# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.6216 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.072 0.028 0.043 0.079 0.079 0.054 0.519 2 M 0.123 0.026 0.018 0.031 0.067 0.095 0.075 0.564 3 F 0.025 0.057 0.031 0.069 0.077 0.126 0.052 0.563 4 K 0.053 0.119 0.016 0.027 0.056 0.080 0.032 0.616 5 W 0.165 0.305 0.020 0.043 0.034 0.054 0.142 0.238 6 P 0.103 0.249 0.026 0.031 0.041 0.065 0.140 0.345 7 W 0.114 0.207 0.039 0.031 0.059 0.073 0.110 0.366 8 K 0.153 0.279 0.024 0.024 0.047 0.061 0.072 0.339 9 A 0.056 0.066 0.032 0.032 0.054 0.127 0.195 0.438 10 D 0.038 0.196 0.034 0.054 0.053 0.109 0.146 0.371 11 D 0.260 0.044 0.026 0.013 0.021 0.077 0.198 0.360 12 E 0.115 0.039 0.016 0.027 0.010 0.106 0.055 0.631 13 S 0.112 0.021 0.017 0.004 0.009 0.103 0.028 0.707 14 G 0.158 0.018 0.010 0.006 0.004 0.088 0.019 0.697 15 N 0.078 0.010 0.006 0.002 0.003 0.091 0.031 0.778 16 A 0.007 0.023 0.014 0.006 0.008 0.132 0.025 0.784 17 E 0.051 0.153 0.007 0.006 0.008 0.094 0.038 0.644 18 M 0.078 0.283 0.012 0.015 0.009 0.069 0.073 0.461 19 P 0.149 0.477 0.018 0.008 0.009 0.029 0.081 0.227 20 W 0.340 0.323 0.024 0.007 0.010 0.028 0.058 0.210 21 E 0.214 0.084 0.077 0.021 0.017 0.065 0.138 0.383 22 Q 0.350 0.103 0.013 0.012 0.023 0.040 0.024 0.435 23 A 0.299 0.014 0.019 0.005 0.018 0.073 0.087 0.486 24 L 0.005 0.036 0.049 0.046 0.036 0.151 0.028 0.649 25 A 0.062 0.131 0.012 0.007 0.034 0.079 0.016 0.657 26 I 0.049 0.319 0.026 0.105 0.025 0.061 0.079 0.336 27 P 0.143 0.209 0.077 0.033 0.051 0.050 0.184 0.253 28 V 0.289 0.214 0.107 0.017 0.020 0.042 0.081 0.230 29 L 0.387 0.053 0.070 0.008 0.015 0.058 0.109 0.301 30 A 0.128 0.043 0.032 0.016 0.023 0.117 0.050 0.591 31 H 0.007 0.006 0.036 0.003 0.011 0.190 0.094 0.653 32 L 0.005 0.081 0.032 0.007 0.008 0.179 0.082 0.605 33 S 0.116 0.748 0.001 0.001 0.001 0.016 0.062 0.056 34 S 0.025 0.850 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.079 35 T 0.004 0.916 0.002 0.001 0.001 0.007 0.031 0.040 36 E 0.005 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.006 37 Q 0.020 0.216 0.003 0.001 0.001 0.009 0.733 0.018 38 H 0.002 0.788 0.003 0.003 0.001 0.017 0.139 0.046 39 K 0.005 0.961 0.003 0.001 0.001 0.003 0.016 0.012 40 L 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 41 T 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.007 42 Q 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 43 M 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 