# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.473 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.018 0.041 0.034 0.047 0.075 0.006 0.735 2 M 0.038 0.021 0.031 0.031 0.060 0.072 0.005 0.743 3 F 0.080 0.038 0.051 0.056 0.094 0.087 0.014 0.581 4 K 0.077 0.041 0.035 0.027 0.040 0.067 0.020 0.693 5 W 0.088 0.030 0.039 0.036 0.047 0.053 0.007 0.700 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 W 0.010 0.009 0.010 0.015 0.045 0.074 0.002 0.834 8 K 0.329 0.042 0.025 0.017 0.025 0.118 0.015 0.428 9 A 0.297 0.084 0.027 0.019 0.029 0.062 0.010 0.471 10 D 0.151 0.090 0.034 0.021 0.036 0.055 0.008 0.605 11 D 0.047 0.047 0.019 0.009 0.019 0.042 0.006 0.812 12 E 0.111 0.075 0.023 0.011 0.029 0.251 0.019 0.481 13 S 0.310 0.093 0.019 0.008 0.018 0.248 0.028 0.277 14 G 0.302 0.113 0.019 0.008 0.009 0.053 0.021 0.474 15 N 0.083 0.034 0.018 0.006 0.008 0.085 0.012 0.755 16 A 0.136 0.034 0.030 0.008 0.019 0.116 0.011 0.645 17 E 0.053 0.027 0.016 0.006 0.017 0.229 0.009 0.644 18 M 0.067 0.037 0.011 0.007 0.016 0.243 0.005 0.615 19 P 0.010 0.029 0.002 0.001 0.003 0.050 0.001 0.904 20 W 0.026 0.153 0.008 0.005 0.018 0.107 0.003 0.680 21 E 0.032 0.630 0.007 0.008 0.013 0.095 0.005 0.210 22 Q 0.040 0.860 0.002 0.003 0.005 0.014 0.005 0.071 23 A 0.079 0.812 0.006 0.004 0.008 0.009 0.010 0.073 24 L 0.048 0.867 0.006 0.006 0.007 0.006 0.009 0.052 25 A 0.077 0.662 0.022 0.009 0.010 0.010 0.065 0.145 26 I 0.237 0.285 0.080 0.027 0.021 0.019 0.041 0.290 27 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 28 V 0.012 0.062 0.058 0.032 0.102 0.116 0.005 0.613 29 L 0.101 0.394 0.126 0.040 0.055 0.042 0.008 0.234 30 A 0.149 0.396 0.067 0.038 0.047 0.069 0.024 0.210 31 H 0.523 0.118 0.041 0.015 0.013 0.032 0.034 0.225 32 L 0.564 0.096 0.110 0.012 0.014 0.039 0.024 0.140 33 S 0.105 0.051 0.059 0.012 0.022 0.265 0.021 0.465 34 S 0.018 0.025 0.011 0.002 0.011 0.031 0.003 0.900 35 T 0.008 0.028 0.003 0.001 0.003 0.226 0.002 0.729 36 E 0.019 0.034 0.001 0.001 0.001 0.768 0.002 0.175 37 Q 0.022 0.893 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.050 38 H 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 39 K 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 40 L 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 41 T 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 Q 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 43 M 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 45 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 R 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 F 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 49 Q 0.019 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.016 50 Q 0.150 0.752 0.008 0.002 0.002 0.004 0.055 0.027 51 K 0.161 0.702 0.023 0.009 0.004 0.005 0.050 0.047 52 R 0.064 0.335 0.207 0.040 0.032 0.031 0.045 0.246 53 L 0.050 0.148 0.313 0.075 0.094 0.038 0.024 0.257 54 V 0.041 0.062 0.491 0.117 0.091 0.025 0.016 