# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.711 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.038 0.026 0.052 0.088 0.095 0.068 0.519 2 M 0.069 0.026 0.022 0.047 0.067 0.104 0.051 0.616 3 F 0.032 0.025 0.022 0.050 0.075 0.110 0.032 0.653 4 K 0.030 0.041 0.018 0.031 0.049 0.089 0.032 0.710 5 W 0.131 0.147 0.018 0.039 0.047 0.079 0.073 0.467 6 P 0.115 0.128 0.025 0.023 0.037 0.087 0.075 0.510 7 W 0.108 0.117 0.039 0.033 0.043 0.083 0.060 0.517 8 K 0.137 0.129 0.038 0.022 0.035 0.074 0.056 0.508 9 A 0.110 0.083 0.035 0.018 0.023 0.093 0.065 0.574 10 D 0.123 0.059 0.022 0.013 0.024 0.095 0.049 0.614 11 D 0.243 0.047 0.010 0.009 0.012 0.070 0.057 0.553 12 E 0.062 0.031 0.008 0.008 0.008 0.095 0.034 0.755 13 S 0.008 0.021 0.006 0.005 0.007 0.124 0.022 0.806 14 G 0.035 0.050 0.012 0.003 0.005 0.099 0.043 0.754 15 N 0.614 0.163 0.002 0.001 0.001 0.013 0.132 0.075 16 A 0.055 0.232 0.006 0.001 0.002 0.079 0.063 0.562 17 E 0.012 0.537 0.005 0.001 0.002 0.050 0.017 0.376 18 M 0.047 0.756 0.008 0.002 0.003 0.025 0.077 0.082 19 P 0.030 0.891 0.003 0.001 0.002 0.009 0.032 0.031 20 W 0.043 0.865 0.004 0.002 0.003 0.010 0.026 0.047 21 E 0.084 0.541 0.072 0.004 0.006 0.028 0.161 0.104 22 Q 0.386 0.256 0.036 0.006 0.010 0.039 0.105 0.163 23 A 0.203 0.072 0.014 0.005 0.007 0.060 0.103 0.535 24 L 0.010 0.059 0.014 0.005 0.005 0.156 0.029 0.722 25 A 0.009 0.531 0.007 0.003 0.007 0.040 0.009 0.393 26 I 0.104 0.473 0.015 0.011 0.011 0.050 0.060 0.275 27 P 0.102 0.378 0.045 0.012 0.013 0.050 0.199 0.201 28 V 0.301 0.195 0.032 0.007 0.016 0.067 0.119 0.263 29 L 0.309 0.033 0.116 0.006 0.011 0.062 0.213 0.250 30 A 0.138 0.009 0.023 0.007 0.011 0.122 0.046 0.644 31 H 0.005 0.005 0.008 0.005 0.007 0.115 0.033 0.821 32 L 0.002 0.017 0.011 0.003 0.005 0.173 0.031 0.757 33 S 0.096 0.781 0.001 0.001 0.001 0.011 0.052 0.057 34 S 0.122 0.807 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.041 35 T 0.017 0.828 0.002 0.001 0.001 0.009 0.076 0.067 36 E 0.012 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.019 37 Q 0.012 0.291 0.008 0.001 0.001 0.005 0.669 0.015 38 H 0.012 0.733 0.003 0.001 0.001 0.012 0.196 0.042 39 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 40 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 41 T 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 42 Q 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 43 M 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 44 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 45 A 0.004 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 46 R 0.011 0.802 0.018 0.003 0.003 0.006 0.127 0.030 47 F 0.058 0.672 0.036 0.007 0.007 0.016 0.141 0.064 48 L 0.148 0.443 0.026 0.006 0.008 0.035 0.106 0.228 49 Q 0.060 0.177 0.022 0.012 0.017 0.074 0.075 0.564 50 Q 0.055 0.117 0.019 0.010 0.024 0.083 0.086 0.607 51 K 0.065 0.057 0.038 0.049 0.048 0.149 0.090 0.504 52 R 0.022 0.043 0.036 0.056 0.151 0.068 