# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.093 0.069 0.043 0.084 0.046 0.017 0.551 2 F 0.090 0.069 0.107 0.122 0.131 0.112 0.008 0.359 3 S 0.040 0.037 0.037 0.040 0.057 0.094 0.006 0.688 4 L 0.046 0.091 0.102 0.109 0.188 0.060 0.008 0.395 5 R 0.030 0.064 0.031 0.041 0.051 0.392 0.007 0.385 6 D 0.104 0.064 0.018 0.023 0.031 0.220 0.016 0.524 7 A 0.283 0.217 0.073 0.038 0.061 0.041 0.035 0.252 8 K 0.090 0.176 0.029 0.058 0.038 0.279 0.018 0.313 9 C 0.105 0.128 0.028 0.039 0.057 0.061 0.029 0.554 10 G 0.225 0.069 0.063 0.038 0.082 0.043 0.068 0.411 11 Q 0.246 0.011 0.085 0.166 0.072 0.135 0.016 0.270 12 T 0.009 0.003 0.042 0.041 0.057 0.018 0.002 0.827 13 V 0.012 0.002 0.096 0.310 0.435 0.022 0.002 0.122 14 K 0.015 0.002 0.312 0.262 0.272 0.029 0.001 0.109 15 V 0.003 0.001 0.278 0.169 0.276 0.008 0.001 0.265 16 V 0.001 0.001 0.403 0.247 0.322 0.011 0.001 0.016 17 K 0.002 0.001 0.183 0.094 0.188 0.015 0.001 0.517 18 L 0.003 0.001 0.253 0.192 0.381 0.039 0.001 0.131 19 H 0.019 0.001 0.114 0.073 0.144 0.146 0.004 0.499 20 G 0.022 0.002 0.052 0.030 0.072 0.099 0.005 0.718 21 T 0.022 0.003 0.017 0.007 0.020 0.182 0.005 0.743 22 G 0.029 0.003 0.003 0.002 0.004 0.089 0.003 0.865 23 A 0.060 0.023 0.005 0.003 0.005 0.289 0.005 0.611 24 L 0.050 0.164 0.007 0.004 0.011 0.420 0.004 0.341 25 K 0.043 0.595 0.007 0.006 0.021 0.064 0.003 0.261 26 R 0.014 0.875 0.009 0.003 0.006 0.016 0.001 0.076 27 R 0.010 0.920 0.003 0.001 0.002 0.010 0.002 0.052 28 I 0.012 0.973 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 29 M 0.011 0.973 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 30 D 0.029 0.930 0.003 0.002 0.002 0.002 0.014 0.020 31 M 0.084 0.695 0.005 0.002 0.001 0.005 0.166 0.042 32 G 0.674 0.105 0.024 0.006 0.004 0.004 0.122 0.059 33 I 0.027 0.072 0.603 0.050 0.022 0.024 0.007 0.195 34 T 0.026 0.044 0.118 0.216 0.134 0.098 0.009 0.355 35 R 0.014 0.003 0.007 0.004 0.007 0.009 0.001 0.955 36 G 0.028 0.012 0.063 0.022 0.048 0.182 0.012 0.633 37 C 0.368 0.005 0.053 0.076 0.064 0.134 0.025 0.275 38 E 0.044 0.007 0.067 0.097 0.106 0.075 0.005 0.598 39 I 0.009 0.002 0.041 0.313 0.440 0.016 0.001 0.177 40 Y 0.006 0.002 0.102 0.348 0.462 0.019 0.001 0.060 41 I 0.002 0.001 0.035 0.412 0.450 0.006 0.001 0.094 42 R 0.001 0.002 0.063 0.374 0.530 0.006 0.001 0.023 43 K 0.005 0.002 0.036 0.302 0.497 0.015 0.001 0.142 44 V 0.007 0.005 0.057 0.182 0.571 0.015 0.002 0.160 45 A 0.021 0.004 0.059 0.207 0.433 0.044 0.004 0.228 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 47 L 0.016 0.002 0.019 0.062 0.199 0.057 0.005 0.640 48 G 0.374 0.002 0.013 0.019 0.047 0.049 0.022 0.474 49 D 0.341 0.002 0.037 0.121 0.085 0.114 0.008 0.292 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 I 0.007 0.001 0.020 0.318 0.526 0.064 0.001 0.063 52 Q 0.198 0.003 0.071 0.200 0.255 0.051 0.003 0.218 53 I 0.015 0.003 0.058 0.505 0.370 0.008 0.001 0.041 54 N 0.002 0.002 0.092 0.291 0.465 0.015 0.001 0.132 55 V 0.003 0.002 0.054 0.364 0.476 0.014 0.001 0.087 56 R 0.004 0.004 0.047 0.222 0.489 0.051 0.003 0.181 57 G 0.033 0.006 0.034 0.048 0.134 0.202 0.013 0.531 58 Y 0.173 0.013 0.059 0.156 0.211 0.098 0.023 0.269 59 E 0.030 0.017 0.063 0.138 0.220 0.126 0.007 0.398 60 L 0.013 0.011 0.045 0.311 0.362 0.038 0.002 0.217 61 S 0.011 0.047 0.080 0.240 0.464 0.040 0.001 0.116 62 L 0.030 0.090 0.053 0.182 0.370 0.087 0.004 0.184 63 R 0.065 0.165 0.037 0.122 0.371 0.048 0.009 0.182 64 K 0.072 0.193 0.025 0.078 0.189 0.043 0.013 0.386 65 S 0.030 0.125 0.008 0.027 0.044 0.275 0.022 0.468 66 A 0.226 0.168 0.013 0.017 0.037 0.094 0.047 0.397 67 A 0.084 0.325 0.105 0.042 0.069 0.043 0.016 0.316 68 E 0.047 0.315 0.069 0.152 0.088 0.130 0.016 0.182 69 M 0.206 0.256 0.067 0.031 0.058 0.025 0.033 0.324 70 I 0.076 0.185 0.413 0.123 0.107 0.012 0.009 0.074 71 E 0.015 0.060 0.280 0.223 0.184 0.031 0.008 0.200 72 V 0.015 0.022 0.269 0.209 0.251 0.015 0.003 0.216 73 E 0.008 0.017 0.268 0.159 0.248 0.051 0.003 0.246