0.158 55 A 0.012 0.032 0.216 0.049 0.065 0.040 0.010 0.576 56 L 0.018 0.031 0.504 0.076 0.139 0.048 0.009 0.175 57 Q 0.008 0.013 0.078 0.041 0.044 0.081 0.007 0.729 58 G 0.039 0.005 0.041 0.021 0.037 0.057 0.013 0.787 59 L 0.380 0.006 0.111 0.052 0.043 0.082 0.018 0.308 60 E 0.052 0.006 0.148 0.081 0.073 0.079 0.009 0.551 61 L 0.022 0.008 0.106 0.076 0.147 0.050 0.004 0.588 62 T 0.013 0.011 0.054 0.078 0.147 0.126 0.002 0.570 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.992 64 L 0.010 0.017 0.007 0.006 0.017 0.435 0.003 0.505 65 H 0.249 0.094 0.005 0.005 0.006 0.306 0.014 0.321 66 Q 0.085 0.751 0.006 0.006 0.005 0.030 0.004 0.112 67 A 0.015 0.866 0.014 0.009 0.012 0.014 0.003 0.066 68 R 0.011 0.891 0.009 0.009 0.012 0.009 0.003 0.056 69 I 0.006 0.945 0.003 0.005 0.009 0.004 0.002 0.027 70 A 0.003 0.975 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.010 71 M 0.005 0.974 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.012 72 L 0.023 0.943 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.019 73 F 0.027 0.930 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 74 C 0.021 0.908 0.007 0.002 0.003 0.003 0.016 0.041 75 L 0.032 0.834 0.013 0.008 0.009 0.005 0.011 0.087 76 P 0.001 0.086 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.901 77 V 0.025 0.705 0.020 0.022 0.039 0.035 0.011 0.144 78 L 0.021 0.927 0.012 0.008 0.005 0.003 0.005 0.019 79 E 0.135 0.680 0.024 0.019 0.018 0.015 0.039 0.070 80 L 0.457 0.315 0.059 0.024 0.018 0.017 0.034 0.076 81 G 0.388 0.182 0.043 0.023 0.026 0.037 0.062 0.240 82 I 0.104 0.147 0.185 0.033 0.049 0.060 0.023 0.399 83 E 0.048 0.210 0.058 0.053 0.070 0.115 0.020 0.427 84 W 0.115 0.136 0.057 0.028 0.063 0.100 0.021 0.480 85 L 0.094 0.378 0.093 0.068 0.081 0.064 0.016 0.206 86 D 0.039 0.182 0.070 0.045 0.048 0.084 0.023 0.509 87 G 0.195 0.075 0.027 0.033 0.037 0.087 0.065 0.481 88 F 0.489 0.037 0.077 0.031 0.045 0.118 0.037 0.166 89 H 0.053 0.021 0.294 0.238 0.146 0.099 0.021 0.127 90 E 0.017 0.007 0.261 0.101 0.161 0.069 0.008 0.376 91 V 0.003 0.002 0.734 0.119 0.103 0.008 0.002 0.030 92 L 0.001 0.001 0.696 0.167 0.107 0.004 0.001 0.023 93 I 0.001 0.001 0.733 0.060 0.113 0.004 0.001 0.087 94 Y 0.001 0.001 0.845 0.063 0.067 0.006 0.001 0.018 95 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991 96 A 0.001 0.001 0.191 0.048 0.212 0.097 0.001 0.448 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 98 F 0.064 0.001 0.088 0.095 0.118 0.142 0.006 0.485 99 I 0.203 0.003 0.056 0.084 0.097 0.105 0.004 0.448 100 V 0.040 0.010 0.124 0.170 0.250 0.041 0.003 0.362 101 D 0.011 0.007 0.035 0.074 0.173 0.063 0.003 0.634 102 D 0.028 0.008 0.021 0.043 0.080 0.090 0.007 0.722 103 E 0.068 0.011 0.011 0.021 0.043 0.466 0.009 0.372 104 W 0.195 0.038 0.026 0.060 0.090 0.218 0.015 0.358 105 E 0.071 0.099 0.040 0.094 0.118 0.202 0.012 0.364 106 D 0.038 0.097 0.032 0.069 0.130 0.073 0.016 0.544 107 D 0.069 0.053 0.025 0.031 0.068 