# TARGET T0489 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 154 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 M 0.034 0.015 0.014 0.303 0.003 0.045 0.587 3 F 0.033 0.009 0.033 0.252 0.090 0.087 0.496 4 K 0.038 0.015 0.052 0.324 0.109 0.091 0.372 5 W 0.038 0.007 0.049 0.411 0.120 0.072 0.304 6 P 0.038 0.004 0.065 0.483 0.069 0.067 0.275 7 W 0.045 0.009 0.070 0.510 0.073 0.058 0.234 8 K 0.048 0.010 0.063 0.556 0.074 0.044 0.206 9 A 0.032 0.008 0.090 0.503 0.070 0.119 0.179 10 D 0.012 0.006 0.111 0.459 0.057 0.215 0.139 11 D 0.006 0.009 0.125 0.243 0.139 0.264 0.214 12 E 0.005 0.004 0.083 0.159 0.220 0.332 0.198 13 S 0.005 0.008 0.070 0.065 0.101 0.334 0.417 14 G 0.001 0.007 0.008 0.016 0.116 0.012 0.840 15 N 0.002 0.003 0.003 0.017 0.021 0.007 0.948 16 A 0.001 0.001 0.098 0.763 0.022 0.090 0.027 17 E 0.001 0.001 0.048 0.858 0.017 0.057 0.019 18 M 0.001 0.001 0.032 0.923 0.008 0.020 0.016 19 P 0.001 0.001 0.005 0.972 0.005 0.008 0.009 20 W 0.002 0.001 0.005 0.968 0.005 0.010 0.010 21 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.003 0.008 0.004 22 Q 0.001 0.001 0.004 0.976 0.003 0.013 0.003 23 A 0.001 0.001 0.008 0.951 0.002 0.035 0.003 24 L 0.001 0.001 0.009 0.760 0.004 0.222 0.004 25 A 0.001 0.001 0.015 0.666 0.014 0.278 0.026 26 I 0.001 0.006 0.018 0.276 0.222 0.036 0.440 27 P 0.004 0.006 0.129 0.296 0.102 0.166 0.297 28 V 0.005 0.005 0.354 0.289 0.063 0.161 0.123 29 L 0.002 0.003 0.720 0.074 0.037 0.075 0.088 30 A 0.006 0.001 0.567 0.068 0.074 0.244 0.039 31 H 0.008 0.007 0.408 0.055 0.040 0.352 0.131 32 L 0.001 0.007 0.004 0.003 0.187 0.005 0.793 33 S 0.001 0.003 0.001 0.006 0.018 0.002 0.970 34 S 0.001 0.001 0.018 0.932 0.014 0.025 0.011 35 T 0.001 0.001 0.022 0.952 0.003 0.017 0.005 36 E 0.001 0.001 0.021 0.960 0.002 0.010 0.007 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 38 H 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.012 0.004 39 K 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.002 40 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.004 41 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 46 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 47 F 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 48 L 0.001 0.001 0.010 0.951 0.005 0.029 0.004 49 Q 0.004 0.001 0.033 0.797 0.009 0.148 0.008 50 Q 0.010 0.002 0.051 0.576 0.038 0.276 0.048 51 K 0.052 0.009 0.032 0.314 0.184 0.223 0.186 52 R 0.213 0.011 0.022 0.094 0.232 0.156 0.273 53 L 0.512 0.064 0.014 0.031 0.073 0.027 0.279 54 V 0.642 0.019 0.010 0.017 0.044 0.019 0.249 55 A 0.495 0.027 0.015 0.013 0.089 0.076 0.285 56 L 0.210 0.013 0.031 0.009 0.187 0.172 0.378 57 Q 0.039 0.004 0.030 0.006 0.257 0.532 0.132 58 G 0.041 0.005 0.037 0.005 0.342 0.463 0.107 59 L 0.215 0.024 0.010 0.006 0.232 0.042 0.471 60 E 0.287 0.095 0.005 0.004 0.061 0.012 0.536 61 L 0.155 0.123 0.002 0.007 0.062 0.005 0.647 62 T 0.016 0.003 0.001 0.007 0.042 0.003 0.928 63 P 0.001 0.001 0.021 0.937 0.012 0.027 0.003 64 L 0.001 0.001 0.007 0.973 0.005 0.014 0.002 65 H 0.001 0.001 0.004 0.987 0.002 0.005 0.002 66 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 67 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 68 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 