# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.473 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.048 0.023 0.058 0.086 0.087 0.060 0.538 2 M 0.081 0.025 0.017 0.031 0.053 0.106 0.043 0.644 3 F 0.018 0.018 0.013 0.029 0.040 0.121 0.023 0.736 4 K 0.032 0.041 0.009 0.015 0.021 0.088 0.023 0.771 5 W 0.244 0.179 0.012 0.019 0.018 0.079 0.054 0.395 6 P 0.149 0.211 0.018 0.015 0.017 0.082 0.065 0.444 7 W 0.095 0.260 0.018 0.010 0.016 0.067 0.052 0.481 8 K 0.115 0.243 0.022 0.014 0.016 0.091 0.055 0.445 9 A 0.074 0.111 0.030 0.016 0.019 0.094 0.175 0.481 10 D 0.141 0.129 0.019 0.010 0.015 0.083 0.194 0.409 11 D 0.216 0.077 0.023 0.012 0.013 0.083 0.154 0.421 12 E 0.112 0.041 0.011 0.008 0.013 0.098 0.052 0.664 13 S 0.077 0.018 0.011 0.007 0.012 0.090 0.060 0.725 14 G 0.073 0.022 0.008 0.008 0.013 0.134 0.033 0.710 15 N 0.063 0.022 0.009 0.006 0.008 0.117 0.046 0.730 16 A 0.037 0.086 0.008 0.008 0.009 0.132 0.043 0.678 17 E 0.058 0.317 0.009 0.003 0.005 0.090 0.027 0.491 18 M 0.071 0.453 0.016 0.008 0.005 0.070 0.089 0.287 19 P 0.038 0.861 0.009 0.002 0.002 0.011 0.035 0.042 20 W 0.133 0.769 0.006 0.001 0.002 0.009 0.044 0.037 21 E 0.157 0.278 0.078 0.016 0.013 0.047 0.189 0.222 22 Q 0.166 0.262 0.022 0.014 0.024 0.056 0.080 0.376 23 A 0.125 0.039 0.028 0.005 0.011 0.104 0.062 0.626 24 L 0.016 0.063 0.042 0.045 0.050 0.189 0.033 0.562 25 A 0.015 0.116 0.009 0.003 0.008 0.065 0.011 0.773 26 I 0.120 0.572 0.029 0.014 0.009 0.047 0.041 0.168 27 P 0.087 0.442 0.158 0.029 0.023 0.049 0.081 0.131 28 V 0.423 0.240 0.049 0.005 0.009 0.030 0.075 0.170 29 L 0.403 0.046 0.126 0.013 0.013 0.043 0.171 0.185 30 A 0.054 0.022 0.021 0.006 0.009 0.084 0.089 0.715 31 H 0.007 0.009 0.010 0.002 0.004 0.091 0.046 0.831 32 L 0.022 0.042 0.012 0.006 0.005 0.160 0.050 0.702 33 S 0.158 0.487 0.004 0.002 0.002 0.049 0.041 0.257 34 S 0.073 0.804 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.100 35 T 0.016 0.926 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.039 36 E 0.023 0.941 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.017 37 Q 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.006 38 H 0.002 0.679 0.002 0.001 0.001 0.006 0.293 0.017 39 K 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 40 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 41 T 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 42 Q 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.005 43 M 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.003 44 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 45 A 0.007 0.882 0.010 0.001 0.001 0.004 0.075 0.019 46 R 0.011 0.759 0.054 0.003 0.003 0.011 0.118 0.041 47 F 0.114 0.515 0.054 0.008 0.007 0.036 0.173 0.094 48 L 0.180 0.185 0.068 0.009 0.008 0.065 0.176 0.309 49 Q 0.052 0.143 0.015 0.005 0.009 0.066 0.052 0.658 50 Q 0.055 0.072 0.022 0.006 0.017 0.098 0.050 0.679 51 K 0.022 0.039 0.048 0.064 0.062 0.136 0.087 0.542 52 R 0.026 0.019 0.072 