0.095 0.022 0.637 108 I 0.161 0.044 0.020 0.040 0.059 0.332 0.034 0.309 109 G 0.343 0.032 0.041 0.091 0.072 0.123 0.055 0.243 110 L 0.131 0.028 0.091 0.093 0.151 0.116 0.007 0.382 111 V 0.018 0.020 0.083 0.219 0.312 0.068 0.004 0.276 112 H 0.019 0.017 0.040 0.180 0.302 0.067 0.004 0.371 113 N 0.016 0.023 0.037 0.129 0.277 0.084 0.007 0.426 114 Q 0.047 0.032 0.053 0.096 0.165 0.148 0.011 0.447 115 R 0.080 0.054 0.042 0.138 0.142 0.173 0.014 0.357 116 V 0.043 0.050 0.035 0.063 0.111 0.075 0.007 0.616 117 V 0.033 0.088 0.102 0.185 0.277 0.067 0.010 0.237 118 Q 0.036 0.163 0.061 0.176 0.217 0.077 0.012 0.257 119 S 0.037 0.136 0.061 0.099 0.208 0.053 0.018 0.387 120 G 0.108 0.148 0.055 0.162 0.151 0.048 0.040 0.287 121 Q 0.375 0.026 0.038 0.057 0.107 0.167 0.024 0.205 122 S 0.078 0.053 0.036 0.126 0.150 0.091 0.011 0.453 123 W 0.083 0.050 0.028 0.141 0.256 0.070 0.014 0.359 124 Q 0.081 0.028 0.027 0.081 0.131 0.177 0.031 0.444 125 Q 0.084 0.028 0.039 0.067 0.092 0.110 0.054 0.526 126 G 0.216 0.010 0.067 0.112 0.092 0.109 0.031 0.363 127 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 128 V 0.003 0.001 0.403 0.175 0.236 0.035 0.001 0.148 129 V 0.013 0.001 0.616 0.080 0.123 0.011 0.001 0.155 130 L 0.001 0.001 0.853 0.048 0.065 0.006 0.001 0.026 131 N 0.005 0.003 0.474 0.080 0.134 0.117 0.001 0.186 132 W 0.010 0.004 0.366 0.029 0.205 0.053 0.003 0.331 133 L 0.009 0.002 0.034 0.005 0.020 0.660 0.002 0.268 134 D 0.084 0.008 0.006 0.004 0.009 0.541 0.009 0.337 135 I 0.195 0.169 0.014 0.007 0.030 0.077 0.010 0.499 136 Q 0.038 0.402 0.008 0.011 0.036 0.175 0.012 0.319 137 D 0.174 0.328 0.008 0.008 0.014 0.078 0.041 0.349 138 S 0.486 0.243 0.008 0.009 0.009 0.019 0.039 0.187 139 F 0.288 0.283 0.059 0.023 0.028 0.030 0.033 0.256 140 D 0.036 0.186 0.107 0.043 0.080 0.092 0.023 0.432 141 A 0.063 0.097 0.042 0.020 0.038 0.116 0.020 0.604 142 S 0.112 0.068 0.029 0.011 0.011 0.416 0.039 0.314 143 G 0.455 0.052 0.050 0.011 0.005 0.070 0.088 0.268 144 F 0.110 0.033 0.268 0.015 0.016 0.289 0.012 0.258 145 N 0.030 0.018 0.092 0.044 0.064 0.241 0.008 0.503 146 L 0.056 0.079 0.141 0.101 0.157 0.125 0.005 0.337 147 V 0.022 0.060 0.162 0.111 0.161 0.190 0.006 0.288 148 V 0.018 0.127 0.145 0.098 0.186 0.129 0.003 0.293 149 H 0.006 0.545 0.047 0.109 0.173 0.030 0.003 0.086 150 E 0.018 0.543 0.048 0.047 0.097 0.065 0.008 0.173 151 V 0.028 0.762 0.012 0.026 0.040 0.031 0.009 0.092 152 A 0.041 0.783 0.012 0.015 0.038 0.014 0.011 0.087 153 H 0.026 0.862 0.005 0.011 0.015 0.011 0.013 0.058 154 K 0.079 0.789 0.013 0.010 0.016 0.011 0.020 0.063 155 L 0.112 0.695 0.013 0.033 0.030 0.017 0.032 0.068 156 D 0.157 0.516 0.028 0.065 0.042 0.015 0.050 0.126 157 T 0.122 0.224 0.145 0.083 0.112 0.042 0.042 0.230 158 R 0.092 0.055 0.026 0.024 0.034 0.571 0.029 0.170 159 N 0.217 0.075 0.033 0.021 0.019 0.230 0.055 0.349 160 G 0.148 0.126 0.091 0.042 0.025 0.084 0.045 0.439 161 D 0.076 0.013 0.072 0.018 0.035 0.405 