# TARGET T0489 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0489.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.6216 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.553 0.203 0.134 0.061 0.032 0.015 0.002 2 M 0.360 0.220 0.179 0.135 0.069 0.032 0.005 3 F 0.287 0.194 0.168 0.173 0.111 0.058 0.008 4 K 0.359 0.238 0.194 0.114 0.059 0.030 0.006 5 W 0.237 0.192 0.174 0.193 0.126 0.067 0.011 6 P 0.264 0.222 0.205 0.148 0.096 0.054 0.010 7 W 0.174 0.162 0.171 0.222 0.168 0.091 0.013 8 K 0.244 0.231 0.207 0.164 0.098 0.048 0.007 9 A 0.206 0.200 0.187 0.204 0.133 0.063 0.007 10 D 0.331 0.241 0.193 0.139 0.069 0.026 0.003 11 D 0.388 0.248 0.161 0.131 0.053 0.018 0.002 12 E 0.495 0.236 0.149 0.077 0.032 0.010 0.001 13 S 0.466 0.225 0.162 0.099 0.036 0.010 0.001 14 G 0.569 0.240 0.118 0.053 0.016 0.004 0.001 15 N 0.553 0.281 0.107 0.043 0.013 0.004 0.001 16 A 0.271 0.193 0.203 0.196 0.109 0.026 0.001 17 E 0.454 0.334 0.136 0.058 0.014 0.004 0.001 18 M 0.287 0.264 0.183 0.175 0.077 0.013 0.001 19 P 0.314 0.344 0.199 0.101 0.032 0.009 0.001 20 W 0.052 0.093 0.158 0.296 0.272 0.121 0.008 21 E 0.137 0.244 0.280 0.220 0.092 0.025 0.002 22 Q 0.119 0.316 0.236 0.207 0.090 0.028 0.003 23 A 0.034 0.057 0.110 0.191 0.291 0.275 0.042 24 L 0.016 0.041 0.071 0.180 0.246 0.354 0.093 25 A 0.070 0.197 0.283 0.245 0.116 0.069 0.021 26 I 0.035 0.088 0.140 0.229 0.272 0.188 0.048 27 P 0.046 0.135 0.205 0.234 0.201 0.143 0.036 28 V 0.022 0.039 0.072 0.144 0.289 0.362 0.073 29 L 0.032 0.057 0.132 0.246 0.332 0.183 0.017 30 A 0.151 0.370 0.291 0.132 0.038 0.016 0.001 31 H 0.116 0.328 0.304 0.165 0.069 0.018 0.001 32 L 0.042 0.068 0.171 0.394 0.256 0.067 0.001 33 S 0.379 0.423 0.146 0.044 0.007 0.001 0.001 34 S 0.706 0.246 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 35 T 0.714 0.223 0.052 0.010 0.001 0.001 0.001 36 E 0.428 0.362 0.151 0.048 0.010 0.001 0.001 37 Q 0.287 0.402 0.199 0.095 0.016 0.001 0.001 38 H 0.384 0.385 0.143 0.071 0.016 0.001 0.001 39 K 0.196 0.365 0.273 0.122 0.038 0.005 0.001 40 L 0.018 0.033 0.092 0.251 0.455 0.147 0.004 41 T 0.099 0.238 0.314 0.270 0.065 0.014 0.001 42 Q 0.325 0.323 0.240 0.070 0.031 0.009 0.001 43 M 0.093 0.177 0.231 0.246 0.165 0.077 0.011 44 A 0.038 0.066 0.094 0.209 0.292 0.259 0.042 45 A 0.127 0.261 0.256 0.203 0.100 0.045 0.007 46 R 0.093 0.158 0.234 0.232 0.171 0.097 0.015 47 F 0.040 0.062 0.104 0.191 0.283 0.273 0.046 48 L 0.059 0.106 0.160 0.242 0.240 0.162 0.030 49 Q 0.203 0.291 0.229 0.158 0.074 0.036 0.008 50 Q 0.115 0.212 0.242 0.230 0.126 0.062 0.013 51 K 0.071 0.123 0.143 0.262 0.241 0.139 0.022 52 R 