# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.031 0.009 0.069 0.046 0.077 0.090 0.002 0.001 0.006 0.551 2 F 0.081 0.034 0.007 0.107 0.157 0.192 0.067 0.002 0.001 0.004 0.351 3 S 0.013 0.008 0.001 0.072 0.049 0.072 0.081 0.001 0.001 0.001 0.702 4 L 0.036 0.024 0.005 0.120 0.124 0.310 0.042 0.001 0.001 0.002 0.335 5 R 0.019 0.028 0.002 0.095 0.096 0.207 0.157 0.001 0.001 0.008 0.387 6 D 0.102 0.020 0.005 0.037 0.036 0.085 0.144 0.003 0.001 0.015 0.553 7 A 0.428 0.052 0.015 0.088 0.050 0.144 0.050 0.005 0.001 0.009 0.160 8 K 0.045 0.038 0.005 0.067 0.076 0.074 0.276 0.005 0.001 0.003 0.410 9 C 0.053 0.028 0.008 0.023 0.033 0.051 0.047 0.003 0.001 0.006 0.748 10 G 0.092 0.008 0.020 0.048 0.067 0.208 0.114 0.002 0.001 0.050 0.392 11 Q 0.579 0.002 0.008 0.023 0.039 0.027 0.135 0.001 0.001 0.007 0.180 12 T 0.017 0.001 0.003 0.110 0.045 0.052 0.082 0.001 0.001 0.001 0.688 13 V 0.014 0.001 0.003 0.133 0.287 0.457 0.022 0.001 0.001 0.001 0.082 14 K 0.002 0.001 0.001 0.474 0.166 0.181 0.058 0.001 0.001 0.001 0.118 15 V 0.001 0.001 0.001 0.168 0.213 0.450 0.009 0.001 0.001 0.001 0.158 16 V 0.001 0.001 0.001 0.419 0.225 0.305 0.011 0.001 0.001 0.001 0.038 17 K 0.001 0.001 0.001 0.163 0.161 0.329 0.037 0.001 0.001 0.001 0.307 18 L 0.004 0.002 0.001 0.189 0.209 0.350 0.056 0.001 0.001 0.002 0.185 19 H 0.008 0.003 0.002 0.097 0.089 0.185 0.168 0.001 0.001 0.006 0.442 20 G 0.017 0.002 0.001 0.024 0.015 0.025 0.160 0.001 0.001 0.005 0.750 21 T 0.021 0.003 0.001 0.011 0.005 0.010 0.240 0.001 0.001 0.005 0.704 22 G 0.045 0.005 0.001 0.003 0.004 0.006 0.143 0.001 0.001 0.007 0.786 23 A 0.057 0.025 0.002 0.002 0.002 0.004 0.351 0.001 0.001 0.005 0.550 24 L 0.039 0.146 0.002 0.002 0.004 0.008 0.358 0.001 0.001 0.001 0.439 25 K 0.017 0.595 0.002 0.002 0.005 0.011 0.117 0.001 0.001 0.001 0.248 26 R 0.005 0.834 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.130 27 R 0.008 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.048 28 I 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.010 29 M 0.001 0.989 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 30 D 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.007 31 M 0.203 0.635 0.012 0.004 0.004 0.005 0.002 0.098 0.001 0.001 0.036 32 G 0.433 0.082 0.032 0.004 0.019 0.021 0.007 0.282 0.001 0.002 0.118 33 I 0.016 0.008 0.917 0.011 0.004 0.006 0.005 0.006 0.001 0.001 0.027 34 T 0.011 0.008 0.017 0.226 0.135 0.114 0.153 0.004 0.001 0.002 0.330 35 R 0.004 0.002 0.001 0.022 0.018 0.015 0.024 0.001 0.001 0.001 0.912 36 G 0.048 0.003 0.011 0.137 0.061 0.236 0.105 0.001 0.001 0.142 0.256 37 C 0.683 0.001 0.007 0.038 0.017 