# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.711 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.664 0.193 0.073 0.043 0.020 0.007 0.001 2 M 0.537 0.241 0.125 0.065 0.023 0.008 0.001 3 F 0.288 0.184 0.208 0.185 0.099 0.032 0.003 4 K 0.411 0.298 0.152 0.086 0.039 0.013 0.001 5 W 0.244 0.213 0.184 0.176 0.132 0.047 0.004 6 P 0.296 0.280 0.181 0.137 0.077 0.027 0.002 7 W 0.188 0.198 0.236 0.207 0.130 0.039 0.002 8 K 0.248 0.289 0.248 0.146 0.054 0.014 0.001 9 A 0.188 0.153 0.226 0.241 0.149 0.041 0.002 10 D 0.447 0.288 0.143 0.082 0.032 0.008 0.001 11 D 0.587 0.253 0.098 0.045 0.014 0.003 0.001 12 E 0.604 0.251 0.090 0.042 0.011 0.002 0.001 13 S 0.526 0.299 0.114 0.045 0.013 0.003 0.001 14 G 0.221 0.156 0.216 0.244 0.129 0.032 0.002 15 N 0.470 0.293 0.141 0.063 0.026 0.006 0.001 16 A 0.493 0.278 0.131 0.069 0.023 0.006 0.001 17 E 0.462 0.299 0.134 0.068 0.028 0.008 0.001 18 M 0.180 0.168 0.191 0.228 0.161 0.066 0.007 19 P 0.236 0.253 0.219 0.156 0.092 0.040 0.005 20 W 0.212 0.227 0.213 0.187 0.107 0.048 0.006 21 E 0.141 0.174 0.211 0.215 0.162 0.085 0.013 22 Q 0.094 0.117 0.148 0.218 0.230 0.164 0.029 23 A 0.128 0.203 0.245 0.213 0.134 0.065 0.012 24 L 0.108 0.167 0.211 0.234 0.172 0.092 0.016 25 A 0.082 0.163 0.186 0.215 0.186 0.141 0.026 26 I 0.037 0.056 0.109 0.226 0.291 0.239 0.042 27 P 0.089 0.191 0.246 0.220 0.159 0.080 0.015 28 V 0.020 0.044 0.068 0.141 0.276 0.372 0.080 29 L 0.030 0.075 0.148 0.249 0.284 0.196 0.017 30 A 0.124 0.314 0.292 0.174 0.073 0.022 0.001 31 H 0.124 0.287 0.320 0.194 0.061 0.013 0.001 32 L 0.039 0.052 0.168 0.396 0.277 0.067 0.001 33 S 0.401 0.382 0.143 0.052 0.020 0.002 0.001 34 S 0.748 0.235 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 35 T 0.684 0.284 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 36 E 0.374 0.328 0.185 0.091 0.020 0.002 0.001 37 Q 0.277 0.342 0.258 0.098 0.022 0.002 0.001 38 H 0.426 0.364 0.151 0.049 0.010 0.001 0.001 39 K 0.090 0.260 0.367 0.224 0.052 0.006 0.001 40 L 0.031 0.047 0.079 0.167 0.372 0.285 0.020 41 T 0.031 0.145 0.322 0.367 0.110 0.025 0.001 42 Q 0.211 0.401 0.223 0.118 0.037 0.010 0.001 43 M 0.017 0.060 0.190 0.356 0.259 0.107 0.011 44 A 0.015 0.029 0.054 0.152 0.342 0.349 0.058 45 A 0.056 0.197 0.281 0.239 0.155 0.065 0.007 46 R 0.077 0.190 0.238 0.245 0.166 0.072 0.012 47 F 0.022 0.036 0.067 0.162 0.239 0.366 0.107 48 L 0.033 0.049 0.104 0.223 0.265 0.248 0.078 49 Q 0.116 0.254 0.243 0.191 0.124 0.061 0.012 50 Q 0.115 0.211 0.201 0.221 0.160 0.078 0.014 51 K 0.037 0.059 0.097 0.198 0.303 0.259 0.047 52 R 0.081 0.196 0.207 0.229 0.173 