# TARGET T0492 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0492.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.0248 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.083 0.096 0.126 0.159 0.137 0.104 0.076 0.054 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 2 F 0.196 0.112 0.110 0.125 0.136 0.100 0.082 0.061 0.034 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 3 S 0.111 0.108 0.128 0.164 0.165 0.119 0.077 0.059 0.036 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 4 L 0.039 0.031 0.038 0.074 0.112 0.132 0.153 0.149 0.133 0.059 0.043 0.020 0.014 0.004 5 R 0.163 0.171 0.184 0.164 0.122 0.087 0.049 0.027 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 6 D 0.324 0.252 0.148 0.092 0.060 0.072 0.025 0.010 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 7 A 0.071 0.075 0.071 0.163 0.205 0.194 0.097 0.068 0.031 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 8 K 0.185 0.179 0.192 0.167 0.114 0.083 0.043 0.017 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 C 0.191 0.140 0.151 0.162 0.140 0.101 0.056 0.029 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 G 0.216 0.170 0.206 0.138 0.108 0.064 0.049 0.018 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.134 0.146 0.169 0.156 0.118 0.119 0.067 0.039 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 12 T 0.037 0.058 0.055 0.128 0.200 0.173 0.132 0.099 0.061 0.033 0.011 0.008 0.003 0.002 13 V 0.014 0.010 0.013 0.020 0.038 0.068 0.106 0.131 0.165 0.157 0.159 0.067 0.042 0.011 14 K 0.022 0.025 0.041 0.076 0.113 0.114 0.134 0.185 0.094 0.076 0.063 0.033 0.011 0.013 15 V 0.005 0.004 0.006 0.011 0.018 0.030 0.049 0.077 0.176 0.158 0.175 0.151 0.103 0.036 16 V 0.015 0.021 0.024 0.049 0.067 0.099 0.117 0.146 0.156 0.130 0.083 0.056 0.025 0.012 17 K 0.068 0.112 0.109 0.114 0.120 0.138 0.116 0.076 0.063 0.033 0.039 0.007 0.003 0.004 18 L 0.029 0.032 0.035 0.072 0.119 0.162 0.118 0.139 0.115 0.076 0.046 0.030 0.022 0.005 19 H 0.113 0.147 0.156 0.185 0.152 0.099 0.069 0.039 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 20 G 0.134 0.105 0.118 0.152 0.155 0.135 0.088 0.051 0.038 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 21 T 0.301 0.165 0.247 0.095 0.080 0.043 0.035 0.012 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.588 0.184 0.105 0.056 0.029 0.020 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.301 0.230 0.147 0.129 0.086 0.055 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.075 0.051 0.057 0.120 0.189 0.178 0.143 0.102 0.053 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 25 K 0.109 0.136 0.160 0.203 0.167 0.118 0.052 0.029 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 26 R 0.487 0.212 0.103 0.078 0.048 0.041 0.016 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 27 R 0.095 0.115 0.136 0.198 0.194 0.141 0.059 0.035 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 28 I 0.042 0.028 0.041 0.073 0.124 0.152 0.184 0.176 0.090 0.036 0.032 0.011 0.008 0.002 29 M 0.122 0.119 0.117 0.181 0.177 0.132 0.073 0.040 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 30 D 0.468 0.179 0.144 0.077 0.046 0.044 0.019 0.009 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 31 M 0.077 0.057 0.078 0.132 0.189 0.173 0.133 0.074 0.039 0.022 0.012 0.008 0.004 0.001 32 G 0.080 0.067 0.099 0.130 0.169 0.164 0.118 0.087 0.047 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 33 I 0.120 0.061 0.048 0.081 0.130 0.126 0.145 0.120 0.068 0.047 0.029 0.014 0.008 0.003 34 T 0.096 0.084 0.088 0.123 0.149 0.131 0.107 0.089 0.058 0.031 0.029 0.009 0.004 0.003 35 R 0.126 0.088 0.111 0.139 0.152 0.114 0.085 0.069 0.043 