0.082 0.103 0.100 0.050 0.548 53 L 0.032 0.012 0.074 0.091 0.101 0.092 0.096 0.501 54 V 0.012 0.004 0.269 0.105 0.075 0.095 0.076 0.364 55 A 0.374 0.004 0.043 0.016 0.023 0.060 0.038 0.441 56 L 0.370 0.003 0.015 0.011 0.009 0.055 0.058 0.479 57 Q 0.023 0.001 0.023 0.009 0.039 0.134 0.009 0.762 58 G 0.005 0.001 0.038 0.021 0.153 0.073 0.030 0.680 59 L 0.003 0.002 0.060 0.233 0.145 0.095 0.029 0.434 60 E 0.002 0.007 0.139 0.177 0.206 0.077 0.027 0.366 61 L 0.008 0.023 0.044 0.057 0.038 0.059 0.041 0.730 62 T 0.134 0.507 0.038 0.019 0.008 0.013 0.247 0.034 63 P 0.025 0.938 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.017 64 L 0.007 0.945 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.024 65 H 0.002 0.951 0.001 0.004 0.004 0.002 0.028 0.008 66 Q 0.001 0.960 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.005 67 A 0.001 0.957 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.002 68 R 0.001 0.930 0.002 0.004 0.004 0.001 0.059 0.001 69 I 0.001 0.963 0.001 0.004 0.005 0.001 0.024 0.002 70 A 0.014 0.756 0.023 0.011 0.017 0.004 0.166 0.009 71 M 0.040 0.758 0.009 0.025 0.018 0.011 0.113 0.027 72 L 0.056 0.270 0.021 0.015 0.022 0.041 0.287 0.287 73 F 0.014 0.460 0.025 0.039 0.038 0.072 0.080 0.272 74 C 0.033 0.411 0.034 0.019 0.035 0.098 0.066 0.304 75 L 0.088 0.229 0.099 0.066 0.039 0.075 0.145 0.258 76 P 0.168 0.292 0.099 0.034 0.056 0.067 0.087 0.196 77 V 0.176 0.086 0.138 0.015 0.022 0.071 0.123 0.369 78 L 0.096 0.084 0.146 0.034 0.031 0.098 0.063 0.449 79 E 0.088 0.043 0.041 0.008 0.013 0.068 0.043 0.695 80 L 0.018 0.044 0.036 0.012 0.014 0.128 0.032 0.716 81 G 0.079 0.146 0.033 0.021 0.033 0.082 0.106 0.500 82 I 0.228 0.124 0.015 0.019 0.019 0.074 0.103 0.418 83 E 0.021 0.046 0.058 0.082 0.067 0.104 0.145 0.477 84 W 0.117 0.035 0.017 0.016 0.026 0.076 0.084 0.629 85 L 0.405 0.027 0.019 0.021 0.021 0.070 0.143 0.295 86 D 0.027 0.006 0.027 0.010 0.025 0.148 0.050 0.708 87 G 0.042 0.010 0.038 0.014 0.043 0.117 0.097 0.639 88 F 0.010 0.003 0.066 0.046 0.051 0.245 0.073 0.505 89 H 0.001 0.001 0.257 0.076 0.138 0.102 0.082 0.342 90 E 0.002 0.001 0.409 0.141 0.205 0.032 0.125 0.085 91 V 0.002 0.001 0.490 0.143 0.155 0.020 0.064 0.126 92 L 0.001 0.001 0.624 0.155 0.165 0.008 0.013 0.033 93 I 0.005 0.001 0.402 0.124 0.201 0.059 0.037 0.172 94 Y 0.012 0.001 0.256 0.094 0.134 0.182 0.045 0.276 95 P 0.065 0.001 0.019 0.008 0.017 0.118 0.024 0.748 96 A 0.378 0.010 0.017 0.015 0.020 0.133 0.079 0.347 97 P 0.027 0.006 0.030 0.015 0.047 0.157 0.035 0.683 98 F 0.010 0.005 0.046 0.062 0.158 0.131 0.037 0.552 99 I 0.018 0.005 0.041 0.119 0.117 0.107 0.037 0.556 100 V 0.081 0.021 0.026 0.086 0.089 0.107 0.070 0.521 101 D 0.157 0.044 0.019 0.038 0.062 0.089 0.047 0.544 102 D 0.072 0.034 0.028 0.046 0.066 0.114 0.050 0.589 103 E 0.057 0.035 0.026 0.054 0.069 0.128 0.038 0.593 104 W 0.108 0.051 0.021 0.062 0.094 0.112 0.065 0.488 105 E 0.082 0.036 0.019 0.044 0.070 0.108 0.065 0.577 106 