# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.473 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.551 0.212 0.100 0.072 0.042 0.019 0.003 2 M 0.383 0.229 0.162 0.123 0.067 0.031 0.006 3 F 0.262 0.186 0.203 0.181 0.112 0.049 0.007 4 K 0.373 0.293 0.165 0.098 0.049 0.020 0.003 5 W 0.177 0.148 0.167 0.214 0.191 0.090 0.012 6 P 0.206 0.214 0.191 0.179 0.137 0.066 0.007 7 W 0.203 0.218 0.219 0.185 0.121 0.050 0.005 8 K 0.257 0.234 0.213 0.170 0.089 0.033 0.003 9 A 0.244 0.208 0.219 0.184 0.106 0.035 0.003 10 D 0.386 0.243 0.188 0.121 0.046 0.014 0.001 11 D 0.461 0.241 0.154 0.092 0.040 0.011 0.001 12 E 0.485 0.270 0.123 0.079 0.032 0.010 0.001 13 S 0.389 0.241 0.186 0.120 0.050 0.015 0.001 14 G 0.411 0.282 0.180 0.093 0.026 0.007 0.001 15 N 0.347 0.288 0.192 0.108 0.049 0.014 0.001 16 A 0.151 0.124 0.183 0.270 0.199 0.068 0.006 17 E 0.386 0.348 0.152 0.072 0.031 0.010 0.001 18 M 0.325 0.286 0.192 0.127 0.051 0.017 0.002 19 P 0.257 0.286 0.196 0.149 0.081 0.028 0.004 20 W 0.068 0.105 0.171 0.267 0.239 0.133 0.018 21 E 0.140 0.220 0.259 0.214 0.109 0.052 0.007 22 Q 0.113 0.222 0.249 0.216 0.130 0.061 0.009 23 A 0.038 0.061 0.095 0.206 0.279 0.253 0.068 24 L 0.025 0.046 0.086 0.174 0.281 0.304 0.084 25 A 0.043 0.127 0.190 0.223 0.180 0.180 0.055 26 I 0.023 0.050 0.116 0.210 0.285 0.247 0.068 27 P 0.030 0.087 0.149 0.201 0.247 0.214 0.072 28 V 0.006 0.021 0.037 0.086 0.236 0.458 0.156 29 L 0.019 0.063 0.135 0.265 0.288 0.206 0.024 30 A 0.103 0.319 0.297 0.175 0.080 0.025 0.001 31 H 0.087 0.253 0.329 0.231 0.081 0.018 0.001 32 L 0.029 0.043 0.153 0.382 0.314 0.077 0.001 33 S 0.394 0.408 0.134 0.045 0.017 0.001 0.001 34 S 0.730 0.253 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.644 0.315 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 36 E 0.322 0.318 0.221 0.110 0.027 0.002 0.001 37 Q 0.291 0.356 0.246 0.086 0.019 0.002 0.001 38 H 0.450 0.371 0.133 0.038 0.008 0.001 0.001 39 K 0.108 0.296 0.365 0.189 0.038 0.004 0.001 40 L 0.030 0.045 0.085 0.183 0.380 0.259 0.019 41 T 0.036 0.161 0.333 0.342 0.105 0.023 0.001 42 Q 0.238 0.425 0.199 0.096 0.033 0.009 0.001 43 M 0.016 0.062 0.185 0.349 0.265 0.111 0.012 44 A 0.013 0.028 0.055 0.151 0.341 0.352 0.060 45 A 0.054 0.201 0.290 0.236 0.150 0.062 0.007 46 R 0.069 0.189 0.251 0.250 0.164 0.066 0.011 47 F 0.015 0.033 0.066 0.161 0.255 0.375 0.095 48 L 0.025 0.047 0.113 0.250 0.275 0.229 0.060 49 Q 0.122 0.290 0.242 0.176 0.114 0.049 0.008 50 Q 0.114 0.247 0.216 0.217 0.142 0.055 0.008 51 K 0.027 0.050 0.092 0.204 0.320 0.267 0.040 52 R 0.059 0.198 0.234 0.249 