# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.6216 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.102 0.045 0.054 0.078 0.065 0.015 0.545 2 M 0.093 0.108 0.055 0.057 0.090 0.078 0.014 0.505 3 F 0.087 0.091 0.066 0.091 0.121 0.082 0.012 0.450 4 K 0.068 0.077 0.061 0.038 0.097 0.050 0.011 0.598 5 W 0.061 0.042 0.051 0.043 0.066 0.093 0.006 0.638 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 7 W 0.046 0.031 0.023 0.036 0.090 0.196 0.006 0.572 8 K 0.338 0.077 0.025 0.033 0.044 0.099 0.011 0.373 9 A 0.172 0.182 0.027 0.024 0.046 0.067 0.013 0.470 10 D 0.126 0.127 0.025 0.020 0.034 0.067 0.016 0.585 11 D 0.098 0.135 0.024 0.016 0.026 0.037 0.013 0.650 12 E 0.100 0.230 0.018 0.011 0.021 0.194 0.019 0.407 13 S 0.219 0.236 0.009 0.006 0.008 0.233 0.043 0.246 14 G 0.541 0.127 0.014 0.004 0.005 0.044 0.071 0.194 15 N 0.249 0.057 0.036 0.005 0.005 0.063 0.033 0.552 16 A 0.118 0.051 0.079 0.017 0.018 0.095 0.013 0.609 17 E 0.075 0.029 0.013 0.006 0.014 0.105 0.008 0.750 18 M 0.103 0.032 0.015 0.012 0.019 0.147 0.007 0.665 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 20 W 0.032 0.044 0.016 0.013 0.022 0.145 0.003 0.723 21 E 0.113 0.216 0.037 0.015 0.021 0.083 0.005 0.510 22 Q 0.118 0.499 0.019 0.013 0.017 0.061 0.009 0.264 23 A 0.169 0.614 0.022 0.010 0.020 0.009 0.013 0.145 24 L 0.065 0.735 0.046 0.024 0.030 0.013 0.011 0.077 25 A 0.098 0.400 0.027 0.020 0.044 0.022 0.037 0.354 26 I 0.135 0.238 0.098 0.055 0.076 0.024 0.020 0.356 27 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 28 V 0.020 0.029 0.050 0.043 0.066 0.075 0.003 0.714 29 L 0.110 0.152 0.190 0.056 0.101 0.072 0.005 0.314 30 A 0.155 0.234 0.065 0.043 0.062 0.102 0.010 0.329 31 H 0.431 0.109 0.029 0.011 0.030 0.027 0.028 0.335 32 L 0.441 0.145 0.073 0.017 0.033 0.060 0.035 0.196 33 S 0.059 0.048 0.010 0.009 0.008 0.298 0.023 0.544 34 S 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.971 35 T 0.008 0.009 0.005 0.001 0.001 0.494 0.002 0.480 36 E 0.030 0.017 0.001 0.001 0.001 0.789 0.003 0.160 37 Q 0.099 0.544 0.003 0.001 0.001 0.060 0.005 0.287 38 H 0.016 0.906 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.049 39 K 0.016 0.909 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.061 40 L 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 41 T 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 42 Q 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 43 M 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 44 A 0.002 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 45 A 0.006 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 46 R 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 F 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 48 L 0.005 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 49 Q 0.014 0.919 0.009 0.001 0.001 0.009 0.011 0.036 50 Q 0.059 0.824 0.005 0.002 0.002 0.015 0.028 0.065 51 K 0.075 0.780 0.025 0.003 0.003 0.010 0.026 0.077 52 R 0.048 0.704 0.074 