0.015 0.365 162 R 0.061 0.012 0.038 0.051 0.111 0.162 0.009 0.556 163 A 0.072 0.030 0.037 0.091 0.171 0.297 0.009 0.294 164 S 0.083 0.018 0.056 0.094 0.130 0.247 0.026 0.344 165 G 0.185 0.032 0.053 0.054 0.085 0.056 0.040 0.494 166 V 0.185 0.006 0.069 0.061 0.137 0.277 0.007 0.258 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 168 L 0.012 0.002 0.020 0.032 0.155 0.045 0.004 0.729 169 I 0.124 0.004 0.093 0.072 0.088 0.073 0.007 0.540 170 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 171 L 0.015 0.004 0.015 0.015 0.073 0.085 0.001 0.792 172 R 0.184 0.011 0.015 0.007 0.013 0.170 0.006 0.592 173 E 0.235 0.030 0.008 0.008 0.011 0.119 0.010 0.579 174 V 0.209 0.165 0.044 0.012 0.026 0.065 0.006 0.474 175 A 0.032 0.243 0.021 0.010 0.020 0.133 0.006 0.534 176 G 0.085 0.230 0.007 0.006 0.012 0.093 0.011 0.557 177 W 0.130 0.559 0.009 0.003 0.007 0.054 0.008 0.230 178 E 0.067 0.666 0.013 0.003 0.009 0.069 0.010 0.164 179 H 0.023 0.802 0.004 0.002 0.003 0.018 0.005 0.142 180 D 0.021 0.830 0.003 0.001 0.002 0.017 0.004 0.121 181 L 0.031 0.857 0.005 0.001 0.003 0.011 0.006 0.086 182 H 0.011 0.887 0.004 0.001 0.003 0.007 0.003 0.084 183 A 0.011 0.829 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.139 184 A 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.040 185 M 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 186 N 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.033 187 N 0.029 0.918 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.037 188 I 0.048 0.873 0.005 0.001 0.002 0.003 0.012 0.056 189 Q 0.014 0.879 0.013 0.002 0.004 0.009 0.005 0.074 190 D 0.019 0.796 0.009 0.002 0.002 0.020 0.008 0.143 191 E 0.075 0.773 0.011 0.002 0.002 0.019 0.015 0.103 192 I 0.036 0.894 0.009 0.002 0.003 0.005 0.006 0.046 193 D 0.024 0.827 0.021 0.009 0.008 0.017 0.014 0.080 194 L 0.098 0.640 0.029 0.013 0.012 0.020 0.028 0.159 195 V 0.247 0.467 0.042 0.017 0.018 0.024 0.041 0.144 196 G 0.155 0.218 0.081 0.025 0.021 0.045 0.052 0.403 197 E 0.109 0.100 0.123 0.020 0.026 0.088 0.028 0.506 198 S 0.052 0.036 0.038 0.009 0.017 0.117 0.013 0.717 199 A 0.062 0.024 0.027 0.008 0.014 0.074 0.009 0.782 200 A 0.060 0.035 0.060 0.016 0.017 0.215 0.011 0.586 201 S 0.113 0.037 0.067 0.018 0.027 0.174 0.015 0.550 202 I 0.124 0.092 0.137 0.034 0.059 0.121 0.009 0.424 203 D 0.043 0.145 0.137 0.073 0.108 0.200 0.010 0.284 204 A 0.032 0.145 0.082 0.026 0.059 0.079 0.008 0.569 205 Y 0.076 0.227 0.069 0.030 0.067 0.239 0.013 0.279 206 A 0.196 0.285 0.042 0.032 0.044 0.215 0.031 0.154 207 A 0.188 0.485 0.055 0.029 0.036 0.041 0.024 0.143 208 T 0.164 0.306 0.103 0.034 0.055 0.066 0.058 0.215 209 D 0.235 0.146 0.038 0.053 0.049 0.076 0.030 0.373 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 211 A 0.007 0.013 0.006 0.009 0.028 0.648 0.004 0.285 212 E 0.433 0.034 0.007 0.004 0.006 0.388 0.016 0.112 213 C 0.075 0.767 0.011 0.014 0.011 0.019 0.003 0.101 214 F 0.020 0.569 0.057 0.027 