# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.711 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.065 0.034 0.032 0.055 0.058 0.009 0.678 2 M 0.078 0.077 0.057 0.080 0.119 0.109 0.011 0.469 3 F 0.114 0.075 0.052 0.072 0.088 0.089 0.019 0.490 4 K 0.117 0.103 0.065 0.057 0.115 0.061 0.020 0.462 5 W 0.079 0.044 0.047 0.047 0.063 0.072 0.008 0.641 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 7 W 0.021 0.011 0.025 0.027 0.072 0.099 0.005 0.740 8 K 0.226 0.055 0.032 0.024 0.042 0.087 0.011 0.522 9 A 0.160 0.139 0.033 0.029 0.055 0.083 0.009 0.493 10 D 0.122 0.143 0.025 0.024 0.047 0.090 0.012 0.537 11 D 0.182 0.117 0.020 0.017 0.032 0.083 0.022 0.529 12 E 0.236 0.122 0.025 0.018 0.028 0.125 0.027 0.420 13 S 0.164 0.069 0.023 0.013 0.018 0.076 0.023 0.614 14 G 0.154 0.073 0.048 0.018 0.032 0.127 0.023 0.525 15 N 0.121 0.059 0.030 0.016 0.020 0.174 0.013 0.567 16 A 0.021 0.021 0.010 0.003 0.004 0.047 0.004 0.890 17 E 0.065 0.033 0.017 0.004 0.007 0.495 0.021 0.357 18 M 0.504 0.043 0.028 0.005 0.009 0.167 0.024 0.219 19 P 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.960 20 W 0.009 0.138 0.010 0.006 0.024 0.162 0.003 0.648 21 E 0.051 0.519 0.008 0.005 0.014 0.123 0.004 0.276 22 Q 0.026 0.869 0.002 0.004 0.008 0.021 0.002 0.068 23 A 0.048 0.899 0.002 0.003 0.005 0.009 0.003 0.031 24 L 0.067 0.881 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.026 25 A 0.156 0.688 0.006 0.002 0.005 0.005 0.077 0.062 26 I 0.196 0.560 0.044 0.012 0.014 0.015 0.032 0.128 27 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 28 V 0.017 0.157 0.086 0.029 0.059 0.163 0.008 0.481 29 L 0.167 0.562 0.058 0.014 0.027 0.024 0.006 0.143 30 A 0.105 0.552 0.056 0.026 0.030 0.039 0.011 0.180 31 H 0.263 0.276 0.069 0.021 0.038 0.021 0.047 0.264 32 L 0.546 0.112 0.040 0.015 0.023 0.025 0.068 0.172 33 S 0.101 0.080 0.031 0.014 0.022 0.232 0.039 0.481 34 S 0.007 0.011 0.026 0.001 0.005 0.020 0.002 0.928 35 T 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.333 0.001 0.652 36 E 0.059 0.007 0.001 0.001 0.001 0.873 0.006 0.054 37 Q 0.108 0.701 0.002 0.001 0.001 0.062 0.002 0.123 38 H 0.017 0.916 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.052 39 K 0.016 0.878 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.089 40 L 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 41 T 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 42 Q 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 43 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 46 R 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 F 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.006 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 49 Q 0.023 0.912 0.012 0.004 0.003 0.004 0.016 0.026 50 Q 0.087 0.740 0.025 0.007 0.009 0.008 0.052 0.072 51 K 0.185 0.549 0.044 0.015 0.013 0.016 0.067 0.110 52 R 0.143 0.150 0.152 0.034 0.018 0.087 0.046 0.371 53 L 0.051 0.067 0.304 0.075 0.074 0.053 0.011 0.366 54 V 0.031 0.035 0.179 