0.010 0.006 0.022 0.019 0.118 53 L 0.065 0.537 0.094 0.022 0.025 0.012 0.017 0.227 54 V 0.091 0.432 0.136 0.073 0.061 0.027 0.013 0.167 55 A 0.058 0.194 0.048 0.041 0.050 0.033 0.016 0.560 56 L 0.096 0.218 0.214 0.067 0.089 0.043 0.022 0.251 57 Q 0.057 0.068 0.095 0.036 0.039 0.088 0.021 0.594 58 G 0.110 0.031 0.068 0.026 0.041 0.139 0.048 0.537 59 L 0.399 0.027 0.170 0.062 0.041 0.070 0.026 0.205 60 E 0.038 0.014 0.128 0.153 0.100 0.097 0.007 0.462 61 L 0.019 0.008 0.094 0.088 0.187 0.046 0.002 0.555 62 T 0.014 0.014 0.064 0.086 0.131 0.293 0.002 0.397 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 64 L 0.004 0.011 0.002 0.002 0.008 0.753 0.001 0.218 65 H 0.234 0.061 0.001 0.002 0.003 0.505 0.006 0.188 66 Q 0.033 0.849 0.004 0.001 0.003 0.021 0.002 0.087 67 A 0.005 0.922 0.008 0.002 0.003 0.007 0.001 0.052 68 R 0.003 0.961 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.024 69 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 70 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.007 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 73 F 0.009 0.968 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 74 C 0.041 0.863 0.012 0.004 0.007 0.003 0.029 0.040 75 L 0.040 0.783 0.055 0.016 0.015 0.008 0.013 0.069 76 P 0.007 0.104 0.011 0.004 0.004 0.009 0.005 0.857 77 V 0.118 0.374 0.046 0.022 0.039 0.028 0.024 0.348 78 L 0.100 0.574 0.162 0.025 0.030 0.012 0.009 0.088 79 E 0.086 0.486 0.066 0.033 0.034 0.030 0.021 0.244 80 L 0.163 0.326 0.059 0.019 0.031 0.042 0.032 0.328 81 G 0.172 0.125 0.072 0.010 0.018 0.068 0.041 0.493 82 I 0.082 0.081 0.102 0.043 0.037 0.083 0.014 0.558 83 E 0.049 0.078 0.070 0.049 0.049 0.199 0.009 0.497 84 W 0.214 0.114 0.030 0.017 0.042 0.098 0.017 0.468 85 L 0.201 0.352 0.055 0.040 0.088 0.042 0.016 0.205 86 D 0.069 0.164 0.018 0.025 0.023 0.111 0.015 0.574 87 G 0.185 0.066 0.018 0.012 0.019 0.108 0.051 0.540 88 F 0.643 0.029 0.064 0.017 0.018 0.036 0.041 0.152 89 H 0.039 0.027 0.221 0.300 0.091 0.109 0.007 0.207 90 E 0.024 0.014 0.247 0.088 0.132 0.115 0.005 0.375 91 V 0.022 0.009 0.636 0.073 0.113 0.012 0.002 0.133 92 L 0.003 0.003 0.852 0.058 0.055 0.010 0.001 0.019 93 I 0.001 0.001 0.888 0.028 0.028 0.005 0.001 0.049 94 Y 0.001 0.001 0.842 0.042 0.059 0.021 0.001 0.036 95 P 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.003 0.001 0.972 96 A 0.006 0.001 0.122 0.029 0.112 0.277 0.003 0.451 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 F 0.145 0.003 0.025 0.057 0.109 0.111 0.010 0.539 99 I 0.405 0.009 0.035 0.054 0.076 0.046 0.006 0.370 100 V 0.076 0.025 0.057 0.137 0.240 0.047 0.004 0.414 101 D 0.021 0.014 0.020 0.061 0.126 0.050 0.004 0.705 102 D 0.047 0.019 0.023 0.063 0.109 0.091 0.008 0.641 103 E 0.078 0.028 0.016 0.031 0.040 0.410 0.018 0.380 104 W 0.174 0.071 0.021 0.062 0.079 0.190 0.024 0.379 105 E 0.101 0.118 0.043 0.051 0.092 0.190 0.015 0.388 106 D 0.084 0.104 0.040 0.100 0.131 0.105 0.018 0.419 107 D 0.116 0.068 0.041 0.032 0.053 