0.099 0.014 53 L 0.064 0.070 0.131 0.232 0.274 0.194 0.034 54 V 0.134 0.224 0.247 0.213 0.121 0.055 0.007 55 A 0.126 0.161 0.168 0.211 0.198 0.122 0.015 56 L 0.134 0.162 0.235 0.261 0.144 0.056 0.007 57 Q 0.436 0.349 0.126 0.059 0.022 0.007 0.001 58 G 0.329 0.357 0.176 0.089 0.035 0.012 0.002 59 L 0.062 0.069 0.137 0.257 0.325 0.139 0.012 60 E 0.112 0.338 0.281 0.179 0.067 0.021 0.001 61 L 0.046 0.069 0.126 0.244 0.290 0.206 0.019 62 T 0.157 0.232 0.243 0.229 0.111 0.026 0.001 63 P 0.427 0.375 0.116 0.054 0.022 0.006 0.001 64 L 0.177 0.249 0.265 0.203 0.078 0.026 0.003 65 H 0.075 0.131 0.212 0.277 0.215 0.082 0.008 66 Q 0.073 0.210 0.281 0.235 0.124 0.065 0.013 67 A 0.027 0.033 0.059 0.148 0.277 0.339 0.117 68 R 0.026 0.060 0.113 0.208 0.255 0.255 0.083 69 I 0.010 0.015 0.024 0.055 0.132 0.365 0.397 70 A 0.007 0.012 0.026 0.066 0.111 0.268 0.510 71 M 0.004 0.006 0.012 0.036 0.096 0.297 0.549 72 L 0.005 0.011 0.022 0.054 0.125 0.280 0.503 73 F 0.004 0.007 0.013 0.039 0.083 0.282 0.572 74 C 0.002 0.004 0.008 0.027 0.071 0.277 0.611 75 L 0.006 0.010 0.018 0.047 0.116 0.317 0.487 76 P 0.009 0.021 0.037 0.088 0.187 0.333 0.325 77 V 0.012 0.024 0.037 0.091 0.146 0.361 0.328 78 L 0.011 0.028 0.059 0.155 0.295 0.338 0.114 79 E 0.063 0.186 0.252 0.262 0.155 0.070 0.012 80 L 0.035 0.088 0.181 0.261 0.286 0.135 0.014 81 G 0.129 0.266 0.224 0.202 0.114 0.059 0.006 82 I 0.051 0.108 0.257 0.319 0.196 0.065 0.003 83 E 0.185 0.387 0.256 0.131 0.033 0.007 0.001 84 W 0.027 0.069 0.131 0.261 0.320 0.180 0.012 85 L 0.027 0.064 0.126 0.293 0.308 0.172 0.010 86 D 0.197 0.399 0.249 0.110 0.036 0.009 0.001 87 G 0.109 0.298 0.302 0.202 0.071 0.016 0.002 88 F 0.007 0.016 0.034 0.111 0.351 0.400 0.081 89 H 0.008 0.065 0.182 0.356 0.249 0.128 0.011 90 E 0.015 0.078 0.184 0.286 0.222 0.178 0.036 91 V 0.002 0.004 0.010 0.028 0.156 0.555 0.245 92 L 0.003 0.010 0.023 0.077 0.179 0.427 0.282 93 I 0.006 0.018 0.046 0.112 0.176 0.340 0.301 94 Y 0.009 0.027 0.067 0.154 0.260 0.329 0.155 95 P 0.033 0.080 0.154 0.230 0.240 0.208 0.055 96 A 0.129 0.276 0.240 0.190 0.113 0.047 0.005 97 P 0.173 0.374 0.227 0.140 0.062 0.021 0.002 98 F 0.027 0.044 0.090 0.239 0.377 0.207 0.016 99 I 0.047 0.130 0.217 0.290 0.222 0.089 0.005 100 V 0.105 0.198 0.265 0.251 0.140 0.040 0.002 101 D 0.354 0.352 0.179 0.084 0.026 0.005 0.001 102 D 0.362 0.286 0.175 0.125 0.044 0.007 0.001 103 E 0.460 0.316 0.132 0.064 0.023 0.005 0.001 104 W 0.175 0.194 0.276 0.238 0.095 0.021 0.001 105 E 0.413 0.295 0.175 0.083 0.028 0.006 0.001 106 D 0.461 0.291 0.138 0.075 0.028 0.007 0.001 107 D 0.351 0.265 