0.240 0.251 0.049 0.008 0.207 55 A 0.018 0.029 0.095 0.064 0.094 0.066 0.008 0.626 56 L 0.033 0.024 0.343 0.110 0.189 0.048 0.008 0.245 57 Q 0.024 0.017 0.089 0.066 0.071 0.093 0.013 0.628 58 G 0.061 0.009 0.094 0.026 0.050 0.071 0.025 0.664 59 L 0.263 0.010 0.148 0.052 0.054 0.138 0.020 0.314 60 E 0.053 0.006 0.149 0.050 0.073 0.126 0.008 0.536 61 L 0.028 0.004 0.166 0.077 0.162 0.091 0.004 0.467 62 T 0.018 0.005 0.085 0.066 0.113 0.264 0.002 0.446 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 64 L 0.006 0.009 0.012 0.006 0.012 0.686 0.001 0.268 65 H 0.126 0.080 0.020 0.009 0.012 0.544 0.007 0.203 66 Q 0.018 0.829 0.007 0.005 0.009 0.039 0.001 0.092 67 A 0.004 0.953 0.004 0.003 0.009 0.004 0.001 0.023 68 R 0.001 0.979 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.008 69 I 0.001 0.981 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 70 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 71 M 0.003 0.976 0.006 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 72 L 0.006 0.964 0.009 0.004 0.005 0.002 0.003 0.009 73 F 0.010 0.958 0.006 0.003 0.005 0.001 0.003 0.012 74 C 0.040 0.842 0.026 0.008 0.020 0.005 0.016 0.043 75 L 0.048 0.628 0.124 0.032 0.039 0.018 0.014 0.099 76 P 0.002 0.021 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.965 77 V 0.054 0.292 0.072 0.020 0.095 0.034 0.010 0.422 78 L 0.098 0.615 0.104 0.022 0.024 0.014 0.006 0.117 79 E 0.078 0.412 0.105 0.027 0.059 0.033 0.012 0.273 80 L 0.198 0.245 0.100 0.030 0.052 0.040 0.028 0.308 81 G 0.191 0.103 0.029 0.020 0.041 0.065 0.040 0.512 82 I 0.098 0.073 0.056 0.024 0.038 0.107 0.017 0.588 83 E 0.050 0.066 0.037 0.018 0.019 0.134 0.006 0.669 84 W 0.180 0.091 0.019 0.020 0.039 0.127 0.013 0.511 85 L 0.273 0.191 0.032 0.045 0.071 0.094 0.014 0.279 86 D 0.081 0.100 0.012 0.016 0.020 0.040 0.013 0.717 87 G 0.164 0.070 0.023 0.017 0.039 0.058 0.038 0.589 88 F 0.480 0.026 0.073 0.040 0.027 0.090 0.032 0.233 89 H 0.056 0.014 0.183 0.161 0.094 0.073 0.011 0.408 90 E 0.013 0.005 0.351 0.149 0.156 0.092 0.004 0.229 91 V 0.011 0.003 0.643 0.058 0.072 0.028 0.002 0.185 92 L 0.001 0.001 0.877 0.053 0.050 0.008 0.001 0.011 93 I 0.001 0.001 0.791 0.048 0.088 0.008 0.001 0.063 94 Y 0.001 0.001 0.818 0.070 0.087 0.006 0.001 0.018 95 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.982 96 A 0.002 0.001 0.192 0.051 0.147 0.183 0.001 0.423 97 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 98 F 0.061 0.001 0.052 0.048 0.108 0.118 0.005 0.608 99 I 0.199 0.004 0.096 0.097 0.119 0.069 0.006 0.409 100 V 0.096 0.013 0.065 0.141 0.133 0.059 0.004 0.488 101 D 0.037 0.013 0.037 0.083 0.184 0.088 0.003 0.555 102 D 0.027 0.011 0.020 0.036 0.073 0.075 0.005 0.753 103 E 0.051 0.016 0.020 0.042 0.053 0.339 0.014 0.464 104 W 0.139 0.033 0.030 0.051 0.068 0.209 0.019 0.451 105 E 0.073 0.123 0.042 0.089 0.125 0.133 0.009 0.407 106 D 0.041 0.112 0.027 0.071 0.104 0.138 0.010 0.495 107 D 0.089 0.126 0.037 0.041 0.115 0.105 0.027 0.460 108 