0.103 0.221 0.254 0.242 0.124 0.051 0.005 53 L 0.071 0.085 0.103 0.209 0.282 0.224 0.025 54 V 0.151 0.207 0.244 0.230 0.117 0.047 0.005 55 A 0.227 0.286 0.221 0.146 0.084 0.031 0.004 56 L 0.174 0.172 0.224 0.276 0.109 0.043 0.004 57 Q 0.646 0.222 0.101 0.021 0.007 0.003 0.001 58 G 0.277 0.381 0.183 0.112 0.036 0.011 0.001 59 L 0.085 0.092 0.142 0.265 0.291 0.120 0.005 60 E 0.131 0.343 0.281 0.174 0.054 0.016 0.001 61 L 0.051 0.060 0.121 0.255 0.338 0.164 0.011 62 T 0.157 0.330 0.220 0.206 0.071 0.016 0.002 63 P 0.331 0.334 0.182 0.100 0.037 0.015 0.002 64 L 0.105 0.183 0.244 0.245 0.156 0.060 0.007 65 H 0.045 0.102 0.162 0.259 0.248 0.160 0.025 66 Q 0.066 0.182 0.239 0.246 0.154 0.085 0.026 67 A 0.026 0.044 0.062 0.112 0.204 0.402 0.150 68 R 0.032 0.077 0.122 0.218 0.233 0.210 0.106 69 I 0.012 0.017 0.022 0.049 0.119 0.326 0.456 70 A 0.013 0.023 0.034 0.064 0.122 0.288 0.455 71 M 0.011 0.026 0.037 0.089 0.156 0.301 0.379 72 L 0.012 0.031 0.053 0.116 0.199 0.251 0.339 73 F 0.004 0.008 0.012 0.027 0.083 0.316 0.550 74 C 0.005 0.011 0.017 0.044 0.109 0.335 0.479 75 L 0.008 0.015 0.026 0.057 0.128 0.304 0.462 76 P 0.008 0.016 0.025 0.058 0.127 0.338 0.428 77 V 0.012 0.019 0.037 0.080 0.166 0.352 0.333 78 L 0.013 0.025 0.041 0.106 0.227 0.390 0.199 79 E 0.069 0.157 0.240 0.222 0.155 0.113 0.045 80 L 0.043 0.075 0.110 0.225 0.255 0.228 0.063 81 G 0.116 0.206 0.211 0.196 0.144 0.106 0.022 82 I 0.100 0.140 0.170 0.275 0.203 0.096 0.015 83 E 0.290 0.301 0.224 0.110 0.048 0.023 0.004 84 W 0.086 0.116 0.168 0.236 0.238 0.136 0.019 85 L 0.066 0.106 0.167 0.283 0.227 0.135 0.017 86 D 0.331 0.324 0.213 0.084 0.032 0.014 0.002 87 G 0.085 0.245 0.260 0.236 0.130 0.038 0.006 88 F 0.014 0.036 0.069 0.156 0.288 0.361 0.076 89 H 0.021 0.109 0.176 0.311 0.236 0.121 0.026 90 E 0.019 0.098 0.240 0.338 0.194 0.087 0.024 91 V 0.003 0.009 0.021 0.060 0.219 0.556 0.133 92 L 0.003 0.008 0.019 0.060 0.157 0.473 0.280 93 I 0.004 0.008 0.018 0.041 0.115 0.472 0.343 94 Y 0.011 0.035 0.078 0.229 0.302 0.233 0.111 95 P 0.028 0.076 0.127 0.230 0.232 0.231 0.075 96 A 0.159 0.213 0.255 0.186 0.101 0.072 0.015 97 P 0.199 0.277 0.283 0.135 0.066 0.034 0.005 98 F 0.043 0.083 0.129 0.251 0.302 0.180 0.012 99 I 0.113 0.175 0.223 0.237 0.174 0.072 0.006 100 V 0.169 0.212 0.223 0.239 0.116 0.039 0.002 101 D 0.383 0.298 0.197 0.082 0.031 0.009 0.001 102 D 0.283 0.257 0.187 0.178 0.072 0.020 0.001 103 E 0.577 0.282 0.096 0.033 0.008 0.002 0.001 104 W 0.240 0.211 0.195 0.210 0.114 0.028 0.001 105 E 0.382 0.251 0.190 0.122 0.043 0.011 0.001 106 D 0.512 0.265 0.127 0.067 0.022 0.006 0.001 107 D 0.547 0.239 