0.191 0.127 0.050 0.014 0.001 108 I 0.239 0.239 0.220 0.184 0.086 0.029 0.002 109 G 0.321 0.311 0.168 0.116 0.058 0.023 0.002 110 L 0.084 0.113 0.160 0.233 0.235 0.154 0.021 111 V 0.076 0.104 0.132 0.190 0.228 0.222 0.047 112 H 0.094 0.127 0.180 0.236 0.205 0.131 0.027 113 N 0.295 0.315 0.191 0.116 0.056 0.023 0.004 114 Q 0.242 0.233 0.203 0.170 0.099 0.044 0.008 115 R 0.196 0.235 0.204 0.179 0.114 0.059 0.013 116 V 0.084 0.143 0.170 0.224 0.205 0.144 0.031 117 V 0.089 0.118 0.128 0.189 0.228 0.199 0.049 118 Q 0.084 0.119 0.143 0.183 0.198 0.207 0.067 119 S 0.073 0.074 0.088 0.151 0.192 0.269 0.153 120 G 0.073 0.085 0.100 0.133 0.200 0.271 0.137 121 Q 0.097 0.177 0.205 0.194 0.149 0.124 0.054 122 S 0.071 0.086 0.112 0.183 0.219 0.232 0.097 123 W 0.072 0.095 0.156 0.225 0.234 0.172 0.046 124 Q 0.187 0.252 0.209 0.170 0.104 0.063 0.015 125 Q 0.145 0.263 0.219 0.172 0.123 0.063 0.015 126 G 0.045 0.115 0.143 0.239 0.265 0.164 0.029 127 P 0.016 0.066 0.131 0.234 0.280 0.230 0.043 128 V 0.003 0.007 0.015 0.042 0.156 0.504 0.273 129 V 0.003 0.011 0.032 0.087 0.180 0.407 0.280 130 L 0.002 0.005 0.012 0.031 0.111 0.375 0.463 131 N 0.004 0.015 0.033 0.065 0.149 0.352 0.383 132 W 0.003 0.015 0.041 0.099 0.240 0.401 0.201 133 L 0.014 0.079 0.185 0.263 0.253 0.173 0.032 134 D 0.024 0.100 0.178 0.237 0.282 0.155 0.022 135 I 0.014 0.023 0.042 0.149 0.358 0.358 0.057 136 Q 0.068 0.186 0.260 0.235 0.171 0.074 0.005 137 D 0.119 0.239 0.307 0.236 0.073 0.024 0.001 138 S 0.259 0.279 0.224 0.153 0.065 0.019 0.001 139 F 0.207 0.156 0.226 0.253 0.126 0.030 0.001 140 D 0.612 0.272 0.078 0.028 0.008 0.002 0.001 141 A 0.519 0.260 0.125 0.070 0.021 0.005 0.001 142 S 0.588 0.270 0.088 0.038 0.013 0.003 0.001 143 G 0.267 0.342 0.203 0.116 0.050 0.019 0.003 144 F 0.028 0.055 0.104 0.199 0.351 0.218 0.045 145 N 0.011 0.037 0.075 0.143 0.281 0.355 0.098 146 L 0.004 0.008 0.017 0.041 0.132 0.402 0.396 147 V 0.001 0.002 0.005 0.012 0.046 0.260 0.674 148 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.148 0.829 149 H 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.150 0.819 150 E 0.001 0.002 0.005 0.013 0.049 0.226 0.705 151 V 0.001 0.003 0.005 0.015 0.057 0.278 0.641 152 A 0.005 0.010 0.018 0.052 0.119 0.318 0.478 153 H 0.009 0.026 0.046 0.084 0.219 0.381 0.236 154 K 0.028 0.081 0.135 0.217 0.253 0.199 0.087 155 L 0.026 0.039 0.057 0.120 0.280 0.372 0.106 156 D 0.084 0.184 0.202 0.238 0.183 0.093 0.014 157 T 0.123 0.151 0.204 0.239 0.182 0.091 0.010 158 R 0.186 0.244 0.250 0.212 0.081 0.025 0.002 159 N 0.394 0.266 0.173 0.108 0.044 0.014 0.001 160 G 