44 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 45 A 0.005 0.895 0.003 0.001 0.002 0.005 0.076 0.014 46 R 0.010 0.744 0.010 0.003 0.005 0.008 0.196 0.023 47 F 0.040 0.745 0.016 0.005 0.005 0.012 0.141 0.036 48 L 0.072 0.578 0.032 0.012 0.008 0.032 0.165 0.102 49 Q 0.056 0.439 0.037 0.010 0.016 0.061 0.094 0.287 50 Q 0.088 0.357 0.065 0.015 0.025 0.082 0.102 0.266 51 K 0.044 0.159 0.053 0.035 0.043 0.090 0.155 0.420 52 R 0.019 0.125 0.080 0.079 0.113 0.082 0.056 0.446 53 L 0.023 0.066 0.176 0.069 0.177 0.079 0.069 0.341 54 V 0.022 0.010 0.271 0.140 0.113 0.071 0.132 0.241 55 A 0.260 0.012 0.048 0.035 0.047 0.076 0.050 0.472 56 L 0.296 0.012 0.054 0.015 0.029 0.077 0.040 0.477 57 Q 0.015 0.008 0.043 0.011 0.021 0.110 0.016 0.776 58 G 0.020 0.019 0.082 0.036 0.097 0.130 0.083 0.533 59 L 0.012 0.005 0.082 0.099 0.090 0.116 0.038 0.558 60 E 0.009 0.012 0.165 0.081 0.155 0.120 0.049 0.409 61 L 0.023 0.040 0.063 0.033 0.047 0.104 0.052 0.638 62 T 0.193 0.366 0.027 0.019 0.018 0.044 0.229 0.103 63 P 0.084 0.629 0.010 0.006 0.007 0.036 0.075 0.153 64 L 0.036 0.553 0.016 0.006 0.017 0.040 0.158 0.175 65 H 0.006 0.773 0.013 0.025 0.023 0.019 0.091 0.049 66 Q 0.010 0.785 0.014 0.021 0.046 0.011 0.069 0.044 67 A 0.003 0.887 0.007 0.032 0.020 0.004 0.032 0.015 68 R 0.014 0.797 0.016 0.023 0.043 0.005 0.089 0.013 69 I 0.034 0.763 0.012 0.052 0.032 0.008 0.074 0.026 70 A 0.111 0.548 0.023 0.024 0.064 0.019 0.140 0.072 71 M 0.060 0.559 0.037 0.048 0.052 0.024 0.137 0.083 72 L 0.063 0.260 0.032 0.033 0.076 0.059 0.176 0.301 73 F 0.015 0.627 0.046 0.068 0.063 0.032 0.040 0.109 74 C 0.057 0.695 0.014 0.018 0.041 0.019 0.034 0.123 75 L 0.064 0.584 0.022 0.057 0.026 0.030 0.104 0.114 76 P 0.125 0.365 0.035 0.034 0.051 0.040 0.156 0.193 77 V 0.217 0.134 0.082 0.024 0.042 0.060 0.179 0.262 78 L 0.193 0.128 0.021 0.025 0.023 0.065 0.059 0.486 79 E 0.146 0.084 0.019 0.009 0.022 0.085 0.033 0.601 80 L 0.035 0.165 0.023 0.009 0.016 0.079 0.029 0.643 81 G 0.110 0.271 0.016 0.013 0.014 0.074 0.079 0.422 82 I 0.278 0.102 0.010 0.017 0.011 0.072 0.064 0.446 83 E 0.086 0.045 0.036 0.017 0.026 0.079 0.071 0.639 84 W 0.177 0.024 0.027 0.006 0.010 0.066 0.028 0.663 85 L 0.547 0.019 0.009 0.004 0.004 0.041 0.052 0.323 86 D 0.027 0.006 0.019 0.005 0.007 0.087 0.018 0.831 87 G 0.020 0.006 0.038 0.007 0.017 0.109 0.021 0.782 88 F 0.022 0.005 0.045 0.030 0.023 0.143 0.031 0.702 89 H 0.005 