0.126 0.056 0.022 0.008 0.001 108 I 0.221 0.205 0.192 0.191 0.128 0.057 0.007 109 G 0.230 0.240 0.232 0.163 0.087 0.040 0.007 110 L 0.112 0.116 0.148 0.202 0.217 0.175 0.029 111 V 0.130 0.148 0.180 0.216 0.184 0.121 0.022 112 H 0.143 0.135 0.163 0.201 0.207 0.124 0.027 113 N 0.305 0.272 0.179 0.132 0.068 0.034 0.010 114 Q 0.252 0.209 0.171 0.174 0.120 0.061 0.015 115 R 0.389 0.272 0.154 0.110 0.045 0.025 0.006 116 V 0.209 0.176 0.189 0.183 0.148 0.081 0.015 117 V 0.155 0.158 0.187 0.204 0.166 0.108 0.022 118 Q 0.170 0.176 0.165 0.184 0.155 0.117 0.033 119 S 0.229 0.197 0.186 0.172 0.118 0.075 0.024 120 G 0.181 0.158 0.168 0.178 0.160 0.124 0.032 121 Q 0.148 0.140 0.179 0.199 0.163 0.140 0.032 122 S 0.114 0.126 0.152 0.193 0.219 0.169 0.028 123 W 0.136 0.195 0.230 0.211 0.151 0.066 0.011 124 Q 0.249 0.333 0.184 0.146 0.062 0.021 0.004 125 Q 0.229 0.315 0.194 0.148 0.066 0.040 0.007 126 G 0.036 0.077 0.136 0.257 0.305 0.171 0.019 127 P 0.043 0.142 0.281 0.295 0.150 0.072 0.016 128 V 0.005 0.017 0.037 0.089 0.234 0.498 0.120 129 V 0.009 0.026 0.057 0.128 0.205 0.396 0.179 130 L 0.004 0.007 0.016 0.049 0.143 0.478 0.304 131 N 0.017 0.066 0.139 0.247 0.273 0.175 0.084 132 W 0.013 0.038 0.081 0.181 0.280 0.318 0.089 133 L 0.078 0.213 0.256 0.231 0.124 0.082 0.017 134 D 0.097 0.232 0.282 0.207 0.121 0.054 0.008 135 I 0.033 0.051 0.078 0.206 0.379 0.232 0.021 136 Q 0.123 0.206 0.265 0.252 0.112 0.038 0.004 137 D 0.392 0.343 0.167 0.066 0.023 0.008 0.001 138 S 0.263 0.274 0.219 0.155 0.068 0.020 0.001 139 F 0.151 0.143 0.183 0.271 0.187 0.059 0.005 140 D 0.511 0.340 0.103 0.034 0.009 0.003 0.001 141 A 0.245 0.229 0.208 0.179 0.111 0.025 0.002 142 S 0.355 0.364 0.154 0.088 0.027 0.011 0.002 143 G 0.084 0.180 0.205 0.240 0.196 0.083 0.013 144 F 0.013 0.036 0.089 0.200 0.344 0.276 0.042 145 N 0.004 0.013 0.035 0.093 0.233 0.408 0.214 146 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.032 0.305 0.649 147 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.188 0.779 148 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.105 0.884 149 H 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.140 0.835 150 E 0.001 0.002 0.004 0.012 0.042 0.235 0.704 151 V 0.001 0.003 0.006 0.027 0.095 0.297 0.571 152 A 0.001 0.004 0.008 0.023 0.083 0.324 0.557 153 H 0.005 0.020 0.039 0.105 0.223 0.347 0.260 154 K 0.018 0.078 0.180 0.285 0.206 0.154 0.079 155 L 0.011 0.017 0.036 0.092 0.240 0.438 0.166 156 D 0.030 0.066 0.090 0.168 0.261 0.303 0.080 157 T 0.103 0.190 0.209 0.226 0.164 0.090 0.019 158 R 0.149 0.181 0.209 0.257 0.135 0.059 0.010 159 N 0.359 0.273 0.174 0.102 