0.042 0.039 0.004 0.242 215 A 0.046 0.517 0.061 0.089 0.085 0.037 0.011 0.155 216 V 0.067 0.584 0.017 0.058 0.085 0.025 0.016 0.147 217 L 0.035 0.582 0.091 0.076 0.121 0.018 0.010 0.068 218 S 0.025 0.564 0.025 0.049 0.075 0.036 0.014 0.213 219 E 0.085 0.374 0.027 0.028 0.067 0.052 0.023 0.344 220 Y 0.074 0.568 0.017 0.022 0.026 0.071 0.014 0.208 221 F 0.118 0.488 0.019 0.021 0.031 0.075 0.047 0.200 222 F 0.178 0.524 0.016 0.019 0.027 0.025 0.026 0.186 223 S 0.083 0.553 0.039 0.027 0.040 0.030 0.042 0.186 224 A 0.172 0.207 0.029 0.049 0.049 0.047 0.028 0.420 225 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 226 E 0.009 0.016 0.010 0.026 0.076 0.249 0.004 0.610 227 L 0.342 0.048 0.011 0.008 0.009 0.093 0.015 0.474 228 F 0.405 0.214 0.012 0.009 0.017 0.063 0.011 0.269 229 A 0.241 0.236 0.028 0.011 0.024 0.047 0.007 0.405 230 P 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.984 231 R 0.085 0.109 0.004 0.004 0.006 0.130 0.023 0.639 232 F 0.508 0.112 0.008 0.003 0.003 0.036 0.025 0.306 233 P 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989 234 A 0.005 0.112 0.005 0.004 0.008 0.163 0.001 0.702 235 L 0.032 0.676 0.004 0.002 0.003 0.041 0.003 0.240 236 W 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 237 Q 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 238 R 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 239 F 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 240 C 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 241 H 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 242 F 0.008 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 243 Y 0.009 0.967 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.011 244 R 0.038 0.870 0.022 0.005 0.004 0.008 0.016 0.037 245 Q 0.068 0.749 0.040 0.006 0.005 0.011 0.039 0.082 246 D 0.109 0.580 0.028 0.016 0.013 0.022 0.017 0.214 247 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 248 L 0.010 0.014 0.006 0.005 0.016 0.721 0.004 0.227 249 A 0.425 0.027 0.002 0.001 0.002 0.419 0.011 0.113 250 R 0.157 0.714 0.003 0.003 0.002 0.021 0.002 0.098 251 R 0.082 0.707 0.019 0.006 0.010 0.035 0.007 0.135 252 R 0.107 0.537 0.019 0.014 0.022 0.043 0.016 0.242 253 E 0.084 0.631 0.012 0.015 0.035 0.026 0.016 0.180 254 N 0.116 0.517 0.016 0.019 0.033 0.035 0.030 0.234 255 G 0.257 0.301 0.019 0.013 0.016 0.047 0.049 0.297 256 L 0.246 0.189 0.047 0.020 0.027 0.114 0.030 0.327 257 Q 0.155 0.146 0.038 0.026 0.039 0.130 0.021 0.445 258 D 0.065 0.139 0.033 0.023 0.035 0.068 0.012 0.625 259 E 0.032 0.039 0.015 0.009 0.017 0.048 0.007 0.833 260 G 0.065 0.040 0.015 0.011 0.019 0.247 0.014 0.590 261 D 0.175 0.049 0.014 0.011 0.021 0.190 0.017 0.522 262 R 0.107 0.131 0.025 0.021 0.033 0.146 0.010 0.527 263 R 0.070 0.115 0.024 0.027 0.040 0.178 0.015 0.532 264 I 0.176 0.120 0.031 0.034 0.051 0.103 0.019 0.466 265 V 0.112 0.135 0.039 0.051 0.081 0.082 0.013 0.487 266 H 0.043 0.090 0.042 0.072 0.112 0.080 0.011 0.550