0.005 0.299 0.034 0.064 0.116 0.062 0.415 90 E 0.001 0.002 0.587 0.053 0.109 0.040 0.080 0.129 91 V 0.001 0.001 0.791 0.055 0.048 0.016 0.016 0.073 92 L 0.001 0.001 0.886 0.040 0.044 0.005 0.009 0.015 93 I 0.002 0.001 0.828 0.034 0.052 0.013 0.013 0.057 94 Y 0.026 0.002 0.601 0.034 0.061 0.057 0.053 0.165 95 P 0.090 0.004 0.101 0.013 0.015 0.126 0.032 0.618 96 A 0.124 0.032 0.077 0.026 0.060 0.122 0.119 0.439 97 P 0.023 0.014 0.057 0.025 0.050 0.125 0.058 0.649 98 F 0.017 0.009 0.075 0.073 0.098 0.128 0.053 0.547 99 I 0.043 0.014 0.064 0.104 0.101 0.130 0.082 0.462 100 V 0.050 0.015 0.020 0.048 0.061 0.086 0.051 0.668 101 D 0.116 0.066 0.013 0.035 0.060 0.096 0.070 0.543 102 D 0.056 0.065 0.014 0.041 0.076 0.097 0.058 0.594 103 E 0.062 0.058 0.027 0.078 0.130 0.085 0.086 0.474 104 W 0.127 0.050 0.036 0.074 0.156 0.082 0.143 0.333 105 E 0.071 0.012 0.049 0.102 0.121 0.101 0.116 0.426 106 D 0.282 0.016 0.019 0.033 0.087 0.072 0.062 0.429 107 D 0.104 0.014 0.020 0.029 0.066 0.126 0.049 0.592 108 I 0.010 0.010 0.025 0.036 0.100 0.161 0.026 0.631 109 G 0.014 0.020 0.037 0.112 0.200 0.125 0.085 0.407 110 L 0.009 0.013 0.037 0.203 0.133 0.109 0.065 0.430 111 V 0.022 0.041 0.066 0.211 0.177 0.079 0.077 0.326 112 H 0.104 0.097 0.043 0.084 0.130 0.065 0.087 0.390 113 N 0.090 0.167 0.026 0.084 0.107 0.072 0.098 0.356 114 Q 0.039 0.187 0.028 0.094 0.160 0.066 0.103 0.322 115 R 0.030 0.076 0.054 0.147 0.220 0.055 0.210 0.209 116 V 0.031 0.057 0.065 0.209 0.158 0.068 0.193 0.218 117 V 0.202 0.059 0.039 0.074 0.115 0.068 0.067 0.376 118 Q 0.147 0.035 0.027 0.032 0.073 0.093 0.109 0.483 119 S 0.009 0.026 0.023 0.038 0.049 0.136 0.042 0.678 120 G 0.043 0.038 0.017 0.052 0.095 0.109 0.060 0.586 121 Q 0.039 0.025 0.051 0.223 0.124 0.091 0.136 0.311 122 S 0.123 0.010 0.041 0.079 0.113 0.076 0.097 0.459 123 W 0.273 0.003 0.036 0.047 0.074 0.084 0.097 0.387 124 Q 0.084 0.004 0.059 0.026 0.080 0.112 0.031 0.605 125 Q 0.006 0.002 0.016 0.017 0.060 0.148 0.011 0.742 126 G 0.002 0.005 0.070 0.155 0.187 0.174 0.033 0.374 127 P 0.002 0.005 0.183 0.150 0.300 0.069 0.066 0.225 128 V 0.002 0.009 0.404 0.309 0.152 0.018 0.041 0.065 129 V 0.002 0.006 0.407 0.180 0.232 0.031 0.029 0.113 130 L 0.001 0.006 0.604 0.143 0.101 0.024 0.026 0.096 131 N 0.140 0.205 0.132 0.066 0.147 0.041 0.139 0.130 132 W 0.352 0.346 0.034 0.023 0.017 0.041 0.092 0.095 133 L 0.048 0.341 0.031 0.017 0.019 0.057 0.089 0.399 134 D 0.122 