# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.655 0.193 0.102 0.035 0.011 0.003 0.001 2 F 0.421 0.234 0.175 0.119 0.040 0.010 0.001 3 S 0.473 0.283 0.180 0.046 0.013 0.004 0.001 4 L 0.142 0.116 0.152 0.287 0.237 0.064 0.003 5 R 0.432 0.305 0.157 0.085 0.017 0.004 0.001 6 D 0.545 0.272 0.132 0.034 0.014 0.003 0.001 7 A 0.180 0.174 0.217 0.295 0.112 0.022 0.001 8 K 0.585 0.292 0.092 0.025 0.005 0.001 0.001 9 C 0.352 0.269 0.186 0.128 0.058 0.007 0.001 10 G 0.446 0.311 0.146 0.076 0.016 0.005 0.001 11 Q 0.440 0.281 0.175 0.065 0.030 0.008 0.001 12 T 0.139 0.320 0.289 0.186 0.050 0.014 0.002 13 V 0.020 0.068 0.152 0.267 0.344 0.141 0.007 14 K 0.020 0.095 0.240 0.331 0.234 0.074 0.006 15 V 0.008 0.012 0.032 0.093 0.333 0.456 0.066 16 V 0.028 0.146 0.230 0.279 0.210 0.098 0.009 17 K 0.065 0.291 0.322 0.218 0.075 0.026 0.003 18 L 0.030 0.053 0.095 0.319 0.352 0.142 0.009 19 H 0.262 0.375 0.210 0.110 0.033 0.010 0.001 20 G 0.229 0.266 0.219 0.189 0.079 0.016 0.001 21 T 0.641 0.239 0.095 0.019 0.004 0.001 0.001 22 G 0.506 0.356 0.084 0.042 0.010 0.002 0.001 23 A 0.256 0.332 0.223 0.123 0.053 0.013 0.001 24 L 0.031 0.060 0.133 0.261 0.348 0.159 0.009 25 K 0.046 0.134 0.264 0.300 0.178 0.071 0.008 26 R 0.051 0.181 0.227 0.245 0.203 0.082 0.010 27 R 0.026 0.089 0.190 0.301 0.254 0.119 0.021 28 I 0.016 0.022 0.038 0.092 0.239 0.436 0.157 29 M 0.046 0.122 0.168 0.272 0.211 0.140 0.041 30 D 0.116 0.230 0.254 0.211 0.111 0.061 0.018 31 M 0.064 0.108 0.124 0.196 0.215 0.235 0.059 32 G 0.093 0.149 0.182 0.213 0.195 0.140 0.027 33 I 0.082 0.109 0.134 0.225 0.252 0.176 0.021 34 T 0.181 0.225 0.228 0.213 0.111 0.037 0.004 35 R 0.387 0.327 0.166 0.077 0.030 0.011 0.001 36 G 0.376 0.315 0.152 0.102 0.039 0.014 0.002 37 C 0.195 0.224 0.198 0.212 0.126 0.040 0.004 38 E 0.209 0.305 0.269 0.150 0.046 0.018 0.002 39 I 0.030 0.060 0.112 0.253 0.333 0.193 0.018 40 Y 0.049 0.166 0.287 0.290 0.150 0.052 0.006 41 I 0.029 0.044 0.068 0.158 0.328 0.318 0.056 42 R 0.096 0.163 0.224 0.243 0.166 0.090 0.019 43 K 0.175 0.254 0.220 0.177 0.101 0.061 0.013 44 V 0.173 0.188 0.203 0.216 0.139 0.068 0.013 45 A 0.187 0.176 0.171 0.184 0.150 0.109 0.022 46 P 0.248 0.250 0.188 0.141 0.096 0.063 0.014 47 L 0.201 0.198 0.193 0.197 0.127 0.067 0.016 48 G 0.309 0.295 0.178 0.115 0.057 0.037 0.009 49 D 0.086 0.132 0.160 0.218 0.229 0.143 0.032 50 P 0.053 0.073 0.143 0.182 0.233 0.235 0.081 51 I 0.017 0.041 0.064 0.137 0.263 0.379 0.099 52 Q 0.032 0.102 0.213 0.311 0.202 0.103 0.038 53 I 0.009 0.014 0.022 0.052 0.165 0.526 0.212 54 N 0.024 0.104 0.218 0.337 0.205 0.090 0.021 55 V 0.019 0.036 0.065 0.181 0.356 0.288 0.057 56 R 0.093 0.265 0.267 0.220 0.104 0.042 0.010 57 G 0.142 0.306 0.259 0.158 0.070 0.053 0.012 58 Y 0.016 0.055 0.088 0.237 0.360 0.217 0.027 59 E 0.043 0.129 0.225 0.288 0.187 0.099 0.028 60 L 0.021 0.040 0.060 0.090 0.189 0.464 0.137 61 S 0.032 0.069 0.147 0.261 0.242 0.206 0.043 62 L 0.017 0.025 0.052 0.122 0.297 0.387 0.101 63 R 0.047 0.131 0.229 0.251 0.221 0.107 0.014 64 K 0.149 0.300 0.246 0.184 0.085 0.032 0.004 65 S 0.349 0.376 0.134 0.101 0.029 0.010 0.001 66 A 0.246 0.256 0.235 0.147 0.091 0.023 0.001 67 A 0.062 0.099 0.183 0.361 0.219 0.072 0.004 68 E 0.334 0.316 0.243 0.077 0.023 0.006 0.001 69 M 0.167 0.364 0.238 0.159 0.057 0.014 0.001 70 I 0.071 0.084 0.112 0.245 0.295 0.182 0.010 71 E 0.206 0.311 0.256 0.157 0.055 0.014 0.001 72 V 0.164 0.136 0.174 0.288 0.184 0.051 0.003 73 E 0.578 0.266 0.110 0.035 0.008 0.002 0.001