0.171 0.079 0.009 53 L 0.054 0.069 0.136 0.257 0.285 0.174 0.025 54 V 0.145 0.248 0.258 0.199 0.109 0.037 0.003 55 A 0.187 0.257 0.192 0.181 0.119 0.058 0.006 56 L 0.105 0.127 0.232 0.283 0.175 0.069 0.010 57 Q 0.332 0.341 0.185 0.098 0.033 0.010 0.001 58 G 0.340 0.336 0.163 0.094 0.047 0.018 0.002 59 L 0.070 0.076 0.145 0.269 0.296 0.130 0.012 60 E 0.149 0.355 0.259 0.150 0.065 0.021 0.001 61 L 0.050 0.076 0.144 0.269 0.280 0.163 0.017 62 T 0.194 0.249 0.229 0.204 0.099 0.023 0.001 63 P 0.461 0.357 0.108 0.047 0.020 0.006 0.001 64 L 0.259 0.295 0.229 0.147 0.050 0.017 0.003 65 H 0.078 0.119 0.210 0.279 0.221 0.083 0.009 66 Q 0.110 0.255 0.280 0.199 0.095 0.049 0.011 67 A 0.037 0.040 0.074 0.171 0.273 0.304 0.101 68 R 0.040 0.087 0.145 0.224 0.232 0.207 0.065 69 I 0.018 0.024 0.036 0.075 0.158 0.363 0.326 70 A 0.013 0.023 0.041 0.088 0.139 0.273 0.424 71 M 0.008 0.012 0.021 0.055 0.120 0.299 0.484 72 L 0.011 0.021 0.036 0.077 0.147 0.275 0.433 73 F 0.009 0.015 0.026 0.062 0.117 0.298 0.472 74 C 0.006 0.011 0.018 0.048 0.101 0.287 0.530 75 L 0.012 0.019 0.030 0.072 0.143 0.313 0.411 76 P 0.017 0.035 0.057 0.120 0.208 0.305 0.259 77 V 0.021 0.036 0.049 0.117 0.169 0.331 0.277 78 L 0.016 0.037 0.069 0.167 0.284 0.314 0.113 79 E 0.063 0.182 0.251 0.269 0.151 0.070 0.015 80 L 0.034 0.084 0.172 0.249 0.290 0.151 0.021 81 G 0.097 0.226 0.212 0.235 0.139 0.080 0.011 82 I 0.043 0.100 0.246 0.320 0.208 0.078 0.005 83 E 0.153 0.371 0.268 0.155 0.042 0.010 0.001 84 W 0.018 0.056 0.109 0.254 0.344 0.203 0.015 85 L 0.017 0.051 0.106 0.290 0.316 0.205 0.014 86 D 0.140 0.354 0.290 0.151 0.050 0.014 0.001 87 G 0.072 0.255 0.326 0.234 0.090 0.019 0.003 88 F 0.004 0.013 0.026 0.101 0.330 0.420 0.105 89 H 0.005 0.051 0.172 0.377 0.252 0.130 0.012 90 E 0.014 0.080 0.193 0.283 0.214 0.178 0.038 91 V 0.002 0.007 0.017 0.050 0.211 0.522 0.190 92 L 0.004 0.011 0.025 0.096 0.194 0.421 0.249 93 I 0.007 0.023 0.061 0.154 0.211 0.322 0.223 94 Y 0.010 0.035 0.081 0.181 0.278 0.291 0.123 95 P 0.037 0.099 0.181 0.253 0.221 0.166 0.043 96 A 0.150 0.303 0.239 0.179 0.089 0.035 0.004 97 P 0.184 0.371 0.228 0.137 0.059 0.019 0.002 98 F 0.028 0.042 0.086 0.255 0.375 0.198 0.016 99 I 0.043 0.116 0.212 0.308 0.224 0.092 0.006 100 V 0.110 0.212 0.271 0.243 0.126 0.035 0.002 101 D 0.363 0.362 0.166 0.077 0.027 0.004 0.001 102 D 0.298 0.275 0.196 0.160 0.061 0.010 0.001 103 E 0.447 0.325 0.134 0.063 0.024 0.005 0.001 104 W 0.147 0.172 0.285 0.257 0.110 0.027 0.001 105 E 0.368 0.279 0.198 0.108 0.038 0.009 0.001 106 D 0.445 0.274 0.153 0.085 0.033 0.010 0.001 107 D 