0.186 0.056 0.015 0.035 0.070 0.207 0.310 135 I 0.245 0.149 0.032 0.032 0.026 0.081 0.100 0.334 136 Q 0.093 0.041 0.029 0.010 0.023 0.117 0.066 0.621 137 D 0.050 0.034 0.010 0.011 0.017 0.089 0.024 0.764 138 S 0.041 0.019 0.019 0.011 0.026 0.168 0.083 0.634 139 F 0.029 0.005 0.049 0.015 0.016 0.160 0.093 0.634 140 D 0.384 0.013 0.006 0.002 0.003 0.068 0.055 0.468 141 A 0.119 0.014 0.013 0.002 0.001 0.139 0.032 0.681 142 S 0.012 0.017 0.016 0.002 0.003 0.145 0.014 0.791 143 G 0.022 0.066 0.049 0.007 0.013 0.154 0.100 0.589 144 F 0.002 0.035 0.229 0.028 0.025 0.116 0.127 0.438 145 N 0.001 0.111 0.548 0.063 0.061 0.026 0.093 0.097 146 L 0.003 0.215 0.502 0.058 0.064 0.017 0.051 0.091 147 V 0.004 0.192 0.643 0.027 0.020 0.005 0.089 0.019 148 V 0.058 0.595 0.066 0.012 0.019 0.007 0.202 0.041 149 H 0.037 0.757 0.063 0.009 0.004 0.005 0.105 0.020 150 E 0.058 0.832 0.018 0.002 0.005 0.006 0.031 0.047 151 V 0.046 0.780 0.013 0.003 0.009 0.015 0.064 0.070 152 A 0.040 0.743 0.027 0.007 0.014 0.031 0.083 0.054 153 H 0.072 0.044 0.012 0.009 0.014 0.041 0.709 0.099 154 K 0.017 0.200 0.031 0.025 0.024 0.128 0.175 0.400 155 L 0.032 0.096 0.129 0.025 0.021 0.118 0.282 0.297 156 D 0.118 0.071 0.064 0.027 0.016 0.097 0.301 0.307 157 T 0.147 0.022 0.015 0.004 0.006 0.096 0.040 0.670 158 R 0.114 0.022 0.024 0.005 0.012 0.091 0.037 0.695 159 N 0.034 0.025 0.013 0.004 0.008 0.094 0.017 0.805 160 G 0.027 0.011 0.007 0.012 0.013 0.135 0.026 0.769 161 D 0.102 0.011 0.030 0.063 0.074 0.110 0.208 0.402 162 R 0.251 0.004 0.016 0.022 0.033 0.062 0.027 0.586 163 A 0.348 0.004 0.028 0.017 0.055 0.074 0.024 0.449 164 S 0.008 0.001 0.022 0.027 0.055 0.130 0.008 0.750 165 G 0.020 0.004 0.027 0.071 0.154 0.112 0.025 0.587 166 V 0.054 0.005 0.025 0.148 0.078 0.106 0.045 0.538 167 P 0.024 0.007 0.058 0.079 0.083 0.104 0.029 0.617 168 L 0.034 0.009 0.017 0.024 0.028 0.097 0.017 0.773 169 I 0.176 0.051 0.035 0.029 0.026 0.084 0.106 0.492 170 P 0.097 0.139 0.017 0.020 0.015 0.067 0.043 0.601 171 L 0.325 0.211 0.009 0.005 0.009 0.045 0.038 0.358 172 R 0.062 0.226 0.019 0.015 0.013 0.074 0.072 0.518 173 E 0.120 0.470 0.011 0.006 0.015 0.041 0.068 0.270 174 V 0.105 0.726 0.003 0.003 0.004 0.018 0.048 0.092 175 A 0.035 0.559 0.014 0.007 0.008 0.038 0.127 0.213 176 G 0.020 0.784 0.007 0.002 0.004 0.014 0.092 0.077 177 W 0.013 0.873 0.004 0.001 0.001 0.004 0.085 0.020 178 E 0.007 0.882 0.003 0.001 0.001 0.004 0.079 0.023 