0.452 0.224 0.158 0.110 0.044 0.010 0.001 161 D 0.618 0.259 0.077 0.032 0.011 0.003 0.001 162 R 0.311 0.226 0.203 0.165 0.068 0.024 0.003 163 A 0.343 0.251 0.194 0.131 0.058 0.021 0.002 164 S 0.308 0.284 0.174 0.126 0.068 0.034 0.006 165 G 0.116 0.118 0.129 0.189 0.229 0.176 0.042 166 V 0.095 0.130 0.138 0.173 0.209 0.201 0.054 167 P 0.080 0.132 0.152 0.185 0.205 0.183 0.062 168 L 0.055 0.084 0.111 0.165 0.247 0.251 0.087 169 I 0.072 0.112 0.156 0.204 0.227 0.178 0.050 170 P 0.128 0.211 0.212 0.195 0.147 0.089 0.018 171 L 0.121 0.168 0.229 0.245 0.154 0.074 0.010 172 R 0.203 0.251 0.241 0.175 0.095 0.031 0.003 173 E 0.223 0.321 0.196 0.146 0.077 0.034 0.003 174 V 0.041 0.083 0.164 0.274 0.286 0.143 0.009 175 A 0.186 0.302 0.264 0.167 0.062 0.017 0.001 176 G 0.139 0.313 0.294 0.161 0.075 0.016 0.001 177 W 0.017 0.035 0.062 0.164 0.359 0.314 0.048 178 E 0.015 0.103 0.229 0.334 0.215 0.100 0.004 179 H 0.080 0.309 0.300 0.217 0.066 0.026 0.002 180 D 0.007 0.035 0.165 0.330 0.335 0.117 0.011 181 L 0.002 0.005 0.008 0.025 0.195 0.620 0.144 182 H 0.007 0.071 0.254 0.422 0.182 0.061 0.003 183 A 0.088 0.362 0.267 0.184 0.076 0.022 0.001 184 A 0.009 0.049 0.155 0.328 0.307 0.145 0.007 185 M 0.009 0.026 0.070 0.193 0.420 0.272 0.011 186 N 0.135 0.411 0.302 0.113 0.032 0.007 0.001 187 N 0.166 0.372 0.264 0.151 0.041 0.007 0.001 188 I 0.027 0.053 0.103 0.246 0.408 0.157 0.006 189 Q 0.072 0.188 0.300 0.298 0.117 0.024 0.001 190 D 0.435 0.412 0.105 0.035 0.011 0.002 0.001 191 E 0.226 0.300 0.259 0.167 0.041 0.008 0.001 192 I 0.090 0.091 0.172 0.274 0.299 0.072 0.002 193 D 0.382 0.430 0.133 0.039 0.012 0.003 0.001 194 L 0.187 0.216 0.261 0.230 0.085 0.020 0.001 195 V 0.254 0.247 0.247 0.169 0.068 0.015 0.001 196 G 0.475 0.255 0.152 0.083 0.029 0.006 0.001 197 E 0.633 0.261 0.066 0.026 0.011 0.002 0.001 198 S 0.403 0.310 0.143 0.093 0.039 0.010 0.001 199 A 0.187 0.277 0.258 0.176 0.073 0.027 0.002 200 A 0.142 0.213 0.246 0.228 0.122 0.044 0.004 201 S 0.053 0.111 0.208 0.262 0.231 0.117 0.019 202 I 0.028 0.036 0.047 0.107 0.238 0.398 0.146 203 D 0.029 0.101 0.187 0.277 0.208 0.167 0.031 204 A 0.085 0.163 0.186 0.237 0.167 0.128 0.035 205 Y 0.034 0.058 0.105 0.182 0.268 0.271 0.082 206 A 0.032 0.047 0.065 0.145 0.215 0.345 0.150 207 A 0.050 0.080 0.143 0.229 0.230 0.192 0.075 208 T 0.193 0.283 0.209 0.170 0.088 0.045 0.011 209 D 0.139 0.177 0.194 0.187 0.180 0.099 0.023 210 P 0.122 0.187 0.189 0.213 0.137 0.108 0.043 211 A 0.043 0.062 0.098 0.177 0.241 0.266 0.112 212 E 0.033 0.048 0.083 0.150 0.239 0.281 0.167 213 C 0.015 0.022 0.036 0.071 0.152 