0.097 0.020 0.573 108 I 0.068 0.082 0.042 0.064 0.083 0.310 0.029 0.323 109 G 0.289 0.047 0.053 0.054 0.087 0.155 0.058 0.256 110 L 0.091 0.051 0.222 0.163 0.114 0.080 0.007 0.272 111 V 0.011 0.035 0.173 0.178 0.233 0.067 0.003 0.299 112 H 0.018 0.023 0.070 0.162 0.304 0.056 0.002 0.366 113 N 0.016 0.037 0.043 0.080 0.199 0.087 0.004 0.535 114 Q 0.065 0.054 0.041 0.089 0.161 0.139 0.016 0.436 115 R 0.126 0.069 0.036 0.074 0.108 0.151 0.017 0.419 116 V 0.056 0.077 0.051 0.072 0.122 0.064 0.008 0.549 117 V 0.027 0.144 0.076 0.128 0.234 0.057 0.006 0.328 118 Q 0.047 0.225 0.062 0.104 0.188 0.098 0.008 0.268 119 S 0.067 0.311 0.063 0.049 0.126 0.047 0.021 0.317 120 G 0.232 0.166 0.063 0.065 0.118 0.040 0.063 0.254 121 Q 0.202 0.091 0.100 0.155 0.091 0.112 0.018 0.231 122 S 0.027 0.062 0.045 0.122 0.126 0.057 0.011 0.551 123 W 0.044 0.074 0.051 0.138 0.267 0.050 0.011 0.365 124 Q 0.072 0.049 0.036 0.064 0.069 0.212 0.010 0.488 125 Q 0.154 0.034 0.029 0.042 0.049 0.234 0.059 0.398 126 G 0.703 0.007 0.030 0.031 0.028 0.034 0.046 0.121 127 P 0.003 0.001 0.022 0.006 0.008 0.007 0.001 0.953 128 V 0.004 0.001 0.235 0.133 0.292 0.058 0.001 0.276 129 V 0.028 0.001 0.490 0.093 0.182 0.025 0.001 0.180 130 L 0.007 0.001 0.700 0.098 0.096 0.025 0.001 0.072 131 N 0.002 0.001 0.721 0.065 0.073 0.059 0.001 0.079 132 W 0.002 0.001 0.312 0.045 0.096 0.083 0.001 0.460 133 L 0.004 0.002 0.059 0.012 0.030 0.527 0.002 0.366 134 D 0.045 0.004 0.009 0.005 0.009 0.575 0.009 0.344 135 I 0.418 0.141 0.039 0.010 0.033 0.080 0.032 0.248 136 Q 0.110 0.354 0.022 0.016 0.047 0.126 0.015 0.311 137 D 0.172 0.317 0.009 0.016 0.033 0.086 0.040 0.327 138 S 0.474 0.189 0.010 0.011 0.020 0.017 0.088 0.191 139 F 0.336 0.133 0.045 0.032 0.025 0.069 0.069 0.292 140 D 0.056 0.070 0.035 0.044 0.027 0.159 0.028 0.582 141 A 0.089 0.040 0.045 0.021 0.025 0.141 0.018 0.620 142 S 0.099 0.020 0.038 0.012 0.010 0.254 0.019 0.548 143 G 0.214 0.016 0.048 0.013 0.012 0.223 0.042 0.433 144 F 0.209 0.028 0.151 0.040 0.034 0.264 0.018 0.258 145 N 0.036 0.032 0.167 0.073 0.082 0.280 0.008 0.323 146 L 0.041 0.030 0.239 0.100 0.178 0.102 0.004 0.306 147 V 0.013 0.049 0.408 0.090 0.150 0.120 0.002 0.168 148 V 0.007 0.055 0.294 0.102 0.184 0.100 0.002 0.257 149 H 0.007 0.120 0.255 0.080 0.174 0.114 0.002 0.248 150 E 0.010 0.282 0.144 0.046 0.088 0.184 0.003 0.242 151 V 0.018 0.657 0.063 0.020 0.071 0.030 0.006 0.136 152 A 0.024 0.871 0.028 0.007 0.027 0.004 0.005 0.035 153 H 0.044 0.802 0.014 0.017 0.033 0.007 0.021 0.062 154 K 0.153 0.652 0.007 0.012 0.018 0.010 0.046 0.102 155 L 0.099 0.670 0.041 0.020 0.027 0.015 0.039 0.089 156 D 0.091 0.384 0.063 0.062 0.051 0.034 0.050 0.266 157 T 0.091 0.327 0.113 0.053 0.038 0.051 0.022 0.304 158 R 0.053 0.176 0.022 0.016 0.019 0.475 0.029 0.209 159 N 0.371 0.134 0.020 0.013 0.013 0.116 0.099 0.233 160 G 0.196 0.102 0.159 0.016 0.016 0.076 0.052 0.381 161 D 0.055 0.022 0.074 0.039 0.019 0.465 0.012 0.314 162 R 0.073 0.034 