I 0.213 0.075 0.031 0.038 0.060 0.195 0.075 0.312 109 G 0.386 0.024 0.048 0.059 0.047 0.119 0.067 0.249 110 L 0.084 0.026 0.132 0.153 0.111 0.154 0.013 0.327 111 V 0.017 0.012 0.109 0.174 0.247 0.066 0.004 0.372 112 H 0.013 0.014 0.057 0.180 0.367 0.070 0.003 0.296 113 N 0.009 0.008 0.020 0.042 0.085 0.051 0.004 0.782 114 Q 0.030 0.012 0.045 0.082 0.173 0.112 0.011 0.536 115 R 0.110 0.018 0.042 0.079 0.085 0.169 0.018 0.481 116 V 0.045 0.024 0.037 0.096 0.125 0.096 0.009 0.568 117 V 0.022 0.032 0.072 0.208 0.288 0.077 0.005 0.297 118 Q 0.030 0.062 0.037 0.152 0.211 0.111 0.008 0.390 119 S 0.055 0.088 0.036 0.080 0.215 0.074 0.017 0.434 120 G 0.146 0.051 0.049 0.110 0.215 0.070 0.039 0.320 121 Q 0.133 0.019 0.058 0.180 0.130 0.142 0.028 0.310 122 S 0.018 0.014 0.077 0.153 0.172 0.100 0.006 0.460 123 W 0.014 0.012 0.055 0.255 0.401 0.062 0.004 0.195 124 Q 0.031 0.021 0.060 0.081 0.151 0.132 0.010 0.515 125 Q 0.055 0.013 0.097 0.074 0.121 0.062 0.032 0.545 126 G 0.233 0.005 0.207 0.106 0.091 0.122 0.022 0.214 127 P 0.003 0.001 0.012 0.003 0.002 0.018 0.001 0.961 128 V 0.005 0.001 0.417 0.119 0.268 0.054 0.001 0.137 129 V 0.003 0.001 0.565 0.090 0.130 0.026 0.001 0.185 130 L 0.002 0.001 0.724 0.085 0.095 0.024 0.001 0.070 131 N 0.001 0.001 0.582 0.026 0.061 0.099 0.001 0.229 132 W 0.005 0.001 0.483 0.019 0.135 0.051 0.002 0.303 133 L 0.002 0.001 0.074 0.010 0.019 0.549 0.003 0.342 134 D 0.053 0.005 0.019 0.008 0.012 0.431 0.017 0.454 135 I 0.315 0.221 0.017 0.016 0.036 0.099 0.006 0.290 136 Q 0.103 0.459 0.012 0.029 0.050 0.131 0.006 0.209 137 D 0.190 0.331 0.008 0.018 0.036 0.063 0.030 0.324 138 S 0.452 0.219 0.007 0.021 0.042 0.025 0.050 0.183 139 F 0.306 0.140 0.018 0.040 0.040 0.063 0.044 0.349 140 D 0.059 0.070 0.062 0.046 0.034 0.256 0.024 0.449 141 A 0.053 0.030 0.041 0.014 0.020 0.088 0.016 0.738 142 S 0.073 0.016 0.018 0.006 0.009 0.386 0.033 0.457 143 G 0.642 0.004 0.046 0.005 0.005 0.074 0.066 0.159 144 F 0.223 0.017 0.169 0.044 0.019 0.253 0.013 0.261 145 N 0.011 0.004 0.208 0.076 0.096 0.224 0.003 0.377 146 L 0.012 0.006 0.277 0.090 0.190 0.106 0.002 0.317 147 V 0.011 0.013 0.449 0.061 0.115 0.184 0.002 0.166 148 V 0.009 0.048 0.380 0.064 0.170 0.085 0.003 0.241 149 H 0.012 0.145 0.361 0.055 0.191 0.052 0.004 0.182 150 E 0.020 0.283 0.104 0.024 0.056 0.176 0.006 0.332 151 V 0.025 0.575 0.025 0.013 0.039 0.084 0.007 0.232 152 A 0.030 0.811 0.010 0.006 0.017 0.032 0.006 0.088 153 H 0.054 0.759 0.007 0.005 0.008 0.047 0.015 0.105 154 K 0.130 0.733 0.007 0.005 0.009 0.017 0.019 0.080 155 L 0.087 0.844 0.004 0.003 0.004 0.006 0.006 0.045 156 D 0.051 0.747 0.019 0.009 0.011 0.022 0.013 0.126 157 T 0.073 0.569 0.076 0.013 0.026 0.025 0.021 0.199 158 R 0.102 0.297 0.041 0.012 0.015 0.238 0.063 0.232 159 N 0.442 0.081 0.028 0.006 0.007 0.067 0.141 0.228 160 G 0.325 0.149 0.093 0.009 0.007 0.077 0.033 0.307 161 D 0.068 0.038 0.058 0.018 0.011 0.311 0.013 0.482 162 R 0.054 0.040 0.060 0.014 0.032 0.115 