0.056 0.030 0.005 160 G 0.324 0.226 0.176 0.165 0.074 0.031 0.005 161 D 0.605 0.218 0.117 0.037 0.015 0.007 0.001 162 R 0.254 0.290 0.173 0.157 0.077 0.040 0.008 163 A 0.127 0.120 0.150 0.214 0.235 0.131 0.023 164 S 0.159 0.219 0.197 0.196 0.123 0.082 0.025 165 G 0.070 0.081 0.103 0.147 0.202 0.271 0.126 166 V 0.047 0.056 0.103 0.157 0.226 0.256 0.155 167 P 0.065 0.128 0.139 0.189 0.201 0.185 0.094 168 L 0.053 0.081 0.160 0.206 0.235 0.202 0.063 169 I 0.029 0.028 0.052 0.112 0.278 0.381 0.120 170 P 0.073 0.206 0.256 0.237 0.145 0.071 0.013 171 L 0.117 0.209 0.203 0.224 0.167 0.071 0.009 172 R 0.180 0.230 0.224 0.216 0.097 0.047 0.006 173 E 0.229 0.324 0.223 0.132 0.063 0.025 0.004 174 V 0.049 0.096 0.178 0.303 0.263 0.104 0.007 175 A 0.247 0.322 0.237 0.135 0.045 0.013 0.001 176 G 0.134 0.376 0.263 0.156 0.054 0.015 0.001 177 W 0.017 0.029 0.054 0.161 0.385 0.326 0.028 178 E 0.025 0.108 0.268 0.354 0.181 0.059 0.007 179 H 0.133 0.424 0.254 0.134 0.040 0.013 0.002 180 D 0.018 0.069 0.221 0.341 0.261 0.083 0.006 181 L 0.007 0.013 0.025 0.088 0.309 0.494 0.063 182 H 0.056 0.220 0.327 0.260 0.112 0.022 0.002 183 A 0.197 0.444 0.196 0.116 0.035 0.011 0.001 184 A 0.048 0.148 0.215 0.279 0.214 0.089 0.007 185 M 0.031 0.063 0.140 0.314 0.301 0.136 0.014 186 N 0.216 0.420 0.233 0.095 0.028 0.008 0.001 187 N 0.085 0.237 0.296 0.233 0.117 0.030 0.002 188 I 0.023 0.040 0.082 0.210 0.387 0.243 0.014 189 Q 0.079 0.180 0.295 0.274 0.127 0.041 0.004 190 D 0.375 0.377 0.160 0.065 0.018 0.005 0.001 191 E 0.159 0.314 0.263 0.175 0.069 0.019 0.001 192 I 0.042 0.058 0.103 0.297 0.343 0.150 0.008 193 D 0.222 0.383 0.245 0.104 0.034 0.011 0.001 194 L 0.138 0.199 0.225 0.250 0.144 0.041 0.002 195 V 0.191 0.213 0.230 0.234 0.105 0.025 0.002 196 G 0.509 0.266 0.136 0.064 0.020 0.006 0.001 197 E 0.618 0.243 0.100 0.028 0.009 0.003 0.001 198 S 0.301 0.297 0.198 0.118 0.060 0.023 0.004 199 A 0.132 0.239 0.208 0.253 0.117 0.045 0.006 200 A 0.101 0.178 0.177 0.239 0.215 0.084 0.007 201 S 0.056 0.099 0.191 0.254 0.237 0.135 0.027 202 I 0.018 0.021 0.036 0.073 0.193 0.448 0.211 203 D 0.039 0.135 0.197 0.298 0.192 0.099 0.039 204 A 0.073 0.172 0.209 0.230 0.170 0.108 0.039 205 Y 0.034 0.057 0.113 0.224 0.276 0.246 0.050 206 A 0.035 0.057 0.109 0.159 0.274 0.301 0.065 207 A 0.060 0.128 0.197 0.254 0.230 0.113 0.018 208 T 0.237 0.328 0.200 0.139 0.064 0.025 0.007 209 D 0.180 0.277 0.179 0.182 0.107 0.061 0.013 210 P 0.157 0.187 0.253 0.190 0.113 0.079 0.020 211 A 0.028 0.062 0.118 0.238 0.293 0.213 0.048 212 E 0.023 0.053 0.096 0.162 0.260 0.298 0.108 213 C 0.009 0.013 0.022 0.043 0.103 0.396 