# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.103 0.023 0.008 0.259 0.008 0.023 0.080 0.044 0.138 0.078 2 F 0.077 0.338 0.100 0.014 0.291 0.025 0.029 0.041 0.020 0.027 0.036 3 S 0.185 0.282 0.063 0.003 0.382 0.003 0.004 0.028 0.009 0.008 0.033 4 L 0.035 0.016 0.003 0.002 0.030 0.004 0.005 0.266 0.581 0.045 0.013 5 R 0.010 0.040 0.018 0.008 0.026 0.023 0.073 0.506 0.260 0.030 0.006 6 D 0.059 0.023 0.008 0.003 0.082 0.009 0.036 0.237 0.096 0.416 0.031 7 A 0.108 0.198 0.072 0.012 0.250 0.013 0.054 0.151 0.057 0.056 0.030 8 K 0.059 0.127 0.171 0.172 0.096 0.081 0.040 0.124 0.061 0.039 0.029 9 C 0.019 0.278 0.157 0.110 0.048 0.057 0.194 0.072 0.040 0.015 0.009 10 G 0.034 0.006 0.012 0.035 0.010 0.017 0.008 0.011 0.016 0.596 0.255 11 Q 0.038 0.519 0.061 0.018 0.193 0.030 0.064 0.021 0.016 0.023 0.016 12 T 0.362 0.048 0.005 0.002 0.483 0.003 0.005 0.004 0.004 0.025 0.059 13 V 0.182 0.113 0.002 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 14 K 0.144 0.083 0.011 0.001 0.741 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 15 V 0.545 0.027 0.003 0.001 0.362 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 16 V 0.137 0.186 0.014 0.005 0.596 0.011 0.012 0.005 0.005 0.005 0.024 17 K 0.227 0.131 0.064 0.002 0.469 0.002 0.004 0.004 0.004 0.007 0.086 18 L 0.277 0.152 0.022 0.010 0.325 0.014 0.023 0.027 0.020 0.038 0.092 19 H 0.050 0.123 0.127 0.148 0.084 0.121 0.097 0.068 0.046 0.088 0.048 20 G 0.025 0.082 0.151 0.359 0.028 0.067 0.025 0.084 0.044 0.105 0.031 21 T 0.008 0.182 0.131 0.106 0.024 0.059 0.092 0.277 0.063 0.048 0.011 22 G 0.008 0.032 0.047 0.043 0.009 0.022 0.010 0.423 0.101 0.245 0.058 23 A 0.010 0.051 0.015 0.002 0.023 0.003 0.008 0.767 0.096 0.018 0.007 24 L 0.006 0.011 0.004 0.001 0.008 0.001 0.002 0.892 0.062 0.009 0.003 25 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.939 0.045 0.003 0.001 26 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.957 0.025 0.002 0.001 27 R 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.947 0.021 0.004 0.001 28 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.895 0.078 0.009 0.001 29 M 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.003 0.016 0.766 0.187 0.011 0.002 30 D 0.007 0.008 0.003 0.003 0.008 0.007 0.118 0.671 0.104 0.064 0.006 31 M 0.013 0.644 0.094 0.007 0.080 0.006 0.034 0.062 0.034 0.019 0.006 32 G 0.086 0.048 0.032 0.028 0.077 0.011 0.020 0.048 0.050 0.397 0.203 33 I 0.135 0.192 0.133 0.056 0.146 0.016 0.047 0.076 0.064 0.086 0.049 34 T 0.010 0.152 0.511 0.222 0.035 0.019 0.009 0.017 0.013 0.007 0.005 35 R 0.003 0.042 0.035 0.041 0.008 0.064 0.670 0.089 0.040 0.005 0.002 36 G 0.026 0.010 0.022 0.024 0.010 0.011 0.010 0.011 0.017 0.698 0.160 37 C 0.051 0.536 0.030 0.004 0.329 0.006 