0.010 0.675 163 A 0.100 0.052 0.041 0.024 0.048 0.297 0.018 0.418 164 S 0.405 0.025 0.041 0.013 0.020 0.092 0.051 0.353 165 G 0.217 0.059 0.152 0.019 0.024 0.099 0.024 0.407 166 V 0.078 0.022 0.057 0.028 0.024 0.150 0.007 0.634 167 P 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 0.977 168 L 0.077 0.015 0.069 0.029 0.089 0.127 0.010 0.584 169 I 0.210 0.033 0.076 0.034 0.042 0.095 0.007 0.503 170 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 171 L 0.075 0.031 0.032 0.015 0.061 0.096 0.006 0.685 172 R 0.184 0.086 0.017 0.010 0.013 0.084 0.010 0.596 173 E 0.136 0.130 0.019 0.009 0.016 0.135 0.012 0.543 174 V 0.197 0.305 0.031 0.008 0.026 0.052 0.009 0.371 175 A 0.049 0.387 0.009 0.004 0.010 0.075 0.006 0.460 176 G 0.056 0.272 0.009 0.002 0.006 0.147 0.012 0.497 177 W 0.086 0.621 0.009 0.001 0.003 0.047 0.007 0.225 178 E 0.044 0.814 0.004 0.001 0.002 0.038 0.004 0.093 179 H 0.026 0.848 0.002 0.001 0.001 0.020 0.004 0.098 180 D 0.031 0.905 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.056 181 L 0.017 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 182 H 0.007 0.953 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 183 A 0.010 0.901 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.073 184 A 0.023 0.902 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.056 185 M 0.043 0.918 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.020 186 N 0.038 0.914 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.036 187 N 0.072 0.822 0.002 0.001 0.001 0.005 0.021 0.079 188 I 0.083 0.806 0.006 0.001 0.001 0.011 0.024 0.069 189 Q 0.033 0.822 0.020 0.001 0.001 0.024 0.011 0.088 190 D 0.016 0.792 0.009 0.001 0.001 0.027 0.006 0.149 191 E 0.032 0.843 0.004 0.001 0.001 0.028 0.008 0.085 192 I 0.030 0.935 0.002 0.001 0.001 0.007 0.004 0.021 193 D 0.029 0.925 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.028 194 L 0.058 0.865 0.006 0.001 0.001 0.006 0.019 0.044 195 V 0.137 0.726 0.013 0.002 0.003 0.010 0.047 0.062 196 G 0.180 0.505 0.042 0.007 0.006 0.021 0.055 0.185 197 E 0.074 0.141 0.097 0.007 0.005 0.043 0.023 0.610 198 S 0.097 0.076 0.074 0.010 0.010 0.115 0.028 0.591 199 A 0.223 0.092 0.071 0.010 0.016 0.080 0.024 0.484 200 A 0.100 0.073 0.091 0.015 0.015 0.212 0.016 0.478 201 S 0.227 0.046 0.119 0.014 0.020 0.117 0.022 0.436 202 I 0.207 0.095 0.198 0.028 0.038 0.086 0.012 0.337 203 D 0.053 0.085 0.146 0.052 0.081 0.135 0.009 0.440 204 A 0.024 0.060 0.058 0.012 0.036 0.040 0.005 0.765 205 Y 0.044 0.088 0.085 0.028 0.043 0.368 0.013 0.331 206 A 0.349 0.061 0.059 0.014 0.019 0.175 0.045 0.278 207 A 0.342 0.192 0.123 0.029 0.039 0.055 0.027 0.194 208 T 0.199 0.073 0.101 0.022 0.030 0.099 0.040 0.435 209 D 0.103 0.030 0.034 0.019 0.025 0.104 0.012 0.672 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 211 A 0.019 0.010 0.015 0.019 0.024 0.563 0.004 0.346 212 E 0.357 0.051 0.053 0.026 0.034 0.229 0.012 0.237 213 C 0.088 0.503 0.015 0.029 0.042 0.023 0.004 0.295 214 F 0.055 