0.334 0.370 214 F 0.009 0.009 0.016 0.046 0.082 0.275 0.562 215 A 0.009 0.012 0.024 0.063 0.115 0.295 0.482 216 V 0.008 0.011 0.018 0.040 0.106 0.287 0.531 217 L 0.005 0.007 0.012 0.031 0.065 0.270 0.610 218 S 0.009 0.014 0.022 0.059 0.103 0.293 0.500 219 E 0.030 0.048 0.074 0.132 0.222 0.284 0.210 220 Y 0.034 0.063 0.084 0.140 0.250 0.294 0.134 221 F 0.031 0.049 0.070 0.136 0.233 0.349 0.132 222 F 0.053 0.079 0.125 0.235 0.253 0.205 0.049 223 S 0.197 0.253 0.204 0.169 0.124 0.046 0.006 224 A 0.131 0.188 0.224 0.237 0.143 0.070 0.007 225 P 0.269 0.241 0.200 0.170 0.091 0.026 0.001 226 E 0.517 0.356 0.087 0.029 0.008 0.002 0.001 227 L 0.205 0.281 0.270 0.187 0.049 0.009 0.001 228 F 0.084 0.076 0.161 0.278 0.298 0.100 0.004 229 A 0.310 0.369 0.196 0.093 0.027 0.004 0.001 230 P 0.575 0.347 0.060 0.014 0.003 0.001 0.001 231 R 0.174 0.353 0.254 0.168 0.043 0.007 0.001 232 F 0.029 0.063 0.135 0.259 0.347 0.160 0.007 233 P 0.063 0.159 0.304 0.288 0.146 0.039 0.002 234 A 0.215 0.405 0.245 0.099 0.029 0.005 0.001 235 L 0.010 0.025 0.051 0.121 0.297 0.421 0.076 236 W 0.012 0.042 0.108 0.251 0.337 0.226 0.024 237 Q 0.121 0.339 0.266 0.170 0.074 0.028 0.003 238 R 0.026 0.102 0.250 0.347 0.204 0.061 0.009 239 F 0.007 0.014 0.023 0.066 0.251 0.521 0.117 240 C 0.022 0.093 0.232 0.346 0.212 0.087 0.009 241 H 0.132 0.296 0.255 0.185 0.080 0.044 0.008 242 F 0.032 0.035 0.071 0.194 0.269 0.311 0.089 243 Y 0.033 0.042 0.056 0.114 0.253 0.356 0.146 244 R 0.085 0.170 0.207 0.199 0.161 0.128 0.049 245 Q 0.126 0.142 0.139 0.187 0.193 0.154 0.059 246 D 0.119 0.143 0.140 0.173 0.181 0.177 0.066 247 P 0.085 0.081 0.103 0.167 0.232 0.238 0.094 248 L 0.139 0.160 0.178 0.199 0.186 0.112 0.026 249 A 0.255 0.281 0.198 0.138 0.085 0.038 0.005 250 R 0.136 0.172 0.198 0.229 0.179 0.078 0.008 251 R 0.186 0.189 0.203 0.205 0.156 0.057 0.004 252 R 0.317 0.292 0.190 0.123 0.060 0.017 0.001 253 E 0.482 0.287 0.131 0.069 0.024 0.006 0.001 254 N 0.365 0.231 0.197 0.142 0.053 0.011 0.001 255 G 0.477 0.277 0.158 0.066 0.018 0.004 0.001 256 L 0.369 0.208 0.205 0.151 0.057 0.010 0.001 257 Q 0.646 0.259 0.064 0.023 0.007 0.001 0.001 258 D 0.634 0.239 0.080 0.036 0.009 0.002 0.001 259 E 0.771 0.175 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 260 G 0.674 0.217 0.074 0.027 0.006 0.001 0.001 261 D 0.501 0.225 0.151 0.085 0.031 0.006 0.001 262 R 0.448 0.279 0.153 0.081 0.030 0.008 0.001 263 R 0.388 0.312 0.162 0.087 0.037 0.013 0.001 264 I 0.207 0.164 0.195 0.222 0.140 0.066 0.006 265 V 0.298 0.184 0.190 0.171 0.103 0.049 0.006 266 H 0.560 0.220 0.113 0.063 0.029 0.013 0.002