179 H 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.014 180 D 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 181 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 182 H 0.015 0.647 0.002 0.001 0.001 0.003 0.324 0.008 183 A 0.005 0.282 0.007 0.001 0.001 0.014 0.648 0.044 184 A 0.005 0.860 0.008 0.001 0.001 0.010 0.084 0.032 185 M 0.030 0.865 0.004 0.001 0.001 0.008 0.066 0.026 186 N 0.012 0.775 0.004 0.001 0.001 0.020 0.076 0.112 187 N 0.011 0.825 0.006 0.001 0.001 0.015 0.062 0.079 188 I 0.033 0.842 0.006 0.001 0.001 0.009 0.075 0.035 189 Q 0.028 0.766 0.005 0.001 0.001 0.019 0.077 0.103 190 D 0.019 0.776 0.005 0.001 0.002 0.018 0.040 0.140 191 E 0.059 0.664 0.031 0.003 0.005 0.028 0.101 0.109 192 I 0.161 0.266 0.061 0.015 0.011 0.053 0.220 0.214 193 D 0.177 0.166 0.030 0.008 0.019 0.062 0.066 0.472 194 L 0.088 0.046 0.044 0.010 0.019 0.099 0.086 0.609 195 V 0.084 0.062 0.040 0.021 0.020 0.119 0.060 0.595 196 G 0.226 0.060 0.011 0.004 0.007 0.068 0.026 0.597 197 E 0.104 0.036 0.017 0.009 0.009 0.109 0.062 0.655 198 S 0.106 0.094 0.028 0.013 0.016 0.106 0.080 0.556 199 A 0.115 0.060 0.028 0.011 0.018 0.091 0.077 0.599 200 A 0.064 0.080 0.046 0.026 0.035 0.089 0.059 0.601 201 S 0.024 0.072 0.046 0.024 0.061 0.105 0.063 0.606 202 I 0.043 0.103 0.069 0.042 0.044 0.104 0.058 0.536 203 D 0.381 0.268 0.018 0.022 0.030 0.034 0.089 0.158 204 A 0.192 0.066 0.060 0.021 0.024 0.091 0.147 0.400 205 Y 0.154 0.103 0.062 0.023 0.032 0.081 0.117 0.427 206 A 0.097 0.005 0.058 0.010 0.030 0.134 0.084 0.581 207 A 0.003 0.006 0.043 0.027 0.031 0.229 0.023 0.639 208 T 0.015 0.016 0.016 0.009 0.022 0.146 0.018 0.757 209 D 0.312 0.287 0.012 0.013 0.011 0.054 0.134 0.178 210 P 0.138 0.311 0.014 0.008 0.010 0.078 0.149 0.292 211 A 0.036 0.277 0.035 0.017 0.036 0.093 0.099 0.406 212 E 0.044 0.352 0.048 0.044 0.128 0.070 0.105 0.209 213 C 0.027 0.330 0.042 0.072 0.238 0.051 0.067 0.173 214 F 0.005 0.165 0.052 0.167 0.253 0.043 0.216 0.100 215 A 0.004 0.132 0.075 0.257 0.274 0.026 0.164 0.068 216 V 0.022 0.249 0.054 0.281 0.227 0.018 0.086 0.065 217 L 0.079 0.318 0.047 0.184 0.122 0.034 0.088 0.127 218 S 0.129 0.345 0.030 0.076 0.092 0.050 0.095 0.184 219 E 0.103 0.085 0.037 0.050 0.077 0.096 0.157 0.395 220 Y 0.078 0.084 0.053 0.063 0.092 0.080 0.151 0.399 221 F 0.096 0.052 0.033 0.039 0.070 0.098 0.079 0.533 222 F 0.031 0.058 0.034 0.054 0.052 0.116 0.030 0.626 223 S 0.048 0.053 0.024 