0.379 0.254 0.185 0.121 0.044 0.016 0.002 108 I 0.251 0.189 0.187 0.190 0.120 0.057 0.007 109 G 0.312 0.274 0.166 0.132 0.070 0.039 0.007 110 L 0.114 0.113 0.134 0.191 0.220 0.190 0.038 111 V 0.107 0.139 0.148 0.188 0.200 0.174 0.044 112 H 0.131 0.156 0.194 0.217 0.175 0.103 0.024 113 N 0.326 0.298 0.183 0.112 0.051 0.023 0.006 114 Q 0.285 0.215 0.191 0.165 0.091 0.043 0.010 115 R 0.317 0.259 0.173 0.132 0.072 0.038 0.009 116 V 0.135 0.181 0.181 0.211 0.165 0.107 0.020 117 V 0.129 0.145 0.149 0.204 0.200 0.143 0.031 118 Q 0.139 0.159 0.183 0.195 0.167 0.127 0.029 119 S 0.184 0.191 0.187 0.186 0.131 0.092 0.029 120 G 0.134 0.118 0.117 0.160 0.210 0.201 0.059 121 Q 0.161 0.231 0.193 0.164 0.127 0.097 0.026 122 S 0.096 0.110 0.147 0.227 0.206 0.170 0.045 123 W 0.098 0.117 0.185 0.231 0.219 0.127 0.024 124 Q 0.255 0.276 0.199 0.152 0.078 0.034 0.006 125 Q 0.300 0.361 0.175 0.086 0.052 0.021 0.005 126 G 0.085 0.180 0.186 0.272 0.185 0.079 0.013 127 P 0.016 0.076 0.163 0.265 0.268 0.183 0.028 128 V 0.002 0.006 0.012 0.041 0.169 0.533 0.236 129 V 0.003 0.014 0.053 0.148 0.240 0.386 0.156 130 L 0.002 0.004 0.011 0.032 0.118 0.412 0.421 131 N 0.002 0.012 0.031 0.066 0.157 0.354 0.378 132 W 0.002 0.010 0.030 0.076 0.222 0.421 0.239 133 L 0.012 0.080 0.185 0.262 0.246 0.174 0.040 134 D 0.021 0.091 0.160 0.224 0.289 0.181 0.035 135 I 0.010 0.018 0.033 0.127 0.326 0.393 0.094 136 Q 0.054 0.157 0.235 0.248 0.190 0.102 0.013 137 D 0.100 0.200 0.289 0.260 0.098 0.047 0.005 138 S 0.209 0.225 0.215 0.195 0.105 0.046 0.005 139 F 0.140 0.112 0.168 0.235 0.221 0.111 0.012 140 D 0.387 0.311 0.167 0.084 0.034 0.015 0.002 141 A 0.355 0.236 0.165 0.140 0.070 0.029 0.004 142 S 0.585 0.256 0.087 0.043 0.020 0.008 0.002 143 G 0.319 0.286 0.186 0.114 0.057 0.030 0.009 144 F 0.051 0.073 0.118 0.197 0.301 0.196 0.063 145 N 0.020 0.054 0.084 0.138 0.258 0.325 0.121 146 L 0.009 0.014 0.028 0.061 0.156 0.382 0.350 147 V 0.003 0.005 0.012 0.026 0.073 0.306 0.576 148 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.030 0.193 0.764 149 H 0.001 0.002 0.004 0.009 0.036 0.188 0.761 150 E 0.003 0.006 0.010 0.023 0.073 0.254 0.632 151 V 0.002 0.006 0.011 0.027 0.086 0.311 0.558 152 A 0.007 0.013 0.023 0.062 0.138 0.340 0.418 153 H 0.010 0.031 0.061 0.106 0.260 0.360 0.172 154 K 0.033 0.110 0.182 0.253 0.225 0.147 0.050 155 L 0.028 0.041 0.067 0.139 0.307 0.348 0.070 156 D 0.102 0.212 0.223 0.242 0.145 0.067 0.008 157 T 0.119 0.141 0.211 0.244 0.193 0.084 0.007 158 R 0.262 0.277 0.230 0.165 0.052 0.014 0.001 159 N 0.521 0.258 0.119 0.066 0.027 0.008 0.001 