# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.256 0.119 0.058 0.118 0.097 0.075 0.098 0.069 0.053 0.036 0.022 2 F 0.116 0.064 0.052 0.101 0.104 0.106 0.149 0.112 0.094 0.065 0.038 3 S 0.112 0.216 0.105 0.231 0.140 0.072 0.060 0.031 0.018 0.009 0.005 4 L 0.010 0.007 0.012 0.024 0.047 0.057 0.133 0.185 0.185 0.168 0.171 5 R 0.170 0.153 0.140 0.208 0.137 0.072 0.058 0.031 0.018 0.009 0.004 6 D 0.084 0.127 0.112 0.256 0.160 0.087 0.088 0.043 0.023 0.013 0.007 7 A 0.032 0.014 0.017 0.024 0.036 0.060 0.128 0.120 0.198 0.206 0.165 8 K 0.215 0.353 0.115 0.183 0.074 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 9 C 0.076 0.090 0.077 0.141 0.131 0.141 0.148 0.085 0.056 0.036 0.019 10 G 0.442 0.190 0.047 0.106 0.071 0.045 0.041 0.026 0.015 0.010 0.006 11 Q 0.121 0.137 0.055 0.146 0.117 0.121 0.139 0.082 0.046 0.025 0.010 12 T 0.121 0.137 0.090 0.232 0.172 0.108 0.071 0.036 0.018 0.010 0.005 13 V 0.026 0.011 0.020 0.027 0.038 0.071 0.157 0.165 0.195 0.173 0.117 14 K 0.029 0.139 0.091 0.323 0.207 0.105 0.065 0.024 0.011 0.004 0.002 15 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 0.020 0.050 0.160 0.259 0.493 16 V 0.016 0.032 0.046 0.166 0.224 0.184 0.162 0.087 0.044 0.026 0.012 17 K 0.053 0.148 0.202 0.291 0.135 0.072 0.050 0.022 0.015 0.009 0.004 18 L 0.009 0.004 0.006 0.011 0.021 0.059 0.128 0.140 0.198 0.204 0.219 19 H 0.177 0.288 0.061 0.199 0.108 0.054 0.052 0.028 0.017 0.010 0.005 20 G 0.096 0.105 0.043 0.078 0.082 0.097 0.153 0.108 0.101 0.079 0.056 21 T 0.330 0.305 0.057 0.134 0.081 0.042 0.028 0.012 0.007 0.003 0.002 22 G 0.720 0.111 0.026 0.060 0.029 0.019 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 23 A 0.282 0.173 0.052 0.183 0.121 0.071 0.056 0.031 0.016 0.008 0.006 24 L 0.006 0.013 0.012 0.026 0.042 0.069 0.142 0.154 0.217 0.195 0.126 25 K 0.008 0.019 0.043 0.121 0.180 0.214 0.195 0.104 0.061 0.040 0.015 26 R 0.015 0.037 0.349 0.203 0.120 0.107 0.081 0.041 0.024 0.017 0.005 27 R 0.004 0.009 0.033 0.078 0.099 0.209 0.279 0.131 0.087 0.050 0.020 28 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.013 0.043 0.089 0.216 0.299 0.322 29 M 0.006 0.014 0.059 0.082 0.132 0.164 0.208 0.128 0.104 0.071 0.032 30 D 0.033 0.069 0.269 0.207 0.140 0.096 0.087 0.042 0.028 0.019 0.010 31 M 0.011 0.008 0.015 0.023 0.037 0.085 0.176 0.180 0.191 0.165 0.109 32 G 0.083 0.071 0.029 0.093 0.095 0.098 0.159 0.130 0.115 0.073 0.056 33 I 0.008 0.007 0.013 0.020 0.032 0.034 0.089 0.144 0.192 0.192 0.268 34 T 0.033 0.079 0.073 0.124 0.147 0.129 0.142 0.091 0.075 0.063 0.045 35 R 0.146 0.215 0.070 0.202 0.144 0.080 0.074 0.035 0.019 0.009 0.006 36 G 0.483 0.117 0.030 0.088 0.068 0.054 0.053 0.039 0.028 0.024 0.016 37 C 