0.037 0.588 53 L 0.038 0.013 0.042 0.047 0.074 0.082 0.066 0.638 54 V 0.013 0.002 0.166 0.199 0.178 0.062 0.066 0.315 55 A 0.086 0.002 0.034 0.024 0.061 0.069 0.050 0.674 56 L 0.654 0.001 0.009 0.012 0.005 0.041 0.044 0.233 57 Q 0.010 0.001 0.017 0.005 0.029 0.104 0.010 0.823 58 G 0.025 0.001 0.011 0.011 0.071 0.093 0.018 0.768 59 L 0.002 0.001 0.045 0.464 0.220 0.048 0.014 0.207 60 E 0.001 0.002 0.076 0.178 0.146 0.096 0.045 0.457 61 L 0.002 0.008 0.026 0.117 0.131 0.095 0.062 0.560 62 T 0.107 0.437 0.008 0.012 0.010 0.018 0.343 0.063 63 P 0.022 0.847 0.002 0.004 0.005 0.008 0.071 0.040 64 L 0.006 0.759 0.007 0.017 0.031 0.014 0.070 0.096 65 H 0.002 0.892 0.007 0.008 0.018 0.007 0.037 0.028 66 Q 0.001 0.956 0.002 0.006 0.019 0.001 0.008 0.008 67 A 0.001 0.925 0.003 0.021 0.031 0.001 0.008 0.010 68 R 0.004 0.827 0.015 0.037 0.039 0.003 0.060 0.015 69 I 0.013 0.604 0.027 0.061 0.052 0.008 0.191 0.044 70 A 0.011 0.744 0.030 0.028 0.047 0.007 0.084 0.049 71 M 0.062 0.462 0.047 0.048 0.075 0.028 0.146 0.132 72 L 0.035 0.197 0.053 0.075 0.075 0.047 0.247 0.271 73 F 0.014 0.378 0.077 0.059 0.100 0.067 0.067 0.238 74 C 0.029 0.368 0.064 0.044 0.062 0.054 0.103 0.277 75 L 0.055 0.267 0.085 0.052 0.064 0.061 0.168 0.248 76 P 0.129 0.196 0.079 0.037 0.060 0.081 0.127 0.291 77 V 0.129 0.047 0.108 0.031 0.044 0.092 0.162 0.387 78 L 0.112 0.033 0.098 0.028 0.050 0.115 0.052 0.511 79 E 0.065 0.027 0.022 0.013 0.022 0.107 0.046 0.698 80 L 0.031 0.039 0.021 0.014 0.018 0.166 0.039 0.672 81 G 0.096 0.287 0.011 0.012 0.028 0.080 0.077 0.408 82 I 0.228 0.159 0.011 0.016 0.020 0.082 0.093 0.392 83 E 0.052 0.064 0.065 0.076 0.084 0.101 0.110 0.447 84 W 0.144 0.018 0.023 0.017 0.045 0.094 0.073 0.586 85 L 0.662 0.003 0.009 0.005 0.007 0.041 0.101 0.172 86 D 0.028 0.002 0.013 0.005 0.013 0.146 0.030 0.763 87 G 0.007 0.001 0.029 0.005 0.014 0.140 0.024 0.780 88 F 0.005 0.001 0.143 0.060 0.053 0.220 0.049 0.470 89 H 0.001 0.001 0.527 0.053 0.066 0.071 0.063 0.218 90 E 0.001 0.001 0.555 0.047 0.176 0.022 0.080 0.117 91 V 0.001 0.001 0.779 0.063 0.061 0.012 0.027 0.056 92 L 0.001 0.001 0.874 0.057 0.042 0.004 0.007 0.014 93 I 0.002 0.001 0.722 0.060 0.068 0.023 0.033 0.092 94 Y 0.022 0.001 0.484 0.068 0.116 0.080 0.053 0.176 95 P 0.049 0.004 0.120 0.048 0.054 0.136 0.073 0.516 96 A 0.068 0.007 0.054 0.052 0.092 0.134 0.083 0.509 97 P 0.025 0.005 0.067 0.080 0.127 0.130 0.045 0.522 98 F 0.013 0.004 0.085 0.131 0.198 0.095 0.036 0.438 99 I 0.020 0.006 0.039 0.115 0.133 0.112 0.064 0.511 100 V 0.039 0.018 0.035 0.086 0.110 0.102 0.069 0.542 101 D 0.136 0.112 0.012 0.020 0.036 0.079 0.114 0.489 102 D 0.108 0.082 0.024 0.046 0.063 0.093 0.085 0.499 103 E 0.041 0.063 0.043 0.068 0.092 0.077 0.069 0.547 104 W 0.121 0.059 0.032 0.072 0.091 0.084 0.078 0.462 105 E 0.098 0.016 0.038 0.060 0.070 0.097 0.097 0.524 106 D 0.148 0.018 0.012 0.044 0.047 0.101 0.062 0.568 107 D 0.059 0.015 0.010 0.025 0.053 