0.050 0.064 0.069 0.192 0.013 0.504 163 A 0.084 0.065 0.085 0.064 0.103 0.207 0.012 0.379 164 S 0.077 0.046 0.111 0.058 0.063 0.178 0.020 0.447 165 G 0.194 0.025 0.105 0.038 0.083 0.091 0.042 0.422 166 V 0.171 0.013 0.206 0.095 0.065 0.193 0.010 0.246 167 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.989 168 L 0.008 0.001 0.058 0.061 0.209 0.066 0.001 0.596 169 I 0.059 0.004 0.142 0.114 0.156 0.115 0.002 0.407 170 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.991 171 L 0.017 0.002 0.011 0.010 0.035 0.094 0.001 0.829 172 R 0.125 0.007 0.017 0.012 0.021 0.123 0.007 0.688 173 E 0.169 0.030 0.014 0.010 0.017 0.159 0.010 0.591 174 V 0.124 0.117 0.038 0.010 0.026 0.124 0.008 0.553 175 A 0.056 0.206 0.024 0.008 0.016 0.146 0.007 0.536 176 G 0.066 0.182 0.008 0.003 0.006 0.131 0.007 0.598 177 W 0.093 0.488 0.013 0.002 0.005 0.098 0.007 0.293 178 E 0.032 0.790 0.007 0.001 0.003 0.035 0.004 0.126 179 H 0.019 0.790 0.004 0.001 0.001 0.036 0.002 0.148 180 D 0.016 0.884 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.077 181 L 0.010 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 182 H 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 183 A 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 184 A 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 185 M 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 186 N 0.024 0.948 0.004 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 187 N 0.027 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 188 I 0.050 0.867 0.004 0.001 0.001 0.006 0.016 0.056 189 Q 0.028 0.900 0.005 0.001 0.001 0.008 0.008 0.051 190 D 0.032 0.791 0.015 0.001 0.001 0.029 0.012 0.119 191 E 0.080 0.780 0.014 0.001 0.001 0.016 0.017 0.091 192 I 0.056 0.829 0.029 0.001 0.002 0.007 0.007 0.068 193 D 0.035 0.856 0.018 0.004 0.003 0.014 0.007 0.062 194 L 0.105 0.759 0.013 0.003 0.006 0.010 0.020 0.083 195 V 0.148 0.637 0.016 0.004 0.006 0.031 0.046 0.112 196 G 0.191 0.302 0.020 0.009 0.007 0.050 0.072 0.349 197 E 0.132 0.111 0.093 0.010 0.010 0.062 0.046 0.537 198 S 0.133 0.051 0.071 0.016 0.011 0.141 0.022 0.555 199 A 0.071 0.048 0.047 0.021 0.022 0.080 0.009 0.702 200 A 0.070 0.064 0.061 0.021 0.033 0.173 0.008 0.570 201 S 0.155 0.075 0.086 0.029 0.049 0.128 0.014 0.463 202 I 0.150 0.137 0.170 0.033 0.055 0.101 0.011 0.343 203 D 0.045 0.122 0.134 0.087 0.085 0.127 0.007 0.394 204 A 0.017 0.060 0.051 0.007 0.015 0.084 0.003 0.763 205 Y 0.036 0.118 0.045 0.018 0.041 0.387 0.010 0.345 206 A 0.299 0.207 0.039 0.021 0.030 0.139 0.028 0.235 207 A 0.376 0.318 0.075 0.036 0.039 0.019 0.028 0.110 208 T 0.268 0.286 0.052 0.021 0.039 0.053 0.044 0.236 209 D 0.130 0.159 0.017 0.030 0.023 0.258 0.029 0.353 210 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 211 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.862 0.001 0.129 212 E 0.082 0.015 0.001 0.001 0.001 0.826 0.004 0.072 213 C 0.044 0.862 0.006 0.001 0.002 0.020 0.002 0.064 214 F 0.007 0.924 0.022 