0.009 0.007 0.004 0.010 0.014 38 E 0.220 0.057 0.003 0.001 0.699 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 39 I 0.278 0.069 0.002 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 Y 0.195 0.081 0.014 0.001 0.679 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 41 I 0.553 0.048 0.006 0.002 0.330 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.048 42 R 0.191 0.146 0.032 0.021 0.401 0.052 0.037 0.020 0.020 0.021 0.060 43 K 0.199 0.179 0.054 0.007 0.424 0.009 0.017 0.017 0.016 0.018 0.060 44 V 0.179 0.191 0.042 0.022 0.242 0.019 0.039 0.041 0.044 0.103 0.079 45 A 0.046 0.336 0.361 0.028 0.147 0.008 0.012 0.012 0.014 0.010 0.027 46 P 0.090 0.282 0.222 0.068 0.122 0.025 0.027 0.050 0.060 0.027 0.028 47 L 0.020 0.183 0.106 0.048 0.057 0.063 0.364 0.066 0.062 0.021 0.010 48 G 0.044 0.024 0.045 0.132 0.023 0.056 0.048 0.020 0.039 0.439 0.130 49 D 0.062 0.418 0.131 0.031 0.244 0.015 0.021 0.010 0.012 0.032 0.026 50 P 0.332 0.072 0.006 0.002 0.506 0.006 0.005 0.007 0.012 0.019 0.032 51 I 0.169 0.164 0.010 0.004 0.594 0.013 0.015 0.005 0.004 0.005 0.017 52 Q 0.268 0.046 0.006 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 53 I 0.214 0.111 0.003 0.001 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 54 N 0.328 0.076 0.025 0.001 0.488 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.069 55 V 0.329 0.085 0.029 0.031 0.228 0.049 0.021 0.029 0.022 0.047 0.130 56 R 0.007 0.049 0.071 0.371 0.016 0.235 0.150 0.037 0.022 0.031 0.010 57 G 0.038 0.032 0.054 0.173 0.025 0.038 0.014 0.044 0.042 0.440 0.102 58 Y 0.054 0.395 0.035 0.009 0.258 0.015 0.017 0.107 0.053 0.037 0.021 59 E 0.168 0.174 0.029 0.008 0.360 0.010 0.018 0.145 0.039 0.017 0.032 60 L 0.209 0.080 0.019 0.012 0.193 0.010 0.032 0.293 0.073 0.032 0.045 61 S 0.084 0.099 0.026 0.009 0.161 0.017 0.047 0.411 0.082 0.032 0.031 62 L 0.069 0.086 0.036 0.010 0.098 0.015 0.045 0.412 0.094 0.101 0.035 63 R 0.061 0.175 0.055 0.017 0.112 0.016 0.036 0.280 0.096 0.115 0.037 64 K 0.028 0.071 0.024 0.008 0.066 0.013 0.033 0.520 0.191 0.035 0.013 65 S 0.009 0.037 0.019 0.007 0.013 0.011 0.042 0.624 0.187 0.045 0.006 66 A 0.033 0.012 0.006 0.003 0.023 0.006 0.029 0.465 0.218 0.180 0.024 67 A 0.117 0.079 0.013 0.008 0.142 0.016 0.017 0.416 0.146 0.026 0.021 68 E 0.016 0.031 0.017 0.023 0.045 0.102 0.283 0.347 0.095 0.033 0.007 69 M 0.463 0.020 0.006 0.005 0.184 0.004 0.034 0.065 0.019 0.138 0.063 70 I 0.072 0.253 0.003 0.001 0.656 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 71 E 0.299 0.074 0.021 0.001 0.536 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.057 72 V 0.350 0.144 0.014 0.004 0.370 0.004 0.005 0.016 0.009 0.013 0.069 73 E 0.106 0.181 0.092 0.034 0.238 0.070 0.097 0.073 0.038 0.027 0.043