0.107 0.057 0.673 108 I 0.024 0.014 0.021 0.047 0.087 0.134 0.039 0.633 109 G 0.012 0.011 0.073 0.108 0.253 0.076 0.060 0.407 110 L 0.013 0.008 0.074 0.197 0.139 0.082 0.076 0.413 111 V 0.030 0.010 0.099 0.139 0.177 0.090 0.051 0.403 112 H 0.079 0.035 0.061 0.082 0.128 0.097 0.086 0.431 113 N 0.061 0.064 0.038 0.049 0.117 0.094 0.084 0.493 114 Q 0.049 0.066 0.032 0.092 0.125 0.094 0.066 0.475 115 R 0.030 0.046 0.112 0.123 0.193 0.084 0.153 0.259 116 V 0.027 0.014 0.114 0.110 0.179 0.069 0.210 0.278 117 V 0.104 0.015 0.058 0.170 0.195 0.079 0.063 0.316 118 Q 0.126 0.010 0.062 0.130 0.205 0.074 0.071 0.322 119 S 0.016 0.012 0.019 0.062 0.155 0.088 0.051 0.598 120 G 0.042 0.018 0.030 0.119 0.183 0.104 0.056 0.448 121 Q 0.018 0.009 0.049 0.337 0.164 0.070 0.056 0.297 122 S 0.180 0.005 0.047 0.064 0.117 0.077 0.074 0.436 123 W 0.325 0.001 0.011 0.027 0.048 0.077 0.042 0.469 124 Q 0.034 0.001 0.022 0.016 0.043 0.140 0.023 0.722 125 Q 0.006 0.001 0.016 0.009 0.025 0.122 0.019 0.803 126 G 0.004 0.002 0.079 0.098 0.135 0.166 0.034 0.481 127 P 0.002 0.003 0.203 0.140 0.277 0.053 0.066 0.256 128 V 0.002 0.003 0.311 0.184 0.191 0.037 0.075 0.196 129 V 0.003 0.003 0.461 0.147 0.137 0.040 0.053 0.157 130 L 0.002 0.005 0.519 0.094 0.124 0.037 0.031 0.187 131 N 0.130 0.329 0.123 0.018 0.023 0.038 0.205 0.134 132 W 0.132 0.594 0.032 0.005 0.005 0.032 0.068 0.133 133 L 0.047 0.489 0.029 0.014 0.013 0.056 0.113 0.237 134 D 0.098 0.243 0.066 0.010 0.018 0.062 0.347 0.157 135 I 0.337 0.110 0.027 0.018 0.022 0.061 0.264 0.160 136 Q 0.186 0.050 0.014 0.021 0.030 0.088 0.097 0.515 137 D 0.018 0.013 0.005 0.006 0.011 0.098 0.019 0.830 138 S 0.023 0.009 0.031 0.026 0.038 0.147 0.086 0.640 139 F 0.037 0.001 0.023 0.014 0.018 0.146 0.051 0.708 140 D 0.713 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 0.065 0.186 141 A 0.089 0.002 0.004 0.001 0.001 0.092 0.021 0.790 142 S 0.011 0.003 0.040 0.004 0.006 0.176 0.018 0.742 143 G 0.004 0.007 0.109 0.018 0.063 0.119 0.069 0.610 144 F 0.003 0.029 0.175 0.108 0.052 0.082 0.164 0.387 145 N 0.004 0.086 0.511 0.048 0.119 0.023 0.094 0.115 146 L 0.005 0.253 0.273 0.083 0.078 0.027 0.103 0.179 147 V 0.004 0.471 0.286 0.055 0.074 0.009 0.044 0.057 148 V 0.006 0.784 0.071 0.015 0.024 0.008 0.035 0.057 149 H 0.032 0.678 0.055 0.008 0.011 0.016 0.152 0.048 150 E 0.027 0.673 0.037 0.008 0.009 0.019 0.157 0.070 151 V 0.023 0.833 0.009 0.005 0.010 0.011 0.045 0.064 152 A 0.087 0.306 0.035 0.008 0.013 0.034 0.389 0.128 153 H 0.050 0.202 0.029 0.014 0.015 0.061 0.446 0.184 154 K 0.031 0.412 0.020 0.015 0.027 0.066 0.086 0.342 155 L 0.057 0.127 0.137 0.028 0.030 0.079 0.263 0.278 156 D 0.271 0.061 0.051 0.022 0.028 0.077 0.214 0.277 157 T 0.244 0.022 0.014 0.010 0.014 0.069 0.045 0.582 158 R 0.065 0.020 0.013 0.008 0.011 0.104 0.023 0.757 159 N 0.043 0.016 0.010 0.004 0.010 0.132 0.026 0.759 160 G 0.058 0.015 0.023 0.017 0.023 0.093 0.048 0.722 161 D 0.212 