0.413 214 F 0.007 0.008 0.011 0.026 0.060 0.269 0.618 215 A 0.007 0.012 0.015 0.038 0.081 0.260 0.587 216 V 0.012 0.019 0.030 0.064 0.114 0.250 0.510 217 L 0.007 0.011 0.015 0.037 0.093 0.275 0.561 218 S 0.012 0.025 0.028 0.071 0.142 0.309 0.413 219 E 0.022 0.040 0.060 0.112 0.192 0.312 0.262 220 Y 0.035 0.072 0.112 0.195 0.211 0.230 0.145 221 F 0.028 0.043 0.062 0.119 0.240 0.376 0.131 222 F 0.036 0.050 0.075 0.165 0.275 0.307 0.092 223 S 0.127 0.208 0.275 0.202 0.109 0.066 0.013 224 A 0.108 0.161 0.211 0.231 0.188 0.085 0.016 225 P 0.087 0.117 0.188 0.291 0.201 0.106 0.010 226 E 0.505 0.292 0.155 0.036 0.009 0.003 0.001 227 L 0.155 0.347 0.276 0.153 0.056 0.011 0.001 228 F 0.044 0.049 0.087 0.232 0.410 0.172 0.007 229 A 0.139 0.277 0.302 0.211 0.060 0.010 0.001 230 P 0.604 0.298 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 231 R 0.257 0.353 0.237 0.107 0.039 0.007 0.001 232 F 0.059 0.099 0.177 0.297 0.266 0.097 0.005 233 P 0.183 0.363 0.237 0.168 0.041 0.008 0.001 234 A 0.254 0.360 0.256 0.088 0.033 0.008 0.001 235 L 0.019 0.048 0.100 0.223 0.341 0.247 0.022 236 W 0.011 0.041 0.119 0.264 0.336 0.204 0.025 237 Q 0.094 0.336 0.286 0.181 0.071 0.028 0.005 238 R 0.028 0.100 0.217 0.302 0.243 0.094 0.016 239 F 0.007 0.015 0.027 0.080 0.261 0.474 0.136 240 C 0.031 0.124 0.235 0.308 0.191 0.091 0.020 241 H 0.082 0.242 0.297 0.207 0.108 0.050 0.014 242 F 0.022 0.053 0.087 0.191 0.284 0.295 0.068 243 Y 0.024 0.053 0.084 0.174 0.287 0.287 0.091 244 R 0.073 0.189 0.219 0.234 0.162 0.101 0.023 245 Q 0.094 0.119 0.168 0.243 0.209 0.138 0.029 246 D 0.112 0.155 0.187 0.206 0.178 0.132 0.029 247 P 0.207 0.209 0.188 0.164 0.128 0.085 0.019 248 L 0.212 0.194 0.191 0.201 0.130 0.061 0.010 249 A 0.331 0.316 0.189 0.101 0.040 0.020 0.003 250 R 0.193 0.190 0.201 0.209 0.141 0.060 0.005 251 R 0.265 0.188 0.191 0.186 0.119 0.047 0.004 252 R 0.322 0.273 0.198 0.136 0.054 0.016 0.001 253 E 0.432 0.275 0.164 0.086 0.034 0.008 0.001 254 N 0.438 0.259 0.163 0.098 0.033 0.008 0.001 255 G 0.635 0.240 0.084 0.031 0.007 0.002 0.001 256 L 0.449 0.261 0.154 0.098 0.033 0.005 0.001 257 Q 0.601 0.222 0.120 0.044 0.010 0.002 0.001 258 D 0.687 0.198 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 259 E 0.754 0.188 0.043 0.013 0.002 0.001 0.001 260 G 0.590 0.233 0.121 0.041 0.013 0.002 0.001 261 D 0.515 0.257 0.142 0.065 0.019 0.003 0.001 262 R 0.522 0.289 0.107 0.065 0.015 0.002 0.001 263 R 0.698 0.199 0.073 0.022 0.007 0.001 0.001 264 I 0.541 0.251 0.123 0.063 0.020 0.003 0.001 265 V 0.620 0.239 0.091 0.038 0.011 0.002 0.001 266 H 0.598 0.248 0.091 0.047 0.014 0.002 0.001