0.036 0.020 0.010 0.004 0.003 36 G 0.059 0.053 0.062 0.098 0.136 0.140 0.121 0.111 0.096 0.056 0.040 0.015 0.008 0.006 37 C 0.033 0.028 0.039 0.059 0.095 0.121 0.136 0.141 0.118 0.105 0.068 0.032 0.016 0.007 38 E 0.030 0.037 0.042 0.087 0.138 0.130 0.145 0.150 0.095 0.069 0.038 0.021 0.008 0.011 39 I 0.007 0.004 0.006 0.008 0.015 0.032 0.050 0.068 0.159 0.201 0.208 0.138 0.083 0.020 40 Y 0.017 0.020 0.033 0.052 0.083 0.104 0.147 0.176 0.112 0.094 0.086 0.039 0.017 0.020 41 I 0.007 0.006 0.009 0.012 0.019 0.033 0.055 0.079 0.145 0.165 0.219 0.141 0.077 0.033 42 R 0.027 0.033 0.036 0.069 0.082 0.112 0.108 0.144 0.127 0.106 0.068 0.044 0.030 0.015 43 K 0.047 0.060 0.078 0.112 0.121 0.119 0.124 0.105 0.091 0.062 0.046 0.022 0.007 0.006 44 V 0.050 0.063 0.075 0.110 0.155 0.147 0.120 0.108 0.078 0.044 0.032 0.011 0.005 0.003 45 A 0.158 0.139 0.149 0.127 0.131 0.103 0.072 0.046 0.037 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 46 P 0.092 0.118 0.119 0.165 0.163 0.126 0.083 0.065 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 47 L 0.089 0.109 0.107 0.153 0.169 0.136 0.090 0.067 0.042 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 48 G 0.209 0.182 0.167 0.137 0.099 0.080 0.057 0.028 0.022 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 49 D 0.148 0.131 0.140 0.154 0.137 0.111 0.068 0.050 0.029 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 50 P 0.060 0.060 0.068 0.105 0.150 0.142 0.129 0.106 0.082 0.050 0.025 0.013 0.007 0.004 51 I 0.021 0.015 0.021 0.040 0.071 0.109 0.149 0.156 0.137 0.125 0.078 0.048 0.023 0.008 52 Q 0.033 0.033 0.042 0.079 0.125 0.123 0.138 0.150 0.103 0.072 0.050 0.028 0.012 0.011 53 I 0.019 0.010 0.013 0.017 0.028 0.049 0.074 0.091 0.145 0.181 0.166 0.123 0.066 0.017 54 N 0.024 0.040 0.047 0.099 0.140 0.154 0.151 0.142 0.084 0.052 0.033 0.018 0.007 0.009 55 V 0.009 0.009 0.012 0.022 0.046 0.069 0.122 0.140 0.162 0.143 0.159 0.057 0.035 0.015 56 R 0.039 0.070 0.070 0.140 0.155 0.151 0.120 0.110 0.064 0.038 0.026 0.007 0.004 0.004 57 G 0.035 0.052 0.068 0.113 0.135 0.139 0.126 0.112 0.095 0.062 0.031 0.019 0.007 0.005 58 Y 0.009 0.014 0.017 0.043 0.100 0.145 0.184 0.151 0.139 0.101 0.052 0.025 0.013 0.006 59 E 0.025 0.037 0.067 0.092 0.132 0.153 0.145 0.125 0.101 0.067 0.030 0.015 0.007 0.004 60 L 0.023 0.017 0.022 0.038 0.071 0.087 0.151 0.156 0.128 0.129 0.095 0.046 0.024 0.010 61 S 0.034 0.044 0.046 0.085 0.097 0.136 0.113 0.127 0.121 0.084 0.044 0.039 0.021 0.010 62 L 0.042 0.036 0.037 0.060 0.098 0.112 0.162 0.174 0.095 0.071 0.067 0.025 0.014 0.008 63 R 0.033 0.063 0.075 0.142 0.192 0.167 0.129 0.094 0.063 0.024 0.013 0.003 0.001 0.002 64 K 0.068 0.098 0.130 0.194 0.184 0.146 0.079 0.048 0.033 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 65 S 0.440 0.189 0.163 0.086 0.053 0.035 0.019 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.161 0.189 0.255 0.137 0.098 0.096 0.031 0.012 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.049 0.066 0.062 0.160 0.233 0.177 0.129 0.075 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 68 E 0.335 0.266 0.169 0.084 0.047 0.054 0.022 0.008 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 69 M 0.124 0.092 0.102 0.171 0.186 0.142 0.081 0.048 0.029 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 70 I 0.042 0.027 0.031 0.062 0.122 0.157 0.197 0.149 0.084 0.049 0.048 0.020 0.010 0.003 71 E 0.132 0.094 0.133 0.144 0.154 0.129 0.078 0.060 0.036 0.020 0.011 0.005 0.002 0.002 72 V 0.107 0.039 0.032 0.057 0.088 0.102 0.123 0.127 0.110 0.088 0.062 0.038 0.021 0.005 73 E 0.120 0.084 0.089 0.131 0.150 0.131 0.108 0.078 0.048 0.030 0.017 0.008 0.003 0.002