0.014 0.021 0.023 0.027 0.087 0.053 0.562 162 R 0.407 0.008 0.012 0.009 0.010 0.066 0.036 0.452 163 A 0.031 0.006 0.017 0.009 0.022 0.118 0.017 0.780 164 S 0.019 0.009 0.015 0.011 0.024 0.115 0.020 0.787 165 G 0.081 0.020 0.024 0.061 0.052 0.125 0.059 0.579 166 V 0.100 0.026 0.028 0.043 0.051 0.126 0.075 0.551 167 P 0.026 0.014 0.029 0.031 0.061 0.128 0.036 0.674 168 L 0.045 0.031 0.035 0.025 0.040 0.126 0.048 0.650 169 I 0.120 0.082 0.032 0.024 0.027 0.126 0.090 0.499 170 P 0.123 0.244 0.013 0.008 0.013 0.069 0.079 0.451 171 L 0.126 0.298 0.011 0.007 0.011 0.072 0.065 0.410 172 R 0.046 0.334 0.022 0.017 0.020 0.087 0.085 0.388 173 E 0.039 0.623 0.012 0.008 0.014 0.037 0.052 0.215 174 V 0.048 0.799 0.004 0.005 0.006 0.016 0.027 0.095 175 A 0.047 0.641 0.010 0.006 0.008 0.030 0.126 0.132 176 G 0.017 0.703 0.006 0.002 0.004 0.017 0.177 0.074 177 W 0.013 0.862 0.004 0.001 0.002 0.007 0.078 0.033 178 E 0.018 0.796 0.009 0.002 0.002 0.008 0.122 0.042 179 H 0.009 0.921 0.003 0.001 0.001 0.006 0.019 0.040 180 D 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.022 181 L 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 182 H 0.024 0.618 0.002 0.001 0.001 0.003 0.342 0.010 183 A 0.005 0.190 0.005 0.001 0.001 0.004 0.785 0.011 184 A 0.012 0.871 0.007 0.001 0.001 0.006 0.078 0.026 185 M 0.048 0.708 0.016 0.001 0.001 0.006 0.190 0.031 186 N 0.033 0.659 0.007 0.001 0.001 0.031 0.103 0.164 187 N 0.010 0.749 0.005 0.001 0.001 0.020 0.040 0.175 188 I 0.016 0.906 0.007 0.001 0.001 0.007 0.033 0.031 189 Q 0.049 0.792 0.006 0.001 0.001 0.019 0.038 0.093 190 D 0.017 0.872 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.094 191 E 0.058 0.721 0.020 0.002 0.003 0.023 0.058 0.116 192 I 0.130 0.365 0.053 0.004 0.005 0.050 0.205 0.186 193 D 0.175 0.232 0.022 0.006 0.009 0.067 0.064 0.424 194 L 0.075 0.065 0.037 0.005 0.008 0.080 0.067 0.663 195 V 0.104 0.074 0.037 0.007 0.009 0.118 0.065 0.586 196 G 0.119 0.066 0.015 0.005 0.009 0.093 0.042 0.650 197 E 0.049 0.049 0.022 0.005 0.007 0.100 0.062 0.705 198 S 0.134 0.142 0.022 0.006 0.011 0.111 0.096 0.478 199 A 0.124 0.101 0.032 0.006 0.011 0.107 0.078 0.540 200 A 0.039 0.224 0.047 0.017 0.026 0.100 0.035 0.513 201 S 0.029 0.250 0.055 0.020 0.039 0.101 0.046 0.461 202 I 0.050 0.303 0.056 0.013 0.021 0.082 0.071 0.404 203 D 0.270 0.528 0.009 0.004 0.004 0.021 0.102 0.060 204 A 0.150 0.192 0.042 0.007 0.013 0.089 0.250 0.258 205 Y 0.171 0.067 0.064 0.013 0.032 0.116 0.149 0.389 206 A 0.329 0.014 0.026 0.014 0.016 0.083 0.108 0.411 207 A 0.007 0.007 0.013 0.016 0.026 0.158 0.022 0.753 208 T 0.001 0.009 0.002 0.002 0.004 0.122 0.005 0.856 209 D 0.179 0.584 0.002 0.003 0.001 0.011 0.180 0.040 210 P 0.043 0.811 0.001 0.001 0.002 0.016 0.049 0.077 211 A 0.042 0.514 0.008 0.009 0.020 0.042 0.140 0.226 212 E 0.012 0.756 0.016 0.008 0.030 0.019 0.090 0.069 213 C 0.004 0.842 0.009 0.016 0.033 0.010 0.033 0.054 214 F 0.012 0.370 0.027 0.093 