D 0.285 0.047 0.010 0.032 0.047 0.076 0.047 0.456 107 D 0.103 0.042 0.009 0.039 0.060 0.097 0.033 0.617 108 I 0.014 0.023 0.022 0.039 0.154 0.127 0.025 0.597 109 G 0.010 0.019 0.046 0.164 0.378 0.074 0.069 0.240 110 L 0.012 0.026 0.044 0.272 0.267 0.061 0.058 0.259 111 V 0.049 0.046 0.078 0.193 0.249 0.056 0.071 0.259 112 H 0.078 0.058 0.036 0.138 0.197 0.073 0.080 0.339 113 N 0.049 0.117 0.026 0.058 0.109 0.069 0.070 0.501 114 Q 0.028 0.096 0.039 0.074 0.158 0.093 0.075 0.438 115 R 0.025 0.052 0.047 0.177 0.217 0.077 0.172 0.234 116 V 0.021 0.035 0.060 0.188 0.223 0.072 0.138 0.264 117 V 0.134 0.019 0.046 0.084 0.145 0.103 0.044 0.424 118 Q 0.219 0.019 0.023 0.088 0.101 0.084 0.095 0.371 119 S 0.014 0.014 0.015 0.024 0.064 0.097 0.022 0.750 120 G 0.027 0.014 0.027 0.057 0.140 0.126 0.039 0.570 121 Q 0.039 0.010 0.031 0.206 0.166 0.102 0.101 0.346 122 S 0.133 0.008 0.027 0.061 0.110 0.087 0.083 0.492 123 W 0.225 0.005 0.026 0.058 0.065 0.092 0.112 0.418 124 Q 0.025 0.003 0.019 0.021 0.057 0.116 0.021 0.739 125 Q 0.011 0.001 0.025 0.016 0.081 0.090 0.020 0.756 126 G 0.010 0.002 0.067 0.199 0.278 0.115 0.040 0.289 127 P 0.002 0.001 0.149 0.174 0.404 0.042 0.043 0.184 128 V 0.001 0.004 0.181 0.249 0.372 0.021 0.030 0.142 129 V 0.002 0.007 0.273 0.325 0.280 0.017 0.014 0.082 130 L 0.004 0.011 0.366 0.225 0.147 0.029 0.038 0.181 131 N 0.071 0.558 0.091 0.061 0.054 0.018 0.093 0.054 132 W 0.150 0.569 0.067 0.013 0.016 0.022 0.066 0.096 133 L 0.081 0.436 0.044 0.021 0.020 0.048 0.069 0.282 134 D 0.133 0.198 0.051 0.019 0.023 0.052 0.287 0.236 135 I 0.300 0.153 0.016 0.013 0.018 0.095 0.122 0.283 136 Q 0.194 0.059 0.015 0.019 0.027 0.069 0.069 0.549 137 D 0.031 0.018 0.004 0.008 0.013 0.062 0.015 0.848 138 S 0.037 0.016 0.018 0.022 0.037 0.139 0.080 0.650 139 F 0.044 0.007 0.022 0.028 0.022 0.161 0.075 0.643 140 D 0.493 0.009 0.008 0.005 0.007 0.058 0.049 0.370 141 A 0.156 0.009 0.009 0.003 0.004 0.096 0.063 0.659 142 S 0.022 0.016 0.033 0.006 0.021 0.190 0.021 0.692 143 G 0.014 0.026 0.040 0.013 0.047 0.126 0.041 0.693 144 F 0.009 0.106 0.106 0.127 0.137 0.109 0.060 0.347 145 N 0.007 0.189 0.287 0.099 0.179 0.033 0.092 0.114 146 L 0.005 0.335 0.183 0.166 0.142 0.018 0.059 0.093 147 V 0.005 0.431 0.326 0.076 0.085 0.007 0.051 0.019 148 V 0.010 0.729 0.092 0.029 0.037 0.006 0.079 0.019 149 H 0.008 0.740 0.052 0.028 0.025 0.007 0.124 0.016 150 E 0.018 0.876 0.023 0.010 0.012 0.007 0.026 0.029 151 V 0.083 0.723 0.019 0.015 0.021 0.016 0.077 0.046 152 A 0.074 0.479 0.019 0.017 0.022 0.032 0.182 0.175 153 H 0.040 0.521 0.009 0.015 0.018 0.036 0.109 0.253 154 K 0.035 0.421 0.013 0.017 0.020 0.062 0.065 0.367 155 L 0.089 0.106 0.063 0.036 0.033 0.115 0.262 0.296 156 D 0.238 0.097 0.033 0.033 0.028 0.086 0.176 0.310 157 T 0.458 0.022 0.011 0.004 0.007 0.060 0.029 0.410 158 R 0.113 0.012 0.009 0.007 0.008 0.115 0.020 0.716 159 N 0.017 0.010 0.004 0.003 0.007 0.067 0.013 0.878 160 G 0.031 0.010 0.017 