160 G 0.570 0.219 0.115 0.068 0.022 0.006 0.001 161 D 0.590 0.252 0.102 0.040 0.012 0.003 0.001 162 R 0.236 0.225 0.221 0.192 0.087 0.035 0.005 163 A 0.184 0.157 0.168 0.193 0.184 0.098 0.015 164 S 0.233 0.256 0.190 0.146 0.091 0.068 0.016 165 G 0.101 0.120 0.131 0.174 0.198 0.197 0.078 166 V 0.053 0.064 0.079 0.121 0.215 0.304 0.164 167 P 0.044 0.077 0.097 0.131 0.216 0.287 0.148 168 L 0.039 0.079 0.121 0.172 0.222 0.242 0.125 169 I 0.034 0.051 0.082 0.149 0.235 0.314 0.136 170 P 0.080 0.173 0.201 0.217 0.188 0.117 0.024 171 L 0.111 0.180 0.224 0.234 0.161 0.080 0.011 172 R 0.209 0.275 0.233 0.169 0.086 0.027 0.002 173 E 0.249 0.343 0.190 0.128 0.062 0.025 0.002 174 V 0.042 0.084 0.181 0.303 0.276 0.108 0.006 175 A 0.257 0.363 0.227 0.107 0.037 0.008 0.001 176 G 0.186 0.393 0.251 0.118 0.044 0.008 0.001 177 W 0.020 0.041 0.082 0.220 0.386 0.227 0.023 178 E 0.023 0.135 0.268 0.339 0.175 0.058 0.002 179 H 0.159 0.425 0.250 0.124 0.033 0.010 0.001 180 D 0.011 0.049 0.204 0.377 0.273 0.080 0.006 181 L 0.006 0.013 0.022 0.061 0.322 0.509 0.068 182 H 0.018 0.138 0.328 0.363 0.124 0.028 0.001 183 A 0.176 0.494 0.199 0.092 0.033 0.006 0.001 184 A 0.018 0.084 0.193 0.368 0.253 0.082 0.003 185 M 0.014 0.043 0.125 0.295 0.380 0.140 0.004 186 N 0.224 0.469 0.225 0.064 0.016 0.003 0.001 187 N 0.194 0.402 0.253 0.120 0.027 0.003 0.001 188 I 0.027 0.057 0.114 0.273 0.413 0.112 0.003 189 Q 0.064 0.194 0.317 0.308 0.100 0.017 0.001 190 D 0.442 0.418 0.101 0.029 0.008 0.001 0.001 191 E 0.209 0.312 0.280 0.162 0.033 0.005 0.001 192 I 0.071 0.078 0.175 0.284 0.327 0.064 0.002 193 D 0.367 0.447 0.135 0.038 0.010 0.002 0.001 194 L 0.171 0.209 0.286 0.236 0.079 0.018 0.001 195 V 0.286 0.252 0.245 0.156 0.051 0.010 0.001 196 G 0.557 0.255 0.118 0.051 0.016 0.003 0.001 197 E 0.638 0.264 0.062 0.024 0.010 0.002 0.001 198 S 0.383 0.321 0.153 0.095 0.039 0.009 0.001 199 A 0.148 0.267 0.280 0.193 0.079 0.029 0.003 200 A 0.093 0.180 0.261 0.267 0.143 0.051 0.005 201 S 0.033 0.090 0.194 0.269 0.248 0.143 0.024 202 I 0.015 0.023 0.035 0.089 0.220 0.434 0.184 203 D 0.019 0.077 0.161 0.277 0.225 0.199 0.041 204 A 0.063 0.134 0.152 0.215 0.198 0.179 0.059 205 Y 0.018 0.038 0.074 0.148 0.248 0.343 0.130 206 A 0.020 0.035 0.053 0.118 0.207 0.375 0.192 207 A 0.039 0.071 0.133 0.218 0.232 0.210 0.096 208 T 0.176 0.276 0.208 0.172 0.101 0.053 0.015 209 D 0.126 0.162 0.179 0.192 0.188 0.120 0.033 210 P 0.136 0.201 0.185 0.193 0.133 0.107 0.046 211 A 0.060 0.089 0.138 0.207 0.223 0.202 0.081 212 E 0.055 0.072 0.112 0.175 0.243 0.228 0.115 213 C 0.028 0.037 0.057 