0.021 0.109 0.001 0.001 0.027 0.097 38 E 0.019 0.001 0.001 0.325 0.047 0.049 0.150 0.001 0.001 0.001 0.407 39 I 0.005 0.001 0.001 0.194 0.307 0.344 0.024 0.001 0.001 0.001 0.124 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.215 0.320 0.355 0.029 0.001 0.001 0.001 0.078 41 I 0.001 0.001 0.001 0.071 0.255 0.526 0.008 0.001 0.001 0.001 0.139 42 R 0.001 0.001 0.001 0.139 0.292 0.511 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 43 K 0.002 0.001 0.001 0.075 0.185 0.401 0.038 0.001 0.001 0.002 0.295 44 V 0.015 0.003 0.002 0.078 0.129 0.423 0.048 0.001 0.001 0.004 0.298 45 A 0.026 0.003 0.004 0.073 0.182 0.228 0.115 0.001 0.001 0.004 0.363 46 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 47 L 0.025 0.001 0.003 0.031 0.034 0.083 0.055 0.001 0.001 0.004 0.763 48 G 0.286 0.001 0.004 0.019 0.025 0.057 0.066 0.001 0.001 0.034 0.507 49 D 0.218 0.002 0.005 0.033 0.105 0.026 0.150 0.001 0.001 0.007 0.454 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 51 I 0.001 0.001 0.001 0.050 0.254 0.640 0.026 0.001 0.001 0.001 0.028 52 Q 0.023 0.001 0.001 0.067 0.120 0.307 0.048 0.001 0.001 0.006 0.429 53 I 0.010 0.002 0.001 0.163 0.444 0.302 0.009 0.001 0.001 0.001 0.067 54 N 0.001 0.001 0.001 0.080 0.228 0.327 0.018 0.001 0.001 0.001 0.343 55 V 0.001 0.001 0.001 0.079 0.319 0.472 0.018 0.001 0.001 0.001 0.109 56 R 0.004 0.001 0.001 0.073 0.140 0.368 0.071 0.001 0.001 0.002 0.340 57 G 0.015 0.001 0.001 0.057 0.048 0.102 0.131 0.001 0.001 0.008 0.638 58 Y 0.315 0.009 0.010 0.020 0.090 0.072 0.146 0.001 0.001 0.018 0.319 59 E 0.050 0.022 0.002 0.042 0.121 0.191 0.150 0.001 0.001 0.003 0.418 60 L 0.016 0.024 0.001 0.023 0.264 0.515 0.047 0.001 0.001 0.001 0.108 61 S 0.018 0.061 0.002 0.027 0.248 0.530 0.028 0.001 0.001 0.001 0.083 62 L 0.015 0.113 0.002 0.031 0.266 0.454 0.023 0.001 0.001 0.001 0.094 63 R 0.033 0.157 0.004 0.021 0.186 0.429 0.025 0.003 0.001 0.001 0.140 64 K 0.056 0.150 0.003 0.032 0.104 0.389 0.022 0.004 0.001 0.002 0.237 65 S 0.062 0.141 0.006 0.016 0.057 0.138 0.084 0.006 0.001 0.003 0.488 66 A 0.210 0.147 0.015 0.019 0.039 0.105 0.097 0.009 0.001 0.004 0.356 67 A 0.222 0.185 0.028 0.027 0.049 0.094 0.039 0.010 0.001 0.005 0.342 68 E 0.116 0.145 0.018 0.053 0.082 0.097 0.060 0.010 0.001 0.003 0.416 69 M 0.162 0.087 0.012 0.053 0.028 0.043 0.035 0.007 0.001 0.002 0.570 70 I 0.136 0.061 0.021 0.305 0.133 0.133 0.022 0.006 0.001 0.001 0.183 71 E 0.006 0.013 0.003 0.232 0.182 0.215 0.035 0.002 0.001 0.001 0.313 72 V 0.006 0.010 0.006 0.299 0.202 0.279 0.019 0.001 0.001 0.001 0.177 73 E 0.006 0.009 0.002 0.335 0.134 0.226 0.046 0.001 0.001 0.002 0.239