0.012 0.019 0.133 0.041 0.738 161 D 0.045 0.016 0.061 0.100 0.063 0.181 0.111 0.423 162 R 0.219 0.007 0.028 0.016 0.021 0.092 0.026 0.592 163 A 0.355 0.006 0.021 0.021 0.022 0.081 0.058 0.435 164 S 0.018 0.004 0.020 0.015 0.046 0.099 0.023 0.776 165 G 0.024 0.003 0.026 0.020 0.084 0.088 0.023 0.732 166 V 0.040 0.003 0.034 0.177 0.101 0.115 0.038 0.493 167 P 0.015 0.006 0.046 0.058 0.084 0.121 0.023 0.647 168 L 0.032 0.010 0.021 0.021 0.043 0.112 0.018 0.744 169 I 0.101 0.026 0.039 0.039 0.025 0.123 0.052 0.595 170 P 0.203 0.192 0.010 0.009 0.010 0.053 0.062 0.460 171 L 0.230 0.288 0.015 0.006 0.010 0.056 0.063 0.333 172 R 0.056 0.266 0.021 0.018 0.018 0.090 0.055 0.476 173 E 0.058 0.545 0.007 0.005 0.008 0.046 0.036 0.294 174 V 0.032 0.789 0.004 0.002 0.004 0.026 0.030 0.112 175 A 0.014 0.762 0.007 0.004 0.006 0.022 0.091 0.094 176 G 0.011 0.893 0.003 0.001 0.002 0.006 0.060 0.024 177 W 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.009 178 E 0.008 0.922 0.003 0.001 0.001 0.002 0.053 0.010 179 H 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 180 D 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 181 L 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 182 H 0.018 0.547 0.003 0.001 0.001 0.003 0.420 0.010 183 A 0.005 0.478 0.003 0.001 0.001 0.004 0.491 0.019 184 A 0.010 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.013 185 M 0.030 0.866 0.004 0.001 0.001 0.006 0.057 0.035 186 N 0.016 0.761 0.007 0.001 0.001 0.014 0.087 0.113 187 N 0.031 0.800 0.007 0.001 0.001 0.018 0.056 0.086 188 I 0.042 0.855 0.005 0.001 0.001 0.013 0.040 0.043 189 Q 0.080 0.709 0.017 0.001 0.001 0.021 0.060 0.110 190 D 0.021 0.740 0.012 0.001 0.002 0.022 0.029 0.172 191 E 0.071 0.594 0.058 0.003 0.004 0.032 0.083 0.154 192 I 0.102 0.263 0.098 0.015 0.009 0.061 0.213 0.239 193 D 0.127 0.148 0.037 0.009 0.010 0.075 0.052 0.542 194 L 0.109 0.041 0.038 0.005 0.006 0.094 0.060 0.647 195 V 0.057 0.054 0.029 0.010 0.010 0.130 0.067 0.644 196 G 0.124 0.059 0.010 0.004 0.007 0.063 0.033 0.699 197 E 0.053 0.032 0.018 0.011 0.011 0.112 0.084 0.681 198 S 0.072 0.061 0.027 0.019 0.026 0.125 0.095 0.576 199 A 0.073 0.036 0.029 0.018 0.032 0.116 0.076 0.620 200 A 0.031 0.045 0.061 0.037 0.051 0.143 0.036 0.596 201 S 0.015 0.039 0.113 0.040 0.075 0.129 0.056 0.532 202 I 0.032 0.061 0.129 0.035 0.040 0.121 0.054 0.527 203 D 0.415 0.116 0.059 0.028 0.030 0.053 0.151 0.148 204 A 0.097 0.032 0.053 0.018 0.023 0.113 0.142 0.522 205 Y 0.025 0.022 0.077 0.031 0.094 0.122 0.106 0.522 206 A 0.095 0.025 0.053 0.023 0.049 0.165 0.059 0.531 207 A 0.012 0.020 0.042 0.046 0.064 0.216 0.051 0.550 208 T 0.007 0.037 0.016 0.005 0.010 0.089 0.054 0.782 209 D 0.111 0.735 0.002 0.004 0.003 0.023 0.080 0.042 210 P 0.035 0.838 0.003 0.001 0.002 0.023 0.028 0.070 211 A 0.009 0.937 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.023 212 E 0.004 0.953 0.002 0.002 0.003 0.004 0.019 0.014 213 C 0.003 0.918 0.002 0.006 