0.001 0.003 0.006 0.001 0.036 215 A 0.009 0.926 0.010 0.004 0.007 0.005 0.001 0.038 216 V 0.007 0.956 0.001 0.003 0.006 0.003 0.002 0.022 217 L 0.003 0.984 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 218 S 0.007 0.946 0.016 0.004 0.007 0.001 0.006 0.014 219 E 0.015 0.932 0.015 0.004 0.004 0.002 0.007 0.020 220 Y 0.036 0.834 0.017 0.007 0.011 0.012 0.023 0.060 221 F 0.160 0.627 0.020 0.011 0.012 0.016 0.050 0.104 222 F 0.146 0.543 0.118 0.031 0.033 0.012 0.029 0.088 223 S 0.131 0.378 0.064 0.028 0.047 0.050 0.042 0.260 224 A 0.162 0.153 0.028 0.017 0.023 0.115 0.026 0.475 225 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 226 E 0.025 0.021 0.021 0.012 0.015 0.135 0.005 0.765 227 L 0.406 0.040 0.015 0.005 0.005 0.126 0.009 0.394 228 F 0.372 0.259 0.012 0.005 0.016 0.035 0.011 0.290 229 A 0.285 0.286 0.018 0.005 0.009 0.059 0.014 0.325 230 P 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.969 231 R 0.140 0.115 0.013 0.003 0.005 0.117 0.023 0.583 232 F 0.216 0.154 0.023 0.006 0.005 0.112 0.012 0.471 233 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 234 A 0.015 0.140 0.007 0.002 0.003 0.129 0.001 0.703 235 L 0.049 0.680 0.006 0.001 0.001 0.092 0.001 0.170 236 W 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 237 Q 0.005 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 238 R 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 239 F 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 240 C 0.006 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 241 H 0.009 0.972 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 242 F 0.019 0.945 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 243 Y 0.040 0.913 0.008 0.001 0.001 0.002 0.011 0.023 244 R 0.109 0.730 0.044 0.011 0.007 0.006 0.029 0.064 245 Q 0.191 0.502 0.037 0.010 0.015 0.014 0.062 0.168 246 D 0.234 0.231 0.041 0.017 0.012 0.127 0.043 0.296 247 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 248 L 0.009 0.021 0.020 0.006 0.013 0.516 0.003 0.412 249 A 0.261 0.031 0.005 0.004 0.002 0.427 0.005 0.264 250 R 0.157 0.503 0.013 0.006 0.010 0.066 0.007 0.239 251 R 0.120 0.644 0.051 0.005 0.010 0.025 0.008 0.138 252 R 0.082 0.636 0.028 0.010 0.014 0.023 0.011 0.196 253 E 0.080 0.569 0.009 0.008 0.019 0.037 0.021 0.257 254 N 0.135 0.452 0.012 0.009 0.013 0.083 0.058 0.240 255 G 0.327 0.199 0.023 0.010 0.009 0.059 0.102 0.271 256 L 0.238 0.169 0.073 0.025 0.018 0.099 0.039 0.339 257 Q 0.099 0.153 0.048 0.028 0.027 0.145 0.020 0.480 258 D 0.112 0.133 0.025 0.023 0.036 0.109 0.018 0.544 259 E 0.081 0.055 0.015 0.008 0.012 0.095 0.015 0.719 260 G 0.119 0.051 0.024 0.014 0.017 0.247 0.028 0.501 261 D 0.246 0.052 0.026 0.018 0.019 0.145 0.026 0.467 262 R 0.088 0.115 0.054 0.038 0.040 0.148 0.012 0.503 263 R 0.071 0.082 0.038 0.030 0.049 0.159 0.011 0.560 264 I 0.149 0.092 0.044 0.037 0.068 0.098 0.013 0.499 265 V 0.079 0.096 0.053 0.050 0.086 0.081 0.010 0.544 266 H 0.039 0.056 0.034 0.044 0.072 0.058 0.007 0.691