69 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 73 F 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.028 0.001 74 C 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.015 0.003 75 L 0.001 0.001 0.014 0.970 0.004 0.009 0.003 76 P 0.001 0.001 0.038 0.933 0.005 0.019 0.003 77 V 0.002 0.001 0.129 0.812 0.004 0.047 0.005 78 L 0.006 0.004 0.086 0.719 0.020 0.152 0.013 79 E 0.008 0.003 0.079 0.453 0.077 0.313 0.067 80 L 0.007 0.005 0.086 0.221 0.269 0.194 0.218 81 G 0.010 0.006 0.243 0.176 0.103 0.203 0.260 82 I 0.005 0.002 0.596 0.188 0.034 0.125 0.050 83 E 0.010 0.004 0.522 0.175 0.046 0.188 0.056 84 W 0.023 0.012 0.391 0.196 0.082 0.150 0.146 85 L 0.040 0.018 0.264 0.090 0.103 0.099 0.387 86 D 0.019 0.005 0.207 0.053 0.086 0.571 0.059 87 G 0.033 0.005 0.109 0.022 0.063 0.710 0.058 88 F 0.170 0.009 0.019 0.008 0.142 0.055 0.597 89 H 0.467 0.006 0.008 0.004 0.203 0.032 0.281 90 E 0.908 0.005 0.003 0.002 0.018 0.009 0.055 91 V 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 92 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 93 I 0.931 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.059 94 Y 0.616 0.010 0.001 0.001 0.039 0.009 0.325 95 P 0.169 0.007 0.033 0.009 0.245 0.183 0.354 96 A 0.045 0.010 0.104 0.015 0.343 0.229 0.254 97 P 0.107 0.010 0.220 0.047 0.228 0.224 0.163 98 F 0.289 0.028 0.110 0.055 0.133 0.123 0.263 99 I 0.438 0.085 0.034 0.040 0.101 0.041 0.261 100 V 0.471 0.029 0.020 0.032 0.083 0.046 0.320 101 D 0.354 0.012 0.021 0.022 0.151 0.069 0.372 102 D 0.325 0.013 0.067 0.059 0.167 0.075 0.294 103 E 0.491 0.024 0.040 0.061 0.098 0.053 0.232 104 W 0.541 0.020 0.036 0.043 0.087 0.054 0.219 105 E 0.496 0.041 0.034 0.036 0.108 0.067 0.220 106 D 0.199 0.021 0.043 0.035 0.141 0.127 0.433 107 D 0.104 0.006 0.047 0.034 0.228 0.429 0.153 108 I 0.112 0.006 0.031 0.032 0.169 0.529 0.121 109 G 0.326 0.008 0.012 0.013 0.229 0.146 0.265 110 L 0.635 0.030 0.004 0.007 0.050 0.012 0.262 111 V 0.740 0.094 0.003 0.006 0.020 0.006 0.131 112 H 0.512 0.014 0.006 0.011 0.045 0.017 0.395 113 N 0.272 0.009 0.063 0.061 0.141 0.206 0.248 114 Q 0.222 0.011 0.075 0.112 0.160 0.258 0.162 115 R 0.353 0.014 0.069 0.096 0.136 0.100 0.233 116 V 0.535 0.016 0.035 0.070 0.080 0.045 0.219 117 V 0.614 0.026 0.032 0.075 0.063 0.050 0.140 118 Q 0.614 0.025 0.029 0.089 0.050 0.053 0.141 119 S 0.517 0.015 0.022 0.080 0.072 0.099 0.196 120 G 0.395 0.012 0.019 0.075 0.169 0.096 0.235 121 Q 0.354 0.022 0.022 0.091 0.126 0.040 0.346 122 S 0.289 0.024 0.041 0.116 0.104 0.070 0.354 123 W 0.196 0.019 0.111 0.171 0.114 0.213 0.174 124 Q 0.133 0.013 0.095 0.179 0.177 0.278 0.126 125 Q 0.132 0.011 0.033 0.152 0.256 0.230 0.186 126 G 0.129 0.006 0.006 0.021 0.309 0.057 0.472 127 P 0.316 0.009 0.004 0.006 0.155 0.027 0.482 128 V 0.814 0.013 0.004 0.007 0.024 0.009 0.130 129 V 0.850 0.009 0.002 0.004 0.011 0.004 0.121 130 L 0.664 0.038 0.002 0.006 0.040 0.006 0.244 131 N 0.397 0.033 0.001 0.005 0.068 0.003 0.495 132 W 0.006 0.001 0.036 0.897 0.020 0.020 0.021 133 L 0.001 0.001 0.039 0.935 0.012 0.009 0.004 134 D 0.001 0.001 0.105 0.876 0.004 0.010 0.004 135 I 0.001 0.001 0.042 0.938 0.002 0.011 0.004 136 Q 0.004 0.005 0.023 0.873 