0.055 0.058 0.021 0.085 0.089 0.142 0.213 0.126 0.110 0.072 0.031 38 E 0.101 0.210 0.072 0.269 0.158 0.084 0.055 0.025 0.014 0.007 0.004 39 I 0.004 0.002 0.005 0.004 0.008 0.022 0.058 0.082 0.220 0.259 0.337 40 Y 0.041 0.147 0.087 0.334 0.216 0.088 0.050 0.020 0.010 0.004 0.003 41 I 0.002 0.002 0.006 0.006 0.011 0.014 0.039 0.083 0.192 0.244 0.399 42 R 0.023 0.040 0.044 0.156 0.213 0.164 0.139 0.096 0.057 0.040 0.027 43 K 0.078 0.094 0.112 0.193 0.122 0.101 0.115 0.073 0.059 0.037 0.015 44 V 0.055 0.061 0.052 0.138 0.134 0.155 0.156 0.096 0.067 0.049 0.035 45 A 0.063 0.060 0.039 0.082 0.079 0.086 0.145 0.131 0.138 0.102 0.076 46 P 0.227 0.207 0.076 0.146 0.100 0.069 0.069 0.042 0.029 0.020 0.014 47 L 0.093 0.070 0.042 0.105 0.112 0.102 0.141 0.108 0.100 0.068 0.059 48 G 0.475 0.154 0.041 0.101 0.067 0.045 0.046 0.029 0.020 0.014 0.008 49 D 0.041 0.059 0.032 0.116 0.121 0.134 0.178 0.119 0.099 0.061 0.040 50 P 0.038 0.044 0.030 0.090 0.117 0.113 0.136 0.136 0.118 0.099 0.080 51 I 0.011 0.015 0.017 0.041 0.058 0.086 0.177 0.177 0.185 0.144 0.087 52 Q 0.028 0.057 0.061 0.209 0.191 0.135 0.129 0.076 0.056 0.035 0.024 53 I 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.012 0.039 0.084 0.200 0.268 0.379 54 N 0.026 0.074 0.058 0.272 0.253 0.111 0.097 0.052 0.031 0.014 0.010 55 V 0.002 0.003 0.007 0.006 0.011 0.015 0.049 0.082 0.181 0.257 0.388 56 R 0.049 0.123 0.091 0.280 0.229 0.108 0.062 0.027 0.017 0.009 0.006 57 G 0.259 0.141 0.074 0.154 0.094 0.074 0.088 0.048 0.035 0.022 0.011 58 Y 0.011 0.016 0.015 0.043 0.059 0.105 0.170 0.144 0.183 0.148 0.107 59 E 0.030 0.083 0.049 0.162 0.159 0.147 0.166 0.088 0.064 0.035 0.018 60 L 0.006 0.005 0.019 0.021 0.030 0.056 0.118 0.137 0.204 0.203 0.200 61 S 0.010 0.017 0.036 0.079 0.115 0.138 0.221 0.144 0.113 0.070 0.056 62 L 0.002 0.001 0.006 0.006 0.011 0.016 0.053 0.105 0.224 0.269 0.307 63 R 0.005 0.038 0.082 0.122 0.154 0.146 0.186 0.107 0.077 0.054 0.029 64 K 0.034 0.054 0.140 0.189 0.172 0.157 0.141 0.053 0.036 0.016 0.008 65 S 0.546 0.132 0.126 0.104 0.044 0.021 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 66 A 0.054 0.113 0.103 0.209 0.162 0.108 0.142 0.062 0.028 0.012 0.006 67 A 0.022 0.011 0.032 0.032 0.055 0.074 0.164 0.166 0.162 0.163 0.120 68 E 0.027 0.113 0.504 0.205 0.087 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 69 M 0.014 0.043 0.312 0.205 0.164 0.101 0.085 0.043 0.018 0.009 0.005 70 I 0.016 0.008 0.024 0.019 0.030 0.052 0.137 0.180 0.199 0.182 0.153 71 E 0.062 0.161 0.235 0.262 0.140 0.062 0.043 0.019 0.011 0.004 0.002 72 V 0.028 0.015 0.085 0.046 0.073 0.066 0.159 0.184 0.132 0.110 0.101 73 E 0.146 0.149 0.186 0.200 0.131 0.067 0.060 0.030 0.017 0.009 0.005