0.580 0.021 0.029 0.102 0.019 0.004 0.190 215 A 0.045 0.465 0.047 0.119 0.143 0.026 0.009 0.146 216 V 0.037 0.522 0.024 0.091 0.112 0.026 0.011 0.176 217 L 0.042 0.566 0.042 0.064 0.116 0.016 0.007 0.147 218 S 0.016 0.682 0.037 0.046 0.108 0.008 0.006 0.097 219 E 0.027 0.555 0.084 0.037 0.084 0.032 0.009 0.172 220 Y 0.042 0.538 0.035 0.032 0.049 0.061 0.017 0.227 221 F 0.121 0.639 0.022 0.017 0.046 0.023 0.016 0.116 222 F 0.099 0.610 0.043 0.032 0.039 0.028 0.017 0.132 223 S 0.134 0.318 0.068 0.023 0.037 0.058 0.042 0.320 224 A 0.177 0.164 0.038 0.016 0.032 0.043 0.020 0.510 225 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 226 E 0.005 0.008 0.007 0.004 0.006 0.111 0.001 0.856 227 L 0.340 0.100 0.010 0.008 0.009 0.075 0.008 0.448 228 F 0.371 0.403 0.004 0.005 0.017 0.014 0.007 0.178 229 A 0.322 0.335 0.010 0.014 0.022 0.032 0.006 0.258 230 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 231 R 0.139 0.115 0.011 0.004 0.014 0.105 0.033 0.579 232 F 0.581 0.090 0.016 0.002 0.004 0.031 0.011 0.265 233 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 234 A 0.008 0.076 0.007 0.001 0.004 0.137 0.001 0.767 235 L 0.120 0.638 0.004 0.001 0.002 0.048 0.003 0.184 236 W 0.020 0.901 0.005 0.001 0.002 0.022 0.001 0.049 237 Q 0.011 0.945 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 238 R 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 239 F 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 240 C 0.007 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 241 H 0.016 0.946 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.022 242 F 0.038 0.934 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 243 Y 0.034 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 244 R 0.060 0.829 0.039 0.004 0.003 0.004 0.018 0.043 245 Q 0.151 0.507 0.057 0.005 0.006 0.025 0.092 0.157 246 D 0.178 0.294 0.087 0.011 0.013 0.068 0.026 0.324 247 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 248 L 0.008 0.031 0.031 0.007 0.011 0.508 0.003 0.400 249 A 0.339 0.119 0.019 0.006 0.008 0.185 0.010 0.314 250 R 0.143 0.613 0.006 0.007 0.011 0.020 0.004 0.194 251 R 0.097 0.740 0.008 0.007 0.019 0.012 0.005 0.111 252 R 0.113 0.602 0.014 0.022 0.028 0.026 0.023 0.172 253 E 0.084 0.521 0.020 0.023 0.037 0.026 0.042 0.247 254 N 0.182 0.353 0.039 0.026 0.032 0.064 0.047 0.258 255 G 0.192 0.145 0.059 0.027 0.024 0.087 0.054 0.412 256 L 0.133 0.101 0.105 0.052 0.052 0.103 0.025 0.430 257 Q 0.074 0.047 0.058 0.053 0.056 0.118 0.014 0.581 258 D 0.053 0.047 0.028 0.047 0.069 0.143 0.012 0.600 259 E 0.044 0.036 0.032 0.022 0.045 0.074 0.010 0.738 260 G 0.052 0.018 0.020 0.023 0.029 0.316 0.024 0.517 261 D 0.404 0.015 0.026 0.027 0.030 0.159 0.053 0.287 262 R 0.103 0.059 0.056 0.075 0.083 0.126 0.013 0.485 263 R 0.038 0.036 0.076 0.135 0.150 0.216 0.007 0.341 264 I 0.043 0.038 0.098 0.120 0.242 0.075 0.007 0.378 265 V 0.021 0.030 0.112 0.234 0.435 0.026 0.004 0.138 266 H 0.020 0.048 0.068 0.152 0.212 0.058 0.007 0.435