# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.373 0.225 0.079 0.088 0.035 0.059 0.005 0.021 0.001 0.001 2 F 0.054 0.501 0.239 0.022 0.125 0.027 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 3 S 0.043 0.198 0.510 0.011 0.027 0.148 0.004 0.001 0.053 0.002 0.002 4 L 0.587 0.083 0.162 0.109 0.008 0.032 0.004 0.001 0.010 0.001 0.003 5 R 0.644 0.103 0.048 0.129 0.027 0.006 0.024 0.005 0.011 0.003 0.001 6 D 0.183 0.079 0.085 0.380 0.042 0.049 0.149 0.013 0.017 0.002 0.002 7 A 0.096 0.309 0.364 0.087 0.067 0.019 0.024 0.003 0.027 0.003 0.001 8 K 0.084 0.274 0.454 0.022 0.012 0.068 0.021 0.002 0.052 0.006 0.005 9 C 0.091 0.139 0.472 0.187 0.015 0.023 0.049 0.002 0.016 0.002 0.005 10 G 0.002 0.002 0.008 0.003 0.046 0.002 0.049 0.753 0.001 0.134 0.001 11 Q 0.016 0.386 0.492 0.027 0.049 0.015 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 12 T 0.029 0.606 0.226 0.064 0.038 0.019 0.006 0.001 0.009 0.001 0.002 13 V 0.001 0.678 0.066 0.004 0.238 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 14 K 0.001 0.812 0.112 0.001 0.038 0.027 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 15 V 0.003 0.546 0.311 0.002 0.006 0.123 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 16 V 0.030 0.801 0.082 0.015 0.033 0.026 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 17 K 0.021 0.559 0.177 0.008 0.160 0.037 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 18 L 0.048 0.673 0.142 0.023 0.033 0.055 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 19 H 0.096 0.267 0.339 0.104 0.080 0.033 0.028 0.003 0.040 0.008 0.002 20 G 0.240 0.054 0.167 0.059 0.167 0.029 0.021 0.044 0.019 0.198 0.003 21 T 0.308 0.072 0.221 0.307 0.016 0.026 0.031 0.001 0.014 0.002 0.002 22 G 0.483 0.006 0.044 0.037 0.054 0.004 0.029 0.194 0.002 0.147 0.001 23 A 0.916 0.015 0.040 0.018 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.968 0.007 0.006 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.993 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.993 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.984 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.978 0.003 0.008 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 M 0.959 0.006 0.005 0.024 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.854 0.011 0.019 0.081 0.010 0.007 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 31 M 0.272 0.014 0.022 0.668 0.003 0.003 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 32 G 0.218 0.026 0.058 0.045 0.112 0.012 0.167 0.285 0.010 0.066 0.001 33 I 0.234 0.269 0.282 0.122 0.015 0.040 0.019 0.001 0.015 0.001 0.002 34 T 0.048 0.413 0.315 0.021 0.038 0.031 0.008 0.001 0.121 0.002 0.001 35 R 0.143 0.050 0.533 0.118 0.017 0.022 0.058 0.002 0.020 0.008 0.027 36 G 0.002 0.002 0.009 0.005 0.029 0.003 0.088 0.790 0.001 0.072 0.001 37 C 0.022 0.437 0.377 0.022 0.113 0.012 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 38 E 0.013 0.464 0.402 0.013 0.017 0.068 0.007 0.001 0.012 0.001 0.002 39 I 0.004 0.790 0.115 0.003 0.046 0.032 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 40 Y 0.006 0.702 0.158 0.002 0.076 0.042 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 41 I 0.006 0.472 0.338 0.003 0.015 0.148 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 42 R 0.065 0.696 0.120 0.024 0.038 0.033 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 43 K 0.070 0.486 0.190 0.021 0.148 0.027 0.015 0.001 0.036 0.003 0.002 44 V 0.080 0.566 0.184 0.057 0.032 0.038 0.011 0.001 0.028 0.001 0.002 45 A 0.019 0.254 0.463 0.004 0.118 0.015 0.004 0.001 0.112 0.010 0.001 46 P 0.262 0.012 0.595 0.023 0.004 0.032 0.002 0.001 0.006 0.008 0.055 47 L 0.081 0.122 0.227 0.397 0.021 0.019 0.103 0.006 0.020 0.002 0.004 48 G 0.006 0.004 0.021 0.015 0.048 0.004 0.034 0.607 0.002 0.258 0.001 49 D 0.006 0.150 0.551 0.007 0.060 0.012 0.007 0.001 0.196 0.010 0.001 50 P 0.199 0.004 0.658 0.012 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.108 51 I 0.087 0.570 0.145 0.065 0.103 0.005 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 52 Q 0.007 0.766 0.154 0.005 0.028 0.015 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 53 I 0.003 0.807 0.119 0.001 0.044 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 54 N 0.005 0.387 0.394 0.002 0.013 0.175 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 55 V 0.050 0.474 0.276 0.012 0.012 0.123 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 56 R 0.149 0.204 0.254 0.198 0.056 0.026 0.071 0.004 0.024 0.010 0.003 57 G 0.021 0.015 0.029 0.018 0.178 0.007 0.099 0.506 0.003 0.124 0.001 58 Y 0.077 0.452 0.272 0.050 0.110 0.020 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 59 E 0.123 0.504 0.271 0.017 0.025 0.045 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 60 L 0.162 0.651 0.096 0.017 0.026 0.032 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 61 S 0.119 0.528 0.142 0.015 0.156 0.021 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 62 L 0.125 0.530 0.171 0.055 0.030 0.053 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 63 R 0.361 0.224 0.199 0.037 0.053 0.059 0.023 0.003 0.037 0.005 0.001 64 K 0.708 0.076 0.108 0.063 0.010 0.009 0.016 0.002 0.006 0.002 0.001 65 S 0.753 0.062 0.089 0.048 0.012 0.012 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 66 A 0.470 0.048 0.044 0.405 0.008 0.007 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 67 A 0.338 0.192 0.315 0.062 0.033 0.026 0.015 0.004 0.012 0.002 0.001 68 E 0.624 0.103 0.070 0.167 0.014 0.007 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 69 M 0.028 0.580 0.121 0.089 0.128 0.010 0.023 0.001 0.019 0.001 0.001 70 I 0.008 0.779 0.130 0.002 0.049 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 71 E 0.005 0.445 0.442 0.005 0.014 0.075 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 72 V 0.019 0.691 0.147 0.007 0.011 0.108 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 73 E 0.037 0.600 0.196 0.016 0.082 0.041 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001