0.017 0.035 0.088 0.028 0.707 224 A 0.114 0.237 0.018 0.025 0.021 0.080 0.074 0.432 225 P 0.287 0.185 0.011 0.009 0.009 0.050 0.083 0.367 226 E 0.385 0.052 0.007 0.008 0.007 0.049 0.069 0.423 227 L 0.040 0.074 0.024 0.005 0.010 0.099 0.031 0.718 228 F 0.154 0.154 0.020 0.005 0.006 0.059 0.029 0.574 229 A 0.807 0.025 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 0.113 230 P 0.013 0.064 0.005 0.002 0.002 0.080 0.018 0.816 231 R 0.012 0.376 0.010 0.001 0.003 0.044 0.025 0.529 232 F 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.009 233 P 0.018 0.865 0.001 0.001 0.001 0.006 0.085 0.023 234 A 0.007 0.919 0.002 0.001 0.001 0.002 0.047 0.023 235 L 0.004 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 236 W 0.004 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.034 0.004 237 Q 0.006 0.879 0.002 0.001 0.001 0.003 0.095 0.014 238 R 0.009 0.909 0.003 0.001 0.001 0.004 0.044 0.029 239 F 0.031 0.862 0.009 0.002 0.001 0.006 0.073 0.017 240 C 0.060 0.583 0.018 0.008 0.005 0.032 0.138 0.156 241 H 0.075 0.397 0.033 0.007 0.011 0.052 0.128 0.297 242 F 0.179 0.277 0.081 0.009 0.012 0.059 0.116 0.266 243 Y 0.152 0.019 0.062 0.008 0.012 0.094 0.276 0.377 244 R 0.007 0.043 0.044 0.009 0.012 0.159 0.043 0.683 245 Q 0.018 0.097 0.020 0.003 0.006 0.094 0.020 0.743 246 D 0.089 0.572 0.010 0.008 0.003 0.039 0.143 0.136 247 P 0.069 0.666 0.005 0.002 0.002 0.029 0.056 0.170 248 L 0.093 0.581 0.015 0.003 0.007 0.029 0.104 0.168 249 A 0.057 0.572 0.023 0.007 0.012 0.036 0.125 0.167 250 R 0.042 0.277 0.036 0.019 0.040 0.073 0.251 0.263 251 R 0.036 0.340 0.038 0.042 0.039 0.077 0.231 0.197 252 R 0.220 0.212 0.024 0.019 0.033 0.060 0.129 0.303 253 E 0.183 0.175 0.015 0.020 0.017 0.078 0.078 0.434 254 N 0.086 0.121 0.023 0.017 0.030 0.103 0.068 0.553 255 G 0.109 0.061 0.028 0.021 0.037 0.111 0.073 0.560 256 L 0.080 0.038 0.018 0.023 0.029 0.115 0.061 0.636 257 Q 0.111 0.052 0.017 0.025 0.036 0.099 0.056 0.604 258 D 0.263 0.071 0.010 0.015 0.026 0.072 0.055 0.488 259 E 0.097 0.047 0.013 0.020 0.030 0.099 0.045 0.648 260 G 0.084 0.044 0.020 0.036 0.065 0.094 0.052 0.605 261 D 0.130 0.030 0.022 0.066 0.089 0.089 0.068 0.507 262 R 0.092 0.016 0.032 0.069 0.108 0.090 0.068 0.525 263 R 0.078 0.009 0.024 0.058 0.097 0.086 0.044 0.604 264 I 0.104 0.009 0.029 0.052 0.094 0.098 0.049 0.566 265 V 0.035 0.005 0.022 0.049 0.065 0.114 0.024 0.686 266 H 0.059 0.009 0.017 0.050 0.078 0.108 0.035 0.644