0.008 0.077 0.010 137 D 0.004 0.001 0.019 0.445 0.018 0.494 0.018 138 S 0.005 0.004 0.012 0.178 0.122 0.543 0.136 139 F 0.006 0.014 0.007 0.011 0.194 0.025 0.743 140 D 0.009 0.012 0.042 0.010 0.223 0.185 0.518 141 A 0.004 0.005 0.068 0.015 0.234 0.528 0.146 142 S 0.010 0.004 0.054 0.022 0.296 0.445 0.169 143 G 0.060 0.008 0.037 0.054 0.279 0.223 0.340 144 F 0.115 0.014 0.014 0.073 0.265 0.048 0.472 145 N 0.227 0.030 0.009 0.183 0.133 0.022 0.396 146 L 0.408 0.022 0.003 0.326 0.016 0.005 0.221 147 V 0.219 0.003 0.003 0.701 0.006 0.003 0.064 148 V 0.076 0.002 0.002 0.886 0.004 0.004 0.026 149 H 0.031 0.001 0.003 0.937 0.007 0.006 0.016 150 E 0.024 0.001 0.004 0.942 0.008 0.006 0.016 151 V 0.021 0.001 0.003 0.948 0.007 0.006 0.014 152 A 0.012 0.001 0.008 0.969 0.003 0.004 0.005 153 H 0.006 0.001 0.011 0.972 0.002 0.006 0.003 154 K 0.006 0.001 0.009 0.972 0.002 0.008 0.003 155 L 0.005 0.001 0.012 0.951 0.003 0.021 0.006 156 D 0.005 0.001 0.010 0.922 0.008 0.039 0.014 157 T 0.003 0.001 0.037 0.787 0.012 0.116 0.043 158 R 0.003 0.002 0.041 0.432 0.048 0.446 0.028 159 N 0.002 0.001 0.029 0.082 0.049 0.808 0.028 160 G 0.011 0.016 0.030 0.045 0.370 0.281 0.246 161 D 0.035 0.056 0.032 0.024 0.180 0.114 0.560 162 R 0.040 0.044 0.039 0.015 0.199 0.246 0.417 163 A 0.012 0.012 0.024 0.013 0.202 0.572 0.166 164 S 0.012 0.011 0.011 0.005 0.377 0.339 0.245 165 G 0.027 0.062 0.007 0.009 0.312 0.028 0.555 166 V 0.034 0.118 0.025 0.023 0.116 0.042 0.643 167 P 0.028 0.045 0.092 0.046 0.112 0.127 0.551 168 L 0.013 0.033 0.139 0.047 0.141 0.125 0.501 169 I 0.005 0.011 0.182 0.061 0.202 0.111 0.428 170 P 0.005 0.005 0.226 0.119 0.126 0.224 0.294 171 L 0.005 0.006 0.196 0.127 0.126 0.278 0.262 172 R 0.008 0.019 0.106 0.143 0.171 0.157 0.395 173 E 0.007 0.022 0.036 0.223 0.117 0.071 0.524 174 V 0.003 0.003 0.025 0.806 0.042 0.036 0.086 175 A 0.003 0.001 0.013 0.919 0.014 0.026 0.025 176 G 0.002 0.001 0.010 0.939 0.007 0.025 0.015 177 W 0.001 0.001 0.006 0.971 0.004 0.013 0.005 178 E 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.011 0.003 179 H 0.001 0.001 0.003 0.953 0.003 0.035 0.004 180 D 0.001 0.001 0.006 0.928 0.005 0.049 0.011 181 L 0.001 0.001 0.006 0.938 0.009 0.030 0.015 182 H 0.001 0.001 0.009 0.948 0.011 0.022 0.009 183 A 0.001 0.001 0.007 0.955 0.008 0.024 0.006 184 A 0.001 0.001 0.006 0.957 0.004 0.024 0.008 185 M 0.001 0.001 0.003 0.965 0.007 0.016 0.008 186 N 0.001 0.001 0.005 0.942 0.009 0.036 0.008 187 N 0.001 0.001 0.005 0.926 0.006 0.051 0.010 188 I 0.001 0.001 0.004 0.930 0.010 0.035 0.019 189 Q 0.001 0.001 0.004 0.935 0.013 0.033 0.013 190 D 0.001 0.001 0.007 0.923 0.010 0.040 0.019 191 E 0.001 0.001 0.009 0.917 0.012 0.032 0.028 192 I 0.002 0.002 0.015 0.898 0.016 0.037 0.030 193 D 0.002 0.001 0.027 0.862 0.015 0.076 0.018 194 L 0.001 0.002 0.032 0.763 0.032 0.142 0.029 195 V 0.001 0.002 0.025 0.557 0.070 0.267 0.078 196 G 0.001 0.003 0.031 0.166 0.109 0.543 0.147 197 E 0.003 0.004 0.046 0.059 0.185 0.323 0.379 198 S 0.009 0.007 0.071 0.071 0.201 0.218 0.422 199 A 0.019 0.012 0.138 0.082 0.228 0.172 0.349 200 A 0.041 0.014 0.097 0.092 0.251 0.151 0.354 201 S 0.081 0.021 0.075 0.104 0.145 0.098 0.474 202 I 0.218 0.091 0.028 0.128 0.130 0.045 