0.014 0.007 0.034 0.016 214 F 0.002 0.396 0.012 0.011 0.026 0.009 0.531 0.012 215 A 0.002 0.699 0.011 0.029 0.031 0.007 0.212 0.009 216 V 0.010 0.773 0.029 0.034 0.068 0.009 0.056 0.020 217 L 0.021 0.614 0.063 0.058 0.085 0.021 0.092 0.045 218 S 0.076 0.498 0.044 0.050 0.079 0.029 0.116 0.110 219 E 0.083 0.096 0.062 0.068 0.086 0.063 0.248 0.294 220 Y 0.072 0.058 0.039 0.080 0.109 0.147 0.096 0.400 221 F 0.091 0.019 0.039 0.048 0.070 0.118 0.093 0.522 222 F 0.014 0.017 0.032 0.051 0.081 0.139 0.046 0.620 223 S 0.018 0.021 0.026 0.024 0.045 0.110 0.020 0.737 224 A 0.144 0.094 0.018 0.049 0.033 0.109 0.074 0.479 225 P 0.422 0.235 0.011 0.006 0.009 0.044 0.039 0.235 226 E 0.283 0.118 0.013 0.007 0.008 0.081 0.070 0.420 227 L 0.029 0.046 0.026 0.008 0.007 0.091 0.114 0.678 228 F 0.240 0.083 0.010 0.004 0.006 0.069 0.142 0.445 229 A 0.391 0.086 0.009 0.003 0.003 0.070 0.162 0.276 230 P 0.016 0.092 0.005 0.002 0.004 0.072 0.041 0.769 231 R 0.012 0.497 0.002 0.001 0.002 0.041 0.012 0.434 232 F 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.017 233 P 0.014 0.935 0.003 0.001 0.001 0.004 0.031 0.013 234 A 0.006 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.049 0.006 235 L 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 236 W 0.005 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 237 Q 0.005 0.916 0.007 0.001 0.001 0.004 0.033 0.033 238 R 0.014 0.850 0.015 0.001 0.001 0.010 0.082 0.027 239 F 0.030 0.822 0.013 0.002 0.002 0.011 0.094 0.027 240 C 0.080 0.463 0.031 0.008 0.009 0.031 0.195 0.183 241 H 0.135 0.220 0.037 0.013 0.016 0.071 0.104 0.403 242 F 0.202 0.053 0.068 0.019 0.027 0.103 0.158 0.370 243 Y 0.084 0.034 0.032 0.011 0.015 0.137 0.061 0.624 244 R 0.010 0.029 0.011 0.005 0.009 0.109 0.011 0.816 245 Q 0.009 0.047 0.012 0.004 0.004 0.086 0.013 0.826 246 D 0.153 0.717 0.008 0.004 0.002 0.021 0.042 0.053 247 P 0.146 0.759 0.005 0.001 0.001 0.013 0.014 0.061 248 L 0.108 0.700 0.010 0.003 0.003 0.019 0.033 0.124 249 A 0.101 0.629 0.012 0.004 0.005 0.028 0.066 0.156 250 R 0.071 0.289 0.018 0.007 0.012 0.071 0.228 0.303 251 R 0.077 0.294 0.029 0.011 0.014 0.077 0.201 0.297 252 R 0.158 0.298 0.013 0.009 0.012 0.061 0.062 0.386 253 E 0.107 0.158 0.013 0.007 0.012 0.075 0.042 0.586 254 N 0.068 0.150 0.018 0.013 0.018 0.094 0.080 0.560 255 G 0.086 0.125 0.019 0.013 0.016 0.107 0.072 0.561 256 L 0.087 0.079 0.024 0.020 0.019 0.121 0.079 0.571 257 Q 0.102 0.078 0.019 0.012 0.014 0.111 0.071 0.594 258 D 0.163 0.124 0.013 0.009 0.014 0.085 0.062 0.528 259 E 0.064 0.082 0.017 0.013 0.021 0.111 0.050 0.641 260 G 0.058 0.072 0.019 0.020 0.031 0.113 0.075 0.612 261 D 0.130 0.099 0.018 0.033 0.040 0.091 0.100 0.489 262 R 0.089 0.060 0.020 0.037 0.052 0.096 0.074 0.572 263 R 0.050 0.025 0.022 0.040 0.070 0.101 0.062 0.630 264 I 0.048 0.016 0.020 0.057 0.078 0.113 0.063 0.604 265 V 0.035 0.014 0.020 0.046 0.072 0.117 0.051 0.646 266 H 0.046 0.016 0.019 0.045 0.079 0.099 0.053 0.644