0.108 0.177 0.314 0.279 214 F 0.019 0.018 0.030 0.090 0.115 0.286 0.443 215 A 0.019 0.025 0.048 0.110 0.172 0.302 0.323 216 V 0.019 0.028 0.043 0.077 0.167 0.304 0.360 217 L 0.013 0.018 0.026 0.061 0.097 0.294 0.491 218 S 0.015 0.024 0.035 0.092 0.130 0.294 0.410 219 E 0.044 0.063 0.095 0.152 0.234 0.251 0.160 220 Y 0.043 0.078 0.103 0.158 0.248 0.258 0.112 221 F 0.039 0.060 0.080 0.152 0.233 0.319 0.118 222 F 0.055 0.080 0.125 0.245 0.255 0.195 0.045 223 S 0.189 0.251 0.211 0.167 0.127 0.048 0.006 224 A 0.115 0.181 0.234 0.252 0.144 0.067 0.007 225 P 0.260 0.233 0.204 0.179 0.094 0.028 0.002 226 E 0.536 0.339 0.087 0.028 0.008 0.002 0.001 227 L 0.271 0.320 0.238 0.134 0.032 0.006 0.001 228 F 0.082 0.072 0.152 0.277 0.312 0.101 0.004 229 A 0.267 0.367 0.217 0.110 0.034 0.005 0.001 230 P 0.564 0.354 0.063 0.015 0.004 0.001 0.001 231 R 0.164 0.340 0.261 0.177 0.049 0.008 0.001 232 F 0.029 0.067 0.140 0.260 0.345 0.151 0.008 233 P 0.068 0.173 0.317 0.271 0.133 0.036 0.002 234 A 0.218 0.407 0.244 0.098 0.028 0.005 0.001 235 L 0.011 0.027 0.055 0.138 0.312 0.389 0.068 236 W 0.013 0.044 0.110 0.257 0.332 0.219 0.024 237 Q 0.150 0.367 0.254 0.142 0.061 0.023 0.002 238 R 0.032 0.115 0.259 0.339 0.190 0.057 0.009 239 F 0.009 0.019 0.031 0.085 0.276 0.474 0.106 240 C 0.028 0.102 0.233 0.330 0.210 0.087 0.010 241 H 0.157 0.321 0.248 0.159 0.073 0.036 0.006 242 F 0.043 0.056 0.103 0.244 0.277 0.230 0.046 243 Y 0.052 0.061 0.087 0.161 0.290 0.279 0.071 244 R 0.127 0.226 0.245 0.192 0.123 0.071 0.017 245 Q 0.208 0.201 0.173 0.186 0.143 0.073 0.016 246 D 0.229 0.236 0.179 0.163 0.112 0.067 0.013 247 P 0.164 0.146 0.158 0.195 0.188 0.122 0.026 248 L 0.200 0.174 0.194 0.194 0.150 0.075 0.013 249 A 0.327 0.271 0.187 0.123 0.063 0.026 0.003 250 R 0.202 0.191 0.197 0.201 0.141 0.061 0.007 251 R 0.230 0.196 0.190 0.186 0.139 0.054 0.005 252 R 0.305 0.255 0.205 0.143 0.067 0.023 0.002 253 E 0.456 0.258 0.150 0.089 0.036 0.010 0.001 254 N 0.427 0.239 0.172 0.110 0.042 0.010 0.001 255 G 0.482 0.245 0.155 0.082 0.029 0.007 0.001 256 L 0.439 0.222 0.173 0.113 0.043 0.009 0.001 257 Q 0.634 0.233 0.082 0.036 0.012 0.003 0.001 258 D 0.665 0.221 0.071 0.030 0.010 0.002 0.001 259 E 0.710 0.203 0.059 0.021 0.006 0.001 0.001 260 G 0.573 0.220 0.124 0.061 0.018 0.004 0.001 261 D 0.544 0.216 0.137 0.071 0.025 0.006 0.001 262 R 0.570 0.234 0.114 0.056 0.020 0.005 0.001 263 R 0.625 0.241 0.082 0.034 0.013 0.004 0.001 264 I 0.451 0.222 0.156 0.109 0.045 0.017 0.002 265 V 0.523 0.204 0.135 0.083 0.038 0.015 0.002 266 H 0.632 0.192 0.092 0.051 0.022 0.010 0.002