0.360 203 D 0.171 0.021 0.023 0.145 0.065 0.033 0.543 204 A 0.052 0.010 0.088 0.540 0.058 0.161 0.090 205 Y 0.040 0.007 0.101 0.467 0.065 0.257 0.062 206 A 0.044 0.013 0.105 0.381 0.054 0.352 0.051 207 A 0.042 0.009 0.043 0.272 0.138 0.326 0.171 208 T 0.039 0.051 0.016 0.223 0.267 0.205 0.200 209 D 0.014 0.007 0.004 0.141 0.221 0.024 0.590 210 P 0.001 0.001 0.023 0.911 0.012 0.042 0.011 211 A 0.001 0.001 0.013 0.945 0.004 0.035 0.002 212 E 0.001 0.001 0.012 0.957 0.003 0.024 0.003 213 C 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.008 0.003 214 F 0.004 0.001 0.003 0.983 0.002 0.005 0.003 215 A 0.007 0.001 0.005 0.979 0.002 0.004 0.002 216 V 0.007 0.001 0.006 0.980 0.001 0.005 0.001 217 L 0.011 0.001 0.008 0.966 0.001 0.010 0.002 218 S 0.008 0.001 0.012 0.951 0.002 0.026 0.003 219 E 0.004 0.001 0.008 0.947 0.004 0.032 0.004 220 Y 0.008 0.001 0.017 0.892 0.012 0.060 0.011 221 F 0.017 0.005 0.023 0.764 0.027 0.139 0.025 222 F 0.031 0.007 0.028 0.601 0.065 0.163 0.105 223 S 0.032 0.024 0.023 0.376 0.235 0.170 0.142 224 A 0.020 0.013 0.006 0.152 0.368 0.065 0.376 225 P 0.002 0.002 0.059 0.680 0.027 0.124 0.106 226 E 0.001 0.001 0.132 0.792 0.007 0.061 0.007 227 L 0.001 0.001 0.259 0.672 0.006 0.056 0.007 228 F 0.001 0.001 0.207 0.713 0.011 0.057 0.011 229 A 0.001 0.002 0.210 0.697 0.013 0.064 0.013 230 P 0.002 0.001 0.174 0.603 0.026 0.178 0.016 231 R 0.001 0.001 0.087 0.690 0.044 0.155 0.024 232 F 0.001 0.004 0.007 0.455 0.257 0.028 0.248 233 P 0.001 0.001 0.011 0.938 0.006 0.038 0.007 234 A 0.001 0.001 0.007 0.967 0.003 0.020 0.003 235 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.009 0.002 236 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 237 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 238 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 239 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 240 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 241 H 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.001 242 F 0.001 0.001 0.002 0.968 0.004 0.021 0.004 243 Y 0.001 0.001 0.006 0.927 0.007 0.054 0.005 244 R 0.002 0.001 0.012 0.733 0.035 0.190 0.028 245 Q 0.002 0.005 0.006 0.646 0.111 0.154 0.076 246 D 0.001 0.004 0.001 0.081 0.153 0.013 0.748 247 P 0.001 0.001 0.025 0.874 0.015 0.062 0.024 248 L 0.001 0.001 0.040 0.888 0.010 0.053 0.009 249 A 0.001 0.001 0.063 0.871 0.008 0.046 0.012 250 R 0.001 0.001 0.020 0.915 0.009 0.032 0.022 251 R 0.002 0.006 0.023 0.829 0.023 0.076 0.041 252 R 0.003 0.004 0.030 0.687 0.027 0.200 0.050 253 E 0.003 0.004 0.038 0.638 0.047 0.190 0.080 254 N 0.009 0.010 0.088 0.483 0.066 0.155 0.189 255 G 0.017 0.007 0.107 0.400 0.059 0.251 0.159 256 L 0.018 0.008 0.112 0.333 0.098 0.200 0.231 257 Q 0.018 0.011 0.067 0.244 0.250 0.156 0.254 258 D 0.021 0.007 0.052 0.077 0.151 0.126 0.566 259 E 0.007 0.003 0.086 0.066 0.093 0.671 0.073 260 G 0.013 0.001 0.075 0.035 0.075 0.746 0.055 261 D 0.191 0.014 0.028 0.048 0.237 0.060 0.423 262 R 0.546 0.037 0.007 0.018 0.055 0.016 0.321 263 R 0.792 0.011 0.006 0.010 0.024 0.012 0.145 264 I 0.768 0.013 0.007 0.010 0.028 0.017 0.158 265 V 0.551 0.025 0.005 0.009 0.005 0.017 0.389 266 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998