.036 0.041 0.287 42 R 0.030 0.003 0.187 0.161 0.181 0.058 0.046 0.334 43 K 0.050 0.005 0.085 0.122 0.258 0.079 0.026 0.374 44 V 0.017 0.001 0.054 0.055 0.071 0.082 0.026 0.693 45 A 0.290 0.004 0.028 0.043 0.039 0.065 0.065 0.466 46 P 0.364 0.001 0.011 0.006 0.016 0.062 0.042 0.497 47 L 0.006 0.001 0.025 0.010 0.019 0.143 0.013 0.784 48 G 0.007 0.001 0.003 0.009 0.019 0.120 0.008 0.833 49 D 0.019 0.009 0.052 0.165 0.182 0.148 0.097 0.328 50 P 0.008 0.003 0.100 0.056 0.229 0.113 0.110 0.381 51 I 0.001 0.003 0.130 0.287 0.380 0.031 0.061 0.107 52 Q 0.001 0.001 0.221 0.259 0.409 0.020 0.017 0.073 53 I 0.001 0.001 0.235 0.558 0.148 0.008 0.022 0.028 54 N 0.021 0.002 0.160 0.200 0.412 0.027 0.060 0.118 55 V 0.219 0.009 0.155 0.128 0.105 0.077 0.064 0.243 56 R 0.015 0.009 0.020 0.040 0.058 0.107 0.017 0.733 57 G 0.016 0.023 0.021 0.046 0.097 0.117 0.080 0.599 58 Y 0.015 0.097 0.057 0.264 0.153 0.067 0.102 0.246 59 E 0.090 0.356 0.051 0.090 0.157 0.041 0.056 0.160 60 L 0.067 0.279 0.032 0.137 0.150 0.047 0.049 0.239 61 S 0.026 0.056 0.063 0.124 0.215 0.071 0.281 0.164 62 L 0.027 0.214 0.051 0.138 0.151 0.070 0.158 0.190 63 R 0.241 0.365 0.011 0.019 0.028 0.035 0.100 0.200 64 K 0.130 0.343 0.006 0.036 0.011 0.064 0.080 0.330 65 S 0.060 0.255 0.013 0.014 0.030 0.071 0.082 0.475 66 A 0.087 0.143 0.051 0.028 0.047 0.103 0.074 0.467 67 A 0.186 0.070 0.032 0.037 0.073 0.074 0.168 0.360 68 E 0.006 0.018 0.071 0.065 0.141 0.123 0.079 0.497 69 M 0.003 0.008 0.171 0.075 0.322 0.080 0.069 0.272 70 I 0.002 0.005 0.262 0.289 0.233 0.038 0.057 0.113 71 E 0.006 0.004 0.358 0.182 0.195 0.045 0.035 0.176 72 V 0.016 0.004 0.224 0.205 0.184 0.055 0.074 0.239 73 E 0.040 0.006 0.174 0.114 0.148 0.075 0.062 0.381