0.098 0.013 0.314 0.074 215 A 0.010 0.408 0.059 0.094 0.163 0.015 0.189 0.062 216 V 0.013 0.560 0.034 0.142 0.098 0.020 0.041 0.094 217 L 0.021 0.483 0.058 0.087 0.140 0.017 0.083 0.112 218 S 0.112 0.344 0.023 0.035 0.052 0.030 0.275 0.128 219 E 0.081 0.121 0.064 0.060 0.075 0.068 0.272 0.259 220 Y 0.076 0.138 0.057 0.071 0.090 0.087 0.098 0.382 221 F 0.144 0.089 0.037 0.029 0.046 0.095 0.078 0.483 222 F 0.034 0.069 0.040 0.033 0.058 0.119 0.045 0.602 223 S 0.020 0.149 0.016 0.023 0.035 0.105 0.028 0.624 224 A 0.240 0.363 0.012 0.010 0.013 0.051 0.067 0.245 225 P 0.415 0.270 0.006 0.004 0.005 0.034 0.074 0.191 226 E 0.172 0.172 0.006 0.006 0.007 0.065 0.072 0.499 227 L 0.021 0.081 0.011 0.004 0.007 0.117 0.073 0.685 228 F 0.071 0.177 0.015 0.003 0.005 0.079 0.059 0.591 229 A 0.486 0.193 0.003 0.002 0.002 0.021 0.093 0.200 230 P 0.018 0.216 0.005 0.002 0.002 0.080 0.029 0.649 231 R 0.002 0.836 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.140 232 F 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.011 233 P 0.011 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.013 234 A 0.007 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.013 235 L 0.002 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 236 W 0.006 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 237 Q 0.013 0.907 0.003 0.001 0.001 0.004 0.046 0.026 238 R 0.015 0.860 0.012 0.001 0.002 0.008 0.068 0.034 239 F 0.031 0.796 0.023 0.003 0.004 0.012 0.094 0.037 240 C 0.080 0.568 0.027 0.003 0.005 0.031 0.130 0.156 241 H 0.115 0.264 0.039 0.009 0.014 0.074 0.149 0.336 242 F 0.125 0.112 0.075 0.011 0.021 0.094 0.141 0.421 243 Y 0.143 0.062 0.058 0.016 0.018 0.137 0.094 0.472 244 R 0.017 0.051 0.026 0.011 0.027 0.125 0.027 0.716 245 Q 0.007 0.053 0.015 0.005 0.010 0.105 0.016 0.787 246 D 0.160 0.568 0.010 0.006 0.004 0.027 0.141 0.083 247 P 0.078 0.738 0.004 0.002 0.003 0.026 0.025 0.125 248 L 0.103 0.513 0.012 0.005 0.007 0.040 0.082 0.238 249 A 0.097 0.541 0.014 0.005 0.010 0.048 0.118 0.166 250 R 0.109 0.288 0.034 0.011 0.014 0.073 0.226 0.246 251 R 0.113 0.170 0.052 0.016 0.022 0.070 0.215 0.343 252 R 0.269 0.241 0.015 0.012 0.015 0.061 0.045 0.343 253 E 0.120 0.109 0.014 0.009 0.018 0.079 0.051 0.600 254 N 0.045 0.087 0.015 0.014 0.023 0.126 0.044 0.645 255 G 0.077 0.094 0.018 0.020 0.033 0.093 0.073 0.591 256 L 0.060 0.039 0.032 0.027 0.030 0.115 0.095 0.602 257 Q 0.087 0.027 0.022 0.014 0.022 0.095 0.045 0.688 258 D 0.418 0.054 0.007 0.006 0.007 0.050 0.069 0.389 259 E 0.086 0.030 0.011 0.006 0.010 0.115 0.033 0.708 260 G 0.036 0.032 0.016 0.015 0.028 0.107 0.045 0.720 261 D 0.064 0.044 0.026 0.029 0.062 0.122 0.099 0.553 262 R 0.037 0.029 0.067 0.088 0.109 0.108 0.078 0.484 263 R 0.022 0.018 0.104 0.104 0.216 0.072 0.053 0.409 264 I 0.027 0.007 0.123 0.116 0.156 0.084 0.064 0.422 265 V 0.025 0.004 0.153 0.105 0.143 0.095 0.067 0.408 266 H 0.047 0.009 0.093 0.047 0.075 0.115 0.102 0.512